神宗萬曆二十一年二月、京察竣．三月己未、刑科給事中劉道隆論吏部稽勳司員外郎虞淳熙、兵部職方郎中楊于庭、臺省交謫．而吏部曲為解、僅議一職方主事袁黃非體．上責吏部回奏、尚書孫鑨言：「淳熙臣鄉人、安貧好學、非有先容之助．于庭任西事有功、尚書石星亦言之、臣不忍以功為罪．且既命議覆、自有異同．惟各原其心、求歸於當．若知其無罪、以科、道之言而去之、昧心欺君、臣不能為．」上以不引罪、奪俸三月、考功郎中趙南星鐫三秩調外、淳熙等並罷．劉道隆以不指名、亦奪俸．鑨乞休、不許．鑨復奏曰：「人臣之罪、莫大於專權、國家之禍、莫烈於朋黨．夫權者、人主之操柄、人臣所司謂之職掌．吏部以用人為職、進退去留屬焉、然必請旨而後行、則權固有在、不可得專也．今以留二庶僚為專權、則無往非專矣．以留二京職為結黨、則無往非黨矣．臣任使不效、徒潔身而去、俾專權結黨之說終不明於世、將來者且以臣為口實、又大罪也．」因請乞骸骨歸．先是、內計去留、先白閣臣．鑨及南星力矯之、王錫爵不悅．鑨既被譴、都察院左僉都御史王汝訓、通政使魏允貞、大理寺少卿曾乾亨、禮部郎中于孔兼、員外郎陳泰來、主事顧允成、張納陛、賈巖、國子助教薛敷教俱論救．禮部郎中何喬遠、主事洪啓睿復合疏言之．孔兼、允成、敷教俱謫外．甲子、禮部員外郎陳泰來疏曰：「臣通籍十七年、四歷京察．部權自高拱、張居正以來、尚書惟張瀚、嚴清、選郎惟孫鑨、陳有年頗能自立、餘則唯唯呐呐、濫觴於楊巍、而埽地於劉希孟、謝廷寀．今復借拾遺熒惑聖怒、即去時之故智、將來必挈權以阿閣臣、而後為不專權；必植黨以附閣臣、而後為不結黨．」上怒、降泰來．癸未、左都御史李世達請宥泰來等．不聽．南星、淳熙、于庭、黃各削籍．
四月辛丑、吏部尚書孫鑨罷．
九月、吏部右侍郎趙用賢罷．先是、用賢為檢討、生女三月、中書舍人吳之佳約以幣．及用賢諫張居正奪情削籍、之佳為御史、過吳門、用賢往餞、不為禮、因反幣、終字女蔣氏．之佳子鎮亦他娶、不相及也．用賢負氣節、素不為王錫爵所善．鎮訟之、罷用賢、之佳亦降．戶部郎中楊應宿議趙用賢絕婚非是．行人高攀龍申救、得罪諸臣、語侵閣臣、指應宿為諂諛、應宿遂訐攀龍、并及吏部文選郎劉四科、趙南星、顧憲成等．錫爵封應宿疏上．閏十一月甲午、行人高攀龍上言：「大臣則孫鑨、李世達、趙用賢去、小臣則趙南星、陳泰來、顧允成、薛敷教、張納陛、于孔兼、賈巖斥．近李楨、曾乾亨復乞歸、選司孟孔鯉又削籍矣．中外不曰輔臣不附己、則曰近侍不利用正人．果謂出於聖怒、則諸臣自化鯉而外、未見忤旨、何以皆至罷斥也？皇上有去邪之果斷、而左右反得行其媢嫉之私、皇上有容言之盛心、而臣下反遺以拒諫之誚、為聖德累不小．」丙申、都察院左都御史孫丕揚覈「楊應宿激而嫚駡、高攀龍疎而易言」．命降應宿湖廣按察司經歷、攀龍揭陽縣典史．仍諭建言諸臣：「時事艱難、不求理財、足兵、實政、乃誣造是非．部院公論所出、今後務持平覈實．」
二十二年五月丁亥、吏部推閣臣王家屏、沈鯉、陳有年、沈一貫、左都御史孫丕揚、吏部右侍郎鄧以讚、少詹事馮琦．不允．初、閣臣王家屏以諫冊儲罷歸．至是、上諭有「不拘資品、堪任閣臣」語、吏部遂以家屏等名上．上覽不懌、下旨詰責、以宰相奉特簡、不得專擅．吏部尚書陳有年爭之、以為冢宰總憲廷推、自有故事、王家屏為相有名、若宰相不廷推、將來恐開捷徑、因乞骸骨．上命馳驛還籍、以孫丕揚代之．辛卯、以沈一貫、陳于陛為禮部尚書兼東閣大學士、直文淵閣．調文選郎中顧憲成．給事中盧明陬、逯中立先後疏救、上益怒．憲成削籍、謫明陬、中立按察司知事．甲午、禮部郎中何喬遠奏救憲成、謫廣西布政司經歷．先是、國本論起、言者皆以「早建元良」為請．政府惟王家屏與言者合、力請不允、放歸．申時行、王錫爵皆婉轉調護、而心亦以言者為多事．錫爵嘗語憲成曰：「當今所最怪者、廟堂之是非、天下必欲反之．」憲成曰：「吾見天下之是非、廟堂必欲反之耳！」遂不合．然時行性寬平、所斥必旋加拔擢．一貫既入相、以才自許、不為人下．憲成既謫歸、講學於東林、故楊時書院也．孫丕揚、鄒元標、趙南星之流、蹇諤自負、與政府每相持．附一貫者、科、道亦有人．而憲成講學、天下趨之．一貫持權求勝、受黜者身去而名益高．此東林、浙黨所自始也．其後更相傾軋、垂五十年．
二十三年秋七月己卯、巡按直隸御史趙文炳劾吏部文選郎中蔣時馨倖進鬻爵．下廷議、尚書孫丕揚代時馨辨．丙戌、時馨削籍．時馨貪黷、初知新喻、調嘉魚、遷南京大理寺評事．故為敝衣冠、從鄒元標講學、歷考功、文選二司．及被劾、請廷質．且曰：「戎政、兵部左侍郎沈思孝庇浙江海道丁此呂、避察不得、又求少宰不得、遂同諭德劉應秋、大理右少卿江柬之等、詆李三才授趙文炳冀陷太宰而代之．」上怒其瀆辨．甲午、逮故浙江海道副使丁此呂．蔣時馨既斥、孫丕揚謂釁由此呂、沈思孝以此呂建言不宜察．丕揚遂上此呂訪單、貪婪贓跡、雖建言無倖脫理．命逮下獄．對簿之日承服、硃砂牀具等纍纍．丕揚遂與思孝交惡矣．八月、沈思孝言：「孫丕揚庇屬負國．」丕揚乞休、不允．十一月丁丑、工部員外郎岳元聲言：「言官攻言官、大臣攻大臣、不若俱罷之．」
二十四年八月癸亥、大學士張位乞罷、不許．時吏部尚書孫丕揚乞休、疏二十上．言：「權官坐謀、鷹犬效力、義難再留．」以位黨丁此呂、沈思孝也．上責丕揚無大臣體、宜協恭毋相牴牾．閏八月、吏部尚書孫丕揚、右都御史兼兵部侍郎沈思孝罷．
二十七年五月丁巳、以光祿寺卿李三才為都察院右僉都御史、巡撫鳳陽．
二十九年九月戊午、禮部尚書兼翰林院學士沈鯉、朱賡兼東閣大學士、值文淵閣．時廷推九人、上已點朱國祚、馮琦、而沈一貫密揭二臣年未及艾、曷少需之、先爰立老成者．賡得入．鯉先任禮部、與申時行左、請告、上不許．吏科都給事中陳與郊因疏劾鯉、鯉求去益力．上私語曰：「沈尚書不曉我意．」遂有是命．
三十一年夏四月、楚王華奎與宗人華趆等相訐、章下禮部．初、楚恭王隆慶初、廢疾薨、遺腹宮人胡氏㝈生子華奎、華璧．或云：內官郭綸、以族人如綍奴產子壽兒、及弟如言妾子尤金梅所出、並入宮、長為華奎、次華璧．儀賓汪若泉嘗訐奏、事下撫、按．王妃堅持之、乃寢．華奎既嗣楚、華璧封宣化王．華趆素強禦、忤王．趆妻又如言女、知其詳．趆遂盟宗人二十九人入奏：「楚先王風痹、不能御內、乃令宮婢胡氏詐為身．臨蓐時、抱妃兄王如言子為華奎、又抱妃族王如綍舍人王玉子為華璧、皆出於妻恭人王氏口．王氏、如言女、故知之．二孼皆不宜冒爵．」章入、通政司沈子木持未上．六月、楚王劾宗人疏亦至．事下部．禮部右侍郎郭正域曰：「王奏華趆事易竟．華趆奏王非恭王子、亂皇家世系、事難竟．楚王襲封二十年、何至今始發？而又發於女子骨肉之間？王論華趆一人、而二十九人同攻王．果有真見、出真情否？王假、則華趆當別論；王真、則華趆罪不勝誅．」沈一貫以親王不當勘、但當體訪．正域曰：「正域江夏人、一有偏徇、禍且不測．非勘則楚王跡不白、各宗罪不定．王跡勘、各宗罪、不勘、人於何服！」時正域右宗人、而輔臣沈鯉又右正域．戶部尚書趙世卿、倉場尚書謝杰、祭酒黃汝良皆謂王非假．一時閣、部互相齟齬．給事中姚文蔚劾郭正域故王護衞中人、修怨謀陷王．都察院右都御史溫純劾御史于永清、給事姚文蔚、刺及沈一貫．九月己巳、刑科都給事中楊應文、給事中錢夢臯各劾郭正域、夢臯并及次輔沈鯉．俱不報．上卒以王為真、而正域罷去．尋楚府東安王英燧、武岡王華增、江夏王華煊等、請復勘假王、不聽．時票楚事皆朱賡、二沈引嫌不出．
十一月、妖書事起、沈一貫疑郭正域為之．錢夢臯遂直指正域、且及輔臣沈鯉．陝西道御史康丕揚將例轉、內監賈忠貞語丕揚、乘妖書可免、丕揚遂起而佐之．後歸獄皦生光、得解．
三十三年春正月、考察京官．時主察當屬吏部左侍郎楊時喬、輔臣沈一貫憚其方嚴、請以兵部尚書蕭大亨主筆．疏上、上以時喬廉直、竟屬之．時喬與都御史溫純力持公道、疏上、留中．三月辛巳、吏部趨計疏、中旨留被察給事中錢夢臯、御史錢一鯨等．復諭：「京察科、道、不稱職者甚衆、豈皆不肖？必有私意．朕不得無疑．」蓋以一貫私人被詰責也．時喬、純言：「察處科、道、萬曆二十一年科七人、道七人．二十七年、科五人、道九人．今議處科四人、道七人、皆參衆矢公．而聖諭嚴切、臣等無狀、宜罷．」上不問．南京總督糧儲尚書王基以拾遺自辨、上特留之．夏四月、刑科給事中錢夢臯復論楚事、請削前侍郎郭正域籍、并言左都御史溫純黨庇．工科給事中鍾兆斗例轉、亦誣奏純．純乞休．大理少卿徐宗濬、吏部都給事中侯慶遠、御史孔貞一等皆論夢臯違禁妄辨、吏部左侍郎楊時喬亦言之．俱不報．五月、候補職方郎中劉元珍劾「沈一貫徧置私人、蒙上箝下．錢夢臯妄奏求容、士林不齒」．一貫、夢臯皆疏辨．夢臯謂元珍為溫純鷹犬．降一級、調極邊．六月、吏部員外郎賀燦然言：「被察科、道、與溫純皆當去．」南京吏科給事中陳良訓、御史蕭如松、朱吾弼、各論王基、錢夢臯、鍾兆斗必不可留、沈一貫結近侍、陽施陰設．秋七月、兵部主事龐時雍直攻沈一貫欺罔誤國．於是太子太保都察院左都御史溫純致仕、錢夢臯、鍾兆斗各避疾、京察始得奏．尋謫賀燦然、龐時雍、奪朱吾弼俸、拾遺南京戶部尚書王基免．時有布衣在一貫坐、夢臯戲之曰：「昔之山人、山中之人．今之山人、山外之人．」布衣應聲曰：「昔之給事、給黃門事．今之給事、給相門事．」識者噱之．
三十四年夏六月、吏科給事中陳良訓、御史孫居相劾沈一貫奸貪．大學士沈一貫、沈鯉並致仕．一貫連歲乞休、疏八十上、始允．鯉居位四載、嘗列天戒民窮十事、書之於牌、每入閣、則拜祝之．或讒鯉為詛呪、上命取觀之、曰：「此非詛呪語也．」妖書事起、危甚、賴上知其心、得無恙．及放歸、得旨不如一貫之優．各賜金幣、鯉半之．出都日、猶有讒其衣紅袍閱邊者、中官陳矩為解乃已．孫居相奪歲俸、陳良訓鐫三級調外．
三十五年五月、以禮部左侍郎李廷機、南京禮部右侍郎葉向高為禮部尚書兼東閣大學士、直文淵閣．又諭朱賡召舊輔王錫爵．時顧憲成移書向高言：「近日輔相、以模稜為工、賢否溷淆．」引張禹、胡廣為戒．廷機故出沈一貫門、人多疑之．給事中王元翰、胡忻、曹于汴、宋一韓、御史陳宗契等、交章劾廷機．廷機故清介、而攻之者詆為輦金奧援、御史葉永盛極辨之．廷機伏闕辭、不允．上下旨切責元瀚等．
秋七月、總督漕運李三才請補大僚、選科、道、用廢棄．其論廢棄曰：「諸臣祗以議論意見一觸當路、永棄不收、總之於皇上無忤．今乃假主威以錮諸臣、又借忤主之名以飾主過．負國負君、莫此為甚．」參政姜士昌齎表入京、奏別遺奸、錄遺逸．遺奸指王錫爵、沈一貫．朱賡又曰：「古今稱廉相、必稱唐楊綰、杜黃裳．然二賢皆推賢好士、惟恐不及．而王安石用之、驅逐諸賢、竟以禍宋．」時李廷機有清名、故士昌規及之．賡、廷機上疏辨、降士昌廣西僉事．御史宋燾論救、謫平定州判、加謫士昌興安典史．
三十六年五月、禮部主事鄭振光劾輔臣朱賡、李廷機大罪十有二、指一貫、賡、廷機為過去、現在、未來三身、布置接受、從風而靡．上以其誣詆、謫普安州判．
九月、先是、王錫爵辭召、手疏言：「皇上於章奏一概留中、特鄙棄之、如禽鳥之音不以入耳、然下以此愈囂．臣謂君父至尊、必自立於無過之地．請幡然降旨、盡除關稅、召還內差、散內庫之有餘、濟邊儲之不足、天下必歡呼踊躍、以頌聖德．留中章疏、亦自有緩急．如推補九卿、以吏部、都察院為先、庶官以科、道為急．科、道考選久停、與其故裁抑、留不肖、以塞賢者之塗、孰若稍疏通、簡新進、以決舊日之壅．此今日攬權上策也．」時疏甚密、而都御史李三才鉤得之、泄言於衆、謂錫爵以臺、省為禽獸．於是南京戶科給事中段然首論錫爵與朱賡密揭、擅權亂政．不報．
起孫丕揚太子少保、吏部尚書．
十月壬戌、起吏部文選郎中顧憲成為南京光祿少卿、辭不至．丙寅、工科給事中何士晉劾錦衣衞左都督王之楨為輔臣爪牙心腹、亟宜顯斥．禮科給事中張鳳彩、刑科都給事中蕭近高、給事中張國儒交章糾王錫爵、朱賡．國儒言：「臺、省五十餘人、共糾朱賡奸狀、而尚書趙世卿曲媚之．」俱不報．十一月壬子、朱賡卒於官．賡性淳謹、同鄉沈一貫當國、善調護、故妖書、楚獄、其禍不蔓．賡卒、廷機當首揆、言路益攻之．廷機決計不出、葉向高獨相、而攻廷機者未已也、遂移居演象所之真武廟．乞放、凡五年、至萬曆四十年、始得請．寒暑閉門無履跡．
三十七年春二月丙寅、御史鄭繼芳劾工科右給事中王元翰貪婪不法．元翰亦奏辨、繼芳為王錫爵、申時行吐氣．初、給事中王紹徽善湯賓尹、營入閣甚急、嘗語元翰曰：「公語言妙天下、即一札揚湯君、湯君且為公死、世間如湯君可恃也．」元翰辭焉．紹徽銜之、因嗾繼芳摭元翰．
夏四月、吏科糾擅去諸臣．初、工科給事中孫善繼拜疏竟去、劉道隆繼之、王元翰、顧天峻、李騰芳、陳治則各先後去．命削善繼籍、道隆等各降秩．時南北科、道互相攻詆、至不可問．
戶科給事劉文炳請召鄒元標．不報．
十二月乙丑、工部主事邵輔忠論：「總督漕運李三才、結黨徧天下．前圖枚卜、今圖總憲．四岳薦鯀、漢臣諛莽、天下之大可憂也．」時三才需次內臺、輔忠首劾之、繼以御史徐兆魁、三才奏辨．工科給事中馬從龍、御史董兆舒、彭端吾、南京工科給事中金在衡、交章為三才辨．俱不報．三才負才名、初為山東藩臬有聲、民歌思之．撫淮十年、方稅璫橫甚、獨能捕其爪牙、以尺箠斃大盜．三才多取多與、收採物情、用財如流水．顧憲成之左右、譽言日至、憲成信之、亦為游揚．三才嘗宴憲成、止蔬三四色．厥明、盛陳百味、憲成訝而問之．三才曰：「此偶然耳！昨偶乏、即寥寥、今偶有、故羅列．」憲成以此不疑其綺靡．至是、挾縱橫之術、與言者為難、公論詘之．
三十八年五月壬子、吏部主事王三善乞勘李三才．不報．前吏部郎中顧憲成遺書葉向高、謂「三才至廉至淡漠、勤學力行、為古醇儒、當行勘以服諸臣心」．時給事中金士衡、段然力保三才、給事中劉時俊、兵部郎中錢寀爭之、紛如聚訟．
三十九年二月戊子、總督漕運李三才免．
三月、吏部尚書孫丕揚糾御史金明時倡言要挾逃察、命下都察院議處．初、明時巡闕、劾寶坻知縣王淑汴、吏部右侍郎王圖子也．及臨京察、知不免、遂先發攻王圖．御史史記事論之、明時奏辨．主事秦聚奎言：「明時論王圖、在去年十二月．丕揚論明時、在今考察先一日．而卒之明時撓察之疏、杳乎無聞．大臣結黨欺君、天下大勢、趨附秦人、今之丕揚、非復昔之丕揚矣．」於是吏科都給事中曹于汴、御史湯兆京、喬允升、俱以撓察論聚奎、丕揚、奏參聚奎、并以湯賓尹等七人訪單送內閣．閣臣葉向高疏如丕揚指．金明時以不謹免、尋以辨疏犯御諱削籍．四月庚辰、計疏下、命秦聚奎閑住．南京國子監祭酒湯賓尹、郎中張嘉言、主事徐大化、御史劉國縉、王紹徽、喬應甲、岳和聲、降調有差．
五月、給事中朱一桂、御史徐兆魁疏稱：「顧憲成講學東林、遙執朝政、結淮撫李三才、傾動一時．孫丕揚、湯兆京、丁元薦角勝附和、京察盡歸黨人．」不報．
翰林院修撰韓敬疾去．敬先師事湯賓尹、在禮闈、越房拔為第一．敬有時名、而好縱橫之學、恣色貨之好．時攻賓尹、因及敬．
四十年二月癸未、吏部尚書孫丕揚掛冠出都．
四十一年二月辛丑、御史劉廷元劾光祿寺少卿于玉立「依附東林、風波翻覆、宜顯斥」．不報．十月、禮科給事中亓詩教言：「今日之爭、始於門戶．門戶始於東林、東林倡於顧憲成、刑部郎中于玉立附焉．憲成自賢、玉立自奸、賢奸各還其人．而奔競招搖、羽翼置之言路、爪牙列在諸曹、關通大內、操縱朝權．顧憲成而在、寧願見之哉？」末刺及葉向高、向高奏辨．
四十二年八月癸卯、大學士葉向高致仕．十一月、御史劉廷元參李三才佔廠、盜皇木、結交內侍起官．御史劉光復、給事中官應震等交章論之．命給事中吳亮嗣往勘、亮嗣報其實、下三才舍人於理、三才尋削籍．
四十五年三月、京察、革刑部主事王之寀職為民、竇子偁、陸大受皆被斥．時葉向高既去、方從哲獨相、庸庸無所短長．吏部尚書鄭繼之主察、徐紹吉、韓浚佐之．之寀初爭挺擊、為韓浚所糾、部處坐以貪污、子偁、大受有清操、持論與之寀合、亦被逐．時上於奏疏、俱留中、無所處分、惟言路一糾、其人自罷去、不待旨也．於是臺、省之勢積重不返、有齊、楚、浙三方鼎峙之名、齊為亓詩教、韓浚、周永春、楚為官應震、吳亮嗣、浙為劉廷元、姚宗文、勢張甚、湯賓尹輩陰為之主．賓尹負才名而淫污、辛亥京察被斥．至是、察典竣、韓浚以問鄉人給事中張華東．華東曰：「王之寀論甚正、何為重處之？」浚驚愕不語．
四十六年十二月、主事鄒之麟奪職閑住．之麟負才名、附給事中亓詩教、韓浚求轉吏部不得、遂訐奏詩教、浚．又擅離任、被斥．
四十七年十二月、會推閣員．禮部左侍郎何宗彥以吏科給事中張延登不署名、不得預、御史薛敷教、蕭毅中、左光斗、李徵儀、倪應春、彭際遇、張新詔等、交章惜之．而禮科都給事中亓詩教、兵科薛鳳翔又屢駁具如延登指、各歸責於輔臣方從哲．從哲奏辨．俱不報．先是、國本之論起、廟堂益相水火、上頗厭惡之、斥逐相繼、持論者愈堅、乃一切置之高閣．方從哲獨相七年、上喜其無能而安之．山東趙煥為冢宰、詩教又從哲門人、故其勢尤張．已而鄒之麟倡言張鳳翔為選君、必以年例處姚宗文、劉廷元、齊、浙遂離．之麟既被黜、其友夏嘉遇、魏光國、尹嘉賓、鍾惺皆有才名、俱改用．而嘉遇素潔清、亦與衆共擯．趙興邦為兵垣、仍入禮闈、之麟、嘉遇遂糾之、并及詩教．言路合疏糾嘉遇．興邦遽陞京卿．御史唐世濟助嘉遇攻興邦、而亓、趙之勢衰．時廷議所喧持者、唯禁道學一事、吏治邊防、俱置不理．
泰昌元年、即萬曆四十八年也．八月己酉、起鄒元標為大理寺卿．科臣惠世揚上言：「君子小人之進退、關係國家之治亂．然小人不退、則君子不進．」吏部尚書周嘉謨奏列建言得罪諸臣王德完等三十三人．於是王德完、孟養浩、鍾羽正、滿朝薦悉起部、寺諸官．壬戌、以侍讀學士劉一燝、韓爌為禮部尚書兼東閣大學士、直文淵閣．仍諭內閣、特召舊輔葉向高．初、光宗踐祚、踰月崩、未及用向高等．熹宗既即位、乃遣行人徵之．
十一月、給事中惠世揚遇災陳言、因參大學士孫如游、薦高攀龍、劉宗周、孫居相、劉策、王之寀、陸大受等．十二月、大學士方從哲致仕．從哲以「紅丸」、「移宮」二案、臺、省交章論之、至是歸．
熹宗天啓元年春正月、兵科給事中楊漣予告回籍．漣以「移宮」一案、御史賈繼春侵之、漣因乞歸．御史馬逢臯上言：「楊漣何罪、無罪即功．功在安社稷、罪在攻大璫．罪璫未誅、而發璫罪者先作楚囚之悲．君子退、則小人進矣．」
二月、御史周宗建上言：「國家之治亂、由於議論之公私．皇祖戊申以後、沈一貫未敗之時、在朝者豈無君子？而一雜以小人、則沈鯉可逐、郭正域可芟、察典可壞、大獄可興．時則有錢夢臯、康丕揚為之首．庚戌、辛亥之交、在朝者豈無君子？而一雜以小人、則大貪之淮撫可保、極險之銓佐可阿、直節可摧、清流可放．時則有史記事、徐縉芳等為之首．壬子、癸丑之交、在朝者豈無君子？而一雜以小人、則學差可擯、考選可排、吏、兵之諸事、可日試以為嘗、考察之把持、可一網以為阱．時則有亓詩教、趙興邦為之首．有如今日、三咨並下、君子進庸矣．而臣竊為先事之慮者、以用人言之、如所引董應舉、高攀龍、史孟麟、李邦華、熊明遇、魏允中等二十餘人、類皆磊落奇才．如必借此相引、積橫之貪邪、亦思梯架於月旦、窮凶之醜類、尚留春夢於餘灰、將朝廷大公之盛舉、翻作臣子市德之私緣、臣之所謂不得不慮也．以『移宮』言之、如方震孺、毛士龍等十有餘章、闡發既明．在科臣楊漣潔志遠嫌、不難聽召用於他日．臺臣賈繼春質心愛主、何妨付定論於國人．若復侈談羽翼、追憶几筵、欲埽疑端、愈增滋蔓、又臣之所謂不得不慮也．臣請約言之、銓除在真品、毋容夾雜以同升；朝論在輿評、毋輕出言以佐鬬．國家要以邊事為首務、毋自起室內之戈．今日終以君德為大本、毋徒為將順之節．」
三月、起劉宗周禮部主事、王之寀刑部主事、高攀龍光祿寺丞．
八月、給奉聖夫人客氏地．以陵工成、命敍錄魏進忠．御史王心一、馬鳴起、吏科給事侯震暘、倪思輝、朱欽相等、先後糾之．降調有差．
二年春正月、起吏部郎中趙南星為太常寺卿．
三月、禮科惠世揚疏參輔臣沈㴶：「借募兵之名、為護身之術．陰使其黨晏日華潛入大內、誘劉朝等練兵、再見江彬之事．外戚鄭養性厚募死士、有違祖制．」不聽．御史侯震暘亦以劾㴶調外．六月、刑部尚書王紀奏劾輔臣沈㴶「巧能移人主之視聽、力足倒天下之是非．交結權黨、誅鋤正士．黃臺瓜詞已賦、同文館獄將興」．又曰：「臣指其蔡京、而㴶不肯受．試取惠世揚、周朝瑞、魏大中、董羽宸等疏、一一讀之．則京之為京、隱括於此矣．」上以煩言責之．㴶尋予告回籍、紀革職為民．
八月、以楊漣為太常寺少卿．
兵科給事朱童蒙疏劾都御史鄒元標、副都御史馮從吾建壇講學、醵金立院之非．標等上疏自理、上優詔答之．工科給事郭興治復劾、內有「比擬妖賊」諸語．上責其狂悖、奪俸．於是元標、從吾五疏乞休．元標即移家出城、遂予告、馳驛去．
翰林修撰文震孟上言勤政講學之實、留中．庶吉士鄭鄤疏促之、俱降調．太僕少卿滿朝薦上言：「國事顛倒、成於陛下者什之一二、成於當事大臣者十之八九．」疏入、除籍為民．
十一月、以趙南星為都察院左都御史．
十二月、以顧秉謙、魏廣微為大學士、入閣辦事．
三年二月、奪御史周宗建俸．南京御史徐世業劾宗建保舉熊廷弼．宗建疏辨、詞連郭鞏、有「結交宮闈、獻媚進忠」之語．中旨切責．
冬十月、以楊漣為右僉都御史、協理院事．
四年二月、推南京吏部尚書鄒元標、中旨以衰老罷之．
夏四月、吏部尚書趙南星上言：「吏部四司、惟稽勳司一人、餘司皆二人、以稽勳事寡也．然今日之稽勳、皆儲為文選、考功之用、宜就近推補司官、不拘資格、一省不妨二人．」引陸光祖調吏部呂坤、黃克念等同邑同司之例為言．上從之．於是南星調職方司郎中、鄒維璉為稽勳、主外察．維璉與原任主事吳羽文皆江西人、羽文遂拘舊事求去、維璉亦不敢履任．刑科傅櫆疏侵之、羽文求去益堅、維璉亦上疏力辭．櫆復疏以僉都御史左光斗、吏科都給事魏大中交通故內監王安、中書汪文言．詔下文言於獄、嚴訊之．光斗上疏自理、大略謂：「櫆之意、不利於稽勳有鄒維璉、銓司有程國祥、吏垣有魏大中、故欲一網去之．」且指其「冒東廠理刑傅繼教為兄弟、布置窟穴」．大中亦上疏辨．得旨、命大中赴任供職．御史袁化中、給事中甄淑相繼為光斗辨．大學士葉向高請骸骨、疏曰：「臣十八疏乞歸、皇上維時艱主憂、臣即去何安？顧臣罪戾多矣．即如科臣傅櫆所論、汪文言實臣具題．左光斗、魏大中之善文言、尚屬曖昧、而臣之用文言、則事跡甚明．臣取罪之故、當聽公論、不敢妄辨、以滋紛紜．耿耿愚忠、竊謂言官之訐奏、釁不可開、駕帖之拏人、漸不可長．惟皇上罪臣一人、而稍寬其他、於以釋官府之嫌、消搢紳之禍．」上慰諭留之．已而大中既涖任、復傳旨詰責大中：「櫆情事未明、何得赴任！」櫆乃上言：「明旨不宜二三、中旨恐開旁竊．」糾近臣以自解．
七月、大學士葉向高予告回籍．向高再入相、政移忠賢．同事者更希意阿旨、向高動即掣肘．楊漣二十四罪疏上、忠賢恨刺骨．御史林汝翥忤璫、羣璫圍向高第索之．向高知時不可為、發憤決去．疏三十三上、後得請．左都御史高攀龍糾劾貪污御史崔呈秀、落職回籍．呈秀巡按淮陽、有狼籍聲．吏科都給事魏大中發其餽遺、攀龍因回道考察、劾罷之．已而呈秀以魏璫義子起用．
冬十月朔、有事太廟、輔臣魏廣微不至、魏大中糾其無禮、指稱：「惟奢安不拜正朔．」廣微深銜之、上疏自辨．御史李應昇復疏糾之、謂「廣微不可見乃父於地下」．廣微見疏恚甚．廣微父、魏允貞也、嘗為諫官、得罪閣臣去．
降吏科都給事魏大中、吏部員外郎夏嘉遇、御史陳九疇三級、調外．吏部尚趙南星、左都御史高攀龍乞罷、許之．給事中沈惟炳疏救、不允、亦調外．時推山西巡撫、南星以太常卿謝應祥沈靜有為、欲以處之、言於員外夏嘉遇．嘉遇述其意於河南道御史袁化中、化中深然之．及化中途逢大中、告以故．先是、應祥令嘉善、大中知其才守、遂會推焉．陳九疇有私恨、遂論應祥昏耄、大中以門牆私之．互相奏辨、有旨會勘．吏部坐臺臣「論人失實」上、中旨以「比周」切責之、降大中等．於是南星、攀龍皆引罪去．大學士韓爌力救、不聽、引疾歸．已而刑部尚書喬允升、吏部侍郎陳于庭、都御史楊漣、左光斗、太常卿謝應祥、部屬張光前、鄒維璉、科、道袁化中、許譽卿等、一時盡黜、部署皆空．戶科給事中陶崇道上言：「諸臣各執成見、無不異同、尤望皇上盡入陶鎔、化其畛域．而天語頻煩、責以朋比．彼此之互異既章、水火之情形立見．虞廷黜陟、不過賢奸；唐、宋末流、可為殷鑑．」疏入、降調．
十二月、起徐兆魁為吏部左侍郎、朱童蒙、郭允厚、李春燁太僕寺少卿、徐大化、呂雲鵬、孫杰大理寺寺丞、霍維華、郭興治、楊維垣等皆科、道．以御史梁夢環追論、復逮汪文言．自是羅織靡已、楊漣、魏大中相繼斃於獄．御史李蕃疏劾輔臣朱國禎．時韓爌既去、魏廣微未得為首輔、嗾蕃劾之．
五年秋八月、御史張訥請廢天下書院．
殺熊廷弼．初、楊、左事起、以「移宮」為案、但屬楊、左、與顧大章等無與也．已、復改為封疆、周朝瑞曾疏薦廷弼、而顧大章與楊維垣相疏辨、與楊、左又無與也．乃以封疆牽入「移宮」、於是一網盡矣．
七年八月、上崩、無嗣、遺命以信王入繼大統．誅魏忠賢、客氏、其黨相繼伏法．
冬十月、吏科都給事中陳爾翼上言：「東林餘孼、徧布長安、每欲因事起釁、憂不在小．乞敕下廠、衞、嚴緝禁之．」上曰：「羣臣流品、先帝澄汰已分．朕初御極、嘉與士大夫臻平康之理、毋事揣摩形影、以滋爭競．」
十一月、戶部員外王守履劾崔呈秀、薦舊輔韓爌．上以韓爌清忠有執、下所司知之．
懷宗崇禎元年春正月、翰林院編修倪元璐上言：「臣入都見邸抄、凡攻崔、魏者、必引東林為並案．一則曰『邪黨』、再則曰『邪黨』．夫崔、魏而既邪黨矣、向之劾忠賢、論呈秀者、又邪黨乎？虛中言之、東林則亦天下之才藪也．其所宗主者、大都秉清挺之標、而或繩人過刻；樹高明之幟、而或持論太深；此之謂非中行則可、謂之非狂狷則不可．且天下之議論、寧涉假借、而必不可不歸於名義；士人之行己、寧任矯激、而必不可不準諸廉隅．自以假借矯激深咎前人、而彪虎之徒、公然毀裂廉隅、背叛名（教）［義］矣．連篇頌德、匝地生祠．夫頌德不已、必將勸進；生祠不已、必且嵩呼；而人猶寬之曰『無可奈何』．嗟乎！充一無可奈何之心、又將何所不至哉！議者論以忠厚之心曲原此輩、而獨持已甚之論苛責吾徒、亦所謂悖也．今大獄之後、湯火僅存、恩論酌用．乃任事諸臣、猶以『道學封疆』四字、持為鐵案、深防報復、臣竊以為過計也．水落石出、正人相見、總屬崔、魏之異己、即可化牛、李為同心．況年來借東林以媚崔、魏者、其人自敗、不須東林報復．若其不附崔、魏、又能攻而去之者、其人既已喬嶽矣、雖百東林烏能報復哉！臣所謂方隅未化也．韓爌清忠有執、聖諭鑑知．而廷議殊有異同、則徒以票擬熊廷弼一事耳．夫封疆失事、累累有徒、而時議獨殺一廷弼、豈平論哉！此爌之所以閣筆也．然廷弼不死於封疆而死於局面、不死於法吏而死於奸璫、則又不可謂後之人能殺廷弼、而爌獨不能殺之也．詞臣文震孟三月居官、昌言獲罪、有人如此、雅謂千秋．而起用之旨再下、悠謬之談日甚、豈以其前兄從龍不逞之事乎？夫賢愚相越、古今多有、不聞柳下惠膺盜跖之誅、司馬牛受向魁之罰、臣所謂正氣未伸也．總之、臣論不主調停、而主別白、不爭二臣之用舍、而爭一日之是非．至於海內講學書院、凡經逆璫矯旨毀拆者、俱宜葺復如故．蓋書院、生祠相為勝負、生祠毀、書院豈不當復哉！」疏入、上不納．御史楊維垣以詞臣持論之偏、疏駁之．元璐復上言：「維垣疏臣持論甚謬、怪臣盛稱東林、以東林之尊李三才而護熊廷弼也．然亦知東林中有首參魏忠賢之楊漣、提問崔呈秀之高攀龍乎？且當時於三才特推其揮霍之略、未嘗不指之為貪．於廷弼特未即西市之誅、未嘗不坐之以辟、則猶未為失論失刑也．今忠賢窮凶極惡、維垣猶曰『廠臣公、廠臣不愛錢、廠臣為國為民』、而何況三才！虎彪結交近侍、律當處斬、初擬止於削奪、維垣不聞駁正、又何況廷弼！而以臣為謬、臣不受也．維垣又怪臣盛稱韓爌、夫舍爌觸璫嬰禍之跡、加以說情罔利、已非矣．如廷弼特票免一梟、未赦而欲用之也．至廷弼行賄之說、逆璫借為楊、左諸人追贓地耳．維垣奈何尚守是說乎？而以臣為謬、臣不受也．維垣又怪臣盛稱文震孟、夫震孟臣不更論、即如王紀清正著聲、以參沈㴶忤逆璫而譴斥、震孟則以薦王紀而降削、均得罪於逆璫者也．維垣試觀數年來破帽策蹇之輩、較超階躐級之儔、孰為榮辱？自此義不明、於是畏破帽策蹇者相率為頌德生祠、希蟒玉馳驛者、遂呼父呼九千歲而不顧．而以臣為謬、臣不受也．維垣又怪臣盛稱鄒元標、夫謂都門聚講為非宜、則可；謂元標講學有邪謀、則不可．逆璫毀書院、逐正人、箝學士大夫之口．自元標以偽學見驅、而逆璫遂真儒自命、學宮之席、儼然揖先聖為平交、使元標諸人在、豈遂至此！而以臣為謬、臣不受也．維垣又極力洗發臣『假借矯激』四字．夫崔、魏之世、人皆任真率性為頌德生祠、使有一人假借而不頌不祠、豈不猶賴是人哉！（而）［非］謂東林之名義盡假［借］也．東林自鄒元標、王紀、高攀龍、楊漣外、如顧憲成、趙南星、馮從吾、陳大受、周順昌、魏大中、周起元、周宗建等之真理學、真骨力、真氣節、真清操、真吏治、豈有所矯激假借而然？而曰臣大謬、臣益不受也．維垣以［為］真小人待其貫滿可攻去之、崔、魏之貫滿久矣、不遇聖明、誰攻去之？維垣終以無可奈何之時、為頌德生祠者解嘲．假令呈秀舞蹈稱臣於逆璫、諸臣亦以為不可異同而舞蹈稱臣乎？又令逆璫以兵劫諸臣使從叛逆、諸臣便亦畏而從之、以為適值無可奈何之時乎？維垣又言：『今日之忠直、不當以崔、魏為對案．』臣謂正當以崔、魏為對案也．夫品節試之於崔、魏而定矣．有東林之人、為崔、魏所恨、必欲殺之逐之、此正人也．有攻東林之人、雖為崔、魏所借、而勁節不阿、或逐或遠、此亦正人也．以崔、魏定邪正、譬之以明鏡別妍媸．而揭揭代逆璫分謗、臣願維垣之熟計之也．」上是之．時元璐屢言事、大學士來宗道常曰：「渠何事多言？吾詞林故事、惟香茗耳！」時謂宗道「清客宰相」．
五月、御史袁弘勳劾大學士劉鴻訓：「一入黃扉、揚揚自得．浹旬之間、革職閒住無虛日．最可異者、楊所修、賈繼春、楊維垣、夾攻表裏之奸、有功無罪而誅鋤禁錮、自三臣始．且軍國大事、未暇平章、惟亟毀《要典》．謂水火玄黃、是書為祟．今燬矣、水火玄黃息耶戰耶？未燬以前、崔、魏借之以空善類；既燬以後、鴻訓又借之以殛忠良．以暴易暴、長此安窮！」鎮撫司僉書張道濬亦訐攻鴻訓．工科給事中顏繼祖爭之、且言：「道濬出位亂政、非重創不止．」御史史𡎊、高捷相繼彈鴻訓、鴻訓尋以事罷歸．
十一月庚申、會推閣員吏部侍郎成基命、禮部侍郎錢謙益等．禮部尚書溫體仁訐謙益、天啓初主試浙江、賄中錢千秋、不宜枚卜．上召廷臣及體仁、謙益於文華殿、質辨良久．上曰：「體仁所參『神奸結黨』、誰也？」曰：「謙益黨與甚衆、臣不敢盡言．即枚卜之典、俱自謙益主持．」吏科給事中章允儒曰：「體仁資深望輕、如糾謙益、何不先於枚卜也？」體仁曰：「前猶冷局、今卜相事大、不得不為皇上慎用人耳．」允儒曰：「朋黨之說、小人以陷君子、先朝可鑑．」上叱之、下錦衣衞獄、削籍．禮部以錢千秋試卷呈、上責謙益、引罪而出、旋回籍、除名為民．下千秋於刑部．周延儒曰：「自來會推會議、皆故事、僅一二人主持、餘無所言．即言出、而禍隨之矣．」上大稱善、遂停枚卜、卒用延儒．延儒力援體仁、明年亦入政府．初、延儒以召對稱旨、至是、枚卜、謙益必欲得之、而慮以延儒同推、勢必用延儒、遂力扼止之．不知上果意在延儒、不推適滋上疑耳．於是黨同之疑、中於上者深．體仁發難、而延儒助之、謙益不知也．忽蒙召對、謙益自為枚卜定於此日．及入見、方知有體仁疏．體仁與謙益廷辨、體仁言如湧泉、而謙益出不意、頗屈．
二年春正月、定逆案．
召廷臣於文華殿．先是、御史毛九華劾禮部尚書溫體仁有媚璫詩刊本．上問體仁、體仁謂出自錢謙益誣論．又出御史任贊化參體仁疏、其語褻、上不懌、謫贊化於外．御史吳甡言：「因溫體仁前削章允儒、降房可壯、瞿式耜、今又斥任贊化、班行無色．乞召還言官．」不聽．
三年五月、左諭德文震孟上言：「呂純如羅織諸賢、今藉奧援、思借邊才起用．吏部尚書王永光假竊威柄、年例變亂祖制、考選擯斥清才．」疏入、命指實具奏．永光有清執、東林以其異己、給事中張國維、御史毛羽健等交劾之．俱不問．至是、震孟再糾之．
四年春正月、翰林院編修黃道周疏救錢龍錫、調外．初、定魏、崔逆案、輔臣錢龍錫主之．袁崇煥之獄、御史史力謀借崇煥以報龍錫、因龍錫以囉及諸臣、周延儒、溫體仁主之．欲發自兵部、而尚書梁廷棟不敢任．又上英察、不能遽起大獄也．道周疏上、延儒意稍解．時大學士韓爌亦被劾歸．
二月、給事中葛應鬥糾御史袁弘勳、錦衣衞都督同知張道濬、通賂竊權．命下理．弘勳受參將胡宗明、主事趙建極賄、囑於兵部尚書梁廷棟、吏部尚書王永光．弘勳、道濬、皆永光所任也、俱論戍．刑科給事中吳執御論永光誨貪崇墨、永光罷．
五月、釋故大學士錢龍錫獄、戍定海衞．龍錫出獄、周延儒即過之、極言上怒甚、挽回殊難、龍錫深德之．未幾、溫體仁至、龍錫因述延儒語．體仁曰：「上固不甚怒也．」於是聞者謂體仁質直而延儒虛偽、然亦體仁之巧於擠延儒也．嘉善錢士升為龍錫門生、聞體仁語、頗多之、而輕延儒、體仁遂與相結．
五年春正月、刑科給事中吳執御奏薦黃克纘、劉宗周等、御史吳彥芳奏薦李瑾、李邦華等．上以其朋比、惡之、下彥芳、執御於理．坐上書不以實律、杖為城旦．
六年三月、刑科都給事陳贊化劾大學士周延儒「招權納賄、遊客李元功借勢威人．延儒嘗語去輔李標事云：『上先允放、余封還原疏、上即改留．頗有回天之力、今上羲皇上人也．』此是何語、豈徒小人之輕泄乎！至指借停刑、以罔賄利、此固通國所共聞也」．且引刑科給事李世祺為證．世祺亦奏延儒有此言．不問．戶科給事中朱文煥亦劾延儒「重荷國恩、毫無補救」．六月、大學士周延儒罷．始、溫體仁與延儒深相結納、延儒力援之以進．至是、體仁將奪其位、太監王坤疏攻延儒、體仁無一語相助．於是陳贊化屢糾延儒、即「羲皇上人」一語、窮究不已．體仁知上意、凡與延儒為難者、必陰助之、而助延儒者皆詘．延儒放歸．
七年三月、召大學士何如寵入朝、在道屢引疾、不許．刑科給事中黃紹傑奏言：「從來君子小人、不能並立．如寵徘徊瞻顧、則次輔溫體仁當知所自處矣．自體仁為相、水旱洊臻、盜賊滿路、燮理固如是乎？秉政既久、窺旨必熟．中外諸臣、承奉其意．用一人、則曰：『此與體仁不合也．』行一事、則曰：『此體仁所不樂也．』凡此、皆召變之由．乞命體仁引咎辭位、以回天心、慰民望．」上責其率妄、調外．
八月甲戌、召廷臣於平臺、問誰堪冢宰總憲者、令各給條對．吏部左侍郎張捷曰：「臣之所舉、與衆不同．」上許之．勳戚在殿西室、文臣在殿東室．捷旁皇四顧、大學士王應熊目屬之、諸臣覺其異．及問所薦、則前兵部呂純如也．時諸臣或舉鄭三俊、勳戚亦如之．或舉唐世濟．捷曰：「總憲世濟可、冢宰非純如不可．」俄入奏、力言純如之長．諸臣以純如列逆案、不可．刑科給事中姜應申言之尤力、捷失色．上問溫體仁、對曰：「謝陞可．」上是之．應熊故善周延儒、而純如又與延儒善者、故體仁陰持之．給事中范淑泰、吳甘來交章劾王應熊、張捷同謀黨附、計翻逆案．乙亥、召南京吏部尚書謝陞為吏部尚書、以唐世濟為左都御史．
八年夏六月、刑部主事吳江、給事中何楷、宋學顯、御史張纘曾各劾大學士溫體仁、并及王應熊．初、流盜陷中都、巡撫楊一鵬、巡按吳振纓被劾．而振纓體仁鄉人、曲庇之．時何吾騶亦與應熊不合、錢士升力劑其間、得解．
秋七月、進少詹事文震孟為禮部左侍郎兼東閣大學士．震孟講《春秋》稱旨、既而以疾告、不允．溫體仁語之曰：「行相君矣、何避也！」至是、出特簡入政府．
十一月、大學士何吾騶、文震孟罷．初、吾騶、震孟在直、欲以工科給事許譽卿補南京太常卿、溫體仁與吏部尚書謝陞難之．陞遂疏糾譽卿．震孟自恃特簡、於體仁無所依附．嘗與體仁論庶吉士鄭鄤當遷除、大拂體仁意．至是、票陞疏、止欲奪譽卿俸、體仁不肯．震孟作色擲筆曰：「即削籍無害！」體仁夕揭上、而吾騶、震孟朝罷矣．譽卿擊璫有直聲、沈淪諫垣、十年不調、至是削籍．震孟有時望、入相僅三月而齟齬同官、不竟其用．
逮庶吉士鄭鄤．鄤繼母、大學士吳宗達女弟也．鄤薄於宗達、宗達嘗揭其杖母烝妾．震孟既忤體仁、體仁併恨鄭鄤、即以宗達所揭入告、下獄．
九年二月、吏部尚書謝陞疏救陳子壯、不聽．先是、子壯以論宗秩事下獄．
巡按蘇、松、常、鎮御史王一鶚奏薦周延儒等、以濫及廢籍、責之．
夏四月、大學士錢士升罷．初、溫體仁深結士升、其入相也、體仁凡有所為、必力推之．如用冢宰謝陞、總憲唐世濟、皆體仁意、而士升成之．體仁逐文震孟、頗引士升為主、士升亦助體仁．至是、體仁并欲去士升、因福建右衞經歷吳鯤化訐奏士升弟士晉、即擬嚴旨．仍囑林釬毋泄言、欲借弟以逐其兄也．士升遂引歸．
五月、逮滋陽知縣成德、下錦衣獄．德性剛激、入前大學士文震孟之門．至是、連章攻溫體仁、凡十上、盡發其奸狀．母張氏、伺體仁輿出、輒道詬之．德移獄刑部、戍延綏．
秋七月、國子祭酒倪元璐免．元璐與同邑左庶子丁進不合、嗾誠意伯劉孔昭訐奏也．
十一月、下左都御史唐世濟於獄．世濟以邊才薦故兵部尚書霍維華．上謂維華逆案、世濟蒙蔽、下刑部獄．明年正月、霍維華戍沒．
十年春正月、常熟章從儒訐奏前禮部右侍郎錢謙益、科臣瞿式耜．疏上、溫體仁修郄、逮之下刑部獄、幾殆．謙益嘗作《故太監王安祠記》、曹化淳出王安門、憤其寃、發從儒陰謀、立枷死．謙益等尋得釋．
二月、逮巡按山西御史張孫振．初、提學僉事袁繼咸守官奉公、自書卷外無長物．孫振貪穢不職、誣奏之．貢士衞周祚等訟其寃．命并孫振逮訊．
三月、陸文聲陳「風俗之弊、皆原於士子．太倉庶吉士張溥、前臨川知縣張采、倡復社以亂天下」．命南直提學御史倪元珙覈奏．元珙因極言文聲之妄．上責其蒙飾、降光祿寺錄事．溥、采為古學以相砥礪、天下靡然鄉風、不為政府所悅、故朝論多苛及之．時蘇州推官周之夔、亦訐奏溥等樹黨挾持．
夏四月、兵科給事中宋學顯、貴州道御史張盛美俱例轉湖廣、河南參議．撫寧侯朱國弼劾溫體仁、私左都御史唐世濟、逐學顯、盛美．上不聽．又劾體仁受霍維華賂、令唐世濟發端．上慰諭體仁、奪國弼侯爵、世濟亦戍邊．
六月、大學士溫體仁引疾免、賜金幣、遣行人吳本泰護歸．體仁在事、諸臣攻者無虛日．體仁與舉朝為仇、其庇私黨排異己、未嘗有跡、但因事圖之、使若發自上者、而主炳陰為所假、上竟不之疑．
八月、以薛國觀為禮部左侍郎兼東閣大學士．
十月、定東宮官屬．右諭德項煜、編修楊廷麟讓左諭德黃道周．閣臣以道周意見偏、上疏有「不如鄭鄤」之語．寢之．刑科給事中馮元飈言：「道周忠足以動聖鑒、而不能得執政之心、恐天下後世有以議閣臣之得失也．」不聽．已而道周疏劾楊嗣昌奪情、謫外．
十一年八月、南京戶科給事張焜芳論前巡鹽兩淮御史史𡎊侵帑三十餘萬．命逮𡎊下刑部．先是、巡鹽御史張錫命憂去、遺課二十一萬．𡎊攝事、盡入其家．檢討楊士聰攻之、𡎊諉橐錫命．時錫命前卒、子沆奏辨、大學士錢士升擬旨罪𡎊．王應熊曰：「史太僕大有才、未易攖也．」擬上、上果不聽．至是、𡎊復奏辨、又發張焜芳朋黨狀、焜芳奪官．
十二年六月、以左懋第、袁愷、陰潤、藺剛中、范士髦為給事中、詹時雨、李近右、汪承詔、張緒論、楊四重為試監察御史、吳昌時等並各部主事．昌時首選吏部．疏上、上自手定先後、示不測．昌時謂薛國觀所為、恨之．
八月、故庶吉士鄭鄤磔於市．先是、中書舍人許曦訐奏鄤不孝瀆倫、與溫體仁疏合．法司定罪擬辟、上命加等．鄤初選庶吉士、有直諫聲、文震孟、黃道周皆與之遊．當時欲借鄤以傾震孟、道周、讞駁逾重．而鄤居鄉多不法、遂罹慘禍．
十三年夏四月、巡撫江西右僉都御史解學龍、薦舉布政司都事黃道周．上以道周黨邪亂政、學龍徇私、俱逮下理、廷杖論戍．戶部主事葉廷秀請寬之、併杖削籍．監生涂仲吉上言：「黃道周通籍二十載、半居墳廬．稽古著書、一生學力、止知君親．雖言嘗過戇、而志實忠純．今喘息僅存、猶讀書不倦．此臣不為道周惜、而為皇上天下萬世惜也．昔唐太宗恨魏徵之面折、至欲殺而終不果．漢武帝惡汲黯之直諫、雖遠出而實優容．皇上欲遠法堯、舜、奈何出漢、唐主下！斷不宜以黨人輕議學行才品之臣也．」通政司格之不上、仲吉并劾通政使施邦曜遏抑言路、再救道周．上怒、下獄杖之、論戍．
六月、大學士薛國觀免．初、國觀以溫體仁援、得入閣．同官六人皆罷、獨國觀秉政至首輔、上頗向用之．至是、因擬諭失旨、下五府、九卿議處致仕．刑科給事中袁愷再疏劾之、言：「國觀納賄有據．」并及尚書傅永淳、侍郎蔡奕琛等．遂下鎮撫司訊．初、上召國觀、語及朝士婪賄．對曰：「使廠、衞得人、朝士何敢黷貨！」東廠太監王化民在側、汗出浹背．於是專偵其陰事、以及於敗．國觀既削籍、吏部尚書傅永淳、南京吏部尚書朱繼祚並免．下左副都御史葉有聲於獄、以通賄國觀也．時株連頗衆．十二月、國觀奏辨．不聽、命入京即訊．
十四年春正月、故大學士薛國觀奏辨刑科給事中袁愷誣劾、出於禮部主事吳昌時之意．上不聽．
夏四月、召前大學士周延儒、張至發、賀逢聖入朝．至發辭不出、逢聖不久以病歸．初、延儒既罷、丹陽監生賀順、虞城侯氏、共斂金、屬太監曹化淳等營復相．至是、得召用、主事吳昌時之力居多、延儒德之．
六月、故刑部右侍郎蔡奕琛在繫上言：「去夏六月、同邑諸生倪襄、贄於庶吉士張溥之門、歸語知縣丁煌、誇溥大力、可立致人禍福、因言及臣旦夕必逮．未幾、而王陛彥果劾臣矣．一里居庶常、結黨昭權、陰握黜陟之柄、豈不異哉！」上令丁煌指證、下倪襄於獄．既而奕琛亦劾張溥、并及故禮部侍郎錢謙益．
八月辛亥、故大學士薛國觀賜死、誅中書舍人王陛彥、各籍其家．初、國觀以王陛彥通賂免官、命伺其邸、則王陛彥至、執下獄．陛彥為吳昌時甥、臨刑呼曰：「此舅氏所作、我若有言、即累名教矣．」時國觀事發於東廠、僉云昌時實啓其機．
十二月甲子、戍黃道周、解學龍．初、刑部尚書劉澤深擬道周瘴戍、再奏不允．因上言：「道周之罪、前兩疏已嚴矣．至此、惟有論死．死生之際、臣不敢不慎也．自來論死諸臣、非封疆則貪酷、未有以建言誅者．今以此加道周、道周無封疆貪酷之失、而有建言蒙戮之名．於道周得矣、非我皇上覆載之量也．且皇上所疑者黨耳、黨者見諸行事．道周具疏空言、一二臣工、始未嘗不相與也．今且短之、繼而斥之、烏有所謂黨、而煩朝廷之大法耶！去年行刑時、忽奉旨停免．今皇上豈有積恨於道周、萬一轉圜動念、而臣已論定、噬臍何及？敢仍以原擬上．」上從之．
十五年夏四月、宥馬士英、起兵部左侍郎兼右僉都御史、提督鳳陽．士英初撫宣大、以總監王坤論罪．至是、故太常少卿阮大鋮為營救、得起用．
八月、召還黃道周、仍任少詹事．時周延儒承上眷最深、凡上怒莫能回、延儒能談言微中．先是、道周在獄、人謂必不可救．延儒以微詞解之、得減放．至是、上偶言及岳飛事、歎曰：「安得將如岳飛者而用之？」延儒曰：「岳飛自是名將．然其破金人事、史或多溢辭．即如黃道周之為人、傳之史册、不免曰其不用也、天下惜之．」上默然．甫還宮、即傳旨復官．
十六年三月、改禮部儀制主事吳昌時為吏部文選主事、署郎中事．昌時好結納、通司禮太監王化民等、欲轉銓司．吏部尚書鄭三俊嘗以問鄉人徐石麒、答曰：「君子也．」三俊遂薦於上．蓋石麒畏昌時機深、故譽之、而三俊不知．
例轉給事中范士髦等四人、御史陳藎等六人．故事、例轉科一道二、文選主事吳昌時特廣其數、意脅臺、省、為驅除地也．
夏四月、河南道御史祁彪佳劾吳昌時紊制弄權．山東道御史徐殿臣、賀登選各疏參之．
五月、吏部尚書鄭三俊以薦吳昌時引咎罷、大學士周延儒放歸．給事中郝絅復劾吏部郎中吳昌時、禮部郎中周仲璉「竊權附勢、納賄行私．內閣票擬機密、每事先知．總之、延儒天下之罪人、而昌時、仲璉又延儒之罪人」．御史蔣拱宸、何綸交劾之．七月乙卯、上自訊昌時於中左門、拷掠至折脛乃止．徵延儒聽勘、延儒先薦大學士王應熊、途中密語、令先抵京．上遣緹騎趨延儒入、偵知之．罷應熊、尋誅昌時、賜延儒死．初、延儒再召時、庶吉士張溥、馬世奇以公論感動之、故其所舉措、盡反前事．向之所排、更援而進之、上亦虛己以聽．溥既沒、世奇遠權勢不入都．延儒左右、皆昌時輩、以至於敗．
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