太祖洪武二年冬十月、上欲以楊憲為丞相、問劉基．基素與憲厚、以為不可．上怪之、基曰：「憲有相才、無相器．夫宰相者、持心如水、以義理為權衡、而己不與焉者也．今憲不然、能無敗乎！」上曰：「汪廣洋何如？」基曰：「此褊淺．」上曰：「胡惟庸何如？」基曰：「小犢耳、將僨轅而破犁．」上曰：「吾之相、無踰于先生．」基曰：「臣非不自知．臣疾惡太深、又不耐繁劇、為之、且負大恩．天下何患無才、願明主悉心求之．如目前諸人、臣誠未見其可也．」
六年秋七月、以胡惟庸為中書左丞相．
八年夏四月、誠意伯劉基卒．初、上既相胡惟庸、基大慼曰：「使吾言不騐、蒼生之福也；言而騐者、其如蒼生何！」因憂憤增疾．基嘗為上陳甌、閩事．蓋甌、閩之間、有隙地曰淡洋、其南抵閩界曰三魁、為鹾盜藪、方氏所由亂、基奏于其地立巡檢司以控扼之．其姦民弗便也、相率挾逃戍之卒以叛、而大豪復陰持其窔．基使子璉上書奏之、而不先白中書省．惟庸故銜基、使刑部尚書吳雲劾之、以淡洋踞山海有王氣、欲圖為墓地、民勿與、則建立司之策以窘其人、致激變．疏入、上下有司、惟庸請加以重辟、又欲逮基子璉獄．上皆不問、而第令移文使基知．基乃馳入朝見上、不敢辨、惟引咎自責而已、亦不敢言歸．俄有疾、惟庸覘上念基怠、乃陽為好者、以正月朔、挾醫來視疾．基飲之、覺有物積胸中如拳石．間以白上、上不省也．又三月、浸劇．使使問之、知不能起、驛舟護歸青田．亡何、竟卒．
十三年春正月、左丞相胡惟庸謀不軌伏誅．自楊憲、汪廣洋既敗、惟庸總中書政、專生殺黜陟、以恣威福．內外諸司封事入奏、惟庸先取視之、有病己者、輒匿不聞、由是奔競之徒趨其門下．魏國公徐達深嫉其奸邪、常從容言于上、惟庸銜之．達有閽者福壽、惟庸陰誘致為己用、為福壽所發．惟庸故起家寧國令、時太師李善長秉政、惟庸餽遺善長黃金二百兩、遂得召入為太常卿、累遷中書參政、遂與善長深相結、以兄女妻善長從子祐、貪賄弄權、益無所忌．一日、其定遠舊宅井中忽出竹笋、出水高數尺、諛者爭言為丞相瑞應、又言其祖父三世塚上、夜有光燭天、于是惟庸稍自負、有邪謀矣．會惟庸家人為奸利事、道關、榜辱關吏、吏奏之．帝怒、殺家人、惟庸謝不知．帝又究故誠意伯死狀、惟庸懼且見發、乃計曰：「主上草菅勳舊臣、何有我！死等耳、寧先發、毋為人束手寂寂．」而是時吉安侯陸仲亨、平涼侯費聚者、常犯法、帝切責之．二人懼、惟庸陰以權利脅誘之．二人素戇勇、又見惟庸用事、因與往來、久之益密．惟庸與御史大夫陳寧坐省中、閱天下軍馬籍、令都督毛驤取衛士劉遇寶及亡命魏文進等為心膂、曰：「吾有用爾也．」太僕寺丞李存義、善長之弟、惟庸之壻父也、以親故、往來惟庸家、惟庸令存義陰說善長以邪謀．惟庸又使指揮林賢下海招倭軍、約期來會、又遣元臣封績致書、稱臣于元、請兵為外應、皆未發．會惟庸子乘馬奔入輓輅中、馬死、惟庸殺輓輅者．上怒、命償其死．惟庸逆謀益急．而是時日本貢使適私見惟庸、惟庸約其王、令以舟載精兵千人、偽為貢者、及期、會府中力士掩執帝、度可取取之；不可、則掠庫物泛海就日本、有成約．
正月戊戌、惟庸因詭言第中井出醴泉、邀帝臨幸、帝許之．駕出西華門、內使雲奇衝蹕道、勒馬銜言狀、氣方勃、舌駃不能達意．太祖怒其不敬、左右撾捶亂下．雲奇右臂將折、垂斃、猶指賊臣第、弗為痛縮．上悟、乃登城望其第、藏兵複壁間、刀槊林立．即發羽林掩捕、考掠具狀、磔于市、并其黨御史大夫陳寧、中丞涂節等皆伏誅、僚屬黨與凡萬五千人、株連甚眾．羣臣請誅李善長、陸仲亨等、上曰：「朕初起兵時、李善長來謁軍門曰：『有天有日矣．』是時朕年二十七、善長年四十一．所言多合吾意、遂命掌書記、贊計劃．功成、爵以上公、以女與其子．陸仲亨年十七、父母兄弟俱亡、恐為亂兵所掠、持一升麥藏于草間、朕見之、呼曰：『來！』遂從朕．既長、以功封侯．此皆吾初起時股肱心膂、吾不忍罪之、其勿問．」
癸卯、詔罷中書省、陞六部官秩．倣古六卿之制、改大都督府為中、左、右、前、後五軍都督府．《祖訓》云：「自古三公論道、六卿分職、不聞設立丞相．自秦始置丞相、不旋踵而亡．漢、唐、宋雖有賢相、然其中多小人專權亂政．今罷丞相、設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門、分理天下庶務、事皆朝廷總之．」
十二月、致仕學士承旨宋濂以孫慎坐胡惟庸黨被刑、籍其家、械濂至京．上怒、欲誅之、皇后諫曰：「民間延一師、尚始終不忘恭敬．宋先生親教太子諸王、豈忍殺之！且宋先生家居、寧知朝廷事耶？」上意解、濂得發茂州安置．行至蘷州、以疾卒．
十四年春二月、有訴浦江鄭氏交通胡惟庸者．時四方仇怨相告訐、凡指為胡黨、率相收坐重獄．鄭氏素以孝義聞、兄弟六人、吏捕之急、諸兄爭欲行、其弟鄭湜曰：「弟在、乃使諸兄罹刑辟耶！」獨詣吏請行．仲兄濂先有事京師、暨弟至、迎謂曰：「吾家長、當任罪、弟無與焉．」湜曰：「兄老、吾往辨之．萬一不直、弟當伏辜．」二人爭入獄．上聞、俱召至廷、勞勉之、謂近臣曰：「有人如此、而肯從人為非耶！」即宥之、擢湜為福建布政司參議．
二十三年夏五月乙卯、太師李善長自縊、虞部郎中王國用上書訟寃、略曰：「人情之愛其子、必甚于愛其兄弟之子．善長于胡惟庸、姪之親耳、于陛下、則子之親也．使善長佐惟庸成事、亦不過勳臣第一而已矣、太師、國公、男尚主、女納妃而已矣．且善長豈不知天命之不可倖求、當元之季、欲為此者何限？莫不世絕宮污、不保首領、此善長之所熟見也．人年邁、精神意慮鼓舞倦矣．偷安苟容、則善長有之、曾謂有血氣之強暴感動其中也哉？且善長子事陛下、托骨肉無纖芥之嫌．凡為此者、必有深仇急變、大不得己、而後父子之間或至相挾以求脫禍、未有平居晏然、都無形迹、而忽起此謀者、此理之所必無也．若謂天象告變、大臣當災、則殺人以應天象、夫豈上天之意哉！今不幸已失刑、而臣懇惻為陛下明之、猶願陛下作戒于將來也．天下孰不曰：『功如李善長、又何如哉？』臣恐四方之解體也．」不報．國用疏、解縉代草也．
命刑部以肅清逆黨事播告天下、韓國公李善長、列侯胡美、唐勝宗、陸仲亨、費聚、已故侯顧時、陳德、華雲龍、王志、楊璟、朱亮祖、梅思祖、陸聚、金朝興、黃彬、薛顯、都督毛驤、陳萬亮、耿忠、于琥、凡二十人．
二十五年秋八月丙子、靖寧侯葉昇坐交通胡惟庸、伏誅．
太祖洪武十（八）〔二〕年秋八月、命西平侯沐英為征西將軍、率都督藍玉等統兵征西番．玉、開平王常遇春婦弟也、長身頳面、有勇略．從遇春麾下、每戰先登陷陣、所當無前．遇春素稱于上、上亦以遇春故寵異之、累功至都督僉事．至是、同英討西番、擒其渠癭脖子、斬獲以千計、獲馬二萬餘匹、牛羊十餘萬、還、封永昌侯．
十四年秋九月、命永昌侯藍玉以征南副將軍同潁川侯傅友德討雲南、轉戰平之．
二十年春正月、命永昌侯藍玉為右副將軍、同宋國公馮勝襲金山、納哈出降之、併降其眾十餘萬．勝以詿誤召還、即軍中拜玉為大將軍．
二十一年夏四月、大將軍藍玉襲捕魚兒海、獲元主次子地保奴、后妃公主百三十餘人；吳王朶兒只等將相官校三十人、男女七萬、馬駝五萬．上大悅、下璽書褒玉、比之衛青、李靖．
秋七月戊寅、大將軍藍玉遣人送元主次子地保奴及后妃公主等至京．既而有言玉私元主妃事、上大怒、曰：「玉無禮如此、豈大將軍所為哉！」元主妃聞之、惶懼自盡．玉還朝、上切責之、戒以率德改行．
十二月壬戌、封永昌侯藍玉為涼國公．先是、擬封玉梁國公、至是、改封涼、鐫其過于券．
二十三年春正月、西番蠻人復叛、命涼國公藍玉率都指揮瞿能往大渡河邀擊之．玉討平喦川、雜道、克散毛峒、擒土目剌惹等萬餘人、置大水田千戶所．進平施南、忠建二宣撫司叛蠻．還、增歲祿、賜黃金、文綺、尋詔還鄉．
二十四年冬十月、命涼國公藍玉往陝西訓練軍士．
二十五年夏四月、涼國公藍玉捕逃寇祁者孫、遂略西番罕東之地．玉兵入罕東、遣都督宋晟徇阿真州、番眾皆遠遁．而會蜀故降將月魯帖木兒反建昌、使玉移師討之．至則裨將瞿能已大破其眾、月魯帖木兒走柏興．玉以計誘縛其父子、送京師斬之、盡降其餘黨、便宜請增設諸衛、且請籍民為兵．上報設諸衛、而不許籍民．遂班師．
二十六年春正月乙酉、涼國公藍玉謀不軌、伏誅．初、胡惟庸之叛、有稱玉與其謀者．上以其功大、宥不問．後諸老將多沒、乃擢為大將、總兵征伐、甚稱上意．嘗措置陝西邊事、至蘭川、墜馬微傷、手詔慰勞之、比於中山、開平二王．然玉素不學、性復狠愎、見上待之厚、又自恃功伐、專恣橫暴．畜莊奴假子數千人、出入乘勢漁獵．嘗占東昌民田、民訟之．御史按問、玉執御史、捶而逐之．先是、北征還、私其珍寶駝馬無算．度喜峰關、吏以夜、不即納、玉大怒、縱兵毀關而入．上聞之、不樂、併詰責其私元主妃、玉慢不省．嘗見上、命坐或侍宴飲、玉動止傲慢、無人臣禮．及總兵在外、擅陞降將校、黥刺軍士、甚至違詔出師、恣作威福、以脅制其下．至是、征西還、意圖陞爵．及命為太傅、玉攘袂大言曰：「我固不當為太師也！」恒怏怏、不樂居宋、潁二公下．間奏事、上不從、玉懼、退語所親曰：「上疑我矣．」乃謀反．當是時、鶴慶侯張翼、普定侯陳桓、景川侯曹震、舳艫侯朱壽、東莞伯何榮、都督黃恪、吏部尚書詹徽、侍郎傅友文及諸武臣嘗為玉部將者、玉乃遣親信召之、晨夜會私宅謀議、集士卒及諸家奴、伏甲將為變．約束已定、為錦衣衛指揮蔣瓛所告．命羣臣訊狀具實、磔于市、夷三族．徹侯、功臣、文武大吏以至偏裨將卒、坐黨論死者、可二萬人、蔓衍過于胡惟庸．三月辛酉、會寧侯張溫、都督蕭用、瀋陽侯察罕、坐藍玉黨伏誅．
九月、詔：「胡黨藍黨、除已捕在官者外、其未發、不究．」．
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