桓玄，字敬道，另外一个名字叫灵宝，是大司马桓温的私生子。他妈马氏有一次和朋友们晚上一起坐着聊天，月光下看到一颗流星掉进铜盆里的水里，突然变成像两寸大小的火珠，又亮又干净，大家都抢着舀，马氏舀到了就吞了下去，好像有什么感应似的，后来就怀孕了。生下桓玄的时候，屋里闪着光，算命的说这孩子不一般，所以给他起了个小名儿叫灵宝。他奶奶每次抱着他去桓温那儿，总是换个人再送过去，说这孩子比一般的孩子重得多，桓温特别喜欢他，觉得他与众不同。临死的时候，桓温还指定他继承爵位，做了南郡公。七岁那年，桓温去世了，府里州里的文武官员都去向桓玄的叔叔桓冲辞行，桓冲摸着桓玄的头说：“这些都是你家以前的老臣子啊。”桓玄当时就哭得满脸都是泪，大家都觉得他很特别。
长大以后，桓玄长得奇特又英俊，气质洒脱不羁，知识广博，文采斐然。他一直很自负，觉得自己很有本事，为人处世也比较强势，大家都挺怕他的，朝廷也对他有所怀疑，所以一直没重用他。二十三岁的时候，才被任命为太子洗马，当时大家觉得桓温有谋反的迹象，所以故意把桓玄兄弟几个安排到一些闲职上。
太元末年，桓玄被外放去当义兴太守，心里很不痛快，感觉自己怀才不遇。有一次他登高远眺震泽湖，感慨地说：“我父亲是九州的诸侯，而我却只能当个五湖之地的太守！” 于是他就辞官回家了。他觉得自己出身名门望族，却在世上背负着骂名，于是就上了一封奏疏：
我听说啊，周公那么圣明，还被四方流言蜚语攻击；乐毅那样辅佐君王的大臣，也被人诽谤陷害。《巷伯》里描写的那种豺狼虎豹的遭遇，苏轼文章里那种狂风暴雨般的斥责，正直的人遭受非议，哪个时代没有呢！我的先父蒙受朝廷特别的恩遇，还和皇室结亲，一直想用自己的行动报答朝廷的恩情，抓住机会，西边平定巴蜀，北边平定伊洛地区，让那些窃取王位的叛贼在北阙之下伏法，修复皇陵，洗刷国耻，饮马灞水和浐水，旌旗插遍赵国和魏国，勤王之师的功劳，可不是一两次胜利就能概括的。太和年间后期，皇室江山社稷面临着暗中被颠覆的危险，于是先父就顺应天意，辅佐皇上登基，天下清明，奸邪之徒都被清除。如果当初这些功劳没有建立，这些事情没有成功，祖宗庙堂的事又怎么能说得过去呢！过去太甲虽然昏庸，商朝的江山也没有什么危险；汉朝的昌邑王虽然昏庸，祸害也没有达到三代那么严重。所以说，晋室的危急程度比商朝和汉朝还要严重，先父的功劳比伊尹和霍光还要大。可是先父功成之后，却蒙受诽谤，在清明的时代受冤枉。圣明的君王，赏罚分明，不应该忘记那些为国做出突出贡献的人，去探究那些隐秘的事情，开启诽谤的道路，开辟邪恶歪曲的道路。先父为国勤王，劳苦功高，匡扶社稷，平定叛乱，朝廷如果忘记他的功劳，我也没什么好说的了。至于先帝登基称帝，陛下能够继承皇位，南面而治，请问大家，这是谁的功劳？谁的恩德？这不仅让晋室永保安宁，祖宗得以享用祭祀，对陛下一家来说，更是奇功一件啊！
最近权臣势力越来越大，奸邪的政治越来越盛行，大家都歌功颂德，互相吹捧，说我的兄弟都是晋朝的罪人，我们还有什么理由苟且偷生在这个圣明的时代？还有什么脸面享受朝廷的俸禄？如果陛下忘记先父的大功劳，相信那些谗言，我们兄弟就当把爵位还给朝廷，在闹市被杀，然后下去陪伴先父，回到先帝身边。如果陛下遵循先帝的遗志，追念先父的功勋，我们希望陛下能稍微施舍一点恩惠。
奏章上交后，一直没有得到回复。
玄在荆楚待了好多年，过着悠闲自在的日子，荆州刺史殷仲堪对他非常敬重，甚至有点害怕他。后来中书令王国宝当权，想削弱地方军队的势力，朝野上下都人心惶惶。他知道王恭有忧国忧民的想法，而玄也暗中想建功立业，于是玄就对殷仲堪说：“王国宝和你这些人本来就互相看不顺眼，只是担心你们还没来得及互相倾轧罢了。现在他已经掌握了大权，和王绪狼狈为奸，他想干什么就能干什么。王恭因为是皇亲国戚，又正直清廉，朝野上下都很尊重他，所以王国宝暂时不会动他，所以只能先拿你开刀。你当初是被先帝提拔起来的，直接担任这么重要的职位，很多人心里不服气，都觉得你虽然有才能，但不是做地方长官的料。如果朝廷下诏让你去当中书令，派殷顗来接替你做荆州刺史，你怎么办？”
殷仲堪说：“我早就为此担忧了，你有什么办法？”玄说：“王国宝奸诈凶狠，天下人都知道，王恭又最痛恨这种人，今天这个局面，按照道理推断，王恭一定会站出来。你暗中派个人去跟王恭好好说说，让他起兵攻打晋阳，从内部瓦解朝廷，你这边就率领荆楚所有的兵马顺流而下，拥戴王恭为盟主，我们其他人也会积极响应，到时候肯定没人敢反对。这事儿要是成了，那可就和桓温当年一样辉煌了！”殷仲堪还在犹豫，拿不定主意。没过多久，王恭的信就到了，邀请殷仲堪和玄一起匡扶朝廷。王国宝死了以后，战争也就结束了。玄就请求去广州任职，会稽王司马道子也害怕他，不想让他继续留在荆楚，所以就同意了他的请求。
隆安年间刚开始的时候，朝廷下令让桓玄担任交州和广州刺史，还给他封了建威将军、平越中郎将，让他代理节度使的权力。但是桓玄接到圣旨后，压根儿就没去赴任。 那一年，王恭又联合庾楷起兵造反，目标是江州刺史王愉和谯王司马尚之兄弟。桓玄和桓仲堪觉得王恭这次肯定能打胜仗，所以纷纷响应。桓仲堪给了桓玄五千兵马，让他和杨佺期一起当先锋。军队到了湓口，王愉逃到了临川，桓玄派偏将追上去把他抓住了。桓玄和杨佺期到了石头城，桓仲堪到了芜湖。结果王恭手下的将领刘牢之反水投降了朝廷。王恭战死后，庾楷也打败了，逃到了桓玄的军队里。后来朝廷任命桓玄为江州刺史，桓仲堪等人都被调换了职务，于是大家各自乘船往西边返回，驻扎在寻阳，一起约定盟约，推举桓玄当盟主。
桓玄这才算是得意起来，于是就和大家一起联名上书朝廷，为王恭申冤，要求处死司马尚之和刘牢之等人。朝廷非常害怕他们，就免除了桓脩的官职，又恢复了桓仲堪的官职，想以此来缓和矛盾。 一开始，桓玄在荆州的时候就非常嚣张跋扈，老百姓和官吏都怕他，比州牧还厉害。桓仲堪的亲信劝他杀了桓玄，但是桓仲堪没答应。等到回到寻阳，凭借着他的名声和地盘，就被推举为盟主，桓玄更是变得更加自傲。杨佺期这个人性格骄横，总是自称是名门之后，江东地区没人能比得上他，但是桓玄却总是用对待寒门士子的态度来对待他，杨佺期心里非常不满，甚至想在盟约大会上袭击桓玄。桓仲堪很讨厌杨佺期兄弟俩的凶猛残暴，害怕他们杀了桓玄后，下一个目标就是自己，所以极力阻止他。最后，大家各自奉诏回自己的驻地去了。桓玄也知道杨佺期另有图谋，暗中想吞并自己，于是就驻扎在夏口。
隆安年间，朝廷下令让桓玄担任荆州四郡的都督，还封他的哥哥桓伟为辅国将军、南蛮校尉。 桓仲堪觉得桓玄这个人太嚣张跋扈，就和刘牢之结成联盟，互相支援。本来桓玄就和桓仲堪、刘牢之不对付，一直担心他们会突然袭击自己，所以想方设法扩大自己的势力范围。朝廷也看中了他们之间的矛盾，故意把刘牢之管辖的四郡分给桓玄，刘牢之当然非常生气和害怕。
正巧这时候姚兴攻打洛阳，刘牢之就赶紧竖起军旗，对外宣称要支援洛阳，实际上是想暗中和桓仲堪一起夹击桓玄。桓仲堪表面上和刘牢之结盟，但心里其实有点怀疑他，所以没有答应他的请求，他还担心自己控制不住刘牢之，就派自己的堂弟桓遹到北边驻扎军队，以防刘牢之轻举妄动。刘牢之见自己没办法单独行动，又猜不透桓仲堪的真实想法，只好暂时收兵。刘牢之的哥哥杨广是南蛮校尉，想阻止桓伟，但桓仲堪没同意，于是就让杨广担任宜都、建平二郡太守，还加封他为征虏将军。刘牢之的弟弟刘孜敬之前是江夏太守，桓玄派兵袭击江夏，把刘孜敬召到自己身边，任命他为谘议参军。
接着，桓玄兴兵西征，也对外宣称是去救援洛阳，他还给桓仲堪写信，说刘牢之接受了朝廷的恩惠却抛弃了国家，应该一起惩罚他。现在自己亲自率领军队直奔金墉城，希望桓仲堪能抓住杨广，如果桓仲堪不这样做，就没办法相信他了。桓仲堪原本是想两面都讨好，但收到桓玄的信后，知道自己已经控制不住局面了，就对桓玄说：“你从沔水出发，一个兵都别想进入长江！”桓玄这才停了下来。
后来荆州发生大水灾，桓仲堪赈济灾民，仓库里的粮食都用光了。桓玄抓住这个机会进攻桓仲堪，先派兵袭击巴陵。梁州刺史郭铨驻扎在当阳，路过夏口，桓玄对外宣称朝廷派郭铨做自己的先锋，于是把江夏的军队交给郭铨，让他统领各路军队一起进攻，同时秘密通知哥哥桓伟里应外合。桓伟慌乱不知所措，就亲自写信给桓仲堪。桓仲堪把桓伟扣为人质，让他给桓玄写信求和，信中措辞恳切哀伤。桓玄说：“仲堪这个人不能独断专行，总是想着怎么才能成功，总是为儿子考虑，我哥哥一定不会有事的。”
话说朱序到了巴陵，仲堪派兵抵抗，结果被朱序打败了。朱序一路打到杨口，又打败了仲堪的学生道护，接着乘胜追击到了零口，离江陵只有二十里地了。仲堪又派了好几路兵去阻击他。这时，佺期从襄阳赶来支援，和哥哥广一起攻击朱序。朱序害怕他们的兵力强大，就撤军到马头。佺期他们紧追不舍，双方激战，结果佺期战败，逃回了襄阳。仲堪也逃到了酂城。朱序派将军冯该追赶佺期，把佺期抓住了。广也被别人绑了，送给了朱序，朱序就把广杀了。仲堪听说佺期死了，就带着几百人投奔姚兴，到了冠军城，又被冯该抓住了，朱序下令杀了他。
就这样，朱序平定了荆州和雍州，于是上表请求担任江州和荆州刺史。朝廷任命朱序为荆州、司州、雍州、秦州、梁州、益州、宁州七州的都督，后将军、荆州刺史，假节，同时任命桓脩为江州刺史。朱序上书坚决要求担任江州刺史，于是朝廷又让他督领八州以及杨州、豫州的八个郡，并且兼任江州刺史。朱序又擅自任命谢伟为冠军将军、雍州刺史。当时寇贼还没平定，朝廷不好违背他的意思，就答应了。
朱序于是重用自己亲信，兵马越来越强大，多次上书请求讨伐孙恩，但朝廷总是不同意。后来孙恩逼近京都，朱序就聚集军队，表面上说是勤王，实际上是想趁机壮大自己，他又上书请求讨伐孙恩。碰巧孙恩已经逃走了，朱序又奉诏撤兵。他任命谢伟为江州刺史，镇守夏口；任命司马刁畅为辅国将军，督领八个郡，镇守襄阳；又派桓振、皇甫敷、冯该等人驻守湓口。他还把沮漳蛮的两千户人家迁到江南，设立了武宁郡；又招募流亡百姓，设立了绥安郡；还设置了一些郡丞。朝廷下令征召广州刺史刁逵和豫章太守郭昶，朱序把他们都扣留下来没放。他自认为占据了三分之二的天下，知道大势所趋，屡屡宣称出现吉兆，说是上天赐予自己的祥瑞。
一开始，庾楷投奔了桓玄。桓玄要讨伐孙恩，就让他当了右将军。等桓玄平定了叛乱，庾楷也就辞官了。庾楷觉得桓玄跟朝廷关系紧张，怕事情办不成，连累到自己，就偷偷跟后将军元显勾结，答应做内应。元兴初年，元显奉诏讨伐桓玄。桓玄的堂兄石生当时是太傅长史，偷偷给桓玄写信报信。桓玄本来以为扬州闹饥荒，孙恩还没平定，朝廷肯定没空来对付自己，可以积蓄力量，等待时机再行动。可是听说元显要来打自己，他非常害怕，想赶紧跑到江陵去避难。长史卞范之劝他说：“您英勇有谋，名震天下，元显不过是个乳臭未干的小子，刘牢之又失去了民心，如果咱们兵临近畿，再展示一下我们的威风，给点好处，那敌人就会土崩瓦解，等着我们收割胜利果实就行了，干嘛要让敌人深入我们的地盘，让自己陷入被动呢？”桓玄听了很高兴，就留下了自己的哥哥桓伟守江陵，自己则发布檄文，率领军队南下，一直打到了寻阳，然后又派人给京城送去檄文，痛斥元显的罪行。
檄文到了京城，元显吓坏了，连船都下去了，却不敢出发。桓玄因为之前失了民心，现在又违抗朝廷的命令兴兵作乱，担心将士们不听话，心里老想着撤兵。过了寻阳，没看到朝廷的军队，他心里就更高兴了，手下的将领们也士气大振。这时，庾楷的阴谋败露了，被抓了起来。到了姑孰，桓玄派冯该、苻宏、皇甫敷、索元等将领先去攻打谯王司马尚之。司马尚之被打败了。刘牢之派儿子刘敬宣去向桓玄投降。
刘裕到了新亭，元显的军队自己就溃败了。刘裕进入建康（今南京），伪造诏书说：“义军云集，元显罪该万死！太傅司马道子另有旨意，命令你们放下武器，以表示你们的忠心。”他又伪造诏书，给自己加官进爵，担任了百官之首，还兼任侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，并且被授予了象征最高权力的假黄钺、羽葆鼓吹、以及二十名佩剑侍卫，还设置了左右长史、司马、从事中郎四人，以及二百名带甲的卫兵可以上殿。
刘裕上表弹劾太傅司马道子以及元显的罪行，把司马道子贬到安成郡，并在闹市中处死了元显。之后，刘裕搬进了太傅府，又杀害了太傅府中郎毛泰、毛泰的弟弟游击将军毛邃、太傅参军荀逊、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、谯王司马尚之等人，并将司马尚之的弟弟丹杨尹司马恢之、广晋伯司马允之、骠骑长史王诞、太傅主簿毛遁等人流放到交广等偏远地区，后来又追杀恢之、允之于途中。他还把自己的哥哥刘伟任命为安西将军、荆州刺史，兼任南蛮校尉；哥哥刘谦任命为左仆射，加中军将军，负责选拔官员；弟弟刘修任命为右将军、徐兖二州刺史；刘石生任命为前将军、江州刺史；长史卞范之任命为建武将军、丹杨尹；王谧任命为中书令、领军将军。之后，刘裕下令大赦天下，并改元为大亨。刘裕辞去了丞相的职位，自任太尉，兼领平西将军、豫州刺史。他还穿上了衮冕礼服，佩带绿綟绶，增加了佩剑侍卫的人数到六十人，可以穿着剑履上殿，上朝时可以不需下拜，奏事时也不必通报姓名。
刘裕打算搬到姑孰（今安徽当涂）去住，就向大家征求意见。王谧回答说：“《公羊传》里说，周公为什么不去鲁国？是为了让天下归于周朝啊！希望您能安定根本，效仿周公旦。”刘裕很欣赏他的回答，但却并没有采纳他的建议。于是，刘裕开始大兴土木，修建府邸，宫殿、楼台、园林、池沼，无一不宏伟壮丽，然后才前往姑孰赴任。到了姑孰之后，刘裕辞去了录尚书事的职务，朝廷批准了他的请求，但是朝廷的大事都要向他请示，小事则由桓谦、卞范之处理。
老百姓受战争的苦难太多了，整天打打杀杀的，早就烦透了，都盼着天下太平。等到桓玄当权后，他一开始还算不错，把那些坏人赶走，提拔了一些好人，国家好像有点起色了，京城里也一片欣欣向荣。
可是好景不长，他后来开始欺压朝廷，把大臣们都赶走，自己过着奢侈的生活，还搞了很多没用的事情，搞得朝野上下都很失望，大家都没个安稳日子过。那时候会稽闹饥荒，桓玄虽然下令赈灾，但百姓都逃到野外去讨生活了。内史王愉把他们召集回来领救济粮，可粮食本来就不多，官吏们又办事拖拉，没及时发放，结果很多人饿死在路上，十个里头差不多有八九个都饿死了。
桓玄还把吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、竺谦之的堂兄高平相朗、辅国将军刘袭、刘袭的弟弟彭城内史刘季武、冠军将军孙无终这些人，都给抓了起来。这些人都是牢固的旧部，都是北府旧将。刘袭的哥哥冀州刺史刘轨，还有宁朔将军高雅之，牢固的儿子牢敬宣，都逃到慕容德那里去了。
桓玄还吹嘘自己平定了元显的功劳，被封为豫章公，领安成郡，地方二百二十五里，户口七千五百户；又吹嘘自己平定了仲堪、佺期的功劳，被封为桂阳郡公，地方七十五里，户口二千五百户；他原来的南郡王的爵位也保留着。后来，他又把豫章公的爵位给了自己的侄子桓濬，自己降为西道县公，把桂阳郡公的爵位给了他。他还下诏书给桓温改名，凡是跟桓温名字相同的人，都要改名，还追封桓温的母亲马氏为豫章公太夫人。
元兴二年，桓玄假装上表请求朝廷允许他去讨伐姚兴，还让朝廷下诏书，结果朝廷没同意。桓玄其实根本没实力去打仗，就喜欢说大话，结果做不到，就说自己是奉了朝廷的命令才停止的。他本来想弄点行头，但不知道往哪儿下手，先让人造了几艘轻便的小船，准备用来装载衣服、玩物和字画。有人劝他别这么做，桓玄说：“字画、衣服、玩物这些东西应该常备在身边，再说现在战事紧急，万一有个意外，这些东西轻便好搬运。”大家听了都觉得好笑。
这一年，玄兄桓伟去世了，朝廷追赠他开府、骠骑将军的称号，然后让桓脩接替他的位置。 有个叫曹靖之的从事中郎跟桓玄说，桓脩兄弟俩一个在朝廷内部，一个在地方上握有兵权，恐怕权力会大到威胁天下，桓玄听了他的话，就派南郡太守桓石康去担任西中郎将兼荆州刺史。桓伟刚开始是靠着公家的职位升迁的，桓玄却为此大摆宴席庆祝。 奏报桓伟去世的消息时，桓玄一开始抚着节杖痛哭流涕，一会儿工夫却又收起眼泪，尽情欢乐起来。桓玄以前最倚仗的就是桓伟，现在桓伟死了，桓玄就感到孤单危险了。
他篡位的迹象已经很明显了，自己也知道天下人对他怨声载道，所以想赶紧完成篡位大计。殷仲文、卞范之等人也都在催促他。于是，桓玄首先调整了朝廷各部门官员的任命，罢免了琅邪王司徒的职位，自己升任太宰，并加封了许多特殊的荣誉。他又任命桓谦为侍中、卫将军、开府、录尚书事；王谧为散骑常侍、中书监，兼领司徒；桓胤为中书令；还加封桓脩为散骑常侍、抚军大将军。他还设立学校，教授几百个高级官员的子弟。
接着，桓玄又伪造诏书，给自己加封相国，掌握百官的任免权，还封南郡、南平、宜都、天门、零陵、营阳、桂阳、衡阳、义阳、建平十郡为楚国，自封为楚王、扬州牧，平西将军、豫州刺史的职位照旧保留，并加封了九锡的各种赏赐物品。楚国的丞相以下的官员设置，都按照以前的制度办理。他还假传圣旨，让皇帝在太极殿上亲自给他加冕。桓玄多次假装推辞，皇帝就派百官来劝说他，桓玄又说：“必须皇帝亲自乘着銮舆来给我授命，我才能接受。”他还伪造诏书，追封他父亲桓温为楚王，南康公主为楚王妃。
他又任命平西长史刘瑾为尚书，刁逵为中领军，王嘏为太常，殷叔文为左卫将军，皇甫敷为右卫将军，总共六十多人都被任命为楚国的官员。桓玄辞去了平西将军和豫州刺史的职位，把平西将军府的文武官员都调到相国府。
庾仄听说桓玄受了九锡（这九锡是什么，我也不知道），就立刻起兵造反，袭击了在襄阳的冯该，把冯该给打跑了。庾仄手下有七千人，在城南搭了个祭坛，祭拜了祖宗七个庙。南蛮参军庾彬、安西参军杨道护、江安令邓襄的儿子，都暗中帮助庾仄。庾仄本来是桓冲的党羽，桓伟死了，石康还没到，所以就趁机起兵了，江陵城都吓坏了。桓济的儿子桓亮在罗县起兵，自称平南将军、湘州刺史，说是要讨伐庾仄。南蛮校尉羊僧寿和石康一起攻打襄阳，庾仄的军队溃散了，逃到了姚兴那里，庾彬他们都被杀了。长沙太守陶延寿听说桓亮趁乱起兵，就派兵去抓他。桓玄把桓亮流放到衡阳，还把桓亮同伙桓奥等人杀了。
桓玄假装上表请求回封地，又自己下诏书留下自己，还派人宣读圣旨，桓玄又上表坚决请求回去，又让皇帝下诏书强留他。桓玄特别喜欢弄虚作假，那些乱七八糟的奏章文件，都是这种套路。他说改朝换代的时候应该有吉兆，就偷偷命令各地在临平湖边搞大清理，让官员们一起庆祝。他伪造诏书说：“灵瑞这种事，我哪敢听说啊！这真是相国您的德行高尚，所以才会有这种祥瑞出现。太平盛世，从现在开始，天下人都高兴，这心情真是无法形容啊！”他还假装说江州甘露降在王成基家竹子上。桓玄觉得历代都有隐居的高士，而他这个时代却没有，就征召皇甫谧的六世孙皇甫希做官，还给他发工资，结果这些人都不接受，号称是高士，当时的人都叫他们“充隐”。
桓玄还讨论恢复肉刑，砍头之类的，又改来改去，变化无穷，主意不定，条条框框一大堆，严重影响了政事。他这个人贪婪吝啬，又喜欢稀奇古怪的东西，尤其喜欢宝物，手上总戴着珠子玉器。要是有人家有好的字画或者漂亮的房子，他都想据为己有，很难直接抢过来，就用赌博的方式赢过来。他还派手下四处搜刮，挖果树，移竹子，几千里都不放过，老百姓的好果子好竹子都被搜刮光了。他特别相信那些拍马屁的话，讨厌那些直言进谏的人，动不动就剥夺那些他讨厌的人的东西，赏赐给他喜欢的人。
十一月，玄矫（xiào，指姚萇）给他自己加冕，戴着十二旒（liú，冕冠上的垂珠）的冕冠，弄得跟天子似的，摆出天子仪仗，出行时鸣锣开道，乘坐金根车，驾着六匹马，还准备了五种不同用途的副车，各种仪仗队、乐队都齐全了，八佾（yì，古代祭祀乐舞）的乐舞表演也安排上了，钟、磬、鼓等乐器也摆放得整整齐齐，他老婆成了皇后，儿子成了太子，女儿和孙子也都按照旧的制度封了爵位，给了官号。
总之，他这一套做派，完全是照着皇帝的规格来的。然后，玄矫就借机罢免了一大批朝臣，把他们贬到太宰的属下当小官。他还伪造诏书，让王谧（mì）身兼太保和司徒两个要职，并且让他拿着皇帝的玉玺，把皇位禅让给自己。 接着，他又假借皇帝的名义，向祖庙报告禅位的事情，把皇帝赶到永安宫去住，还把晋朝皇帝的神主牌位搬到了琅邪庙。
一开始，刘裕担心皇帝不会下诏书，也担心弄不到皇帝的玉玺，就逼着临川王刘义符去请求皇帝自己写诏书，然后趁机抢走玉玺。等到了皇帝面前，玉玺早就被拿出来了，刘裕非常高兴。百官都到姑孰劝刘裕篡位，刘裕假装推辞，大臣们一再请求，刘裕才在城南七里外设置祭坛，登坛篡位，用牲畜祭告上天。百官列队陪同，但仪式并不完善，忘了喊“万岁”，也没改掉皇帝的年号。
然后贴出告天下的文告，文中写道：“晋帝顺应天命，将帝位让给了我刘裕。天命循环，帝王的兴衰，非君主不能治理，唯有德行才能长久。所以承天顺人，必须统一。圣明之君不可以有两个，贤能之君不可以没有君主，所以五帝更迭，三代兴亡。及至汉魏，都是靠功勋建立的。晋朝自中叶以来，朝代更迭，战乱不断，西海之乱，皇位几近转移，九代开拓宁静的功劳，升明黜陟的勋业，如果没有大禹那样的德行，恐怕就要被胡人征服了。太元末年，君子之道衰微，积怨成祸，到了隆安年间，祸乱波及百姓，人伦道德荡然无存。我刘裕虽然出身草野，被朝廷弃置，但看到这样的局面，怎能不感到悲愤！平定叛乱的功劳，拨乱反正的业绩，都仰仗先帝的恩德，我刘裕有什么功劳呢？如今到了应该治理天下的时机，我被推举承担重任，以我这样才能平庸的人承担如此重任，开启新的时代，依靠各位王公大臣，我诚惶诚恐，不敢懈怠。君位不可以长期空缺，人神不可以没有祭祀，所以，我不敢不以恭敬隆重的仪式，选择吉日良辰，登坛受禅，告祭上帝，以永远满足众望，使万邦信服，让神灵享用祭品。”
接着，刘裕又下诏书说：“天地人三才互相资助，才能成就大事，道理在于统一，正直的人才能掌握大权，帝王的兴衰，其根源很深远。自三皇五帝以来，朝代更迭，虽然原因各不相同，但最终都是归于统一。我的父亲宣武王圣德高超，开创了洪业，天命归于他，道理自古如此。中间经历了艰难险阻，未能完成大业，仰望先祖的宏图伟业，如同追赶日月星辰。凭借着时势的转变，遇到了天赐良机，得以除奸救难，拯救人伦。晋朝由于灾难频发，历数已尽，典章制度遵从唐虞之制，沿袭汉魏之法，最终将天下的福泽聚集到了我的身上。我德行不足，推辞不受，但遵照典章制度，最终在南郊登坛受禅，继承了文祖的帝位。我想到这份庆幸，希望与亿兆黎民一起，从此开创新的纪元。”于是大赦天下，改元永始，赐予天下人爵位两级，孝悌力田的人三级，鳏寡孤独不能自养活的人每人五斛粮食。但是这些赏赐，只是表面文章，并没有实际内容。
最初发布的诏书，改年号为建始，右丞王悠之说：“建始是赵王伦的伪号。”又改为了永始，这又是王莽篡权之初的年号，这些年号都不吉利，预示着篡逆。刘裕又下诏书说：“三恪为宾，由来已久。及至汉魏，都建立了疆土。晋朝顺应天命，将帝位禅让给我，这符合古训，我接受了这片土地。”把晋恭帝封为平固王，待遇和以前一样。迁晋恭帝到寻阳，如同陈留王居住邺宫一样。降永安皇后为零陵君，琅邪王为石阳县公，武陵王刘遵为彭泽县侯。追尊其父为温宣武皇帝，庙号太庙，南康公主为宣皇后。封刘裕的儿子刘义符为豫章郡王，叔父刘裕的孙子刘放之为宁都县王，刘裕的孙子刘稚玉为临沅县王，刘裕的次子刘义康为右将军、武陵郡王，刘裕的儿子刘义蔚为醴陵县王，追赠刘裕的儿子刘冲为太傅、宣城郡王，由其子刘胤继承爵位，担任吏部尚书；刘冲的次子刘谦为扬州刺史、新安郡王；刘谦的弟弟刘脩为抚军大将军、安成郡王；刘裕的兄长刘歆为临贺县王；刘裕的弟弟刘祎为富阳县王；追赠刘裕的弟弟刘伟为侍中、大将军、义兴郡王，由其子刘濬继承爵位，担任辅国将军；刘濬的弟弟刘邈为西昌县王。封王谧为武昌公，配给二十名持剑侍卫；封卞范之为临汝公；封殷仲文为东兴公；封冯该为鱼复侯。又将始安郡公降为县公，长沙郡公降为临湘县公，庐陵郡公降为巴丘县公，各领一千户。康乐、武昌、南昌、望蔡、建兴、永脩、观阳等郡王都降为百户侯，公侯的称号不变。又普遍提升各征镇军队的称号，各有不同。任命相国左长史王绥为中书令。尊崇桓谦的母亲庾氏为宣城太妃，给予特殊的礼遇，配给车马。将刘裕父亲的墓地命名为永崇陵，设置四十名守卫。
梁元帝萧绎，进宫的时候，逆风太大了，旗帜仪仗全都被吹倒了。到了西堂小聚，摆上乐队和妓女，殿上还挂着绛红色的绫帐，用金线绣成图案，四个角上是金龙，龙头上还顶着五彩的羽葆旒苏（古代旌旗的一种）。大臣们私底下议论纷纷：“这也太像古代的輀车（古代一种华丽的车辆）了，跟王莽的仙盖差不多啊！龙角，这不就是‘亢龙有悔’吗？” 他还造了金根车，用六匹马拉。
这个月，萧绎亲自听审案件，查看囚犯，不管罪行轻重，很多都被释放了。有抬着担架来乞讨的，萧绎有时还会施舍一些。他就是这样喜欢做一些小恩小惠的事。自认为是水德，壬辰年，在祖庙祭祀。他把尚书都官郎改名为贼曹，还增加了五校、三将以及强弩、积射武卫等官职。元兴三年，也就是萧绎永始二年，尚书把“春蒐”写错了，写成了“春菟”，所有相关的官员都被降职处分了。萧绎抓大纲的能力不行，却喜欢纠缠一些细枝末节，都是这种风格。
他立自己的妻子刘氏为皇后，打算修建宫殿，就搬进了东宫。他还打开了东掖门、平昌门、广莫门以及宫殿的其它几扇门，每扇门都开了三道。又造了一辆特大号的辇车，能坐三十个人，需要二百个人抬。他特别喜欢打猎游玩，因为身体太胖骑不了马，又让人做了一辆可以旋转的“徘徊舆”，这样就能轻松地转弯了。他没追尊祖先，对祖先的祭祀礼仪有点疑问，就问大臣们。散骑常侍徐广根据晋朝的典籍，认为应该追尊七庙。他还说，尊敬父亲，儿子才会高兴，地位越高，这种道理就越应该遵守，影响力越大，对祖先的敬意就应该越广泛。
萧绎说：“《礼记》上说‘三昭三穆’，加上太祖一共七庙，那太祖就必须在庙宇的正中间，昭穆都是从下往上排列的，所以不能倒着数。按照礼法，太祖应该朝东，左边是昭，右边是穆。像晋朝的庙宇，宣帝都在昭穆的行列中，不能放在太祖的位置上。昭穆都弄错了，太祖就没地方放了，这差得可远了！”萧绎的曾祖以上，名位都不显赫，所以他不想把他们列入宗庙，而且王莽因为建了九庙被后世讥讽，所以萧绎只建了一庙，郊庙祭祀也只用两天。秘书监卞承之说：“祭祀不到祖先，就知道楚国的国运不会长久啊！” 他还拆毁了晋朝的小庙，用来扩大台榭。他庶母的祭祀，没有固定的场所，忌日的时候，宾客们都在那里游玩宴乐，只有到他死的时候才哭一场。守孝期间，他也没有停止音乐。
萧绎出游经过水门的时候，大风吹走了他的仪仗。晚上，潮水涌进了石头城，很多大木头都被冲坏了，死了很多人。大风还吹倒了朱雀门的楼层，上面几层都塌了。
玄嚣篡位当了皇帝以后，就变得骄奢淫逸，没完没了地打猎玩乐，白天黑夜地折腾。他哥哥伟死了下葬那天，早上还哭丧，晚上就出去玩，甚至一天之内好几次骑马出去疯跑。他的脾气又急又暴躁，叫人办事催得特别紧，官员们都得在宫门口等着他，皇宫里乱糟糟的，一点儿朝廷的样子都没有了。 老百姓累坏了，朝廷上下都疲惫不堪，十家八九都在怨声载道，想着要造反。
这时候，刘裕、刘毅、何无忌他们几个就商量着要恢复汉室江山。刘裕他们先在京口杀了桓脩，又在广陵杀了桓弘。河内太守辛扈兴、弘农太守王元德、振威将军童厚之、竟陵太守刘迈也暗中计划里应外合。到了行动那天，刘裕派周安穆去给刘迈报信，结果刘迈吓得慌了神，就把这事儿告诉了玄嚣。玄嚣一听吓坏了，立刻把辛扈兴他们都杀了，周安穆跑得快才逃过一劫。玄嚣封刘迈为重安侯，可是一夜之间又把他杀了。
刘裕带着义军到了竹里，司马休玄回到宫里，一大帮大臣跟着他，他把侍从官员都叫到省里来。他下令赦免扬州、豫州、徐州、兖州、青州、冀州六州，还提升桓谦为征讨都督，给他假节的权力，让殷仲文代替桓脩，派顿丘太守吴甫之和右卫将军皇甫敷去北方抵挡义军。刘裕他们在江乘跟吴甫之打了一仗，当场把吴甫之给杀了，然后又打到罗落桥，跟皇甫敷打了一仗，也把皇甫敷给杀了。司马休玄听说后非常害怕，就召集那些懂占卜算命的人，用各种迷信的方法来求吉避凶，然后问大家：“我是不是要失败了？”曹靖之回答说：“老天爷生气，百姓怨恨，我真的很害怕啊！”司马休玄说：“百姓怨恨我能理解，老天爷为什么生气？”曹靖之回答说：“您把晋朝的宗庙迁来迁去，没有个安稳的地方，祭祀大楚的仪式，却没有祭祀祖先，这就是老天爷生气的理由啊！”司马休玄说：“你为什么不早点劝我？”曹靖之说：“皇上身边的那些大臣都觉得现在是尧舜时代，我怎么敢说话啊！”司马休玄更加生气害怕，就派桓谦和何澹之驻扎在东陵，派卞范之驻扎在覆舟山西边，总共两万人马，用来抵挡义军。
刘裕到了蒋山，就让那些体弱的士兵穿着沾满油的衣服爬上山，到处插旗子，好几路一起进攻。司马休玄派人侦察回来报告说：“刘裕的军队到处都是，不知道有多少人。”司马休玄更加忧虑害怕，就派武卫将军庾颐之带精兵，支援其他军队。当时东北风很大，义军放火，浓烟遮天蔽日，喊杀声震动了整个京城。刘裕挥舞着大斧头冲了上去，桓谦等其他军队一下子就溃败了。司马休玄带着几千个亲信，声称要冲锋陷阵，然后带着他的儿子司马升和侄子司马濬从南掖门出去，往西到了石头城，让殷仲文准备船只，一起往南逃跑了。
一开始，司马休玄在姑孰的时候，将星和其他的星星经常出现异常；篡位的那天晚上，月亮和太白星相合，他还进了羽林军，这些事情他都很厌恶。等到他逃跑的时候，身边的人劝他抵抗，他都没空回答，只是用手指着天。他好几天没吃东西了，左右的人给他送来粗茶淡饭，他都咽不下去。司马升当时才几岁，抱着司马休玄的胸脯抚摸他，司马休玄悲痛得不能自已。
刘裕让武陵王司马遵处理政事，设立行台，掌管百官。然后派刘毅、刘道规追击司马休玄，并诛杀了司马休玄的兄弟子侄，以及石康的哥哥石权、石振的哥哥石洪等人。
司马休玄到了寻阳，江州刺史郭昶给他提供了武器装备和兵力。殷仲文后来赶到，远远看见司马休玄的船队，旌旗仪仗，排场十足，就跟皇帝出行似的，不禁感叹道：“在失败中还能东山再起，也真是可以啊！”司马休玄于是逼着皇帝往西边跑。桓歆纠集同党，想在历阳起事，宣城内史诸葛长民把他们打败了。司马休玄在路上写起了日记，详细记述了他对抗义军的经过，还自夸自己运筹帷幄，决胜千里，那些将领不听指挥，才导致了失败，这完全不是打仗的问题。所以他根本不和手下人商量事情，只顾着沉迷于读书背诵，到处宣扬自己的功绩。
司马休玄到了江陵，石康接纳了他，在城南给他搭起了帐篷，还设立了百官，任命卞范之当尚书仆射，其他官职也大多用一些轻微的罪名安插人手。然后司马休玄就开始大规模建造船队，不到一个月，兵力就达到了两万人，战船和武器装备都非常精良。他对自己的党羽说：“你们都跟着我出生入死，那些在京城篡位的人，就等着向我们投降吧！你们想想，等你们进入石头城，那感觉就像神仙一样！”
玄武帝在淝水之战大败之后，害怕法令不够严厉，就动不动发脾气，滥杀无辜，搞得民怨沸腾，大家都很不满。殷仲文就劝他说：“陛下年轻的时候就名声远播，远近都服您，您一下子就平定了荆州和雍州，安定了朝廷，名声传遍了天下。现在您已经坐稳了皇帝的位置，却碰上了这么倒霉的事，可不是因为您的威望不够啊！老百姓都在盼着您的恩泽呢，您应该广施仁政，来安抚民心。”
玄武帝一听就火了，说：“汉高祖和魏武帝也遇到过败仗，那不都是手下将领打输了吗！因为天象不好，所以才回迁都城到旧楚地，那些小人们愚昧无知，胡乱造谣生事，现在正应该用强硬手段来整治他们，还不是施恩的时候！”玄武帝的左右大臣都称呼他为“桓诏”，桓胤就劝谏说：“‘诏’是用来发布命令的，不是用来做称呼的。汉朝和魏朝的皇帝都没这么叫过，只有听说过北方的苻坚被叫做‘苻诏’。希望陛下能参考古代帝王的做法，这样才能给后世留下榜样。”玄武帝说：“这事儿已经这么叫了，现在再下令取消，反而不吉利。如果真要改，等事情平息了再说吧。”
荆州的郡守们见玄武帝迁都，态度暧昧，有的还派使者来上表，言语中带着不满。玄武帝一个都没接受，反而下令让各地都上表祝贺他迁都。
老皇帝刘义隆派何澹之、庾稚祖和桓道恭三位将军，带着几千兵马去湓口，交给郭铨防守。他还派桓振将军去义阳那边招兵买马，结果到了弋阳，被胡哗将军打了个稀里哗啦，桓振就一个人骑着马逃回来了。
这边，何无忌和刘道规他们把郭铨、何澹之和郭昶之在桑落洲给打败了，然后继续往寻阳进军。刘义隆自己也带着两百艘战船从江陵出发，让苻宏和羊僧寿当先锋。他还把鄱阳太守徐放提升为散骑常侍，想派他去跟义军讲和，对徐放说：“那些人不懂天命，才干出这种乱七八糟的事儿，现在都害怕灾祸临头，不敢回头。你在三州很有威望，可以替朕把意思说明白，如果他们退兵放下武器，朕就给他们重新安排官职，保证人人有份，不会亏待他们。江水就在这儿，朕说话算数！”
徐放回答说：“刘裕才是这场叛乱的罪魁祸首，刘毅又是您杀的，这根本没法说啊！我还是直接把您的旨意告诉何无忌吧。”刘义隆说：“你要是办成了这事儿，就封你做吴兴太守！”徐放于是领命，进了何无忌的军营。
魏咏之在历阳打败了桓歆，诸葛长民又在芍陂打败了他，桓歆只身一人骑马渡过淮河逃命去了。 这边，殷浩率领着道规和下邳太守孟怀玉，在峥嵘洲和桓玄交战。当时义军只有几千人，而桓玄的军队非常强大，但桓玄自己心里也害怕打败仗，所以总是让轻便的小船在战船旁边漂着，他手下的士兵都没什么斗志。义军抓住风势放火，奋勇向前，桓玄的军队大溃败，烧毁了辎重，夜里逃跑了，郭铨投降了。
桓玄以前的将领刘统、冯稚等人，纠集了四百人马，袭击并攻破了寻阳城，殷浩就派建威将军刘怀肃去平定了他们。桓玄把永安皇后和皇后留在巴陵。殷仲文当时在桓玄的船上，他请求下到别的船上去收集溃散的士兵，结果反叛了桓玄，带着两位皇后逃到了夏口。桓玄进了江陵城，冯该劝他继续打仗，桓玄不听，想离开汉川，投奔梁州刺史桓希，但是人心背叛了他，命令根本执行不了。桓玄骑马出城，走到城门口，左右两边的人在暗中砍他，没砍中，前后厮杀混乱，桓玄好不容易才跑到船上。 这时候，荆州别驾王康产护送皇帝到了南郡府衙，太守王腾之率领文武官员和士兵守护着。
益州刺史毛璩派他的孙子祐之和参军费恬护送他弟弟毛璠的灵柩去江陵安葬，带了二百人马。毛璩的儿子毛脩之是桓玄的屯骑校尉，他骗桓玄说可以带他去蜀地，桓玄就信了。到了枚回洲，费恬和祐之就迎头攻击桓玄，箭矢像雨点一样射下来。桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人用身体保护桓玄，都中了数十箭而死。桓玄也中箭了，他儿子桓升赶紧把箭拔掉。益州督护冯迁拔出刀冲了上去，桓玄把头上的玉导给了他，还说：“你是何人？竟敢杀天子！”冯迁说：“就是要杀这个乱臣贼子！”于是就把桓玄杀了，当时桓玄三十六岁。又杀了石康和濬等五个人，庾颐在战斗中战死。桓升喊着：“我是豫章王，诸位不要杀我！” 最后还是被押送到江陵城里斩首。
一开始，桓玄在宫里就一直觉得不安，好像被鬼神缠着似的，跟亲近的人说：“我恐怕要死了，所以要跟时间赛跑。”元兴年间，衡阳出现了一只母鸡变成公鸡的怪事，八十天后就死了。等到桓玄在楚地称帝，衡阳就属于他的地盘了，从他篡权到失败，一共经历了八十个年头。那时候有童谣说：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩诸桓。”这凶兆竟然这么应验。“郎君”指的是元显。
这一个月，王腾之护送皇帝搬进了太府。桓谦也在沮中聚集人马，为桓玄举行了丧礼，设立了灵堂，伪造谥号为武悼皇帝。刘毅等人把桓玄的头砍下来，挂在大梁上示众，老百姓看到都非常高兴。
何无忌等人攻打桓谦于马头，桓蔚在龙洲被击溃。义军乘胜追击，刘敬宣、刘藩等人与敌军在灵溪激战，道规等人战败，死了上千人。义军退到寻阳，修整船只兵器。毛璩自己担任梁州刺史，派兵攻打汉中，杀了桓希。江夏太守张畅之、高平太守刘怀肃攻打何澹之于西塞矶，大获全胜。刘敬宣派桓蔚代替王旷守卫襄阳。道规进攻武昌，打败了伪太守王旻。魏咏之、刘藩在白茅击败了桓石绥。义军从寻阳出发。桓亮自称江州刺史，侵犯豫章，江州刺史刘敬宣讨伐并将其击退。义军推进到夏口。伪镇东将军冯该等人守卫夏口，扬武将军孟山图占据鲁城，辅国将军桓山客守卫偃月垒。刘毅攻打鲁城，道规攻打偃月垒，何无忌和檀祗率领战船在江中列阵，防止敌人逃跑。义军奋勇进攻，喊杀声震动山谷，从早晨打到中午，两座城池都被攻破，冯该逃跑了，桓山客被活捉。刘毅等人平定了巴陵。毛璩派遣涪陵太守文处茂从东面进攻，刘敬宣派桓放之前往益州，驻扎在夷陵，文处茂与桓放之交战，桓放之战败逃跑，回到江陵。
公元405年1月，南阳太守鲁宗之带兵打襄阳，把假冒雍州刺史的桓蔚给打败了。刘裕他们的大军在江陵的马头停了下来，护送皇帝出了军营，渡过江津。鲁宗之率领部队在柞溪打败了假冒武贲中郎的温楷，一直打到了纪南。刘裕亲自去打鲁宗之，结果鲁宗之打输了。那时候蜀军占领着灵溪，刘毅带着刘裕、刘道规他们一起打败了冯该的军队，一路猛攻，很快就把江陵拿下了。刘裕看见江陵城里起火了，知道城池已经失守，就和桓谦他们一起往北逃跑了。这一天，安帝重新当了皇帝。天下大赦，只有造反的那些人被杀，只有桓胤一个人特赦了。桓亮自己从豫章出来，自称镇南将军、湘州刺史。苻宏攻打安成、庐陵，刘敬宣派兵去打他，苻宏逃进了湘中。
二月份，桓谦、何澹之、温楷这些人逃到了姚兴那里。桓振和苻宏从涢城出来，偷袭打败了江陵，刘怀肃从云杜带兵去打桓振他们，把他们打败了。唐兴将军杀了桓振和假冒辅国将军的桓珍，刘毅在临鄣杀了假冒零陵太守的刘叔祖。桓亮、苻宏又跑到湘中作乱，杀害郡守和官吏，檀祗在湘东打败并杀了苻宏，郭弥将军在益阳杀了桓亮，其他那些假冒官职、拉帮结伙的人也都都被平定了。朝廷下令把桓胤和他的同党们流放到新安等地。
三年后，东阳太守殷仲文和永嘉太守骆球密谋造反，想拥立桓胤当皇帝，曹靖之、桓石松、卞承之、刘延祖这些人暗中勾结，刘裕一个一个地把他们抓起来杀了，并且诛灭了他们的全家。后来桓谦逃到了蜀地，蜀地的贼人谯纵封他为荆州刺史，让他带兵南下，荆楚地区很多人响应他。桓谦到了枝江，荆州刺史刘道规把他杀了，梁州刺史傅歆又杀了桓石绥，桓氏家族就这样灭亡了。
卞范之，字敬祖，是济阴宛句人，聪明智慧，当时很有名气。太元年间，他从丹杨丞升任始安太守。桓玄年轻时就和他交往，后来桓玄当了江州刺史，就把他招来当长史，委以重任，所有秘密计划，都由他决定。后来桓玄打算篡位，就让卞范之当了丹杨尹。卞范之和殷仲文暗中起草了禅让的诏书，还把卞范之提升为征虏将军、散骑常侍。桓玄篡位后，又封卞范之为侍中，配给二十名持剑侍卫，晋升为后将军，封临汝县公。那份禅让的诏书，就是卞范之写的。
桓玄后来变得奢侈无度，卞范之也开始大兴土木，建造豪华的府邸。他自认为是开国功臣，非常骄傲自满，仗着富贵欺压百姓，他的子弟也骄横跋扈，大家都又怕又恨他。义军起兵后，卞范之在覆舟山西驻扎军队，结果被刘毅打败，跟着桓玄往西逃窜，桓玄又任命他为尚书仆射。后来桓玄被刘毅等人打败，手下的人四散逃亡，只有卞范之还留在桓玄身边。桓玄被平定后，在江陵被杀。
殷仲文是南蛮校尉殷觊的弟弟，年轻时就有才华，长得也很英俊。他哥哥殷仲堪向会稽王司马道子推荐了他，司马道子就把他招来当骠骑参军，对他非常赏识。不久又升任谘议参军，后来做了元显的征虏长史。碰巧桓玄和朝廷闹翻了，而桓玄的姐姐是殷仲文的妻子，她怀疑殷仲文，从中挑拨离间，导致殷仲文被贬为新安太守。殷仲文虽然和桓玄是亲戚，但平时关系并不密切，听说桓玄占领了京城，他就丢下郡守的职位投奔桓玄。桓玄非常高兴，任命他为谘议参军。当时王谧虽然受到礼遇，但桓玄并不亲近他；卞范之虽然受到亲近，但礼遇却少一些，而殷仲文却同时受到桓玄对王谧和卞范之的优厚待遇。桓玄要造反时，就让他负责发布诏令，并任命他为侍中，兼领左卫将军。桓玄接受九锡之礼时，那份辞让的奏章，也是殷仲文写的。
一开始，桓玄篡位进宫，他的床突然塌陷了，底下的人都很害怕，脸色都变了。这时，谢仲文说：“这大概是由于圣上德行深厚，连大地都承受不住啊！”桓玄听了非常高兴。他重用那些帮他篡位的亲贵，给自己封了很多官职，出行用的车马、器物、衣服，都奢华到了极点，后宫的姬妾有几十个，整天歌舞不断。但他为人贪婪吝啬，收受很多贿赂，家里积攒了上千金的家产，却总是觉得不够。后来桓玄被刘裕打败，跟着桓玄往西逃，他们藏在地下的珍宝玩物都变成了泥土。到了巴陵，他就带着两位皇后投降了义军，被任命为镇军长史，后来又升任尚书。
皇帝刚恢复政权，谢仲文就上表自陈说：“我听说，汹涌的波浪冲击山谷，水里的鱼儿都不能平静；狂风吹拂原野，树林里的树叶都不能安宁。这是什么道理呢？力量弱小就会被强大的力量所控制，自身微不足道就无法自保。虽然道理上可以这么说，但对我来说，实在不敢拿自己来作比。过去桓玄篡位的时候，确实是被很多人逼迫的。但是像我这样的人，罪过实在太大了，进不能挺身而出，为国捐躯；退不能像介子推那样辞官归隐，洁身自好。我竟然沉溺安乐，贪图虚荣的封赏，参与了篡位的事，一点也没有坚持自己的节操。名声因此而败坏，罪过也因此而加重，理应受到严厉的惩罚，以分辨忠奸。后来镇军将军刘裕匡复了江山社稷，施行宽大的政策，却仍然赦免了我这个微不足道的人，体现了朝廷的仁德，既给了我职位，又给了我约束。当时朝廷动荡不安，天人和谐尚未恢复，我却忘记了进退，因此勉强做事，自认为对得起朝廷。现在皇帝已经复位，一切重新开始，法制已经明确，大家都怀念过去，我却厚着脸皮占据着显赫的职位，实在不应该！恳请解除我的官职，让我在家中赎罪。离开朝廷，是我的心愿。”皇帝下诏不准。
殷仲文这天是初一，跟大家一起去大司马府。府里有一棵老槐树，他看了很久，叹了口气说：“这树枝繁叶茂的，却已经没有生气了！”殷仲文一向名声很大，觉得自己肯定能参与朝政，那些以前看不起他的，比如谢混那一伙人，现在都跟他平起平坐了，他心里总是闷闷不乐，很不爽。后来突然被调到东阳当太守，心里更不平衡了。
刘毅这个人爱惜人才，很尊重殷仲文，殷仲文到任后，刘毅就和他大吃大喝，玩了好几天。走到富阳的时候，殷仲文感慨地说：“看看这山山水水的形势，将来肯定还会出一个像孙策那样的人物！”何无忌非常敬佩他。东阳是何无忌管辖的地方，殷仲文答应顺路去拜访他。何无忌故意留他多喝一会儿酒，还让府里的文人殷阐、孔宁之类的人写文章，等着殷仲文来。殷仲文心里失意，迷迷糊糊的，最后就没去何无忌府上。何无忌怀疑殷仲文看不起自己，非常生气，想陷害他。
正赶上慕容超南下入侵，何无忌就对刘裕说：“桓胤、殷仲文都是我们内部的隐患，北方的入侵者反倒不用太担心。”义熙三年，何无忌又诬告殷仲文和骆球等人谋反，连他弟弟南蛮校尉殷叔文也被一起杀了。殷仲文当时照镜子都看不见自己的脸，过了几天就遇害了。
殷仲文很擅长写文章，世人都很推崇他。谢灵运曾经说过：“如果殷仲文读书能像袁豹那样多一半，他的文采就不会比班固差了。”这句话的意思是说，殷仲文写的文章很多，但是读书却很少。
史书上说：桓玄这个人，继承了他父亲留下来的基业，却干起了坏事。他本来就心怀奸诈，对丢官感到愤怒；内心藏着狼子野心，还上表装作冤枉的样子。他登高望远，借此发泄不满，寻找机会发动叛乱，图谋着不该有的东西。一开始，他假装依附着殷仲堪，不久就杀了殷仲堪来满足自己的欲望，于是占据了整个楚地的土地，率领着精锐的军队，趁着晋朝政权衰败，会稽郡官吏醉生梦死的机会，施展他狡诈的计谋，放纵他残暴的心肠，竟然敢率领着乌合之众，起兵造反，攻打朝廷。天长年间天下大乱，桓玄的势力越来越强大，一年多时间，就眼看着要推翻晋朝的统治了，他自以为像尧禅让给舜一样，改朝换代，自己当了皇帝，认为江山稳固，国家太平，可以长治久安。可是没多久，义军像闪电一样迅速出现，忠义之士像雷霆一样飞奔而来，半天时间就攻下了都城，一个月后桓玄就被杀了，恢复了正常的朝代更迭，重新振兴了衰败的朝廷。这件事告诉我们，神器不是可以偷偷摸摸地夺取的，天下的统治权也不是可以随便占据的。
皇帝的宝座，只有那些功高盖世，恩泽天下的君王才能拥有，他们才能得到上天赐予的祥瑞，比如龙宫凤历、彤云玄石等等，然后才能登上皇位，享有盛名，才能符合百姓的期望。像桓玄那样的小人物，怎么够格呢！他只不过是扰乱朝纲，破坏常理，导致家族灭亡，最终被赶尽杀绝罢了！
赞曰：灵宝隐贼，世载凶德。信顺未孚，奸回是则。肆逆迁鼎，凭威纵慝。违天虐人，覆宗殄国。
