淮河发源于河南平氏县的胎簪山。到了桐柏县，河水才逐渐变得宽阔起来。它一路向东，流经固始县，进入南直隶颍州境内，然后和汝河、颍河等河流汇合。流到寿州的北边，肥水也加入了淮河的队伍。到了怀远城东，涡水又汇入淮河。淮河继续向东流经凤阳、临淮，濠水也加入了它。再往东流经五河县的南边，吸收了浍河、沱河、漴河、潼河等河流，河水气势汹涌，流速很快。流经泗州城南，稍向东，汴水就汇入了淮河。经过龟山的山脚，淮河又向北拐了个弯，和洪泽湖、阜陵湖、泥墩湖、万家湖等湖泊连成一片。最后，它向东北流到清河，在南方与黄河交汇，这就是古代的泗口，也叫清口，是黄河和淮河交汇的地方。淮河的南岸，漕河也流入其中，这就是著名的清江浦口。淮河继续向东，流经淮安的北部和东南部，最终汇入大海。
永乐七年，淮河在寿州决堤，洪水蔓延到了中都。正统三年，淮河在清河泛滥。天顺四年，淮河在凤阳泛滥。这些情况发生后，人们都及时进行了修筑，所以没有造成很大的灾害。正德十二年，漕河堤坝再次决口，洪水淹没了泗州。泗州可是皇室祖陵所在地啊，而且地势又低洼。一开始，淮河从安东的云梯关入海，并没有什么旁溢的灾害。可是后来和黄河汇合后，黄河水势强劲，抢占了淮河入海的通道，淮河斗不过黄河，只好绕道向东流了。陈瑄开凿了清江浦，并加固了高家堰旧堤来阻挡洪水。淮安、扬州因此而免受洪水之害，但凤阳、泗州一带却经常遭受洪水的侵扰。嘉靖十四年，采纳了总河都御史刘天和的建议，修筑了堤坝来保护祖陵，同时加固了高家堰，淮河得以畅通地流入清口，凤阳、泗州的洪水灾害也就消除了。隆庆四年，总河都御史翁大立又奏报说疏浚淮河的工程已经完成，从此淮河再也没有发生过什么大事了。
万历三年三月，高家堰决堤了，高邮、宝应、兴化、盐城一带都被大水淹了。黄河水顺着淮河往上涌，眼看着就要淹没凤阳、泗州了。皇上就下令在泗州修建了两百多丈长的护城石堤，泗州这才稍微安全了一些。这时候，总漕侍郎吴桂芳说：“黄河在崔镇决堤，清河河道淤塞，黄河水势强劲，淮河水势较弱，黄河水南移，淹没了山阳、高邮、宝应等地，得赶紧加固湖堤啊！”皇上就让大家好好商量一下怎么处理。给事中汤聘尹建议把淮河的水引到长江里去。恰好黄河水从老黄河河道奔流入海，淮河趁机从清口出海。吴桂芳把这个情况报告给了皇上，这个建议也就搁置了。
万历六年，总河都御史潘季驯说：“高家堰是淮安、扬州的门户，也是黄河和淮河的关键所在。想要把黄河水引到海里去，必须依靠淮河来冲刷河道里的泥沙。如果淮河决堤，那浑浊的河水就会停滞不前，清口也会淤塞。黄河一定会决堤泛滥，上游的水流会漫过平地，邳州、徐州、凤阳、泗州都会被大水淹没。也就是说，淮河出问题，黄河也出问题；黄河出问题，漕运也出问题，这些问题是相互影响的。”于是，他就修筑了高家堰大堤，从武家墩开始，经过大小涧、阜陵湖、周桥、翟坝，总长八十里，阻止淮河往东流。他还发现淮河北岸有王简口、张福口两个地方的水流泄入黄河，导致水流分散，清口容易淤塞，而且黄河水经常从这两个地方倒灌进淮河，于是他就修筑堤坝阻止这种情况发生。这样一来，淮河就找不到别的出路，黄河也无法倒灌淮河了，所有的淮河水都汇聚到清口，然后和黄河一起流入大海。但是，虽然淮河水从清口出海了，还是往西漫到了凤阳、泗州。
万历八年，雨水多，淮河水位上涨，淹没了泗州城，甚至都漫到了泗州祖陵的台阶上了。御史陈用宾把这事儿报告给了皇上。给事中王道成也说：“黄河还没涨水，淮河、泗河之间只是下了几场雨，清口就已经容纳不了泄洪的水了，应该让河道官员疏通堵塞的地方。”潘季驯说：“黄河和淮河汇合后一起往东流，水流非常湍急。泗州地势高低不平，雨水积聚无法及时排泄，所以才会泛滥。如果要疏通河道，下游河道已经很深了，没地方疏通；如果要堵塞，上游的水又堵不住。”皇上就让潘季驯去勘察一下，最后还是听之任之了。万历十六年，潘季驯再次担任总河，又在泗州加固了几千丈长的护堤，全部用石头砌成。
公元1628年九月，淮河水漫过了泗州城，水位比城壕还高，为了防止河水灌进城里，大家赶紧堵住了水关。结果，城里的水排不出去，大部分居民都被淹了，连祖陵都被水淹了。关于怎么排水，大家意见不一，有个叫季驯的官员觉得应该让水自然消退。结果这季驯呕血请求回家，有人就趁机请求皇上准许他的妻子也一起回去。皇上就派给事中张贞观去勘察，又让总河尚书舒应龙等人一起详细讨论，但最后也没拿出个方案来。
过了好几年，淮河东边的高良涧决堤了，西边又灌进了泗州陵寝。皇上大怒，把舒应龙的官给撸了，又派给事中张企程去勘察。很多人建议拆掉高堰，但是总河尚书杨一魁和张企程不同意，他们极力主张分流黄河水来疏导淮河。于是，他们修建了武家墩经河闸，让淮河水通过永济河流入泾河，再流入射阳湖入海。又修建了高良涧和周桥的减水石闸，用来泄洪，一部分水通过岔河流入泾河，一部分水通过草子湖、宝应湖、子婴沟，最终都流入广洋湖入海。此外，他们还疏通了高邮的茆塘港，连接邵伯湖，又开凿了金家湾，让水流入芒稻河入江，以此来疏通淮河的积水，最后淮河水位终于平息下来。不过，后来这三个闸门逐渐淤塞了。
到了崇祯年间，黄河和淮河又涨水泛滥了，有人又建议拆掉高堰。当时在朝为官的淮安、扬州官员联名上书极力反对，这件事也就不了了之了。但那时，黄河的几个决口不断溃决，洪水冲刷了兴化、盐城等地，淮河水患日益严重。
泇河，有两条源头。一条发源于费县南山谷中，沿着沂州西南方向流淌；另一条发源于峄县君山，向东南方向流淌，与第一条河汇合，人们称之为东西两条泇河。然后，它与彭河汇合，从马家桥东边流过微山湖、赤山湖、吕孟湖等湖泊，越过葛墟岭，向南流经侯家湾、良城，到达泇口镇，与蛤鳗湖、连汪湖等湖泊汇合。另一支则与沂河汇合，从周湖、柳湖流过，连接邳州的东直河。然后向东南方向流到宿迁的黄墩湖、骆马湖，通过董沟、陈沟流入黄河。引泗河与沂河、济河连通，开辟出一条运河，以避开黄河的险峻，这个计划最初是由翁大立提出的，后来傅希挚继续推进，最终由李化龙和曹时聘完成。
隆庆四年九月，黄河在邳州决堤了，从睢宁到宿迁，一百八十里地都给淹了。当时主管河务的侍郎翁大立提议开挖泇河来疏导黄河水，避免更大的灾害，但是这个方案还没决定下来，就被搁置了。
第二年四月，黄河又在邳州决堤了，皇上就派给事中雒遵去现场看看情况。工部尚书朱衡也建议把开挖泇河的方案拿出来，让大家好好讨论讨论。皇上就让雒遵和其他人一起调查。雒遵考察后说：“虽然泇河路线比较近，但是施工难度真的很大啊！葛墟岭比河底高出六丈多，才挖了两丈深，就涌出好多泉水，全是坚硬的石头。侯家湾、良城虽然看着像河道，但水底下全是暗礁，很难挖，就算挖通了，水流湍急，根本没办法通航。还有蛤鳗湖、周柳湖这些地方，都在水里，要筑堤坝，工程量巨大，花钱无数。微山湖、赤山湖、吕孟湖这些湖泊虽然可以筑堤，但前提是必须先凿开葛墟岭，把黄河的主要水流疏导出去，还要开挖一些沟渠来分流，才能开始施工。” 所以，雒遵建议放弃这个方案。
皇上就下令让尚书朱衡和总河都御史万恭他们再去调查核实。朱衡上奏说，开挖泇河有三点困难，大概和雒遵说的差不多。他还说，现在漕河已经通航了，徐州和邳州之间的河堤很高，水也很深，不需要另外再修建什么了。 最后，开挖泇河的方案就被否决了。
万历三年，总河都御史傅希挚跟皇帝说：“以前有人提议开凿泇河，后来没搞成，说是困难重重，有三大难题。但我派人实地考察了这三个难题，发现问题不大。从上泉河口开始，往东南方向开挖，起点地势低洼，下游水流趋于高处的问题可以避免。南边经过性义村东边，葛墟岭虽然很高很坚固，但也能绕过去。从陡沟河经过郭村西边的平地，良城侯家湾的伏石也能避开。到了泇河口上下，河道深浅不一，湖塘互相连接，虽然有些沙石，但都能挖掉。总的来说，从上泉河口开始，这是水流的入口；到下游大河口结束，这是水流的出口。从西北到东南，全长五百三十里，比黄河短八十里左右，河道、河塘占了八九成，水源充足，水脉贯通，这是皇上用来漕运的要道啊！如果肯花十年治理黄河的钱，把泇河开通了，黄河就不会堵塞决堤了，茶城就不会淤塞了，两条洪水河道就不会那么危险了，运输的船只也不会受损了，洋山的支流河道就不用开挖了，境山的闸门也不用修建了，徐州、吕梁的治水人员就能省下来了，马家桥的堤坝工程也可以停止了。现在花的钱，以后省下来的钱肯定比现在花的还多！我觉得开通泇河很有好处。”
于是皇帝就让都给事中侯于赵去跟傅希挚和巡漕御史刘光国一起商量，把具体情况汇报上来。侯于赵调查了泇河的情况后汇报说：“从泉河口到 大河口五百三十里，从直河到清河三百多里，不需要开凿泇河，这些地方很容易解决。只有徐州、吕梁到直河上下二百多里，萧县、砀山两地是两条洪水河道的冲积地，冲刷睢宁会淤塞邳河，应该开凿泇河来避免这些危害，大概需要一百五十多万两银子。特别是良城伏石，长五百五十丈，开凿的难度难以预料。性义岭和南禹陵都阻挡着河流，这两个地方如果开凿了，丰县、沛县的河水就会决堤，一定会灌进来。应该先凿开良城伏石，先修好丰县、沛县的堤防，再慢慢考虑开工。”
户部也同意侯于赵的意见，但认为开凿泇河不是几年就能完成的，应该先抓紧治理黄河。皇帝对此很不高兴，责备侯于赵阻挠，这件事也就不了了之了。
二十年的时候，总河尚书舒应龙在韩庄开挖河道泄洪，这才有了泇河的水路。到了二十五年，黄河在黄堌口决堤，往南改道，经过徐州、吕县一带，差点儿把河道都堵死了。当时大家都在讨论着开挖李吉口、小浮桥和镇口以下河段，修建闸门引水来保证漕运，但是有人觉得这办法治标不治本，不是长久之计。
于是，工科给事中杨应文和吏科给事中杨廷兰都建议开挖泇河。工部经过讨论后也同意了这个方案。皇帝下令让河漕官员去勘察上报，结果这事儿没成。到了二十八年，御史佴祺又再次请求开挖泇河。工部上奏说：“用黄河作为漕运河道，有利有弊；用泇河作为漕运河道，只有利而无弊。但是，泇河外面，经过微山湖、吕孟湖、周柳湖等湖泊，秋天容易发大水，冬天和春天水位又浅，容易搁浅，所以需要在上下游另开凿河道，修建闸门来控制水位。”皇帝最终同意了这个方案。总河尚书刘东星负责这项工程，但是因为地里全是沙子和石头，工程非常艰难，迟迟没有进展。工科给事中张问达为此向朝廷反映情况。御史张养志又提出了开挖泇河的四个建议：
第一个建议是，开挖黄泥湾，打通进入泇河的通道。邳州沂河的河口，是进入泇河的门户。河口进去六七里，有个叫连二汪的湖，水浅而宽，湖底淤泥很多。想要疏浚，却没地方修建河岸；想要修建坝子，却又找不到合适的基底。湖的外面有个黄泥湾，离湖不远，地势比较低。从沂河口到湖的北岸大概二十多里，如果在这里开挖一条河与泇河河口连接起来，引湖水灌溉，就能让船只直接到达泇河河口了。
第二个建议是，开挖万家庄，连接泇河的源头。万家庄在泇河口北边，和台家庄、侯家湾、良城等地一样，都是高地，有很多沙石和碎石，施工非常困难。刘东星费了好大力气才挖通了河道，但是河道还很浅，水才二三尺深，应该再加深四五尺，这样韩庄的水就能流到泇河口了，无论大小船只，都能顺利通行。
首先，咱们得疏通支河，避开微山湖口的危险。微山湖在韩庄西边，南北长三十多里，水深一丈多。要是直接穿过，必须先探测水深，立标指引方向，风顺帆张的时候，一会儿就能过去。但万一遇到狂风，船只就可能翻沉。现在已经在湖边开凿了四十五里的支河，北边通到西柳庄，南边连接韩庄，有了这条路就方便多了。咱们应该再好好疏通一下，这样就不会再有船只沉没的危险了。
接下来，万庄那一带地势比较高，北边的水往南流，流到这儿就流速很快。建议在那儿修建几座水闸，用来控制水流的蓄积和泄放。皇上已经下令赶紧去勘察施工了。可惜的是，东星（人名）却病死了。御史高举又提出了治理黄河的三个方案，还提到了泇河。工部尚书杨一魁回复说：“泇河经过良城、彭河、葛墟岭，都是石头很多很难开凿的地方，河口才丈六尺宽，水也很浅，必须大力疏通开凿。至于韩庄的渠道，它连接着微山湖和吕孟，也应该多方面疏导，避免淤塞变浅。然后顺着水流，一直通到马家桥、夏镇，作为漕运的辅助通道。”皇上觉得泇河已经取得了一些成果，就命令河道官员继续加紧疏浚。
三十年的时候，工部尚书姚继可觉得开挖泇河的工程应该停止，就叫停了。没过多久，总河侍郎李化龙又提议开挖泇河，让漕运改走泇河，避开黄河的险滩。工科给事中侯庆远大力支持这个说法，但他觉得预算太低，工期太长，建议专门指派人负责，并严格追究责任。
三十二年正月，工部回复了李化龙的奏疏，说：“开挖泇河有六大好处，而且毫无疑问的好处还有两点。第一，泇河开通后，漕运就不再依赖黄河了，黄河的水位高低对漕运的影响就小了；第二，用二百六十里的泇河，避开三百三十里险峻的黄河；第三，漕运不依赖黄河，我们就能更好地掌握情况，有效治理；第四，预算二十万两黄金，开挖二百六十里的河道，这比朱衡当年开挖新河效率高得多；第五，开挖河道需要招募民工，正好利用春荒时期开工，麦子收割后民工就散了，既不影响富人，穷人也能赚点钱；第六，粮船经过洪泽湖的时候，通常要等到春天快结束了才敢走，因为害怕黄河涨水，而改走泇河后，无论早晚都能通行。至于毫无疑问的好处，第一是能防御水患，保护百姓；第二，徐州以前经常受洪水之苦，泇河开通后，徐州靠捕鱼为生的百姓也会减少。”皇帝非常赞同，下令赶紧组织人力，把这项工程做好，做成一项长久之计。
八月，李化龙上报说分水河已经完工，三分之二的粮船改走泇河了。这时李化龙因为家事离职了，总河侍郎曹时聘接替了他的职务，向皇上汇报了李化龙的功劳。但是，当时黄河的治理和泇河的开挖同时进行，工程还没完成。结果黄河多次泛滥，冲毁了漕运河道。给事中宋一韩就批评李化龙开挖泇河是错误的，李化龙很生气，上奏章为自己辩解。曹时聘也极力说明泇河的可靠性，并提出了善后六条措施。工部采纳了他们的意见，还说：“泇河是在漕运受阻的时候开挖的，不能因为有了泇河就放弃黄河；漕运在泇河开通后有了好处，也不能因为黄河出问题就放弃泇河。两条河的好处都能利用，才能应对各种情况。”然后请求加固郗山堤，削平顿庄嘴，平整大泛口湍急的水流，疏浚猫儿窝等浅水处，修建钜梁吴冲闸，加固三市徐塘坝，以完成泇河未完工的部分。皇上准奏。
几年后，泇河工程还没完工，负责漕运的人又改走黄河了。结果船只出事，船只在黄河和泇河之间来回搬运，耽误了很长时间。
公元1738年，有个叫苏惟霖的御史，上书朝廷，详细分析了黄河和泇河的利弊，建议主要走泇河，他说：“黄河从清河经过桃源，一直到直河口，全长240里。这部分在泇河下游，河面宽阔平坦，运船一天只能走十里。但没有别的路可选，所以只能用它。从直河口往上，经过邳州、徐州，到达镇口，长280多里，这才是真正的黄河。再往上走120里，才到夏镇。而从猫窝、泇沟到夏镇，只有260多里，这就是泇河。两条河东西相邻，选择其中一条，另一条就得放弃。黄河在三四月份水位和泇河差不多。但到了五月初，水流湍急，像从天上倾泻下来一样，寸步难行。而且河水挟带大量泥沙，河口一天比一天高。到了七月初，水位就下降了十倍不止。总而言之，黄河一年到头都没几天能通航。经常发生船毁人亡的惨剧，危害极大。而泇河每天都能通行，而且风平浪静。只要派个认真负责的官员去管理，不出三五年就能把工程完善，这可是几百年的大好事啊！”
工科给事中何士晋也上奏说：“运粮最危险的莫过于黄河了。前些年昭阳湖的水漫出来，夏镇以南的航道被冲毁，这才决定开凿泇河。泇河避开了黄河那些浅滩、急流和洪水，汇集了各处泉水，通过定时开关闸门，六年来通行一直很顺畅。现在却突然要放弃泇河走黄河，导致粮船损坏严重。有人想改走大浮桥，结果河道淤塞，又不得不回到泇河。因此运粮到湾迟，耽误了时间，眼看着就要冻坏了。黄河的危害由此可见一斑！不过，泇河工程还没完工，河道宽窄深浅不一。应该加宽加深河道，使其与会通河一样。这样一来，运输和空船返回就不会互相阻碍，船只可以自由回旋，河水也能保持充盈，船只不会耽搁。每年拨给水利部门几万两银子，派个廉洁能干的官员去督办，三年就能完工。然后沿着骆马湖北岸，向东延伸到宿迁，大力开挖，彻底避开黄河的险滩，这样泇河的工程就算完成了。有人说，泇河的泉水细小，如果河道太宽太深，水就不够了。他们不知道，泇河的水源来自蒙山、沂山，附近还有徐塘、许池、文武等泉河，水量大致和济宁的泉河差不多。吕公堂口堵塞后，山东各处河流的水都可以汇集到泇河，再加上修建闸坝堤防，水量怎么会不够呢？有人说，一直修到宿迁，工程太长太难完成，这主要看能不能选对人，管理方法得当就行了。” 他们的奏疏呈上去后，却没得到朝廷的回应。
第二年，有个叫刘士忠的官员上书，建议治理泇河。他说，泇河在春夏的时候，沂河、武河、京河的水一起涨起来，河道淤塞，经常决堤，每年冬天都要像南旺那样大修。但是，没有其他地方可以蓄水，所以只能堵住泇河的河坝，让水重新回到黄河里。所以每年三月初，就打开泇河的河坝，让运粮的船只和老百姓的船只走直河。到九月，再打开召公坝，进入黄河，方便空船和官民船只来往。等到第二年二月再堵上。半年走泇河，半年走黄河，这是两全其美的方法啊！他还建议增加驿站和官员。他还转述了另一个官员惟霖的建议，说直隶的猫窝河水浅，是沂河下游，河道宽阔但淤塞严重，不能建闸，这是泇河的一大难题。建议在西边开一条月河，疏通沂河的河口。这样，河水带来的泥沙就会顺着直线走，有了月河分流，泥沙就会堆积在河水回流的地方，更容易清理，这样泇河的难题就能减少了。这些建议都被采纳了，后来泇河就一直很通畅，只需要定期修缮就可以了。但是，因为泇河比较窄，冬天和春天运粮船只空船回来的时候，还是得走黄河。
四十八年，有个叫毛一鹭的官员说，属于夏镇的河段有九座闸，属于中河的河段只有草坝。管理河道的官员建议在直口等地修建闸门，皇上批准了这个建议。崇祯四年，漕运总督杨一鹏疏浚了泇河。九年，总河侍郎周鼎又奏报再次疏浚泇河成功。过了一段时间，周鼎因为河防失守被发配到边远地区戍守。给事中沈胤培为周鼎申冤，说他修浚泇河的功劳很大，最终周鼎的处罚减轻了。
卫河发源于河南辉县苏门山百门泉，流经新乡、汲县，向东流到畿南浚县境内，淇水汇入卫河，这里叫做白沟，也叫宿胥渎。宋元时期，它被称为御河。卫河从内黄向东流出，到山东馆陶西边，漳水汇入。然后向东北流到临清，与会通河汇合。再向北流经德州、沧州等地，到青县南边，与滹沱河汇合。最后到达天津，与白河汇合入海。这就是卫河漕运。卫河水流浑浊，水势很猛，所以漕运畅通无阻，没有浅滩阻塞的担忧。但是，从德州以下，逐渐靠近大海，河道狭窄，容易决堤。
一开始，永乐元年（1403年），有个叫唐顺的沈阳军士提了个建议：“卫河通到直沽入海，南边离黄河陆路才五十里。要是疏通卫河，然后在离黄河一百步的地方建粮仓，把南方运来的粮饷送到卫河，再转运，对国家和老百姓都有好处。” 皇上就让大臣们讨论这事儿，结果没实行。那年冬天，皇上又派都督佥事陈俊把淮安、仪真仓的百五十多万石粮食运到阳武，再经卫河转运到北京。
永乐五年（1407年），从临清到渡口驿，河堤七处决堤，派兵去堵。后来宋礼开凿了会通河，跟卫河连通了。当时河堤经常决口，皇上就让宋礼一起治理。宋礼说：“卫辉到直沽，河岸好多地方低矮脆弱，要是不搞清楚河水的来源和流向，只顾着修堤坝，恐怕还会继续决堤，费力又花钱。会通河到魏家湾，跟土河连着，那地方可以挖两条小渠，把水泄到土河里。这样即使涨水，下游的卫河也不会泛滥成灾。德州城西北也可以挖一条小渠。从卫河东北岸到旧黄河有十二里，中间五里以前就有沟渠，可以开挖七里的水道，把水泄到旧黄河，再到海丰大沽河入海。”皇上就同意了他的建议。
英宗登基初期，永平县丞李祐建议堵住漳河以防灾害，疏通卫河以便行船。皇上同意了。正统四年（1439年），修筑了青县卫河的堤岸。正统十三年（1448年），皇上采纳了御史林廷举的建议，把漳河的水引到卫河里。正统十四年（1449年），黄河在临清四闸决堤，御史钱清建议疏通南边的撞圈湾河，让它跟卫河连通。皇上也同意了。
景泰四年，运送粮食的船只被张秋决口给堵住了。河南参议丰庆建议，从卫辉、胙城一直到沙门，走陆路运送三十里到卫辉，然后坐船运到京城。让漕运都督徐恭去调查，结果采纳了丰庆的办法。山东佥事江良材曾经说过：“在卫辉开通河道有三方面好处：古黄河从孟津到怀庆，向东北流入大海。现在卫河从汲县到临清、天津入海，这和古黄河的路线差不多，这是第一个好处。三代以前，黄河向东北入海，是天地之气汇聚的地方。河南迁都后，这股气就转移了。现在在河阴、原武、怀庆、孟津之间，引导黄河水流入卫河，然后到达天津，不仅解决了徐州、沛县的灾害，而且京城的地理位置也会更好，这是第二个好处。元朝的时候，漕运船只到达封丘，然后陆运到淇门，再进入卫河。现在把黄河水引入卫河，冬春季节水位平稳，漕运船只可以到达河阴，然后顺流而下到达卫辉。夏秋季节水流湍急，仍然可以从徐州、沛县到达临清，然后向北到达京城。而且，如果修整沟渠，选拔优秀的官员负责，还可以防旱防涝，抵御战乱，还能促进直隶、河南的繁荣，这是第三个好处。”詹事霍韬非常赞同这个计划，详细地写成奏章上报朝廷，但最终没有实行。
万历十六年，总督河漕杨一魁建议把沁河水引入卫河，命令给事中常居敬去考察一下可行性。常居敬说：“卫河水量小，沁河水量大，卫河水清澈，沁河水浑浊，恐怕弊大于利。”于是这个计划就停止了。泰昌元年十二月，总河侍郎王佐说：“卫河现在堵塞了，只有三个办法：引漳河水、引沁河水、开辟丹河。引漳河水太难，引沁河水麻烦太多。丹河虽然和沁河的情况差不多，但是丹河口一旦开辟，从修武以下都会成为平稳的水流，修建闸门和水坝，可以长期受益。虽然方案可行，但最终也没有实行。”
崇祯十三年，总河侍郎张国维说：“卫河汇集了漳河、沁河、淇河、洹河等河流的水，向北流到临清，与闸河汇合用于漕运。自从漳河改道后，卫河水量就变小了，引漳河水和引沁河水的计划，虽然提出来了，但一直没有实行。应该引导辉县的泉水，并且考虑引漳河水、引沁河水，开辟丹河，疏通滏河、洹河、淇河，考察一下利弊得失，命令河南的巡抚和按察使去调查研究，然后上报朝廷。”但是，这个计划最终也没有实施。
漳河发源于山西长子，叫做浊漳；到了乐平，就叫清漳了。它一路向东，流经河南临漳县，然后经过河北的真定、河间，最后流到天津，汇入大海。 漳河的一部分支流，在山东馆陶县西南五十里处，和卫河交汇。
洪武十七年，漳河在临漳决堤了，皇帝下令让当地官员赶紧防护。 他还指示工部，所有能够抵御洪水的堤坝、水闸之类的设施，都要提前修缮。 相关部门就黄河、沁河、漳河、卫河、沙河这五条河决堤的情况，详细地绘制了图纸，计算了工程量，然后上报朝廷。 皇帝下令调集军队和百姓一起修筑堤坝。
永乐七年，漳河在固安县贺家口决堤；九年，又在西南的张固村河口决堤，和滏阳河汇合，导致下面的田地都无法耕种了。 临漳县的主簿赵永中请求允许灾民在漳河边上开垦一些高地上的荒地，皇帝批准了他的请求。 同一年，沁州以及大名府等地也因为决堤而受灾，朝廷组织了修筑堤坝的工作。永乐十三年，漳河和滏阳河同时泛滥，冲毁了磁州大量的庄稼。永乐二十二年，洪水又漫到了广宗县。
洪熙元年，漳河和滏阳河同时泛滥，在临漳县三冢村等地冲毁了二十四处堤岸，朝廷调集军队和百姓进行修筑。宣德八年，三冢村的堤口再次进行了修筑。
正统元年，漳河和滏阳河再次同时泛滥，冲毁了临漳县杜村西南的堤坝。三年，漳河又分别在广平府和顺德府决堤；四年，又在彰德府决堤。 这些地方都得到了朝廷的命令，组织人力进行修筑。正统十三年，御史林廷举上奏说：“漳河发源于沁州，七十多条支流汇聚成一条大河，到了肥乡县，河道变得狭窄，水流湍急，所以经常成为百姓的灾难。元朝的时候，曾经开凿了一条支流，让漳河的水流入卫河，以减缓水势。永乐年间，这条支流被堵塞了，但旧址还在，距离广平府大留村十八里。应该调集民夫，重新开凿这条支流，设置水闸，把水引流到卫河，同时疏通广平、肥乡的水道。这样一来，漳河的水位就会下降，百姓就不会受灾了，而卫河的水位也会增加，有利于漕运。” 皇帝采纳了他的建议，漳河的水最终又可以流入卫河了。
正德元年，他们疏浚了滏阳河。这河以前在任县新店村东北，发源于磁州。它流经永年、曲周、平乡，到穆家口汇合百泉河等河北的河流。永乐年间，漳河决堤，和滏阳河汇合了，两条河经常一起泛滥成灾。到了景泰年间，漳河又和滏阳河汇合，冲毁了曲周等县，沿河的地方都修筑了堤坝来防御。成化年间，旧河淤塞了，河水冲开新店西南，形成了一条新河，沙河、洺河等也汇入穆家口，同样也修筑了堤坝。英宗时期，漳河已经通到卫河了。弘治初年，又把一部分水引入了御河，于是就放弃了滏阳河的堤坝不管了。后来，漳河的水又流入新河，两岸的土地都被淹没了。任县百姓高旸等人上书反映情况，朝廷派巡抚官员去勘察，上奏说：“穆家口是许多河流汇集的地方，应该从这里开始治理，同时疏浚新旧两条河，让河水分开流淌。漳河、滏阳河的堤坝破损了，要逐步修筑。”朝廷采纳了这个建议。从那时起，漳河和滏阳河汇合后，通往卫河的路逐渐被淤塞了。
万历二十八年，给事中王德完上奏说：“漳河决堤的地方是小屯，向东流经魏县、元城，到达馆陶流入卫河，这是第一次变化，危害比较小。如果决堤的地方是高家口，水流就会在临漳南北分成两股，都流到成安东吕彪河汇合，再流经广平、肥乡、永年，到曲周流入滏水，一起流到青县口再进入漕河，这是第二次变化，危害就大了。滏水承受不了漳河的水，现在又让漳河的水流入滏水，滏水狭窄，无法承受巨大的水流，就会泛滥成灾，百姓受苦。卫河过去依靠漳河的水，现在却放弃了漳河的水，水流细小缓慢，就无法冲刷泥沙，就会干涸，漕运受阻。堵塞高家河的河口，把水引到小屯河，花钱少，好处多，这是最好的办法。还可以从回龙镇到小滩流入卫河，虽然花钱多，但危害小，这是中等办法。在吕彪河河口筑堤，加固漳河的堤坝，漕运不会因此受益，地方也不会因此受害，这是最差的办法。”朝廷命令河漕督臣召集大家商议，执行这个方案。直隶巡按御史佴祺也请求疏导漳河，并下令督臣赶紧疏导漳河，让它汇入卫河，以求长久治理。但最终没有实行。
沁河发源于山西沁源县绵山东边的山谷。它穿过太行山，往东南流淌三十里就进入河南境内了。绕过河内县的东北面，继续往东南流到武陟县，最终和黄河汇合，一起往东流，一直到徐州，用来漕运粮食。沁河的一条支流从武陟的红荆口出发，流经卫辉，然后汇入卫河。元朝的郭守敬说过：“把沁河多余的水引到武陟，再往北流，和御河汇合，用来灌溉田地。”这就是沁河流入卫河的旧迹。
明朝初期，黄河从荥泽转向陈州、颍州，直接流入淮河，不再和沁河汇合了。于是人们就开凿渠道引黄河水，让黄河水重新流入沁河。过了很久，沁河的水全部流进了黄河，而沁河流入卫河的旧河道就堵塞了。武陟县，就是沁河和黄河交汇的地方。永乐年间，这里多次决堤，又多次修筑堤坝。宣德九年，沁河在马曲湾决堤，水流经获嘉到达新乡，水流很深，形成了一条河，新乡城北又形成了一个湖泊。虽然修筑了堤坝来防洪，但还是没能完全控制住洪水。新乡知县许宣建议加固决堤的地方，让沁河水走原来的河道。朝廷派官员去勘察，同意了这个建议。沁河的水势稍微平息了一些，而它的支流又重新流入了卫河。正统三四年间，武陟的沁河堤坝又多次决堤和修筑。正统十三年，黄河在荥泽决堤，背离沁河而流。于是人们就在武陟东宝家湾开凿了三十里的渠道，把黄河水引到沁河，再流入淮河。从那以后，沁河和黄河更加紧密地汇合在一起，而沁河流入卫河的部分逐渐淤塞了。
景泰三年，佥事刘清说：“自从沁河在马曲湾决堤流入卫河后，沁河、黄河、卫河三条河就相通了，水运也方便了不少。现在决口已经堵上了，卫河水位很浅。运输的船只都走黄河，经常遇到危险和阻碍。应该派官员疏浚沁河，补充卫河的水量，让军队和百姓的运输船只根据远近选择合适的河道运输。”皇上批准了这个请求，并下令让巡抚召集大家一起商议。
明年，清朝的官员复奏道：“东南的漕船，因为水浅，进不去啊！建议从荥泽进入沁河，疏浚冈头一百二十里，打通到卫河。再说，张秋决口，水流经沁河汇入黄河，水势变得又急又猛。如果把沁河的水引到卫河，张秋决口的问题就解决了。” 负责运输的官员王晏也说：“在冈头开个闸口，把沁河的水分流，一部分南下黄河，一部分北上卫河。遇到涨水就关上闸门，这样漕运就永远不会有危险了。” 皇上就下令让漕运都御史王竑等人去调查核实，然后汇报情况。
第二年，给事中何升又提了个建议：“沁河已经有漏港形成了河道。临清屯积了很多搁浅的船只，应该让这些船从这里进入黄河，二十天就能到淮河。”皇上就让王竑和都御史徐有贞去查看。结果，引沁河的计划最终还是被放弃了。 一开始，王晏建议漕运走沁河，很多官员都说不行，不划算。但王晏坚持己见。吏部尚书王直建议派官员去实地考察河道，就让侍郎赵荣和王晏一起去了。赵荣也认为不可行，这个提议也就不了了之了。
天顺八年，都察院都事金景辉再次建议疏浚陈桥集古河，分流沁河的水，向北连接长垣、曹州、钜野，最终到达漕河。皇上命令调查核实后汇报，但最终也没能实施。
弘治二年夏天，黄河在埽头五处决口，水流进了沁河。到了冬天，黄河又在祥符的翟家口决口，和沁河汇合，从丁家道口流出。过了好几年，到了弘治十一年，员外郎谢缉因为黄河决口，担心会把沁河的水引到南方流去，导致徐州和吕州的运河干涸。所以他建议堵住黄河决口，加固沁河的堤坝，让沁河的水都流进徐州。这事儿刚交给有关部门去调查研究，第二年，漕运总兵官郭鋐就和副使张鼐一起上书，提出了一个引沁河的方案：在武陟的木栾店开凿一条渠道，一直通到荆隆口，把沁河的水引到贾鲁河，然后从丁家道口以下流向徐州和淮安。如果黄河万一南移，就利用这条渠道把沁河的水引过去，保证徐州和吕州的漕运。皇帝马上就让张鼐去负责这件事。
可是，曹县知县邹鲁却反对张鼐的方案，他说把沁河的水引走，肯定会堵住沁河和黄河汇合的地方，到那时沁河的水没地方去了，就会漫过田地和房屋。要是等到下游的河道疏通了再堵住沁河的入口，水势会像猛兽一样冲破薄弱的地方，千里之堤溃于蚁穴，造成的灾害比黄河决堤还严重。而且，从木栾店修到飞云桥，路程有上千里，需要上百万民夫，就算干上十年也未必能完成。兖州知府龚弘也支持邹鲁的意见，于是上奏朝廷说：“张鼐看到黄河水往南流，所以才提出了这个方案。但是现在秋天的河水倒流向东北，应该赶紧疏通河道，加固堤坝。”最后，朝廷采纳了河道官员和地方官员的意见，加固了丁家口上下游的堤岸，张鼐的方案最终被否决了。
几十年后，到了万历十五年，沁河在武陟东岸的莲花池、金屹山附近决堤，新乡、获嘉都被淹没了。朝廷讨论要修筑堤坝来阻止洪水。都御史杨一魁说：“黄河是从沁河流入卫河的，这是黄河原来的河道。自从黄河改道以后，沁河也跟着往南流，卫河经常干涸。应该把沁河的水引到卫河，别让它再帮着黄河一起兴风作浪了。”兵部回复说：“沁河的水流入黄河，卫河的水流入漕运河道，这种情况已经很久了。最近沁河在木栾莲花口决堤往东流，杨一魁因此才提出了这个建议。但是，户部官员常居敬去实地考察后，说：‘卫辉府的府治地势比黄河低，恐怕会遭到冲刷。而且沁河的水里沙子很多，流入漕运河道反而会造成危害，不如加固决口，拓宽河道。’”最后，杨一魁的建议也被否决了。
三十三年，茶陵知州范守己又说：“嘉靖六年，黄河在丰县、沛县决堤了。胡世宁说：‘沁水从红荆口分流进入卫河，这几年才堵塞了。应该在武陟、阳武一带开一条河，向北通到卫河，以防备徐州、沛县那边堵塞。’当时盛应期负责开挖新河，这个建议就没被采纳。大概十年前，河沙堵塞了沁水的河口，沁水流不进黄河了，就从木栾店东边决堤，奔流进入卫河，这下证明胡世宁关于红荆口的说法是对的。当时当地官员堵上了决口，修筑了坚固的堤坝，又把沁水引回黄河。但是堤坝外面的河道一直通到卫河边上，到现在还留着呢。建议在堤坝上修建石闸，分出一条支流，从决口的地方向东流入卫河。这样漕运的船只就可以从邳州溯黄河而上，再经沁水进入卫河，向东到达临清，那么会通河就可以废弃了。”皇上让总河道以及巡抚、按察使去勘察研究，结果没实行。
滹沱河，发源于山西繁峙县的泰戏山。沿着太行山脉，流经山西、河北，蜿蜒向东，到武邑县与漳河汇合。然后向东北流到青县岔河口，注入卫河，再往下流到直沽。有人说，九河中说的徒骇河就是它。
明朝初期，旧河道是从藁城、晋州流到宁晋，再进入卫河，后来河道迁移了好几次，位置都不一样。河道本身不是很深，但是水流很大。河道两旁的地大多是平坦低洼的，夏天秋天一下雨，河水裹挟着很多支流一起溃决，经常形成巨大的水灾。水退了之后，因为河床浅而且淤塞，就成了修建河堤的工程。修堤疏浚河道，随时进行抢修，但一直没法彻底治理。洪武年间疏浚过一次。建文、永乐年间，在武强、真定修补决堤的地方三次。到了洪熙元年夏天，连日阴雨，河水暴涨，晋州、定州、深州三个州，藁城、无极、饶阳、新乐、宁晋五个县，低洼的田地都被淹没了，滹沱河从此长期淤塞。宣德六年，河水又暴涨，冲毁了堤坝，调动军队和百姓疏浚河道。正统元年，洪水淹没了献县，决开了大郭鼋窝口堤。四年，洪水淹没了饶阳，决开了丑女堤和献县郭家口堤，淹没了深州一百多里的田地，都下令有关官员去修筑。十一年，又疏通了晋州的旧河道。
成化七年，巡抚都御史杨璇上奏说：霸州、固安、东安、大城、香河、宝坻、新安、任丘、河间、肃宁、饶阳这些地方，经常被水淹，因为地势平坦，水容易积聚。而唐河、滹沱河、白沟河这三条河的上游堤岸普遍低矮脆弱，一下雨就容易决堤。官员们为了自保，常常采取“以邻为壑”的办法，把水往别处排。所以应该查阅以前的河道记录，根据实际情况疏浚河道。皇上听了杨璇的奏报，就让他负责这件事，水患的情况稍微好转了一些。
到了成化十八年，卫河、漳河、滹沱河同时泛滥，冲垮了漕河的河岸，从清平到天津，决口竟然有八十六处！ 这事儿拖了很久都没解决。
弘治二年，真定县对白马口和城边堤坝进行了修缮，总长度有三千九百多丈。五年后，又修建了两道护城堤。但后来还是连续几年大水，真定城内外都泡在水里。后来改修了新河，水患才算平息下来。
嘉靖元年，修缮了束鹿城西的决口，还修了晋州紫城口的堤坝。没过多久，又连续几年遭遇水灾。嘉靖十年冬天，巡按御史傅汉臣上奏说：滹沱河流经大名府，那里以前修建的两道堤坝都被冲毁了，应该修复到原来的样子。于是朝廷就命令地方官员一起商量解决办法。第二年，朝廷派太仆卿何栋去治理水患。何栋说：滹沱河发源于浑源州，汇集了各处山上的水，向东流经真定，从晋州紫城口南边流入宁晋泊，然后和卫河汇合入海，这是它原来的河道。晋州西边高，南边低，所以水冲垮了紫城东边的堤坝，导致束鹿、深州等地被大水淹没。现在应该从藁城张村修到晋州原来的堤坝，修建十八里长，三丈高，十丈宽的堤坝，并且种上椿树和榆树。然后疏浚河道三十多里，引导河水往南流，让它回到原来的河道，这样顺天府、真定府、保定府等地的水患就能一起解决了。皇上还采纳了郎中徐元祉的建议，在真定疏浚滹沱河，以保护城池，又引导束鹿、武强、河间、献县等地的水，沿着滹沱河排出去。这些建议都被采纳了。从那以后几十年，水患都比较少了，没有再发生大的灾害。
万历九年，有个给事中上奏说：“我在任丘看见滹沱河水涨，淹没了无数老百姓的田地啊！请求把从饶阳、河间以下被水淹没的土地，都捐出来给河道，然后招募民夫，把河道挖深，加固堤岸，这样才能长久解决问题。”皇上就下令让抚按官员去调查研究，最后在雄县加筑了八里长的横堤，在任丘加筑了二十里长的东堤。
桑乾河，是卢沟河的上游。它发源于太原的天池，在地下暗流涌动，到了朔州马邑雷山北边，有个金龙池，泉水从那里涌出来，就成了桑乾河。它往东流经大同的古定桥，到达宣府的保安州，雁门、应州、云中几条河的水都汇聚到这里。然后它穿过西山，进入宛平地区。到了看舟口，分成两条支流。一条往东流经通州的高丽庄，注入白河；另一条往南流经霸州，和易水汇合，再往南流到天津的丁字沽，注入漕河，这条河就叫卢沟河，也叫浑河。河水刚过怀来的时候，被两座山夹着，水流不怎么宽阔。可是到了京城西边四十里石景山东边，地势平坦，土壤疏松，河水冲击冲刷，河道经常变动，让人没办法预测。元朝的史书上把卢沟河叫做小黄河，因为它河水浑浊。上游在西山后面的那段河，水量时多时少，变化不定，倒也没什么危害。
嘉靖三十三年，御史宋仪望曾经建议疏通河道，用来漕运宣府、大同的粮食。嘉靖三十九年，都御史李文进因为大同边境缺粮，也建议“开通桑乾河作为运输通道。从古定桥到卢沟桥务里村，水运要经过五段，共七百多里，陆运只有两段，八十八里。春秋两季运输，可以运送两万五千多石粮食。而且还可以建造浅水船，从卢沟一直运到天津，并在务里村、青白口等八个地方建立粮仓，方便调拨粮食。” 但这些建议都没能实施。下游在西山前面的那段河，经常泛滥成灾，危害庄稼，京畿地区为此受了不少苦，所以加固堤防的工作非常紧急。
明朝洪武十六年，他们疏浚了桑乾河，从固安到高家庄，一共八十里；霸州西支河二十里，南支河三十五里，修了不少地方呢。
后来到了永乐七年，固安贺家口决堤了，水都漫出来了！十年后，卢沟桥和河堤都垮了，好多官田民房都被淹了，还有不少人和牲畜都淹死了，想想都惨！洪熙元年，东狼窝口又决堤了。宣德三年，卢沟堤也溃了，每次都得派兵去修。宣德六年，顺天府尹李庸说：“永乐年间，运河在新城决堤，水流改道到周口，结果导致河道淤塞。霸州桑圆里一带，每年水涨都没地方泄洪，水漫出来倒灌，一直灌到海子凹、牛栏佃那些地方，得赶紧修啊！”皇帝就同意了。宣德七年，侍郎王佐又说：“通州到河西务的河道太浅太窄了，张家湾西边以前有个浑河，可以疏浚一下。”但是皇帝觉得工程太大，就给否了。宣德九年，东狼窝口又决堤了，皇帝就派都督郑铭去修。正统元年，又让李庸去修，这次还包括卢沟桥小屯厂溃堤的地方，第二年才修好。过了三年，白沟和运河的水都涨了，保定县安州堤五十多处都决堤了，皇帝又让李庸去修，还让他修了龙王庙南边的石堤。正统七年修了浑河口，八年修了固安的决口。
成化七年，霸州知州蒋恺说：“咱们城北草桥界河，上面连着浑河，下面到小直沽流入大海。永乐年间，浑河改道了，往西南流经固安、新城、雄县到霸州，经常决堤，危害很大。最近孙家口决堤了，水往东流，一直流到三角淀。小直沽是浑河原来的河道，咱们可以利用它的自然走向，修筑堤岸。”皇帝就下令让顺天府的官员去勘察，看看能不能行。成化十九年，皇帝又派侍郎杜谦去督理卢沟河的堤岸。弘治二年，杨木厂堤决堤了，皇帝就派新宁伯谭祐、侍郎陈政、还有内官李兴等人，带着两万官兵去修。正德元年，又修了狼窝决堤的地方。可是过了一段时间，下游的分支河道都淤塞了。
嘉靖十年的时候，根据郎中陆时雍的建议，开始动用民夫疏浚河道。三十四年，修缮了从柳林到草桥大河的河段。四十一年，皇帝命令尚书雷礼修缮卢沟河的河岸。雷礼说：“卢沟的东南有一条大河，从丽庄园流入直沽，然后入海，河道沙洲有十多里长。稍往东边，还有一条支流，从固安流到直沽，水位比较高。现在应该先疏浚这条大河，让河水回到原来的河道，然后再筑起长堤加固。河道决口的地方水流湍急，人力很难迅速完成工程。西岸原来的河堤绵延八百丈，遗址还在，应该一起修筑。”皇帝采纳了他的建议。第二年工程完工，东西两岸的石堤总共九百六十丈。
万历十五年九月，皇帝到石景山，亲自查看浑河的水势。他把辅臣申时行叫到帐篷里，说：“我经常听说黄河决堤，造成的灾害不断，所以想看看浑河的水势，来了解一下水流的情况。现在看到浑河水流这么汹涌，就知道治理黄河的难度更大。应该责成有关部门更加谨慎小心，不要把劳民伤财当成惯例。选用人才一定要慎重，吏部和工部要明白地向我汇报情况。”
胶莱河位于山东平度州的东南，胶州的东北。它的源头在高密县，分南北两支水流。南支水流从胶州麻湾口入海，北支水流经过平度州，在掖县海仓口入海。这是讨论海运的人必须重视的问题。元朝至元十七年，莱州人姚演提出开凿新河的建议，计划开凿三百多里的河道，从胶西县东陈村的海口开始，向西北延伸到胶河，然后从海仓口入海，这就是所谓的胶莱新河。后来因为耗费巨大，难以完成而停止了。
明朝正统六年，昌邑人王坦上奏说：“漕河水位浅，士兵们常年累月地辛苦劳作。以前江南地区经常使用海运，从太仓到达胶州。胶州有原来的河道连接掖县，应该疏浚这条河道。从掖县经海路到直沽，可以避开东北海上的险峻路段几千里，比漕河要近得多。”但是，有关部门驳回了他的建议。
嘉靖十一年，御史方远宜等人再次建议开凿新河。但是因为马家墩几里地都是石头山冈，这个建议又被否决了。十七年，山东巡抚胡缵宗说：“元朝时新河的石座遗址还在，只是马壕没有打通。我已经招募民夫进行开凿，请求再次疏浚淤塞的河道三十多里。”皇帝批准了他的请求。
十九年的时候，副使王献跟皇帝建议说：“劳山以西有薛岛、陈岛，那地方全是石头，竖着立着，横着躺着，遍布海中，险峻得很。元朝人当年为了躲避这些险礁，所以就绕着海走，从成山正东绕到登州，再到莱州，最后才到直沽。你看胶莱的地图，薛岛西边有一座山叫小竺山，两座山峰夹峙着，中间有个石冈，叫马壕，山脚下南北两边都连着海崖，北边就是麻湾，再往北一点就是新河，再往西北就是莱州的海仓。从麻湾到海仓只有三百三十里，而从淮安绕过马壕到直沽，却要一千五百里，这样绕海太危险了。元朝人曾经尝试过开凿这条路，但是遇到石头就停工了。现在，咱们开凿马壕通往麻湾，疏浚新河通往海仓，这样就方便多了。” 王献就在元朝人原来开凿的地方往西七丈左右继续开凿。一开始土和石头各半，越往下挖，全是石头，而且石头硬得像铁一样。我们就用大火烧，再用水浇，石头就烂了，变成了灰烬。海水汇聚过来，麻湾就通航了，长十四里，宽六丈多，深度是宽度的二分之一。从此，江淮的船只就能直达胶莱了。过了第二年，他又继续疏浚新河，河水四处涌来，河道越来越深阔，于是就设置了九个闸门，架设了浮桥，还修建了官署来守卫。但是中间有个分水岭，三十多里地很难通行。当时总河王以旂也建议恢复海运，请求先开通平度新河。皇帝说这是无端的议论，会造成扰乱，而王献也正好调走了，所以工程还没完工就停了。
三十一年的时候，给事中李用敬又建议说：“胶莱新河在海运旧道的西边，王献开凿了马家壕，并把张鲁河、白河、现河的水引过来补充水量。现在淮河的船只可以直接到达麻湾，那就是新河南口；从海仓可以直接到达天津，那就是新河北口。南北三百多里，潮水深入内陆，中间还有九穴湖、大沽河，都可以用来引水灌溉。现在只需要疏浚一百多里的河道，应该赶紧开通。” 给事中贺泾、御史何廷钰也上奏请求开通新河。皇帝下令让何廷钰会同山东的抚按官员去实地考察。结果因为估算的费用太大了，所以又下令停止了工程。
隆庆五年的时候，有个叫李贵和的给事中又提议要疏通运河。皇帝就派了另一个给事中，叫胡槚，去跟山东的巡抚和按察使商量这事儿。胡槚说：“以前挖的那条河，河道容易塌方，引进的白河水流又细，根本不够灌溉。其他的河，比如现河、小胶河、张鲁河、九穴河、都泊河，水都又脏又浅，不够用。胶河虽然有点水源，但是地势东边低，西边高，没法往北引水。总之，这些水都不够用。上游水源都干涸了，没水可引；下游河道又容易被泥沙堵塞，根本坚持不了多久。费这么大力气，一点用都没有。” 山东巡抚梁梦龙也说：“以前挖河的人，错把元朝废弃的河道当成了海运的通道，没考虑到河道太长，春夏水源枯竭，没水可引；秋冬涨水又没地方蓄水。南北两边的海边沙子又容易堵塞河道，船根本走不通。” 最后，这个疏通运河的计划又被否决了。
万历三年，南京工部尚书刘应节和侍郎徐栻又开始讨论海运的事儿，他们说：“海运之所以困难，是因为海上航行危险，容易发生船只沉没事故。现在要解决这两个问题，只需要在胶州以北，杨家圈以南，开挖一百里的河道，这一带没有高山和陡坡阻挡，杨家圈以北都能通海潮。总的来说，要新建的河道占总长度的十五分之一，需要疏通的占十五分之三，需要稍微疏通的占十五分之二。我们用锥子探测了一下，上下都没有石头，完全可以开挖。” 于是皇帝就让徐栻负责这件事。刘应节主张开通海运，而徐栻去实地勘察后发现，胶州附近地势高峻，根本通不了海潮。只有引来泉水才能形成河流，但是这条河要挖二百五十多里，需要凿山引水，还要筑堤建闸，估计要花一百万两银子。皇帝大发雷霆，责备徐栻故意找借口阻挠工作。正好有个叫光懋的给事中上书弹劾徐栻，还请求让刘应节去勘察。刘应节到了之后，说南北两处海口的水都很深很宽，船只可以乘着潮水通行，然后详细地汇报了海运的便利之处。
山东巡抚李世达给皇上上奏说：“南海麻湾以北，按照应节的方案，说沙子堆积很难清除，打算把老路向北移十三里避开沙子。又担心南边连接鸭绿港，东边连接龙家屯，沙子堆积得很高，如果一打开河道，沙子就会随着潮水涌进来，所以又提出了修建闸门拦沙的方案。我认为，闸门关上，潮水怎么进来？闸门打开，沙子又怎么拦得住呢？北海仓口以南到新河闸，大部分河段都是沙子淤积，水位很浅。应节在东岸挖了两里地，才挖掉了两尺厚的沙子，大潮一来，沙子又堆积起来了，所以又提出了筑堤拦水拦沙的方案。我认为，拦住两岸的沙子还行，但是潮水从河中央冲击过来，怎么拦得住呢？分水岭地势高峻，一天只能挖二十丈，却要花一千五百两银子。下面有很多石头，挖起来非常困难。所以又提出了改挖王家丘的方案。我认为，从吴家口到亭口，高峻的地段总共有五十里，大部分都是石头，要花多少钱啊？如果不挖这里，又没有别的河道可以通行了。潮水涨落是有规律的，大潮水稍微远一点，也只到陈村闸、杨家圈，到不了更远的地方。况且一天只有两次涨潮呢！这潮水真是靠不住啊。河道弯弯曲曲，长达二百里，张鲁河、白河、胶河的水都很小，平时积存的雨水也早就干涸了。如果遇到大旱，哪里去找水引进来呢？引水也是靠不住的啊。元朝人曾经疏浚过这条河，史书上说他们耗费巨大，最终也没成功，这足以给我们做个教训。”
巡按御史商为正也说：“在分水岭下面挖，地方宽十丈，用了上千民夫。才挖了几尺就全是石头，再往下挖全是沙子，再往下挖又是黑沙子，再往下挖就涌出泉水，刚挖好就又淤塞了，只能挖到一丈二尺深。如果一定要让海船通行，还得再挖深一丈。就算花上二百多万两银子，也不一定能完成。”给事中王道成也认为这个方案不行。工部尚书郭朝宾建议上报皇上，请求停止这项工程。于是皇上召回应节和栻，让他们解释，最后罢免了他们的职务，停止了这项工程。此后中书程守训、御史高举、颜思忠、尚书杨一魁也陆续提出过类似的建议，但都没有成功。
崇祯十四年，山东巡抚曾樱和户部主事邢国玺又提起了王献、刘应节以前提出的那个方案。就是给朝廷内库拨十万两黄金，修建什么工程，具体没说，反正曾樱后来就下台了。
崇祯十六年夏天，尚书倪元璐建议截断漕粮，改走胶莱河运输军饷。他的想法是从胶河口用小船运到分水岭，然后在车盘岭四十里的山脊上用车运，再从莱河用小船出海，这样就能避免海上的岛礁风险，减少损失。山东副总兵黄荫恩也提出了差不多的建议。可惜，这些建议最终都没实行。
