穆皇帝，名叫聃，字彭子，是康帝的儿子。建元二年九月丙申日，他被立为皇太子。戊戌日，康帝驾崩了。己亥日，太子即位当了皇帝，那时候他才两岁。朝廷大赦天下，尊皇后为皇太后。壬寅日，皇太后临朝听政，开始摄政。冬天十月乙丑日，把康帝葬在了崇平陵。十一月庚辰日，车骑将军庾冰去世了。
永和元年正月初一甲戌日，皇太后在太极殿设了白纱帷帐，抱着小皇帝出来临朝视事。然后改元。甲申日，晋升镇军将军、武陵王晞为镇军大将军、开府仪同三司，同时任命镇军将军顾众为尚书右仆射。夏天四月壬戌日，朝廷下诏书让会稽王昱负责处理尚书六条事务。五月戊寅日，举行大规模的祈雨仪式。尚书令、金紫光禄大夫、建安伯诸葛恢去世了。六月癸亥日，发生了地震。秋天七月庚午日，持节、都督江荆司梁雍益宁七州诸军事、江州刺史、征西将军、都亭侯庾翼去世了。庾翼的部将干瓒、戴羲等人杀了冠军将军曹据，举兵叛乱，安西司马朱焘平定了这场叛乱。八月，豫州刺史路永叛变投奔了石季龙。庚辰日，朝廷任命辅国将军、徐州刺史桓温为安西将军、持节、都督荆司雍益梁宁六州诸军事，兼任护南蛮校尉、荆州刺史。石季龙的将领路永驻扎在寿春。九月丙申日，皇太后下诏说：“现在老百姓很苦很累，大家一起想想办法，看看怎么才能减轻他们的负担。那些不是军国大事的常规赋税，都应该暂时停止。”冬天十二月，李势的将领爨頠前来投降。凉州牧张骏攻打焉耆，焉耆投降了。
公元多少年正月初几，那天是丙寅日，朝廷下令大赦天下。过了几天，就是己卯日，担任好多要职的何充死了，他的官职可多了，什么使持节、侍中、都督扬州诸军事、扬州刺史、骠骑将军、录尚书事、都乡侯，一口气说下来都让人记不住。
二月初几，癸丑日，朝廷任命蔡谟当司徒，还让他兼管着好几件事，什么录尚书六条事、抚军大将军，官职也相当大，他和会稽王昱一起辅佐皇帝处理政事。三月初几，丙子日，殷浩升官了，从以前的司徒左长史升任建武将军、扬州刺史。四月初一，那天是己酉日，还发生了日食。
五月初几，丙戌日，凉州牧张骏死了，他儿子张重华继承了他的位置。六月，石季龙派大将王擢袭击武街，抓了张重华的护军胡宣。石季龙又派麻秋和孙伏都去攻打金城，金城太守张冲投降了。张重华派谢艾去打麻秋，把麻秋打败了。七月，朝廷任命褚裒当征北大将军，还让他开府，官职那是相当高。十月，发生了地震。
十一月某天，辛未日，桓温带着周抚、谯王无忌、袁乔等人兴师动众去打蜀国，这仗打得可快，上奏章还没批复呢，他们就已经出发了。十二月，天上出现了一种奇异的天象：一条像箭一样的云彩，从东南方向一直延伸到西北方向，长到遮天蔽日。
公元343年春天，三月，乙卯日，桓温攻打成都，打下来了！丁亥日，李势投降，益州终于平定了。与此同时，林邑的范文带兵攻陷了日南郡，还杀了太守夏侯览，简直丧心病狂，居然拿夏侯览的尸体祭天！ 四月，还发生了地震，真是多事之秋啊！
蜀地的人邓定和隗文竟然举兵造反，桓温又带兵把他们给打败了，然后派益州刺史周抚去镇守彭模。 结果，丁巳日，邓定和隗文又卷土重来，占领了成都！征虏将军杨谦竟然丢下涪城跑了，跑到德阳去躲起来了。五月戊申日，朝廷晋升慕容皝为安北将军。石季龙又派他的将领石宁、麻秋等人去攻打凉州，打到了曲柳。张重华赶紧派将军牛旋去抵挡，然后退守枹罕。六月辛酉日，朝廷下令大赦天下。
七月，范文又攻陷了日南郡，这次他杀害了督护刘雄。隗文还立范贲做了皇帝，真是乱成一锅粥了！八月戊午日，张重华派大将谢艾去攻击麻秋，结果大获全胜，狠狠地教训了他们一顿！九月，又发生了地震！十月乙丑日，朝廷任命张重华担任凉州刺史，还给了他大都督陇右关中诸军事、护羌校尉、大将军等一堆官职；同时，武都氐王杨初被任命为征南将军、雍州刺史、平羌校尉、仇池公，两人都加了节钺。十二月，振威护军萧敬文杀了征虏将军杨谦，攻占了涪城，还顺势拿下了巴西，打通了到汉中的道路。
公元344年四月，范文又来祸害九德郡，杀了不少人。五月，发生了大水灾。八月，朝廷晋升桓温为征西大将军、开府仪同三司，还封他为临贺郡公；西中郎将谢尚被任命为安西将军。九月丙申日，慕容皝死了，他儿子慕容儁继承了他的位置。十月己未日，又发生了地震！石季龙派他的将领苻健去攻打竟陵。十二月，豫章人黄韬自称孝神皇帝，拉起了一支几千人的队伍，攻打临川，结果被太守庾条给平定了。
公元330年春天正月初一，是个辛巳日，朝廷大赦天下。庚寅日，也就是几天后，发生地震了。石季龙这小子，居然胆敢在邺城称帝！
二月，征北大将军褚裒派手下大将王龛去北方打仗，结果抓住了石季龙的一个将领叫支重。到了夏天四月，益州刺史周抚和龙骧将军朱焘一起打败了范贲，益州也平定了。朝廷封周抚为建城公，还给慕容隽加官进爵，封他为大将军，让他管幽州和平州，还给了他大单于和燕王的称号，真是风光无限！征西大将军桓温派滕畯去讨伐范文，结果却被范文打败了。 这石季龙也命不久矣，死了！他儿子接了他的班，继续当他的皇帝。
五月，石遵把石世给废了，自己当了皇帝。六月，桓温带兵驻扎在安陆，派兵去打河北。石遵手下的扬州刺史王浃，带着寿阳投降了桓温。到了秋天七月，褚裒的军队推进到彭城，派王龛、李迈还有石遵手下的李农打了一仗，结果咱们军队输了，王龛还被李农抓了，李迈战死了。八月，褚裒只好退兵到广陵，西中郎将陈逵把寿春城给烧了，然后逃跑了。梁州刺史司马勋去攻打石遵的长城守军，仇池公杨初也袭击了西城，这两仗都打赢了。冬天十月，石遵的将领石遇攻打宛城，攻下来了，还抓了南阳太守郭启。司马勋的军队推进到悬钩，结果被石季龙以前的将领麻秋给挡住了，司马勋只好退回梁州。十一月丙辰日，石鉴杀了石遵，自己当了皇帝。十二月己酉日，褚裒死了，这位征战沙场的将军，走完了他的一生。朝廷任命荀羡接替褚裒的职位。
公元352年正月，皇帝上朝，因为褚裒去世，心情很不好，闷闷不乐的。 到了闰月，冉闵杀了石鉴，自己称天王，改国号为魏。石鉴的弟弟石祗在襄国也称帝了。 农历丁丑日，天上出现了彗星。农历己丑日，皇帝任命殷浩为中军将军，让他统领扬州、豫州、徐州、兖州、青州五州的军事，并授予他节度权。
氐族首领苻洪派使者来投降，皇帝封他为氐王，广川郡公。 还让苻洪的儿子苻健当官，给他加了节度使的职务，让他负责河北的军事，官职是右将军，封襄国县公。 三月份，石季龙以前的将领麻秋在枋头把苻洪毒死了。 夏天五月，发了大水。庐江太守袁真攻打合肥，打下来了。 六月，石祗派他弟弟石琨去邯郸攻打冉闵的将领王泰，结果石琨兵败了。 秋天八月，辅国将军、谯王无忌去世了。苻健率领军队进入关中。 冬天十一月，冉闵包围了襄国。 十二月，皇帝罢免了司徒蔡谟的官职，把他贬为平民。 这一年，还闹了大瘟疫。
公元357年正月初几，那天日食了。过了几天，鲜卑人段龛带着青州投降了。苻健那个家伙，自称皇帝，建立了秦国。
二月某天，苻健封段龛为镇北将军，齐公。与此同时，石祗把冉闵在襄国打得大败。四月，梁州刺史司马勋带着三万步骑兵，从汉中杀进关中，跟苻健在五丈原打了一仗，结果咱们的军队输了。朝廷就给尚书令顾和加官进爵，让他当上了开府仪同三司。 这期间，刘显杀了石祗。五月，石祗手下的兖州刺史刘启从鄄城跑来投降。
七月，尚书令、左光禄大夫、开府仪同三司顾和死了。那天，长江水淹了石头城，好几百人被淹死了。八月，冉闵手下的豫州牧张遇带着许昌投降，被封为镇西将军。九月，峻阳陵和太阳陵塌了。皇帝穿孝服在太极殿待了三天，还派赵拔去修陵墓。
十月，打雷下雨，还闪电。十一月，石祗的将领姚弋仲和冉闵的将领魏脱都派人来投降了。苻健把姚弋仲封为车骑将军、大单于，高陵郡公；姚弋仲的儿子姚襄被封为平北将军，并州刺史，平乡县公；魏脱被封为安北将军，冀州刺史。十二月某天，桓温带着大军北伐，走到武昌就停下了。这时，石季龙以前的手下周成、高昌、乐立、李历，都带着部队投降了。
公元352年正月初八，那天发生了日食。刘显在襄国称帝，结果被冉闵打败，杀了。苻健在长安称帝。到了二月，峻平陵和崇阳陵都塌了。戊辰日，皇上连续祭祀三天，还派殿中都尉王惠去洛阳保护五座皇陵。结果镇西将军张遇在许昌造反，还让他的同伙上官恩占据了洛阳。乐弘攻打督护戴施，地点在仓垣。三月，皇上派北中郎将荀羡去淮阴镇守。苻健派另外一支军队去侵犯顺阳，被太守薛珍打败了。
四月，冉闵被慕容隽给灭了。慕容隽在中山称帝，建立燕国。安西将军谢尚带着姚襄一起跟张遇在许昌的诫桥打仗，结果朝廷军队打输了。苻健派他弟弟苻雄去袭击张遇，把张遇抓住了。七月，下了一场大雨，举行祈雨祭祀。石季龙以前的将领王擢派人来投降，皇上封他为征西将军、秦州刺史。丁酉日，皇上任命镇军大将军、武陵王晞为太宰，抚军大将军、会稽王昱为司徒，征西大将军桓温为太尉。八月，平西将军周抚在涪城讨伐萧敬文，把萧敬文杀了。冉闵的儿子冉智在邺城投降，督护戴施得到了冉闵的传国玉玺，献给了皇上。玉玺上刻着“受天之命，皇帝寿昌”几个字，百官都来祝贺。
九月，冉智被他的部将马愿抓起来，投降了慕容恪。中军将军殷浩率领军队北伐，到达泗口，派河南太守戴施去守石门，荥阳太守刘<辶彖>去驻守仓垣。十月，秦州刺史王擢被苻健逼得没办法，逃到了凉州。
公元某年，正月初一，是个乙卯日，朝廷大赦天下。张重华派王擢去跟苻健的手下苻雄打仗，结果王擢打输了，军队损失惨重。同一天，皇太后和皇帝一起祭拜建平陵。三月的时候，闹旱灾。交州刺史阮敷去日南打林邑的范佛，一口气端掉了人家五十多个营垒。四月，朝廷任命谢尚当尚书仆射，官职还挺大。五月，爆发了大瘟疫。张重华又派王擢去偷袭秦州，把秦州给拿下了。杨初，就是那个仇池公，也被苻雄打败了。七月初七那一天，地震了，震耳欲聋的，跟打雷似的。八月，朝廷派河间王钦去修缮五陵。十月，殷浩带着军队到了山桑，让姚襄当先锋，结果这姚襄反了，打殷浩，殷浩丢下行李包袱，逃到谯城躲起来了。同一天，张重华死了，他儿子张耀灵继承了他的位置。可没过多久，张祚就杀了张耀灵，自己当上了凉州牧。十一月，殷浩派刘启和王彬去打姚襄，结果又打输了，姚襄直接占领了芍陂。十二月，朝廷升谢尚的官职，让他当都督，管着豫州、扬州、江西那一带的事，还让他当了豫州刺史，驻扎在历阳。
第二年正月初一，是个己酉日，皇帝上朝，因为五陵还没修好，心里一直不痛快。凉州的张祚，这小子居然称帝了！冉闵手下的将领周成造反了，从宛陵打到洛阳来了。正月初八，河南太守戴施逃到鲔渚去了。正月十四，又地震了，跟上次一样，震耳欲聋的，跟打雷似的。二月初六，桓温领兵去打关中。殷浩被贬为平民，王述接替他当了扬州刺史。四月初九，桓温跟苻健的儿子苻苌在蓝田打了一仗，大获全胜。五月，江西的郭敞等人抓了刘仕造反，京师都吓坏了，朝廷赶紧让周闵当了中军将军，驻扎在皇宫附近，谢尚也从历阳赶回来保护京城。六月，苻雄带着全部兵力跟桓温在白鹿原打仗，结果我们的人又输了。九月初八，桓温的粮食吃光了，只好撤兵回去了。
公元362年正月初几，侍中、汝南王司马统死了。平羌校尉、仇池公杨初被自己的部将梁式给杀了，杨初的儿子继承了他老子的位置，然后被朝廷任命为镇北将军、秦州刺史。齐公段龛在郎山打败了慕容隽的军队。
四月初几，居然下霜了！真是怪事！ 几天后，还发生了地震。姚襄带兵攻打外黄，结果被冠军将军高季给打得大败。五月又来了一次地震，这地是咋了？六月，苻健死了，他儿子苻生篡位当了皇帝。
七月，宋混和张瓘把张祚给杀了，然后拥立张耀灵的弟弟张玄靓当了大将军、凉州牧，还派人来投降我们。 朝廷任命吏部尚书周闵当尚书左仆射，领军将军王彪之当尚书右仆射。十月，朝廷提升豫州刺史谢尚为督并冀幽三州诸军事、镇西将军，让他驻守在马头。
十二月，慕容恪带兵攻打广固。 这月底，上党人冯鸯自己称太守，背叛了苻生，然后派人来投降我们。
公元356年正月初几，皇帝上朝，因为皇太后的丧事，心情一直不好，闷闷不乐。这会儿，镇北将军段龛跟慕容恪在广固打了一仗，结果被慕容恪打得大败，灰溜溜地跑到安平去了。
二月某一天，皇帝还专门读了《孝经》。三月，姚襄攻进了许昌，朝廷赶紧任命桓温为征讨大都督，去收拾他。到了秋天八月某天，桓温跟姚襄在伊水碰上了，结果又把姚襄打了个大败，姚襄逃到平阳，剩下的几千户人家都被迁徙到了江汉一带。桓温还抓了周成，凯旋而归。之后，朝廷又派毛穆之、陈午、戴施等人分别镇守洛阳。冬天十月初一，还发生了日食。慕容恪又去攻打段龛，朝廷还派荀羡带兵去琅邪，准备支援段龛。
十一月，皇帝派车灌、袁真等人去洛阳修缮皇陵。十二月某天，因为要祭祀皇陵，皇帝在太庙祭告，皇帝和大臣们都穿上了孝服，在太极殿守灵三天。这一年，仇池国的杨国被他堂叔杨俊给杀了，杨俊自己当了老大。
公元362年正月初一，那天是壬戌（壬戌朔），皇帝正式成年，穿上了成年礼服，去太庙祭告祖先，开始亲理朝政。朝廷下令大赦天下，改元，还给文武官员都升了一级。皇太后住在崇德宫。正月十四，槐里地区下了一场陨石雨。这个月，镇北将军、齐公段龛被慕容恪打败，不幸遇害了。扶南国送来了一批檀香木和驯服的大象，皇帝下诏说：“以前先帝觉得那些来自远方的奇珍异兽，可能会给百姓带来麻烦，所以禁止进贡。现在这些东西还没到，就先让它们回去吧。”
三月，皇帝讲解了《孝经》。三月二十二日，皇帝亲自主持了祭祀仪式，在中堂进行。五月二十七日，镇西将军谢尚去世了。苻生派苻眉、苻坚去打姚襄，在三原地区交战，结果把姚襄杀了。六月，苻坚杀了苻生，自己当了皇帝。朝廷任命谢奕为使持节、都督、安西将军、豫州刺史。七月，苻坚的将领张平率领并州投降，于是苻坚就封他为并州刺史。八月二十二日，皇帝立何氏为皇后，大赦天下，还给孝顺父母、兄弟姐妹和孤寡老人每人五斛粮食，免除所有拖欠的租税和旧债，并且连续三天举行盛大的庆祝活动。十月，皇后去太庙祭祀。十一月，打雷了。十二月，任命太常王彪之为尚书左仆射。
公元二年春天正月，司徒、会稽王昱给皇帝磕头请辞，想把权力还给皇帝，但是皇帝没同意。三月，慕容隽攻陷了冀州好几个郡县，皇帝就下令让安西将军谢奕和北中郎将荀羡带兵北上讨伐。还是三月，有个叫王饶的家伙，献上了一只毒鸟给皇帝，想害死皇帝！皇帝气坏了，狠狠地打了王饶两百鞭子，然后让殿中御史把那只毒鸟在十字路口烧了。五月，夏天发大水了，天上还出现了一颗扫帚星，在“天船”星附近。六月，并州刺史张平被苻坚逼得没办法了，带着三千人马逃到平阳，结果被苻坚追上打败了。慕容恪趁机占领了上党，冠军将军冯鸯带着军队叛变投靠了慕容隽，慕容隽这下子把河北地区都给占领了。八月秋天，安西将军谢奕去世了。 壬申日（具体日期），皇帝任命吴兴太守谢万为西中郎将，让他带兵，负责监察司豫冀并四州的军事，同时兼任豫州刺史。 还任命散骑常侍郗昙为北中郎将，带兵，负责都督徐兖青冀幽五州的军事，同时兼任徐兖二州刺史，驻扎在下邳。十月乙丑日，陈留王曹劢死了。十一月庚子日，打雷了。辛酉日，地震了！十二月，北中郎将荀羡和慕容隽在山茌打了一仗，结果咱们的军队输了。
公元三年春天三月甲辰日，皇帝下令说，因为这些年一直打仗，粮食运输跟不上，所以命令王公大臣以下，每十三户人家要出一个人，帮着运送粮食一年。七月秋天，平北将军高昌被慕容隽逼得没办法了，从白马逃到了荥阳。十月冬天，慕容隽又来攻打东阿，皇帝就派西中郎将谢万到下蔡，北中郎将郗昙到高平去打他，结果还是输了。十一月戊子日，皇帝把扬州刺史王述升为卫将军。十二月，又把中军将军、琅邪王丕升为骠骑将军，东海王奕升为车骑将军。还封武陵王晞的儿子王逢为梁王。交州刺史温放之带兵去讨伐林邑的参黎、耽潦，把他们都征服了。
公元364年春天正月，仇池国的国君杨俊死了，他儿子继承了王位。同年丙戌年（366年），慕容隽也死了，他儿子慕容暐继承了伪燕国的皇位。二月，丰城出现了凤凰带着九只小凤凰的奇观。到了秋天七月，因为军务繁多，开支太大，朝廷下令减少膳食的用度，精简开支。八月初一，那天发生了日食，没过多久就结束了。冬天十月，天空中出现了天狗食日的景象，在西南方向。十一月，朝廷封太尉桓温为南郡公，桓温的弟弟桓冲被封为丰城县公，桓温的儿子桓济被封为临贺郡公。 奇怪的是，凤凰又出现在了丰城，还有很多鸟跟着它一起出现。
公元365年正月戊戌日，朝廷大赦天下，还给那些鳏寡孤独、生活不能自理的人每人发放五斛米粮接济。 北中郎将、都督徐州、兖州、青州、冀州、幽州五州军事、徐州刺史、兖州刺史郗昙去世了。二月，朝廷任命镇军将军范汪为都督徐州、兖州、青州、冀州、幽州五州军事、安北将军、徐州刺史、兖州刺史。平南将军、广州刺史、阳夏侯滕含也去世了。夏天四月，发生了大水灾。太尉桓温驻扎在宛城，派他弟弟桓豁带兵去攻打许昌。 这时，凤凰又出现在了沔水北岸。
五月丁巳日，皇帝在显阳殿驾崩，享年十九岁。 他被葬在永平陵，庙号孝宗。
皇帝的名字叫司马丕，字千龄，是成帝的嫡长子。咸康八年，他被封为琅邪王。永和元年，他被任命为散骑常侍；十二年，升任中军将军；升平三年，又升任骠骑将军。升平五年五月丁巳日，穆帝驾崩了。皇太后下令说：“皇帝突然暴病身亡，继承人还没确定。琅邪王司马丕，是继承皇位的正统人选，他德行高尚，与皇室关系密切。以前在咸康年间，他就应该被立为太子，只是因为年纪太小，无法承担国事，所以成帝才没有立他。现在，论功绩、论名望、论亲情，没有人能比得上他，就让他继承皇位吧！”于是，百官准备好了迎接皇帝的车驾，前往琅邪王的府邸迎接他。五月庚申日，司马丕登基即位，天下大赦。五月壬戌日，他下诏书说：“我承蒙上天的旨意，继承了皇位。但是想到先帝的宗庙无人祭祀，太妃也失去了依靠，我的心里悲痛欲绝，五脏俱裂。皇室宗亲的地位尊贵，礼仪也应该隆重，继承皇位这件事，义不容辞。东海王司马奕是皇室的近亲，应该继承琅邪王的爵位，就封他为琅邪王吧！”
七月戊午日，穆帝被葬在了永平陵。与此同时，慕容恪攻陷了野王，守将吕护退守荥阳。八月己卯夜，天空突然裂开了一道几丈宽的缝隙，发出像雷鸣般的声音。九月戊申日，司马丕立王氏为皇后。穆帝的皇后何氏则居住在永安宫。吕护叛逃投奔了慕容暐。十月，安北将军范汪犯了罪，被贬为庶民。十一月丙辰日，司马丕下诏书说：“显宗成皇帝临终前曾嘱咐，国家大事艰难，要继承先帝的遗志，树立高尚的品德，以巩固社稷。可是国事依旧艰难，康帝和穆帝都英年早逝，皇室后继无人。我德行浅薄，却继承了皇位，心中无比悲痛。按照祖宗的规矩，继承皇位理应由成帝的子嗣来承担，这是古今不变的道理。所以，我应该继承成帝的皇位，以延续皇室的正统。”十二月，司马丕提升凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉、西平公。
隆和元年正月初一那会儿，大赦天下，改年号。正月十三，减轻田赋，每亩只收两升粮食。这个月，慕容暐派吕护和傅末波攻打小垒，想以此逼近洛阳。
二月初八，任命庾希为北中郎将，兼徐州、兖州刺史，驻守下邳；任命袁真为西中郎将，负责豫州、司州、并州、冀州的军事，兼豫州刺史，驻守汝南，两人都授予了节度权。正月二十日，尊封生母周氏为皇太妃。三月初一，发生了日食。四月，大旱。皇帝下令释放轻罪犯，救济贫困百姓。四月十三，梁州发生地震，山体崩塌，灾情严重。吕护又来攻打洛阳。四月十八，河南太守戴施逃到宛城去了。五月初四，派庾希和邓遐率领水军去救援洛阳。
七月，吕护他们退守小平津。晋升琅邪王奕为侍中、骠骑大将军、开府。邓遐驻军新城，庾希的部将何谦和慕容暐的将领刘则在檀丘交战，打败了刘则。八月，袁真率军到达汝南，运送五万斛粮食支援洛阳。十月，给贫困百姓每人发放五斛粮食救济。章武王珍去世了。十二月初一，又发生了日食。
皇帝下诏说：“军队在外征战，暂时还不能减轻赋税徭役。可是天象异常，旱灾严重，难道是因为政事没有做好，才会出现像古代板筑、渭滨那样缺少贤才的情况吗？应该广泛搜寻有才能的人才，取消苛刻繁琐的法令，仔细审查法律条文，凡是能简化的都应该简化。”庾希从下邳撤军到山阳驻守，袁真也从汝南撤军到寿阳驻守。
公元366年春天，二月己亥日，朝廷下令大赦天下，并且改元。三月壬寅日，皇太妃在琅邪第驾崩了。第二天，癸卯日，皇帝火速赶去奔丧，同时下诏书让司徒、会稽王昱负责处理朝中内外所有事务。
到了四月，慕容暐带兵攻打荥阳，荥阳太守刘远逃到了鲁阳。同月甲戌日，扬州发生了地震，湖泊河道都泛滥成灾了。五月，朝廷加封征西大将军桓温为侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事，并授予他假黄钺的权力，权力那是相当的大啊！ 同时，还任命西中郎将袁真为司、冀、并三州军事都督，北中郎将庾希为青州军事都督。癸卯日，慕容暐攻陷了密城，荥阳太守刘远又逃到了江陵。
七月份，张天锡杀死了凉州刺史、西平公张玄靓，然后自己称大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公，这胆子也够大的！丁酉日，皇太妃下葬了。八月，一颗彗星出现在角宿和亢宿之间，然后进入了天市。九月壬戌日，大司马桓温率领大军北伐，开始了他的征程。癸亥日，因为皇子出生了，朝廷又下令大赦天下。
到了十月甲申日，立陈留王世子恢为陈留王。十一月，姚襄以前的将领张骏杀了江州督护赵毗，放火烧了武昌，抢劫了府库里的财物然后造反，江州刺史桓冲带兵去讨伐，把他给杀了。这一年，慕容暐的将领慕容尘在长平围攻陈留太守袁披。汝南太守朱斌趁机偷袭许昌，成功占领了许昌。
公元366年（东晋宁康二年）的二月，江陵发生了地震，震动不小。与此同时，前燕的慕容评袭击了许昌，颍川太守李福战死。慕容评接着进攻汝南，太守朱斌逃到了寿阳。他又继续包围陈郡，太守朱辅坚守城池，死扛到底。东晋大将桓温派江夏相刘岵去打退了慕容评的进攻。 之后，晋穆帝对军队进行了一番调整，取消了一些将军的职位，精简机构。 同年的二月癸卯日，晋穆帝还亲自下地耕田，象征着农业的重要性。三月初一，也就是庚戌日，穆帝进行了一次大规模的人口普查，同时加强了法纪，史称“庚戌制”。
没过几天，辛未日，穆帝突然身体不适。穆帝平时喜欢黄老之学，信奉神仙方术，经常断谷，吃长生不老药，结果吃多了，中毒了！ 他昏迷不醒，处理不了政务，于是崇德太后又重新临朝听政，代为处理朝政。到了四月，前燕慕容暐又派李洪攻打许昌，晋军在悬瓠大败，汝南太守朱斌逃到了淮南，陈郡太守朱辅也退守彭城。桓温赶紧派西中郎将袁真、江夏相刘岵等人开凿杨仪道，方便运输物资，自己也率领水军到达合肥，而慕容尘则继续驻扎在许昌。五月，为了躲避战乱，陈郡的人们被迁移到了陆地。 同月，晋穆帝任命王述为尚书令、卫将军，桓温为扬州牧、录尚书事。 之后，朝廷还派使者去劝说桓温入朝为相，但桓温拒绝了。
到了七月，朝廷又再次征召桓温入朝。八月，桓温到达赭圻，在那里筑城居住，俨然一副不听调遣的样子。 与此同时，前秦苻坚也派兵入侵河南，前燕慕容暐则攻打洛阳。九月，冠军将军陈祐留下长史沈劲守卫洛阳，自己率领军队逃到了新城。
公元367年（东晋宁康三年）正月，皇后王氏去世。二月，晋穆帝任命桓豁为荆州、扬州、雍州等地的军事主官，并担任荆州刺史；任命桓冲为江州、荆州、豫州等地的军事主官，并担任江州刺史，两人都加领南蛮校尉，并被授予假节的权力，可见晋穆帝对桓氏兄弟的倚重。 同月丙申日，晋穆帝在西堂去世，年仅二十五岁，葬于安平陵。
废帝，名字叫司马奕，字延龄，是哀帝司马衍的弟弟。咸康八年的时候，他被封为东海王。永和八年，他被任命为散骑常侍，没多久又升任镇军将军；升平四年，他又升任车骑将军。五年后，改封为琅邪王。隆和年间初期，他又升任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司，官位越来越高了。
兴宁三年二月丙申日，哀帝死了，没留下儿子。第二天丁酉日，皇太后下诏说：“皇帝最终没能治好他的病，不幸的事情接踵而至，皇室后继无人，我心里悲痛欲绝。琅邪王司马奕，品德高尚，和皇室关系密切，应该继承皇位，这样才能告慰祖宗，继承大统。赶紧举行登基大典，以安定人心。”于是，百官都去琅邪王的府邸迎接他。当天，司马奕就登上了皇帝的宝座，并且下令大赦天下。
三月壬申日，哀帝被葬在了安平陵。癸酉日，散骑常侍、河间王司马钦去世了。丙子日，前燕的慕容暐派兵攻打洛阳，慕容恪被围困，宁朔将军竺瑶逃到了襄阳，冠军长史、扬武将军沈劲战死了。六月戊子日，担任使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公的周抚去世了。七月，匈奴的左贤王卫辰和右贤王曹谷率领两万大军入侵前秦苻坚的杏城。己酉日，会稽王司马昱被改封为琅邪王。壬子日，司马奕立庾氏为皇后。同时，他把琅邪王司马昱的儿子司马昌明封为会稽王。十月，梁州刺史司马勋造反，自称成都王。
十一月，司马勋率兵攻打剑阁，然后攻打涪城，西夷校尉毌丘暐丢下城池逃跑了。乙卯日，司马勋包围了益州刺史周楚所在的成都城，桓温派江夏相朱序前去救援。十二月戊戌日，会稽内史王彪被任命为尚书仆射。
公元366年春天，二月初六，张天锡被任命为大将军，负责陇右和关中地区的军事，封西平郡公。同月十八日，桓秘被任命为持节，负责监察梁州和益州的军事行动。三月初九，新蔡王邈去世了。荆州刺史桓豁派桓罴去攻打南郑，魏兴人毕钦也起兵响应桓罴。四月，闹旱灾。五月初五，皇后庾氏去世了。朱序攻打在成都的司马勋，司马勋的军队溃败，被俘后处死了。七月初八，孝皇后下葬在敬平陵。九月初五，梁州和益州大赦。十月初八，苻坚的将领王猛和杨安攻打南乡，荆州刺史桓豁前去救援，军队到达新野后，王猛和杨安就撤退了。会稽王昱被任命为丞相。十二月，南阳人赵弘、赵忆等人占据宛城起兵造反，太守桓澹逃到新野避难。慕容暐的将领慕容厉攻陷了鲁郡和高平。
公元367年正月，北中郎将庾希犯了罪，逃到海里去了。四月，慕容暐的将领慕容尘入侵竟陵，太守罗崇打败了他。苻坚的将领王猛攻打凉州，张天锡抵抗，王猛的军队战败了。五月，右将军桓豁攻击赵忆，把赵忆打跑了，并且俘获了慕容暐的将领赵槃，把他押送到京城。九月，会稽内史郗愔被任命为都督徐州、兖州、青州、幽州四州军事，平北将军，徐州刺史。十月初二，彭城王玄去世了。
公元368年三月初一，发生了日食。三月初七，朝廷下令大赦。四月初十，下冰雹，大风刮倒了很多树木。八月初一，尚书令、卫将军、蓝田侯王述去世了。
公元358年（四年）夏天四月庚戌日，大司马桓温率领大军去讨伐慕容暐。秋天七月辛卯日，慕容暐派大将慕容垂率兵抵抗桓温，结果被桓温打败了。九月戊寅日，桓温的部将邓遐和朱序在林渚遭遇了慕容暐的将领傅末波，又一次取得了大胜。戊子日，桓温到达枋头。丙申日，因为粮草供应不上，桓温只好烧毁船只，撤军回去了。辛丑日，慕容垂追击桓温的后军，在襄邑又打败了他们。冬天十月，天上出现一颗大星向西边坠落，发出像雷声一样的声音。己巳日，桓温把溃散的士兵收拢起来，驻扎在山阳。豫州刺史袁真在寿阳起兵造反了。十一月辛丑日，桓温从山阳赶到涂中，和会稽王昱碰头，商量下一步的计划。十二月，桓温就在广陵修筑城池住下来了。
公元359年（五年）春天正月己亥日，袁真的儿子袁双和袁爱杀了梁国内史朱宪和汝南内史朱斌。二月癸酉日，袁真死了，陈郡太守朱辅拥立袁真的儿子袁瑾继位，并向慕容暐求救。夏天四月辛未日，桓温的部将竺瑶在武丘打败了袁瑾。秋天七月癸酉日（朔日），发生了日食。八月癸丑日，桓温攻打寿阳的袁瑾，再次将其打败。九月，苻坚的大将王猛攻打慕容暐，攻陷了上党地区。广汉的叛贼李弘和益州的叛贼李金根聚集了万余人造反，李弘自称圣王，梓潼太守周虓平定了他们的叛乱。冬天十月，王猛在潞川大败慕容暐的大将慕容评。十一月，王猛攻克邺城，俘虏了慕容暐，彻底占领了他的地盘。
公元366年正月，苻坚派大将王鉴去支援袁瑾，桓伊将军带兵迎战，狠狠地打败了他们。正月二十八，桓温攻下了寿阳，袁瑾被杀头。三月初八，益州刺史、建城公周楚死了。四月初五，朝廷大赦天下，还给穷苦人家发放粮食，每人五斛。苻坚派大将苻雅去攻打仇池，仇池王杨纂投降了。六月，建康以及丹杨、晋陵、吴郡、吴兴、临海等地都发了大水。八月，以前宁州刺史周仲孙被任命为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。十月初七，高密王俊死了。十一月十三，桓温从广陵带兵驻扎在白石。十一月十六，他进宫面见皇帝，开始策划废立皇帝的事情。他诬陷皇帝年轻时就有严重的疾病，还说皇帝的宠臣相龙、计好、朱灵宝等人经常侍奉在皇帝寝宫，而两位美女田氏和孟氏为皇帝生了三个儿子，桓温还说皇帝想给这三个儿子封爵，以此来迷惑朝臣。桓温趁机怂恿太后效仿汉朝霍光废立皇帝的举动。
十一月十八，桓温把百官召集到朝堂上，宣读崇德太后的旨意：“皇家现在处境艰难，穆帝和哀帝在位时间都很短，皇室没有合适的继承人。琅邪王奕是皇帝的亲弟弟，所以才让他继承皇位。可是他并没有做出什么德政，反而把国家搞成现在这个样子。朝政昏暗混乱，行为举止都违反礼法。这三个孽子，不知道究竟是谁的儿子。人伦道德败坏，丑闻传遍天下。他既不能守护社稷，祭祀祖宗，而且昏庸无能，孽子又多，还想给这些孽子封官加爵。他欺骗祖宗，动摇皇室根基，这种事怎么能容忍呢！现在废黜奕为东海王，让他回到自己的府邸，待遇和汉朝的昌邑王一样。只是可怜他的妻子，要遭受如此多的痛苦，想到活着的人和死去的人，我的心里就像刀割一样难受。但是为了国家大计，我不得不这样做。写到这里，我悲从中来，实在难以言表。”
于是，百官都来到太极前殿，当天桓温就派散骑侍郎刘享收走了皇帝的玉玺和印绶。皇帝戴着白色的头巾，穿着单衣，步行走出西堂，乘坐牛车从神兽门出宫。大臣们向他告别，个个都哭泣不止。侍御史、殿中监带着一百名士兵护送他到东海王的府邸。
一开始，桓温心里就想着造反，想先在北方打胜仗，好提高自己的名声。结果在枋头打败仗了，名声也一落千丈，于是他就偷偷地计划废掉皇帝，自己掌握大权。但是他又害怕皇帝坚持正道，担心会引起众人的反对。因为宫里消息闭塞，很容易被人诬陷，他就说皇帝是太监，然后就动手废了他。其实，皇帝生前就一直担心这事儿，曾经还找算命先生扈谦算过卦，算完后，扈谦说：“晋朝的江山稳固如同盘石，陛下会有离开皇宫的迹象。”结果还真就应验了。
咸安二年正月，皇帝被降封为海西县公。四月，被迁到吴县居住，朝廷还派吴国内史刁彝保护他，又派御史顾允监视他。十一月，一个造反的贼人卢悚，派他的弟子、殿中监许龙晨到皇帝家，说是太后密诏，要迎接他复位。皇帝一开始想答应，后来听从了保姆的劝告才作罢。许龙晨说：“大事马上就要成功了，还管老妇人的话干什么？”皇帝说：“我已经犯了错，幸亏得到宽恕，哪敢乱动呢！再说太后有诏书，应该官兵一起来，为什么单单派你一个人来？你一定是来造反的！”于是就命令左右把许龙晨绑起来，许龙晨害怕就逃跑了。皇帝知道天命不可违，深怕有横祸，就变得麻木不仁，什么也不想了，整天吃喝玩乐，沉迷于女色，虽然有儿子，却没养活，只想保住性命。当时的人都很同情他，还为他作歌呢。朝廷见皇帝安于现状，不再担心他了。太元十一年十月甲申，皇帝在吴县去世，享年四十五岁。
史官说：孝宗皇帝因为从小被抱养，受母亲教养的影响，在位十多年，国内外都很太平。他用武安君的才能，保卫边疆；用文王的品德，治理江汉地区，这正如孔子说的“我没有什么遗憾了”。哀帝宽厚仁慈，可以做一个好皇帝，可是他却因为祭祀活动而蒙尘了他的美德。他在东海拒绝了许龙晨的邀请，屈服于命运的安排，这正如“柔弱胜刚强”，最终得以善终。
话说啊，这篇文章开头就夸赞道：“委裘称化，大孝为宗，遵彼圣善，成兹允恭。” 意思就是说，他能够委身顺应时代的变化，以大孝为根本，遵循圣人的教诲，做到了非常恭敬的样子。
接着说，他的军队，西边旌旗插满了玉垒山，北边军旗飘扬在金墉城。 以前属于殷商的那些僰人，没有一个不来归顺他的。 这说明他的统治很成功，大家都服他。
然后文章又说：“哀后宽仁，惟灵既集。海西多故，时灾见及。” 意思是说，这位哀后啊，她宽厚仁慈，上天也保佑她，让她国泰民安。 可是，海西地区却多事端，经常发生灾害。
最后，文章又来了个对比：“彼异阿衡，我非昌邑。” 这句的意思是说，别人啊，情况跟我们不一样，我们可不像昌邑那样啊。 总的来说，这篇文章是在赞扬某位统治者，既有军事上的成就，也有政治上的清明，还跟其他地方做了对比，突出了他的优秀。
