成祖永樂元年三月、瀋陽中屯衛軍士唐順言：「衛河之原、出衛輝府輝縣西北八里太行蘇門山下．其流自縣城北經衛輝城下、入大名濬縣界、迤𨓦抵直沽入海．南距黃河陸路五十餘里．若開衛河、距黃河百步置倉廒、受南京所運糧餉、轉致衛河交運、則公私交便也．」上命廷臣議、俟民力稍甦行之．
四年秋七月、命平江伯陳瑄兼督江、淮、河、衛轉運．洪武中、航海侯張赫、舳艫侯朱壽俱以海運功封、歲運糧七十萬石、止給遼左一方．永樂初、北京軍儲不足、以瑄充總兵、帥舟師海運、歲米百萬石．建百萬倉于直沽尹兒灣．城天津衛、籍兵萬人戍守．至是、令江南糧一由海運；一由淮入黃河至陽武、陸運至衛輝、仍由衛河入白河至通州．是為海陸兼運．
八年、以舊額漕運二百五十萬石、不足給國用、特令江、浙、湖廣三省各布、都官自行督運、共三百萬石有奇．
九年春二月己未、命工部尚書宋禮、都督周長開會通河．自濟寧至臨清、舊通舟楫．洪武中、河岸衝決、河道淤塞．故于陸路置八遞運所、每所用民丁三千、車二百輛、歲久民困其役．永樂初、屢有言開河便者、上重民力未許．至是、濟寧同知潘叔正言：「會通河道四百五十餘里、其淤塞者三之一．浚而通之、非惟山東之民免轉輸之勞、實國家無窮之利也．」乃命禮等往視．禮等極言疏浚之便、且言天氣和霽、宜及時用工．于是遣侍郎金純發山東、直隸、徐州民丁、及應天、鎮江等府民丁、併力開浚．民丁皆給糧犒賞、蠲他役及今年田租．命宋禮總督之．
河南河水屢歲為患．先是、遣工部侍郎張信往視．信訪得祥符縣魚王口至中灤下二十餘里、有舊黃河岸、與今河面平、浚而通之、俾循故道、則水勢可殺、遂繪圖以進．詔發河南民十萬、命興安伯徐亨、工部侍郎蔣廷瓚、金純相度開浚、併命禮兼督之．
六月、會通河成．以汶、泗為源、河水出寧陽縣、泗水出兗州、至濟寧而合．置天井閘以分其流、南流通于淮．而新開河則居其西、北流由新開河道東昌入臨清、計三百八十五里．自濟寧至臨清置十五閘、以時啟閉．又于寧陽築堽城壩遏汶水、盡入漕河．禮還京上言：「會通河源于汶、泗、夏秋霖潦泛溢、則馬常泊之流亦入焉．汶、泗合流、至濟寧分為二河：一入徐州、一入臨清．河流深淺、舟楫通塞、繫乎泊水之消長．泊水夏秋有餘、冬春不足、非經理河源、及引別水以益之、必有淺澀之患．今汶河上流、上自寧陽縣已築壩堰、使其水盡入新河．東平州之東境、有沙河一道、本汶河支流、至十里口通馬常泊．比年流沙淤塞河口、宜及時開濬．況沙河至十里口、故道具存、不必施工．河口當濬者僅三里、河身宜築堰者計百八十丈．」從之．
十年春正月、巡按山東御史許堪言：「去年衛河水溢、河岸倒塌．」命工部尚書宋禮相度措置．夏四月、尚書宋禮奏：「自衛河東北至舊黃河一十二里內、五里舊河有溝渠．五里係古路、二里係平地．今開河泄水以入舊黃河、則至海豐大沽河入海．」上命俟秋成為之．
九月、工部主事藺芳言：「中灤分導河流、使由故道北入于海．河南之民、免于昏墊、誠萬世之利．然緣河新築護岸掃座、用蒲繩泥草、不能經久．臣愚以為若用木編成大囤、若欄圈然、置之水中、以椿木釘之、中實以石、却以橫木貫于椿表、牢築堤土、則水可以殺、堤可以固、而河患息．」從之．尚書宋禮薦其才、擢為工部右侍郎．
十一月、浚鎮江京口、新港、甘露三港達于江．
十三年三月、罷海運糧．命平江伯陳瑄于湖廣、江西造平底淺船三千艘、以從河運、歲運三百餘萬石．初、漕運北京、舟至淮安、過壩渡淮、以達清河、輸輓甚艱．故老為瑄言：「淮安城西有管家湖、自河至淮河鴨陳口、僅二十里、與清河口相值．宜鑿河引湖水入淮、以通漕舟．」瑄從之．乃鑿清江浦、引水由管家湖入鴨陳口達淮．就管家湖築堤亙十里、以便引舟．置四閘、曰：移風、清江、福興、新莊、以時啟閉．浚儀真、瓜州通湖．鑿呂梁、百步二洪石、平水勢．開泰州白塔河、通大江．築高郵湖堤、堤內鑿渠、亙四十里．淮濱作常盈倉五十區、貯江南輸稅．徐州、濟寧、臨清、德州皆建倉、使轉輸．議以原坐太倉歲糧、蘇州并山東兗州、送濟寧倉；河南、山東送臨清倉、各交收．浙江并直隸衛分官軍于淮安、運至徐州；京衛官軍于徐州、運至德州；山東、河南官軍于德州、接運至通州．名為「支運」．年凡四次．河淺膠舟處、濱河置舍五百六十八所．舍置淺夫、俾導舟．其可行處、緣河堤鑿井樹木、以便行人．乃增置淺船三千餘艘、海運遂罷．凡漕渠在齊、魯間者、宋禮功為多．在江、淮間者、陳瑄功為多．
十四年、設淮安之清河、福興、徐州之沽頭、金溝、山東之谷亭、魯橋等閘、各置官．于是漕運始達通州．
宣宗宣德五年三月、陳瑄復言：「支運法軍民均勞甚善．但民病舍穡往還、不若益耗兌軍便．」帝是其議、改為「兌運法」．行之既久、耗亦納官、失初意矣．
七年、置呂梁漕渠石閘．初、陳瑄以呂梁上洪地險水急、漕舟難行、奏令民于舊洪西岸鑿渠深二尺、闊五丈有奇、夏秋有水、可以行舟．至是、復欲深鑿、置石閘三、時其啟閉以節水、庶幾往來無虞．事聞、命附近軍衛及山東布政司量發民夫工匠協成之．
憲宗成化四年、初、正統間、漕米入庾、始有銳．至是、帝詰銳米、戶部執曝揚之數．取米石、一其銳曝之、得九斗有六升、乃以升為耗．
巡撫江南邢宥修復運河壩閘．先是、正統初、巡撫周忱經理運道、武進奔牛、呂城設為壩閘、俾漕舟由京口出江、最稱便利．迨景泰間、壩閘漸頹、水道淤淺．有議從蔡涇、孟瀆出江者、因迫海洋、漕舟多覆溺．天順間、巡撫崔恭奏請從周忱故道、增置五閘．至是成之．
七年、罷瓜、淮兌運．并改四倉之支運者、俱令兌各附近水次．其瓜、淮者于原耗外、益以脚米．四倉故無耗者、准量給耗米．又復在軍運．尋復定兌運改兌之額：河、淮以南、以四百萬供京師；河、淮以北、八百萬供邊境．別貯額外米于臨、德、曰「預備米」、以備漕米之撥補也．先是、宣德間、定耗例、二米一他物、蓋倣洪武時附載土物之意、用以資君便民．至成化為改兌法、則悉從本色、聽軍易用、然多滯不便．
世宗嘉靖七年、通惠河成、糧運從河入、省輕齎銀一十一萬、詔給軍三之一、并令三歲後、量減加耗以寬民．初、弘治中、議定折耗銀曰輕齎、凡輕齎之銀官給之．大抵米以備遠涉及顯加之耗、銀以備傭僦鋪墊之用．要之、正米無缺而止．正外諸羨、盡歸旗卒、官無利焉．一時軍卒饒逸、漕運于斯為盛．亡何、漕撫李蕙請齎餘貯庫、聽來年缺者貸償之．上可其奏、著為令．嘉靖初、河漕總兵楊宏奏：「輕齎隨軍人、緩急有濟．若貯漕庫、非法也．」大學士費宏言：「衛軍終歲勤勞、給京軍幸有羨、宜與之．」詔皆給軍、軍歡然．久之、戶部言：「輕齎之費倉為甚、譬雀鼠之齧、蟣蝨之吮、雖禁不可止也．上曰禁革、下曰扣除、不如其已．請令運官備列倉費前規、聽官給領之．」而給軍遂革．至是、通惠河成、遂有是命．
八年、疏治清江浦復舊、乃由江入淮之道．
神宗萬曆七年、復築高堰．隆慶中、高堰廢、淮水壞民田．至是、議復築之．起新莊至越城、長一萬八百七十餘丈．堰成、淮水復由清口會黃河入海、而黃浦不復衝決．又以通濟閘逼近淮河、舊址坍損、改建于甘羅城北．仍改濬河口斜向西南、使黃水不得直射．因發折新莊閘、又改福興閘于壽州廠適中處所、其清江板閘照舊增修．又議修復五壩、惟信字壩久廢不用；智、禮二壩加築、仍舊車盤船只；仁、義二壩與清江閘相鄰、恐有衝浸、移築天妃閘內．復命官修揚州、高、寶運河、減水閘四座、加高閘石九座．自是、寶應諸河堤岸相接．
九年、于淮安府城南運河之旁、自窯灣楊家澗歷武家墩、開新河一道、長四十五里、曰永濟河．因置三閘、以避清江浦之險．
十一年、建清江浦外河石堤長二里、磯嘴七座．又建西橋石堤長九十八丈、以禦淮河之衝．又議淮由昭靈祠南黃河出口、歷羊山、內華山、梁山接境山、開河置閘、以避戚港之溜．
十二年、揚州高、寶運道石堤之東、傍堤開新河三十餘里、以避槐角樓一帶之險、曰弘濟河．
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