话说万历元年，黄河在房村决堤了，然后人们赶紧在洼子头到秦沟口之间修了个堤坝。
第二年，有个叫郑岳的给事中就上奏皇帝说：“从茶城到淮安，这条运河有五百多里长，自从嘉靖四十四年黄河发大水以来，淮河入海口的海沙越积越多，现在都跟山一样高了！水流不畅，河道淤塞越来越严重。所以邳州水位变浅，房村决堤，吕梁两地洪水泛滥，茶城还倒灌，这些都是因为海口淤沙没治理造成的。现在光顾着在徐州、沛县之间修堤坝，下游的桃县、宿迁地区，就听之任之，老百姓就像被困在鱼网里的鱼，没完没了地受灾！” 然后，郑岳还献上了宋朝李公义和王令的疏浚河道的图纸和方法，建议朝廷采纳。皇帝下令让河道官员去勘察，结果采纳了他的建议。可是，那年秋天，淮河和黄河都泛滥成灾了！
第二年八月，黄河又决堤了，这次决口的地方在砀山，还有邵家口、曹家庄、韩登家口一带，往北蔓延；淮河也在高家堰决堤，往东蔓延，徐州、邳州、淮安一带，千里土地被淹没。从那以后，桃县、清江一带的河道淤塞严重，漕运船只被阻碍了好几年，淮安、扬州地区水患不断。总河都御史傅希挚重新修筑了砀山月堤，暂时留了三个缺口用来泄洪，到了冬天，这三个缺口也被堵上了。
四年二月，督漕侍郎吴桂芒又上奏说：“淮安、扬州地区洪水泛滥成灾，主要是因为海边的支流和港口长期淤塞，入海口就只有一条云梯河道，导致海水倒灌，河水泛滥，盐城、安东、高邮、宝应等地损失惨重。国家漕运，只顾着救急，没时间顾及漕运，也没时间顾及百姓，所以朝廷虽然设了官职专门负责治河，却没想过要治理海洋。我建议设立一个水利佥事，专门疏通海路，考察地形地势，比如草湾和老黄河都可以引水入海，干嘛非要死守着云梯河道呢？” 皇帝很高兴，马上就批准了他的建议。
桂芳又说：“黄河水和清河、淮河汇合后，流经清江浦外河，往东到草湾，再转弯往西南，经过淮安、新城外河，进入安东县城前面，一直流到云梯关入海。这几年关口经常堵塞，河水越来越浅，只有草湾地势低洼，黄河一旦决口，很可能就会冲垮安东，夺路入海。安东县城因为地处关口，屡次决堤屡次堵塞。去年，草湾东边自己决了个口子，应该在决口西边开挖新的河道，引导草湾的流水，并在金城到五港的河岸筑堤拦水。俗话说得好：‘与其救一路人哭，不如不顾及一家人的哭泣。’现在淮安、扬州、凤阳、泗州、邳州、徐州这些地方，可不是一路人那么简单啊！安东县城已经被洪水包围，只剩下文庙和县衙还有一些残垣断壁，眼看就要被淹没了，不如放弃它，来拯救整个淮河流域。”皇上不想放弃安东县，就下令按照桂芳的建议，在草湾开挖新河道。八月，工程完工，新河道长达一万一百多丈，堵上了二十二处决口，动用了四万四千名民工。皇上因为海口疏通了，水患逐渐平息，就赏赐了桂芳等人。
过了一段时间，黄河又决堤了，这次是在韦家楼，接着又决了沛县的缕水堤，丰县、曹县的长堤也决堤了，丰县、沛县、徐州、睢宁、金乡、鱼台、单县、曹县田地里，不知道有多少人被淹死了，洪水都快要淹到宿迁城了。皇上听从了桂芳的建议，决定迁走县城，建造土城来躲避洪水。这时，御史陈世宝建议恢复老黄河的旧河道，他说：“黄河从桃源三义镇流经清河县北边，到到河口与淮河汇合入海。运河从淮安天妃庙沿着淮河往下流，十里就到到河口，从三义镇出口向桃源大河方向走，总共七十多里，这就是老黄河。到嘉靖初年，三义镇河口淤塞了，黄河改道从清河县南边与淮河汇合，从此运河就不再经过大河口，而是直接从清河北边往上走了。最近，崔镇河段屡次决堤，黄河水势逐渐向旧河道靠拢。如果重新开通三义镇河口，引导黄河水流入清河以北，或者让黄河水从大河口与淮河汇合，或者在清河西边另开一条河，把淮河水引到黄河上游，那么运河就不会有危险，淮河、泗河的水也不会被黄河水上涨淹没。”有关部门的回复是同意执行这个方案。
桂芳说：“淮河过去是和清河汇合，然后流向黄河，最终入海。自从去年秋天黄河在崔镇决堤后，清江河道淤塞严重，淮河河口也堵住了。所以淮河变弱了，黄河变强了，淮河夺不过黄河，抢不到通往大海的路，只能改道南流，横冲直撞地灌进了山阳、高邮、宝应一带。以前湖水不超过五尺，堤坝也只有七尺高，现在堤坝加高了一丈二，水位却还是超过了堤坝。应该赶紧加固湖堤，以减缓水势。” 朝廷商议认为，必须先找到淮河的出海口，才能保住堤坝，于是让桂芳他们好好商量个办法。奏报批准了。
开挖新河道和加固堤坝两种方案还没决定下来，黄河又在崔镇决堤了，宿迁、沛县、清河、桃源两岸堤坝多处决口，黄河淤塞日益严重，淮河被黄河逼迫着，只能往南流，这已经是五年八月了。希挚建议堵住决口，把水流引回漕河。桂芳想冲刷出一条新河道，让黄河走老黄河入海的路。皇帝下令赶紧堵住决口，等水势稍微稳定一些，再采纳桂芳的建议。当时给事中汤聘尹建议把淮河改道入长江，以避开黄河。这时桂芳又说：“黄河水正往老黄河的旧河道流去，水流湍急，淮河就趁机涌进了清口旧河道，淮安、扬州的水位渐渐消退了。”朝廷商议派人去勘察，看到黄河、淮河已经汇合了，就停止了改道入长江的计划。
管理南河的工部郎中施天麟说：
“淮河、泗河的水不从清口流出，而是流向山阳，从黄浦口入海。浦口不能完全泄洪，导致高邮、宝应、邵伯等湖泊被淹，湖堤都被淹没了。这是因为淮河、泗河本来不流进湖里，现在流进湖里了。淮河、泗河流进湖里，是因为清口以前没淤塞，现在淤塞了。清口淤塞，又是因为黄河淤塞越来越严重，淮河不得不让路往南流。其实淮河和黄河的力量差不多，胜负也各占一半。自从高家堰毁坏后，清口里面的通济桥、朱家等河口都被淮河水灌进去了，这样淮河、泗河的力量就分散了，黄河就能全力以赴地攻其弱点，这就是清口今年特别淤塞的原因。下游淤塞了，上游就不得不决堤。”
每年粮食运输船只都在四五月份完成，可是堤坝却总是在六七月份决堤。水灾发生时根本来不及抢救，等到水退了才开始堵塞缺口。刚到春天，运输任务又紧迫起来，堤坝修好后，河道根本没时间清理。河道不疏通，来年河床就会更高。上游决堤，一定会波及徐州、吕梁，不会只限于邳州、迁安；下游干涸，将会波及邳州、迁安，不会只限于清河、桃源。必须不惜牺牲一年的粮食运输，不惜花费数万两国库银两，彻底疏通河道，宽限工程期限，才能做到一劳永逸。
接下来，高家堰、朱家等河口，要及时堵塞，让淮河、泗河合力抵挡黄河的冲击，这样淮河的旧河道就能恢复，高邮、宝应两地的大患就能减轻。如果兴化、盐城海口淤塞了，也要大力疏浚。湖泊堤坝要多修建泄洪闸，堤坝下游要多开挖支流。总之，治理淮河之前必须先治理黄河，疏通淮河才能巩固堤坝，这是肯定的。” 然后把这件事交给河漕官员们商议。
淮河从清口流出，黄河水通过老黄河奔腾注入，但老黄河长期淤塞，不久又会堵塞，淮河水仍然泛滥成灾。给事中刘铉建议赶紧疏通海口，并选派大臣与河漕官员一起治理。于是朝廷任命桂芳为工部尚书兼理河漕，同时裁撤了总河都御史的官职。桂芳刚受命就去世了。
六年夏天，潘季驯接任。当时给事中李涞建议多疏浚海口，引导河水入海。给事中王道成则建议堵塞崔镇决口，修筑桃源、宿迁长堤，修理高家堰，恢复老黄河的河道。这些建议也下发给河道官员们讨论。潘季驯和督漕侍郎江一麟一起勘察了水势，然后说：
海口那地方，从云梯关往下，宽的有七八里，宽的甚至十多里，深也有三四丈。要是想另外开凿一条河道，必须得保证深度和宽度都差不多，才能保证水流的进出，这工程量太大了，非常难办。再说，还没到海口呢，陆地上还能施工，可到了入海的地方，潮涨潮落，跟原来的河口一样，没法施工。原来的河口都是淤积的沙子，人力根本挖不动，但水流自己能冲刷，海口这地方根本没法挖。所以，最好的办法是引导黄河入海，利用水来治理水，这就是疏浚海口的策略。
但是，黄河也不能靠人力来引导，只能加固堤防，不让它四处决堤，这样河水就能顺着地势流向大海，沙子也会跟着水流走，这就是引导黄河的策略。这些年来，一直都在加固堤坝，可是因为堤坝太低矮，不够结实，而且位置太靠前，空间不足，再加上用了很多浮沙，所以根本坚持不了多久。所以黄河在崔镇决堤，大量河水往北流，就是因为没堤坝啊！淮河在高家堰和黄浦口决堤，大量河水往东流，也是因为堤坝不结实！不能怪治理措施没做好，却怪筑堤是下策，这说法能说得通吗？上游四处决堤，下游又分流，水流到云梯入海口的地方，就像强弩之末一样，力量已经很弱了，怎么可能把淤积的沙子冲到海里去？
所以，现在要疏浚海口，最紧急的任务是先堵住决口，引导黄河入海，更要加固堤坝，防止决堤。想要堤坝不决堤，就必须用真土，别掺杂浮沙，要筑得高筑得厚，别心疼钱，要让出足够的空间，别跟人家抢地盘，这样堤坝才能坚固。只要沿河堤坝坚固了，崔镇的决口堵上了，黄河就不会四处决堤，水流就能集中力量冲刷河道。高家堰修好了，朱家口堵上了，淮河就不会四处决堤，就能和黄河汇合，形成强大的水流。黄河和淮河汇合之后，就能控制海口的水势了。但又怕水流分散力量变弱，所以必须暂时堵住清江浦河，设置闸门严加控制，防止河水倒灌。草湾河先不管它，集中力量修复云梯河道，恢复它的原状。还要继续修筑淮安新城长堤，防止水流从这里流走。这样，黄河和淮河的水力都集中了，涓涓细流都流向大海，力量强大而集中，下游的淤沙自然会冲走，海口不用疏浚自然就开阔了，河道不用疏通自然就变深了。这就是说，加固堤坝就能引导黄河，引导黄河就能疏浚海口。
这么说吧，黄河水进入徐州，经过邳州、宿州、桃源、清江浦，到清江浦和淮河汇合，然后一起东流入海。淮河水从洛阳和凤阳发源，经过盱眙、泗州，到清江浦和长江汇合，然后一起东流入海。这就是黄河和淮河原来的河道。以前朝廷运送江南的粮食，都是从扬州直接往北，经庙湾入海，根本没走淮河。陈瑄这个人，他开始修建管家湖一带的堤坝，开通淮河作为运输水道。他担心淮河水会泛滥，就在高家堰修建了堤坝来抵挡，又从武家墩一直修到阜宁湖，这样淮河就不往东侵犯了。他还担心黄河水会泛滥，就在清江浦以北修建了堤坝来抵挡，从清江浦沿着钵池山、柳浦湾一直往东修，这样黄河就不往南侵犯了。
后来，堤坝渐渐倾斜，水从高家堰决口灌入，淮安府地区就成了水乡泽国，跟鱼鳖一个样。可是当时负责这事的人，没搞清楚原因，就说海口堵塞了，应该赶紧挖一些支流。他们哪里知道，草湾一开，西桥以上正河就淤塞了！新河才二十多丈宽，深却只有一丈左右，跟原来的河道比起来，还不到三十分之一，怎么可能承受整个河水的流量？下游堵塞了，上游自然就溃决了，所以崔镇等地就出现了决口。现在新河又堵了，原来的河道渐渐通了，虽然深度和宽度还不到原来河道的十分之一，但是两条河的水都流进去了，泥沙随着水流冲刷，想要恢复原来的河道并不难。河道恢复后，宽的地方七八里，窄的地方也有三四百丈，滔滔东流，哪还有什么水容纳不下？所以根本不需要另开别的河道，甚至草湾也不需要疏浚了。
所以，现在最好的办法，就是修复陈瑄以前修建的那些东西，把南北两堤加高加固，阻止两条河的水往里灌，这样淮安、扬州的淹没问题就能解决了。堵住黄浦口，修建宝应堤，疏浚东关等浅滩，修好五个闸口，恢复五个坝子，这样淮南的运输水道就安全了。把桃源以下崔镇口等决口堵住，这样整个河水就能回到原来的河道。黄河、淮河都没有旁支决口，一起奔流入海，泥沙就会随着水流冲刷，海口自然会恢复畅通，桃源、清江浦的浅滩阻塞问题，也就不用再担心了。这就是以水治水的方法啊！至于那些捞泥沙的办法，只能在闸河里用，以前用过很多次都没成功，只是白白浪费人力物力。
好家伙，这奏折上写着六条建议：第一，堵住决口，把黄河拉回来；第二，修筑堤坝，防止溃决；第三，修复闸坝，防止外河水倒灌；第四，修建滚水坝，加固堤岸；第五，停止疏浚海河工程，省点钱；第六，别再提开挖老黄河的事了，保持现状有利于漕运。皇帝全听他的。
七年十月，黄河和淮河的工程完工了。皇帝赏了季驯和张一麟银子，还派给事中尹瑾去实地考察验收。八年春天，季驯升官了，当上了太子太保兼工部尚书，还给儿子荫了官。张一麟他们也升了官，各有提升。这次工程浩大啊，修筑了高家堰堤六十多里，归仁集堤四十多里，柳浦湾堤东西七十多里，堵上了崔镇等地的130多个决口，修筑了徐州、睢州、邳州、宿州、桃州、清河两岸的遥堤五万六千多丈，在砀山和丰县各修建了一道大坝，徐州、沛县、丰县、砀山之间的缕堤一百四十多里，建了崔镇、徐升、季泰、三义四个减水石坝，把通济闸迁到了甘罗城南，淮河和扬州之间的堤坝没一处没修的，总共花了五十六万多两银子。那年秋天，季驯又升官了，当上了南京兵部尚书。季驯还想恢复新集到小浮桥的旧河道，但是给事中王道成和河南巡抚周鉴不同意，这事儿就没成。从桂芳、季驯开始，总河的职位就不设了，之后就由督漕的官员兼管河道。高家堰刚修好，河口也疏通了，好几年都没出什么大问题。
十五年的时候，封丘、偃师、东明、长垣这些地方又开始屡次决堤了。大学士申时行说：“黄河决堤的地方涉及三个省，各地的官员分头修，容易互相推诿责任。现在河道还没坏到不可收拾的地步，不用专门派都御史去管，派个经验丰富的老给事中去看看就行了。”于是皇帝就派了工科都给事中常居敬去。常居敬建议修筑从大社集东到白茅集的一段长堤，一百里长。皇帝同意了。
一开始啊，黄河是从徐州的小浮桥流进运河的，河道又深又靠近洪泽湖，能利用洪水冲刷河道，让运河畅通无阻。后来呢，河道慢慢地改道了，先到了沛县的飞云桥，又到了徐州的大、小溜沟。到了嘉靖朝末年，黄河在邵家口决堤，改道流经秦沟，从浊河口进入运河，河水变浅了，逼近茶城，茶城年年淤塞，运河经常受阻。万历五年冬天，黄河又往南偏，回到了小浮桥原来的河道，没多久又淤塞了。
潘季驯治理崔镇的时候，加高加厚了堤岸，把河水约束在漕运河道里。后来每次发大水，河道官员就加高堤坝，结果河道越来越高。于是，督漕佥都御史杨一魁想恢复黄河原来的河道，建议从归德以下的丁家道口疏浚到石将军庙，让黄河重新从小浮桥流出。他还说：“治理水患要疏通，不能堵塞。这些年来，堤坝上再加堤坝，河水高高在上，简直像要冲破堤坝一样危险。靠近河边的城镇，一旦决堤，就会被洪水淹没。应该测量河道的深浅，该疏通的地方就疏通，在黄河的分流故道上，设置泄洪闸门来排泄暴涨的河水。” 给事中王士性也建议恢复老黄河的河道。他的主要观点是：
“从徐州往下，河道越来越高，而我们又用堤坝约束它，堤坝的高度都快赶上徐州城了。约束得越紧，水流越急，所有的力量都压在淮河上，淮河承受不了。所以，过去黄河和淮河是相通的，现在黄河水势强大了，淮河却越来越窄，不再相通了。黄河水势强盛，一旦打开天妃闸、通济闸等闸门，就会像倒水一样灌进运河。高邮、宝应一旦被堵塞，江南的漕运就会瘫痪。淮河变窄，就会倒灌泗水。为了祖陵的安全，不得不修建石堤保护它。堤坝越高，河道也越高，这根本就非常危险啊！黄河到清河要拐四个弯才能入海。淮安、高邮、宝应、盐城、兴化几百万人的性命，都系在一线之间，一旦决堤，就都成了鱼虾的乐园了！”
大家七嘴八舌地讨论，有的说应该加高泗州的堤坝，有的说应该疏通颜家河、灌口河、永济河这三条河，还有的说应该在南边修缮高家堰，在北边修筑滚水坝。可是，我觉得这些都不如恢复黄河原来的河道，这才是个一劳永逸的办法。黄河原来的河道是从三义镇流到叶家冲，然后和淮河汇合。在清河县的北边另有一条济运河，在县的南边还有一条支流。黄河现在抢夺了支流的水，径直往县南流，却放弃了原来的北流路线，但原来的河道形状还在。从桃源到瓦子滩，大约九十里，地势低洼，没法耕种，也没有房屋坟墓之类的阻碍。虽然开挖河道费用巨大，但是一旦恢复了原来的河道，好处将是无限的。
大家意见还没统一。这时，居敬和御史乔璧星都建议重新设立专职的总理大臣来负责治河。于是皇帝就任命潘季驯为右都御史，总督河道。
当时皇帝采纳了居敬的意见，放弃了整治老黄河的方案。潘季驯到任后说：“恢复旧河道，老人们都说那是‘铜帮铁底’，应该开挖，只是每年开支很大，不能一下子就动手。”他又说：“黄河水又黄又急，而汶河、泗河水清且缓，在茶城交汇。到了秋天黄河水暴涨，就会倒灌入漕河，河道淤塞，这是必然的。但是黄河水一旦退去，漕河的水就会跟着流走，沙子也会随着水流走，不用疏浚自然就通畅了。即使有一些浅滩阻碍，最多也就十几天的时间。以前修建的古洪闸和内华闸，黄河水涨的时候就关闭闸门阻止浑水，黄河水退了就打开闸门让清水流进来。最近居敬又增建了镇口闸，闸门离河道越近，水流的调节就越容易。只要严格按照清江浦三闸的管理方法来管理闸门，那么河道就能永远畅通无阻了。”皇帝正想把治河的事全权委托给潘季驯，就听从了他的意见，放弃了恢复旧河道的计划。没过多久，水患就更加严重了。
十七年六月，黄河水暴涨，冲垮了兽医口那边的堤坝，又漫过了李景高口的新堤，洪水涌进了夏镇的内河，田地房屋被毁，淹死的人不知道有多少。到了十月，决口才堵上。
十八年，黄河又发大水，徐州城里积水超过一年。大家都在讨论要不要迁城，要不要改河道。季驯疏通了魁山支流，从苏伯湖一直通到小河口，积水这才慢慢退去。十九年九月，泗州发了大水，州府衙门被淹了三尺深，死了十九个居民，连祖陵都被水淹了。山阳那边黄河又决堤了，江都、邵伯因为湖水倒灌，田地房屋也受了损害。工部尚书曾同亨把这事儿上报朝廷，大家议论纷纷。朝廷就派工科给事中张贞观去泗州查看水势，同时听从给事中杨其休的建议，让季驯回家休息，任命舒应龙为工部尚书，负责治理河道。
二十年三月，季驯要离职了，他写了一份奏章，反驳了六个错误观点，坚决主张黄河不能分流，不应该开挖新河，也不应该疏通支流。他还写了一本书，叫《河防一览》，书里主要讲的是要筑堤坝，把河水约束起来，引导河水进入漕运河道；还要在淮河上筑起堤坝，逼着淮河的水流入黄河。这样就能把浑浊的水冲干净，泥沙随着水流走。河水汇合在一起，水流就急，水流急就能冲刷河道，使河道变深；如果河水分散开，水流就慢，水流慢就会淤积泥沙。上游水流急了，河口自然会畅通，不用特意去开挖。他治理堤坝的方法，有“缕堤”来约束水流，“遥堤”来扩大河道，还有“滚水坝”来泄洪。方法很详细，论证也很有道理。但是，当时黄河水势四处溃决，徐州、泗州、淮安、扬州一带年年受灾，祖陵都被水淹了。季驯认为水患会自然消退，结果却没实现。所以季驯的意见不被采纳了，分黄导淮的方案就这样被提出来了。
贞观到了泗州，跟大家说：“我刚去祭祖陵，看到泗州城就像个漂在水上的大盆子，盆子里的水都满了。从神路到三桥、丹墀，祖陵周围到处都是水。而且高堰坝危险得很，像要塌了一样，高邮、宝应也危险了。现在要疏通淮河，首先得疏通海口淤积的沙子。不过，疏通淮河不如直接治理黄河，治理黄河，在淮河和黄河汇合之后再治理，不如在汇合之前治理。但汇合之后治理，对漕运影响不大；汇合之前治理，对漕运稍微有点影响。综合考虑利弊，最好在汇合之前治理。至于拓宽入海的通道，从鲍家口、黄家营到鱼沟、金城一带，地势比较低，可以利用这些地势来引导河水。”
贞观又跟应龙、总漕陈于陛等人说：“淮河和黄河最终都要流入大海，而淮河通过黄河入海的地方就是清口。因为海口长期没有疏浚，所以河床越来越高；因为河水倒灌，所以清口越来越堵。导致淮河水漫上祖陵，淹到了高邮、宝应，兴化、泰州的运河堤坝也决堤了。现在建议疏通清口沙，并在清口上游十里处分流黄河水，离清口不远，不会影响航运。在上游分流，在下游汇合，这样冲刷大海的力量就更大了。汇合的地方会在草湾的下游，担心会冲刷正河，给淮安城带来灾难。堵住鲍家口、黄家营这两个决口，又担心会横冲新河，四处泛滥。两岸都修筑堤坝，那么东北的清河、沭河、海河、安洼下游地区就不会有溃决的危险。预计费用大概三十六万多两。如果海口堵塞，潮汐就无法到达，很难用工具疏通。只有淮河、黄河合流向东流，河床才会逐渐加深，海口才会逐渐疏通，这也是必然的道理。”皇帝完全采纳了他的建议。于是决定在清口上游北岸开挖腰铺支河，一直通到草湾。
过了一段时间，淮河水自己冲垮了张福堤。直隶巡按御史彭应参上奏说：“祖陵应该不会有危险，而且现在东边正在防备倭寇，应该暂时停止河工。”兵部商议让河道官员仔细考虑。应龙、贞观说：“为了祖陵长远考虑，开挖支河是必须做的工程，请等到明年春天倭寇平息后再进行。”这件事就暂时搁置了。
公元647年春天，朝廷下令，讨论着让开归、徐达去小河口，去救援被洪水淹没的徐州和邳州；同时计划把浊河的水引入小浮桥的旧河道，以减轻镇口地区的灾情。在淮安总河的会议上，大家讨论来讨论去，也没个结果。到了五月，下起了大雨，黄河在单县黄堌口决堤，洪水一部分从徐州流向小浮桥，一部分从旧河道流向镇口闸。邳州城被淹没在水中，高邮、宝应等地的湖堤决口无数。
第二年，虽然湖堤都修补好了，但是黄河水又涨得厉害，清口河段淤塞严重，淮河水流不畅，结果淮河挟带着上游阜陵等地的湖水和山溪水，汹涌地淹没了祖陵，泗州城也被淹没了。公元649年，高邮的中堤以及高家堰、高良涧又决堤了，水患越来越严重了。
在此之前，御史陈邦科上书说：“现在只是加固堤坝，把水堵着，没有疏浚河道，清除河沙的好处，反而导致了堤坝决口。正确的办法应该是疏浚河道，方法有三：一是在冬春季节水位低的时候，让沿河的百姓利用时机捞取河沙，这样河沙就不会一直淤积；二是让官民船只往来时，船尾都系上耙犁，利用风力冲刷河道，这样河沙就不会一直淤积；三是仿照水磨、水碓的原理，制造一些木制机械，利用水流的力量冲刷河沙，这样河沙就不会一直淤积。淮河绝对不能和黄河混在一起，所以高堰绝对不能放弃；湖水泛滥一定会损坏堤坝，所以周家桥决口的地方绝对不能开通；已经被废弃的河道一定会淤塞，所以老黄河、草湾等地方绝对不能恢复通航。”他的奏疏下发到相关部门讨论。户部郎中华存礼则建议恢复黄河旧道，并疏浚草湾。但是当时腰铺还没有开通，工部侍郎沈节甫说：“恢复黄河旧道不能轻易决定，其他的方案都只是治标不治本，应该全部停止。”于是朝廷召回了应龙，让他回到工部任职，那是在公元648年九月。
话说，有个叫吴应明的大臣就说了：“以前因为黄河老是改道，没办法，就修了遥堤和缕堤，想把河水控制住，方便漕运。结果呢，河水一过沙滩就停住了，河床越来越高，徐州、邳州以下的居民全都被淹了。现在呢，清口外面黄河水堵住了，清口里面全是淤泥，黄河水横冲直撞，把上游一百多里地都给淹了，淮河水就只能在沙地上流一点点，盱眙、泗州那边，祖陵都快成水下宫殿了！张贞观有个主意，说要在腰铺开条支流，把水引到草湾去，或者干脆在清河南岸另开条小河，通到骆家营、马厂那些地方，再跟大河汇合，建个闸门控制水流，要是运河水位浅了，就走这条小河，这个办法也挺好。” 说到治理泗水，有人提议炸掉老子山，把淮河水引到长江去。最好再建个闸门，按时开关，把张福堤拆了，加固清口，不让河水往南流。然后呢，朝廷就让负责河运的官员们一起实地考察。
直隶巡按御史牛应元，他去祖陵祭拜的时候，亲眼看到了这河患有多严重，还画了张图呈给皇上，上奏说：“黄河水位高，淮河水又堵，这问题是从嘉靖年间开始的，当时那些治河的官员在徐州、吕梁凿开了两条大洪道，结果淤泥越来越多，河床越来越高，河堤就溃决了。那些官员也没啥好办法，就在两岸修了长堤，叫缕堤。缕堤又决堤了，他们又在几里外又修了一道更长的堤，叫遥堤。虽然每年都修，但根本治标不治本，没个完！”
黄河和淮河交汇的地方，本来是在清河北边二十里外的骆家营，然后拐弯往东到到与淮河交汇的大河口，这就是人们说的老黄河。后来陈瑄觉得老黄河河道弯弯曲曲的，不好，就从骆家营开辟了一条新的河道，也就是现在的河道，而老黄河就淤塞了。万历年间，又开挖了草湾支河，黄河改道从这里流过，结果导致清口交汇的地方，黄河和淮河互相争夺地盘，淮河抵挡不住黄河，就窜进了各个闸口。淮安老百姓就在各个闸口修筑土埂来防洪。后来黄河和淮河暴涨，水退了沙子沉淀下来，清口就淤塞了，现在叫门限沙。当时负责治理的人，不去想办法疏通门限沙，反而在土埂旁边筑起高高的河堰，横亘六十里，把淮河正流的出口给堵死了，还把黄河水从旁边流入的张福口也堵死了，结果导致淮河倒流，淹没了泗陵。前几年，科臣贞观建议疏通门限沙，拆除张福堤，重点在于开挖支河的腰铺段。
总而言之，清口淤沙还没完全疏通，就算腰铺段工程完成了，淮河水也出不去，更何况下游的鲍口、王口等处已经决堤，难以施工。还不如恢复老黄河的旧河道，彻底疏通清口淤塞的地方重要啊！而且疏通上游，不如科臣应明建议的那样，在草湾下游疏通那些决口，让淮河水从安东流向五港，或者在周家桥考虑疏通，同时赶紧堵住黄堌口，疏通萧县、砀山的水道，疏通符离的浅滩阻碍。宿迁小河是淮河水流入黄河的正路，应该赶紧疏通，让淮河水有个出路。
应龙说：“张福堤已经决堤一百多丈了，清口才开始疏通淤沙，而腰铺的开挖更不能放弃。”工部侍郎沈思孝就说：“老黄河从三义镇到叶家冲只有八千多丈，河道还在，应该赶紧疏通，这样河水就分流了，一股从老河道流到颜家河入海，一股从清口与淮河汇合，水患自然就解决了。建议派一个精通水利的官员，和负责河运的官员一起制定一个具体的方案。”于是就命令礼科给事中张企程去勘察。但是因为水患年年都有，一直没有制定出具体的方案，拖延时间，浪费钱财，最后罢免了应龙的官职，让他回家务农，常敬、张贞观、彭应参等人也都受到了相应的处罚。
御史大人提议疏通周家桥，修整张福堤，开辟门限沙，并在周家桥、大小涧口、武家墩、绿杨沟这些地方修建滚水石坝。坝外面还要疏浚河道，加固河岸，让船只可以在河道中间通行。 要把十二闸的塘埂改成坝，在灌溉闸外面开通十二条河道，方便水流入海。还要疏通芒稻河，多修建一些滨江水闸，增加入江的通道。不过，他同时也指出，海口淤塞严重，河沙不断堆积，河床越来越高，淮河也因此难以安稳地流淌。他认为，有些灌口看起来很大，但最近决开的蒋家、鲍家、畀家三口却互相对着，应该把这三口疏通成一条河，让水由此入海。工部主事樊兆程也建议开辟海口，但他认为旧海口根本不能疏浚，应该从鲍家营到五港口开挖一条新河，让水从灌口入海。 两位大人的意见都递交给了工部，皇上也下令委派相关人员进行勘察论证。
这时候，主管河工的工部尚书杨一魁因为被人弹劾，请求辞官，顺便也表达了自己的意见：清口应该疏浚，黄河故道应该恢复，高堰不必修建，石堤不必砌筑，减少水闸和坝的数量就足够了。 皇上没批准他的辞职请求，而是下旨让他尽心尽责做好河工。御史夏之臣则持不同意见，他说海口淤积的沙子不能轻易开挖，草湾河也不必疏浚，腰铺新河四十里也不必开挖，云梯关也不必开辟，最重要的是要赶紧开挖高堰，以保护祖陵的安全。他还说，历年来，高良涧的土堤每逢伏天秋天就决堤，大涧口的石堤每逢洪水就崩溃。高堰存在，对高邮、宝应两地来说好处不大，但高堰一旦决堤，危害就大了。所以不如好好商量一下，赶紧开挖高堰，让大家知道该如何应对。
给事中黄运泰又提出了不同的看法，他说黄河下游的水还没完全泄出去，就急着开挖高堰和周桥来泄淮水，淮河的水就会往南流，黄河水势必会乘机入侵，高邮、宝应之间就会变成一片沼泽，运河和月河也一定会决堤。不如疏浚五港口，直通灌口，让水由此入海，才是最好的办法。皇上最后下令，对这些不同的意见都进行勘察论证。
企程这小子就说了：“以前黄河根本没给祖陵带来什么麻烦，从隆庆年间后期开始，高邮、宝应、淮安、扬州那边就告急了。当时那些当官的只顾眼前，黄河河口淤塞了，他们又修建高高的水坝去堵，把堤坝修得又高又长，把整个淮河的水都堵在了黄河故道里，根本没想到这水势根本承受不住啊。后来又用石头加固，堵得越来越严实，把七十二条小溪汇聚到泗水的那些水，就只留下一两丈宽的小口子往外流，能流出去十分之一，九分之十都堵在那儿。河床越来越高，水流越来越堵，淮河越来越流不出去，积蓄的水越来越多，能不倒灌到旁边，给祖陵带来灾害吗？现在大家都在讨论疏通淮河来保住祖陵，疏通黄河来引导淮河，说法各种各样。说要拆掉高坝的，我认为那可是淮安、扬州的屏障，几乎不能缺少。不如就在高坝南边五十里处，开挖周家桥，让水流进草子湖，大力疏浚，一条路从金家湾流进芒稻河，再流进长江；另一条路从子婴沟流进广洋湖，再流入大海，这样淮河上游一半的水就能疏通了。再在高坝北边十五里处开挖武家墩，让水流进永济河，从窑湾闸流出去，直接到泾河，再从射阳湖入海，这样淮河下游一半的水也有去处了。这可是紧急救治祖陵的当务之急啊！” 这会儿，祖陵积水稍微退了一些，企程就把这个情况报告了皇帝，皇帝一听龙颜大悦，马上又吩咐大臣们赶紧商量着疏通水患。
好家伙，这工程可真复杂！首先，有个叫一魁的，跟另一个官员商量着，想先分流黄河的水，再疏通海口，让黄河水往东海流。
但是，主管漕运的褚尚书觉得不行，说北方连年灾荒，老百姓受不了这么大的工程，建议先疏通淮河，再慢慢考虑分流黄河。御史应元出来打圆场，说疏通淮河简单见效快，分流黄河工程大，好处也多，但河道官员要68万两银子，国家这点钱应该不差吧？
另一个御史陈煃以前在宝应当官，他担心周家桥闸门一开，高邮、邵伯地区就要遭殃了，运输、百姓的财产、盐场都会受影响，所以上书强烈反对，他主张先分流黄河，淮河不一定非要大修。他还建议多开辟几条入海的通道，让高邮、宝应等地的湖水都往东流，这样周家桥、武家墩的水才能顺利排出去。淮安知府马化龙又提出了分流黄河的五大难题。颍州兵备道李弘道又建议开挖高堰。褚尚书把这些意见都汇报上去了。
给事中林熙春不同意，他说：“淮河还是原来的淮河，但黄河已经不是原来的黄河了。以前黄河水位不高，淮河还能正常流动，现在黄河水位高了，淮河反而被倒灌，所以疏通淮河是为了淮河，分流黄河也是为了淮河啊！”
工部最后汇报说：“以前因为倭寇和灾害，腰铺支河分流黄河的工程停了，才导致今天的局面。现在黄家坝分流黄河的工程如果再搁置，淮河堵塞造成的危害，谁来负责？请让负责治河的官员赶紧疏通淮河，分流黄河！”皇上批准了。
二十四年八月，一魁的工程还没完工，又上报了关于分流淮河、疏导黄河的十项建议。十月，河工完工了，直隶巡按御史蒋春芳汇报了此事，又上报了十六项善后建议。然后皇上对一魁等人进行了奖赏。
这次工程，一共用了二十万民工，在桃源开挖了黄河新河道，从黄家嘴一直到安东五港、灌口，长达三百多里，把黄河水分流入海，控制黄河水势。清理了清口七里的沙子，修建了武家墩、高良涧、周家桥三个石闸，开辟了三条淮河入海的通道，还把淮河的一些支流引入了长江。从此，泗州的水患平息了，淮安、扬州也安全了。“
当时有个叫一魁的官员，主要负责管理桃州、清州、淮州、泗州一带的水利工程。可是上游单县黄堌口决堤了，他觉得没必要堵。工部郎中鈇（fū）和春芳都建议堵上。给事中李应策说：“漕运官员负责运输，河工官员负责工程，各有各的看法，最好再让大家讨论一下。”
一魁说：“黄堌口有一条支流，从虞城、夏邑流经砀山、萧县、宿州，到宿迁，然后汇入白洋河；还有一条小支流，从萧县的两河口流出，到徐州的小浮桥，这两条支流相距不到四十里。我们应该疏浚这两条支流，让它们和正河汇合，再把镇口闸里湖的水引过来，和小浮桥的水汇合，这样黄堌口就不用堵了，漕运也不会受阻了。”大家采纳了他的建议。于是，大家开始疏浚小浮桥、沂河口、小河口，以便利徐州、邳州的漕运，并疏导砀山、萧县的漫流，加固归仁堤，保护皇陵。
可是，徐州、邳州那边又觉得清州、泗州的漕运不方便，鈇一直为此担忧。洪武二十五年正月，他又极力主张说，黄堌口不堵上，整个河南都会被淹，危害马上就会显现出来。很多人都担心河水会冲刷归仁堤，危及两座皇陵。三月，小浮桥等水利工程快要完工了，一魁说：“运道已经通畅，河水改道也不会互相妨碍，已经有明确的证据了。只是大家担心皇陵，请让我举些历史例子来反驳。
洪武二十四年，黄河在原武决堤，水流向东南，到寿州后流入淮河。永乐九年，黄河水流入鱼台。没多久又向南决堤，经涡河流经怀远入淮河。当时两条河汇合，经过凤阳、泗州，从清口流出，也没听说危及皇陵。正统十三年，黄河冲毁了张秋。景泰年间，徐有贞堵住了决口，河水又从涡河流入淮河。弘治二年，黄河再次北冲，白昂、刘大夏堵住了决口，河水又向南流，一条从中牟流到颍州、寿州，一条从亳州流到涡河入淮河，一条从宿迁小河口汇入泗河。黄河的大致走向，纵横交错于颍州、亳州、凤阳、泗州之间，下溢到符离、睢州、宿州，也没听说危及皇陵，也没听说冲毁归仁堤。”
正德三年以后，黄河渐渐往北移动了，改从小浮桥、飞云桥、谷亭这三条路入漕河，最终都流向徐州、邳州，然后从二洪（地名）流出去。虽然这样解决了漕运的问题，但泛滥成灾的情况却非常严重。
嘉靖十一年，有人才开始提出，黄河的一支河道从凤阳的祖陵旁边经过，所以不敢轻易动工治理。但是，那时候人们还在不断疏浚祥符的董盆口、宁陵的五里铺、荥泽的孙家渡、兰阳的赵皮寨这些河段，还开凿了睢州的丘店、界牌口、野鸡冈，宁陵的杨村铺这些地方，让河水重新流入旧河道，从亳州、凤阳流入淮河，南流的河道并没有完全断绝。所以说，这根本就没有危及到祖陵啊！
嘉靖二十五年以后，黄河南流的旧河道才彻底堵塞了，河水改从秦沟或者浊河入漕河。五十年来，黄河全部流向徐州、邳州，夺取泗水的河道，流入淮河。但当时负责治理黄河的人却本末倒置，天天修筑堤坝来限制黄河，导致河水越来越堵，淮河承受不住黄河的压力，水位倒退，内涝严重，这才造成了盱眙、泗州和祖陵地区受灾。这实际上是因为河水淤积堵塞造成的，而不是因为外来河水冲击造成的。
万历七年，潘季驯才开始担心黄河水倒灌小河、白洋等河口，挟裹着其他河水冲击祖陵，于是修建了归仁堤作为防御工事，并且夸大其词地说，祖陵的安危完全依赖于这条堤坝。那些听信他说法的人，就怀疑黄河决堤后，会冲垮归仁堤，却不知道黄河一旦决堤，下游泄洪容易，根本就不会倒灌上游。何况现在小河工程马上就要完工了，引河水又会回到旧河道，归仁堤就更没用了，为什么要多此一举呢？奏报准奏。
首先，这位一魁先生，他先动手修建了小浮桥，还治理了义安山，疏通了小河口，引来了武沂泉来帮助漕运。结果呢，就在那年四月，黄河又在黄堌口决堤了，洪水漫过了夏邑、永城，从宿州府的离桥流出来，经宿迁新河口进入大河，还有一半是从徐州进入旧河，用于漕运。可是上游水位下降，义安的拦水坝又冲垮了二十多丈，小浮桥那边的水流就变得很细了，两次洪水过后，河道都干涸了，漕运也堵塞了。
所以一魁就建议，应该疏通黄堌口往上游的埽湾和淤嘴这两个地方，还要大力疏通它下游李吉口北边的浊河，这样才能拯救小浮桥上游几十里干涸的河道。他还上奏说：“黄河往南拐，到了韩家道、盘岔河、丁家庄这些地方，河岸都宽一百丈，水深超过两丈，那是以前黄河的旧道啊！到了刘家洼，河水才开始大规模往南流，借助山西坡、永涸湖来泄洪，然后从溪口流进符离河，这也是旧道。现在徐州、邳州的漕运河道浅而干涸，所以我一开始才建议修建小浮桥，然后再进一步疏通，这样才能大大改善漕运。想要把黄河从黄堌口那里完全恢复原状，那就得疏通四百里淤积的河道，还得在南岸修建三百里的长堤，这可不是小工程，花费巨大不说，我还担心以后会留下无穷无尽的后患。” 御史杨光训他们也建议疏通埽湾，直通浊河，并且修建山西坡的归仁堤，这和一魁的意见差不多，只有一个人叫鈇的持反对意见。最后皇帝采纳了一魁的建议。
一魁又说：“归仁在西北，泗州在东南，相距一百九十里，中间隔着重重山岭。再说，归仁的北边有白洋河、朱家沟、周家沟、胡家沟、小河口都流进运河，形势就像瓶口倾倒一样，就算没有归仁，祖陵也没什么好担心的。浊河淤塞，河床高于地面，曹县和单县之间河面宽一百二十丈左右，深二三丈，还经常泛滥，徐州和邳州之间河面才一百丈，水深只有一丈多，徐州西边有的地方水浅到只有二三尺。而从夏邑、永城、韩家道口到符离，河面宽深跟曹县、单县差不多，水总是往低处流，这是水的本性，河水流经的地方被废弃了，自古以来就很难恢复。再说运河的水源本来就来自山东各地的泉水，并不依靠黄河水，我们应该效仿正统年间在南北口修建水闸的做法，在镇口下游、大浮桥上游、吕梁下游洪泽湖、邳州的沙坊，分别修建石闸，控制汶河、泗河的水量，并利用小浮桥、沂河口的水来补充，还要在镇口西边筑坝拦截黄河水，开通唐家口，把黄河水引入龙沟，再汇入小浮桥，进入运河，这样就能防止黄河水淤塞镇口，这才是万全之策啊！” 奏章呈报后，皇帝批准了。
二十六年春天，根据杨光训等人的建议，撤销了之前的命令，让一魁兼管漕运。六月，皇帝召见一魁让他主管部务，同时任命刘东星为工部侍郎，负责总管河道和漕运。
二十七年春天，东星上奏说：“黄河从商朝、虞朝开始，一直流经丁家道口、韩家道口、赵家圈、石将军庙、两河口，然后从小浮桥流到二洪，这就是贾鲁故道啊。从元朝到咱们大明朝，走这条道都挺方便的。嘉靖三十七年黄河改道北徙到浊河，这条故道就淤塞了。潘季驯曾经建议重新开挖，但是因为工程量太大就停了。现在黄河在黄堌决口，从韩家道口到赵家圈一百多里，冲刷出一条河道，这正是季驯当年建议恢复的那条故道啊！从赵家圈到两河口，直接连通三仙台新渠，才四十里长，只要招募五万民夫疏浚，一个月就能完工，这样大运河和小运河的挑运都能节省很多。虽然李吉口故道以前也疏浚过，后来又淤塞了，去年冬天又疏浚了几里，之前的努力不能白费，但是到镇口还有三百里远，不如赵家圈到两河口这四十里近。况且大浮桥已经建了闸门，可以蓄积汶河、泗河的水，那么镇口的水运也就不需要依靠黄河水了。”皇上批准了。十月，工程完工，皇上把东星升为工部尚书，其他参与的官员也都各有赏赐。
一开始，给事中杨廷兰因为黄堌决口的事，建议开挖泇河，给事中杨应文也赞成这个说法。后来，直隶巡按御史佴祺也再次上奏建议开挖。东星在开挖了赵家圈到两河口这一段后，又采纳了大家的意见，开始开挖泇河，但是因为地里沙石太多，工程还没完工，东星就病倒了。黄河南移后，李吉口淤塞越来越严重，北边的河道就断流了，而赵家圈也逐渐淤塞，徐州、邳州之间三百里河道，水位只有一尺多深，粮船都堵塞了。
话说二十九年秋天，工科给事中张问达上奏朝廷，说黄河出事了。那会儿开封、归德一带发了大水，黄河水位暴涨，冲垮了萧家口，整个黄河水都往南流了。河道变成了平坦的沙地，商船都搁浅在沙滩上。南岸的蒙墙寺竟然不知不觉地漂到了北岸，商丘、虞城好多地方都被淹了，黄河的走向完全偏向了东南，黄堌（huáng kuài）那段河道干脆断流了。河南巡抚曾如春也上报了情况，说：“这是河道改道，不是决堤。”张问达又说：“萧家口在黄堌的上游，要是商船连萧家口都过不去，怎么可能在黄堌东边通行呢？这漕运可就危险了！”皇上听了张问达的话，就派东星去勘察商量对策，结果东星还没来得及行动就死了。张问达再次上奏说：“漕运受损，一个原因是黄堌口决堤没及时堵住；另一个原因是大家一起用力疏浚泇河（hé），导致赵家圈淤塞断流，河道越来越高，水位越来越浅，最终导致萧家口决堤，整个黄河都奔腾着流进了淮河，这势头甚至威胁到了皇陵啊！东星已经去世了，应该赶紧补上河道官员的空缺，尽快制定长远策略。”大学士沈一贯、给事中桂有根也都赶紧建议朝廷任命河道官员。
御史高举提出了三条建议：第一，疏浚黄堌口以下的旧河道，把黄河水引到东边，堵住黄堌口，阻止黄河水往南流，等到旧河道冲刷得够深了，再堵住新决开的口子；第二，疏通泇河和胶莱河，并且说河道漕运不应该由一个人负责，应该选拔合适的人分别负责； 江北巡按御史吴崇礼则建议从蒙墙寺西北黄河弯曲的地方开挖一条直河，让河水往东流。还要疏浚李吉口到坚城集之间淤塞的三十多里河道，彻底堵住黄堌以南决开的口子，让河水都回到正道上。工部尚书一魁采纳了吴崇礼的建议，认为开挖直河、堵住黄堌口、疏浚淤塞河道是主要的策略，疏浚泇河是辅助策略，疏浚胶莱河是备用策略。皇上命令赶紧疏浚旧河道，堵住决口，同时还要疏浚泇河以备不时之需，并下令让山东巡抚和按察使去勘察胶莱河的情况。
话说三十年前的春天，一位名叫一魁的官员向皇帝上奏说：“黄河水势正朝着邳州和宿州方向奔涌，建议修筑汴堤，从归德府一直到灵璧县和虹县，用来阻挡黄河南移。并且疏通小河口，让黄河水全部流入小河口，这样黄河泛滥的情况就能自行缓解，皇陵也就安全了。”皇帝听了很高兴，采纳了他的建议。可是没过多久，就有人再次上奏弹劾一魁。皇帝认为一魁没有堵住黄河的决口，导致黄河冲向皇陵，于是罢免了一魁的官职。随后，皇帝采纳了崇礼的建议，分别设立了河道和漕运两个官员，任命如春为工部侍郎，负责治理黄河。如春建议开挖虞城王家口，引导黄河水全部东流，预计需要花费六十万两银子。
三十一年春天，山东巡抚黄克缵上奏说：“王家口是蒙墙决口的上游，上游的水流已经到达，那么下游就不能再另辟泄洪口了，应该彻底堵住蒙墙决口。”皇帝采纳了他的建议。当时蒙墙决口的宽度超过八十丈，如春新开挖的河道还没达到它的一半宽度，如果直接堵塞蒙墙决口，再把水流导入新河，恐怕新河承受不了。这时有人献策说：“河水回流的力量就像雷霆一样，可以利用这股力量冲刷河道，浅的地方就能变深。”如春于是下令放水，水流裹挟着泥沙，流速较慢，逐渐淤积。到了四月，河水暴涨，冲毁了鱼台、单县、丰县、沛县等地，如春因忧虑过度而病逝。于是皇帝任命李化龙为工部侍郎，接替如春的职务。
给事中宋一韩上奏说：“黄河故道已经恢复，皇陵和运河已经没有危险了。决口恐怕难以堵塞，应该加深浚县以上河道的浅滩，同时加固徐州和邳州两岸的堤防，让下游有足够的容水量，这样旧河道就能堵塞了。”给事中孟成己上奏说：“堵塞旧河道很紧急，但是疏通新河道更加紧急。”李化龙刚上任，黄河就在单县苏家庄和曹县缕堤发生大决口，又决开了沛县四铺口太行堤，洪水灌入了昭阳湖，涌入夏镇，横冲直撞，冲毁了运河。李化龙建议开挖泇河，连接邳州直河，以避开黄河险要地段。给事中侯庆远趁机上奏说：“泇河修建好后，其他的工程可以慢慢进行，只是千万不要让黄河水流入淮河。淮河水位降低，洪泽湖水位就会减少，皇陵自然就安全了。”
话说三十二年正月，工部上报了一份关于治理黄河的奏疏，大意是说：黄河从归德府往下，要入海，主要有三条路：一条是从兰阳道、考城，到李吉口，经过坚城集，进入六座楼，再从茶城往徐州、邳州方向走，这条叫浊河，是中间那条路；一条是从曹州、单州，经过丰县、沛县，出飞云桥，经过昭阳湖，进入龙塘，再从秦沟往徐州、邳州方向走，这条叫银河，是北边那条路；还有一条是从潘家口，经过司家道口，到何家堤，经过符离县，再到睢宁县，进入宿迁，从小河口进入运河，这条叫符离河，是南边那条路。南路离皇陵近，北路离运河近，只有中间那条路离皇陵远，而且方便漕运，之前治理黄河的工程还没完工，河道形状还在变化。奏疏里还说了开挖泇河的六大好处。皇帝采纳了他的建议。
工部尚书姚继可也说了几句：“黄河水流变化无常，治理黄河的人建议在坚城集以上开渠引水，让下游河道通畅，再在六座楼、苑家楼分出两条路来分流，这样既能减轻丰县、沛县的灾害，又不会淹没砀山县城。开挖泇河，分流黄河，两项工程同时进行，请求赶紧拨款支援。”皇帝也同意了。到了八月，化龙上报说分流黄河的工程完成了，具体情况都记载在《泇河志》里。皇上还把化龙升职为太子少保兼兵部尚书。正赶上化龙家里办丧事需要有人顶替，就让曹时聘担任工部侍郎，负责黄河的治理工作。这年秋天，黄河在丰县决堤，水流从昭阳湖冲破李家港口，流到镇口，淹没了南阳，单县的决口又溃堤了，鱼台、济宁之间平地变成了湖。
三十三年春天，化龙说：“丰县的损失，是因为巡守不严；单县的损失，是因为清扫河道不及时；而这一切的根源都在苏家庄决堤。南直隶和山东互相推诿责任，请求分别处罚负责防河的官员。到了来年，大家反而放松了堤防的修缮，却忙着疏浚河道，结果堤坝溃决，洪水泛滥，却不去追究守堤人员的责任，只怪河道疏浚得不够深。河北岸从曹县以下，没有通往张秋的路；南岸从虞城以下，没有通往淮河的路；只有从徐州、邳州到镇口，才是运输的通道。所以，河北如果在曹县、郓城、丰县、沛县之间决堤，水就会从昭阳湖流出李家口，淹没运输通道；如果南岸在虞城、夏邑、徐州、邳州之间决堤，水就会从小河口和白洋河流出，导致运输通道干涸。现在泇河已经修好了，从直河一直通到夏镇，与黄河隔绝了，山东和直隶之间，黄河就无法控制运输通道了。尤其是在朱旺口以上，单县决堤就淹没单县的沼泽地，曹县决堤就淹没曹县的鱼塘，丰县、沛县、徐州、邳州、鱼县、砀山等地都处于岌岌可危的境地，怎么可以放松警惕呢？再说，中州的荆隆口、铜瓦厢都是通往张秋的路，孙家渡、野鸡冈、蒙墙寺都是通往淮河的路，如果这些地方不设防，北方就会破坏运输，南方就会威胁陵墓，危害极大。所以我建议，从西边的开封到东边的徐州、邳州，所有地方都不能放松防备；从上到司道，下到府县，所有的人都不能放松警惕，这样才能稍微缓解一下河患。”于是皇上就下令，责成当时负责的官员去整顿此事。
三十三年春天，化龙跟大家分析说，丰县出事是因为巡逻没做好，单县出事是因为清扫河道太慢了，但根本原因都在苏家庄决堤。南直隶和山东互相推卸责任，都要求惩罚各自负责防河的官员。可到了第二年，大家反而不重视修堤坝，却忙着挖河道，结果堤坝垮了，洪水爆发，却没人追究守堤人的责任，只说河道没挖深。河北岸从曹县往南，没有通往张秋的路；南岸从虞城往南，也没有通往淮河的路；只有徐州、邳州到镇口这一条路是运输要道。所以，河北如果在曹县、郓城、丰县、沛县附近决堤，水就会从昭阳湖流到李家口，堵塞运输；南岸如果在虞城、夏邑、徐州、邳州附近决堤，水就会从小河口和白洋河流出，让运输通道断水。现在泇河修好了，从直河一直通到夏镇，和黄河隔开了，山东和直隶之间，黄河就控制不了运输通道了。特别是朱旺口以北，单县决堤就淹单县的沼泽，曹县决堤就淹曹县的鱼塘，丰县、沛县、徐州、邳州、鱼县、砀山这些地方都危险得很，哪能掉以轻心？再说，中州的荆隆口、铜瓦厢都是通往张秋的路，孙家渡、野鸡冈、蒙墙寺都是通往淮河的路，要是不设防，北方运输就瘫痪，南方陵墓就危险了，后果非常严重！所以，我建议从开封到徐州、邳州，所有地方都要加强防范；从省一级到县一级，所有官员都要负起责任，这样才能解决河患问题。 皇上听了之后，立刻下令让相关官员去整改。
话说那年秋天，时聘跟皇帝汇报说：“自从咱们在苏庄决堤之后，黄河在河北泛滥已经三年了。一开始，黄河水漫过丰县、沛县，接着又淹没了单县、鱼台县，陈灿那边堵塞河道的工程没成功，南阳的堤坝也全垮了。现在黄河水都快灌到整个济州了，还侵蚀着运河的河道！我亲自去了曹县、单县，上面查看了王家口新修的坝子，下面又看了朱旺口北边溃堤的河水，我觉得黄河水患有三个令人担忧的地方，有两个机会咱们必须抓住。
黄河决堤，漫过平地，昭阳县一天天被淹没，下游河道一天天淤塞，从李家口流出的水越来越慢，势必会倒灌，往上面溢出来。如果往南溢，那么孙家渡、野鸡冈都会被淹没到淮河的旧河道里，别以为蒙墙已经堵上了，就不用担心陵县的安全；如果往北溢，那么芝麻庄、荆隆口都会被淹没到张秋的旧河道里，别以为泇役（治理河道的工程）已经完成了，就不用担心运河的安全。而且，南边的夏邑、商丘，北边的曹县、濮阳，地势越来越低，灾情会越来越严重，想挽回就越来越难了，别以为灾害只在鱼台、济州，就不担心老百姓的安危了。
但是，从王家口到朱旺口，有一条新开凿的河道。如果疏通它下游的小浮桥这一段，就能让三百里长的黄河畅通无阻，这就是咱们可以抓住的第一个机会。从徐州往下，清河和黄河并行，河沙随着水流冲刷，这种情况几十年都没出现过，所以我们可以引导河水回到徐州，那里有足够的空间容纳河水，这就是第二个可以抓住的机会。我和其他大臣们仔细商量过，黄河中游有南北两条支流：北边的是浊河，之前已经疏通过两次，又堵塞过两次；只有南边的小浮桥这一段地势低洼，水流顺畅，长度大约有三万多丈，估计需要八十万两银子。这些钱都是公家的，希望陛下能多方筹措，拨款下来。” 奏章上交后，皇帝没做决定。时聘就立刻开始大规模整治朱旺口。
十一月开工，动用了五十万民夫。到三十四年四月，工程完工，从朱旺口到小浮桥，修建了一百七十里的河道，河渠宽阔，堤坝厚实，黄河终于回到了原来的河道。
六月，黄河在萧县郭暖楼人字口决堤了，北边的河水一直流到了茶城和镇口。
过了几年，三十五年的时候，黄河又决堤了，这次是在单县。三十九年六月，黄河在徐州狼矢沟决堤。到了四十年九月，黄河又在徐州三山决堤，冲垮了二百八十丈的缕堤和一百七十多丈的遥堤，梨林铺以下二十里的正河河道全被冲成了平地，邳州和睢宁的河水都枯竭了。 总河都御史刘士忠只好在韩家坝外面开挖了一条小渠引水，这才让韩家坝以东的地方重新可以通航。
四十二年，黄河在灵璧陈铺决堤。四十四年五月，狼矢沟再次决堤，河水通过蛤鳗湖、周柳湖等湖泊流入泇河，从直口流出，又和黄河汇合了。六月，黄河在开封的陶家店和张家湾决堤，水流经会城大堤下陈留，最终流入了亳州的涡河。四十七年九月，黄河在阳武脾沙堽决堤，河水流经封丘、曹县、单县，最后又回到了原来的河道。
那时候朝廷政事一天比一天混乱，河道官员的奏报很多都被皇上不理睬。四十二年，刘士忠去世了，总河的职位空缺了三年都没人补上。直到四十六年闰四月，才任命工部侍郎王佐去督办河道。 黄河的防治工作一天比一天糟糕，负责的人根本就无能为力。
1621年，黄河在灵璧县的双沟、黄铺决堤，洪水从永姬湖冲出来，流经白洋、小河口，又和黄河汇合，原来的河道都淤塞了。当时的总河侍郎陈道亨组织民夫修筑堤坝。那时候淮安连下了好几天的雨，黄河和淮河水位暴涨好几尺，山阳县内外所有的河和清河的决口一起汇成巨大的洪水，水都灌进了淮安城，老百姓都爬到城墙上住，城里的街道上都开着船。过了很久才把堤坝修好。
三年后，黄河在徐州青田的大龙口决堤，徐州、邳州、灵璧、睢宁的河流都淤塞了，吕梁城南边塌陷了，沙子堆积起来，比平地高出一丈多，双沟的决口也满了，一百五十里的河道都变成了平地。四年六月，黄河在徐州魁山堤决堤，洪水往东北方向灌进州城，城里的水深达一丈三尺，洪水一部分从南门流到云龙山西北的大安桥，流进石狗湖；一部分从旧支河往南流到邓二庄，经过租沟的东南方向，到达小河，流经白洋，又和黄河汇合。徐州的老百姓受洪水淹没之苦，商量着集资搬迁州城。给事中陆文献上奏说徐州城不能搬迁的六个理由。但形势所迫，最终还是把州治迁到了云龙山，黄河治理的事也就搁置不理了。六年七月，黄河在淮安决堤，倒灌进骆马湖，淹没了邳州和宿州。
崇祯二年春天，黄河在曹县十四铺口决堤了。四月，又决堤淹没了睢宁，到了七月中旬，睢宁城墙全塌了。总河侍郎李若星建议迁城躲避洪水，同时在开邳州修建水坝，把水泄入旧河道，并且堵住曹家口匙头湾，迫使河水往北流，以此减轻睢宁的灾情。皇帝采纳了他的建议。
四年夏天，黄河又分别在原武湖村铺和封丘荆隆口决堤，曹县塔儿湾的大行堤也被冲垮了。六月，黄河和淮河同时水涨，海口堵塞，黄河在建义多处决堤，洪水灌入兴化、盐城，水深两丈，村庄都被淹没了。一年多以后，才开始讨论筑堤堵口的事。工程刚开始没多久，秋天洪水又来了，黄河、淮河的水奔腾而下，兴化、盐城成了泽国，而且海潮又倒灌回来，把范公堤也冲坏了。军民和盐商灶户死了无数人，年轻力壮的人都逃难去了江都、仪征、通州、泰州等地，盗贼成群结队。
到了崇祯六年，盐城百姓徐瑞等人向朝廷上奏，反映了灾情。皇帝很同情他们，下令讨论惩治河道官员。但是，这时总河朱光祚正计划着要开挖高堰三闸。淮安、扬州在朝的官员联名上书说：“建义决口还没堵上，百姓的田地都沉在水底。如果再开挖三闸，高邮、宝应等县就要变成一片汪洋大海，漕运的粮食和盐税都会受到严重影响。高堰闸门是从万历二十三年开始修建的，没多久就全部堵上了。现在高堰一天天在坏，应该赶紧修缮，怎么能轻易地说要开挖呢？”皇帝同意了他们的意见，这件事就搁置了。皇帝又采纳了御史吴振缨的建议，修缮宿迁、宁陵上下西北段的旧堤，用来保护归仁县。七年二月，建义决口工程完工，皇帝赏赐了督漕尚书杨一鹏和总河尚书刘荣嗣银币。
话说八年九月，荣嗣这小子惹祸了。一开始，他因为骆马湖的运河淤塞，就想了个办法，要开条新河，从宿迁一直修到徐州，把黄河的水引过来，方便漕运。这工程啊，足足有两百多里，花了五十万两银子！可问题是，他在邳州上下挖的那一段，全是黄河以前的老河道，就挖浅浅一层，底下全是沙子。挖了没多久，沙子又塌了，河道又平了，这样反反复复好几次。等好不容易把黄河水引进来，水流太急了，沙子跟着水一起往下冲，结果河道越来越浅，根本没办法行船。等到漕船要来了，骆马湖那边淤塞的问题刚好解决了，船夫们谁也不愿意走新河。荣嗣亲自去督工，还打算用军法处置那些人。可那些去挖河的人一个劲儿地抱怨河道太浅，士兵们也怨声载道。结果巡漕御史倪于义弹劾他欺骗朝廷，浪费民力；南京给事中曹景参也跟着狠狠地弹劾他。荣嗣被抓起来审问，最后因为贪污被判罪，父子俩都活活气死了。 当时和他一起干活的郎中胡琏，因为分到的活儿多，也跟着被判死刑了。 后来骆马湖又溃决了，大家不得不走荣嗣开的那条新河，这才都想起他的功劳来了。
那时候，黄河水患越来越严重，皇帝又特别严厉，动不动就处罚官员。李若星因为疏浚河道不力被罢官，朱光祚因为建议在苏嘴开个口子泄洪而被抓起来关押。六年时间里，主管河道的官员换了三个。给事中王家彦曾经为此上书直言。朱光祚最后也活活气死了。接替荣嗣的是周鼎，他在疏浚利运河方面还算有点功劳，干了五年，结果因为漕船搁浅，被按照旧例判决，发配到瘴气弥漫的地方去了。给事中沈胤培、刑部侍郎惠世扬、总河侍郎张国维都上书请求朝廷开恩，最后周鼎才被赦免。
十五年前，流寇围困开封很久了，守城的官员想把黄河水引进来淹死他们。流寇探知了这个计划，提前做了准备。等到黄河水涨，他们就让自己的同伙决堤放水灌城，城里百姓都被淹死了。当时主管黄河的侍郎张国维正奉皇帝的命令去京城汇报情况呢。山东巡抚王永吉上奏说：“黄河在汴梁决堤，水流直奔睢阳，往东南流到鄢陵、鹿邑，肯定要危害亳州、泗州，甚至波及皇陵，而邳州、宿州的运河也一定会干涸。”皇帝就命令主管黄河的侍郎黄希宪赶紧去抢修，黄希宪说自己住在济宁，离汴梁太远，管不了，请求皇帝另派重臣负责。于是皇帝就命令工部侍郎周堪赓负责修补汴河。
十六年二月，周堪赓上奏说：“黄河决口有两个地方：一个是朱家寨，宽有两里左右，在河的下游，水面宽阔，水流比较缓；另一个是马家口，宽一里多，在上游，水流湍急，水深不可测。这两个决口相距三十里，到了汴梁城外的堤坝附近，汇成一股洪流，直接冲向汴梁城，而原来的河道已经干涸成平地了。汹涌的波涛，一眼望不到边，人力根本无法施展，必须先疏通旧河道，延伸几十里，把水流分散开来，才能开始修筑堤坝。但是要同时修筑和疏通，需要三万民夫。可是河北闹旱灾，兖州西边又打仗，即使竭尽全力，也凑不齐一万人，河南百姓经历了生死劫难，能不能招募到人还很难说，所以不得不借助各地的军队帮忙。”皇帝就下令兵部赶紧商议，同时命令周堪赓限期开工。到了四月，朱家寨的决口堵上了，修了四百多丈长的堤坝。马家口的工程还没完工，突然又冲垮了东岸，所有的护堤设施都被冲走了。周堪赓请求停止东岸的工程，集中力量修补西岸。皇帝命令他赶紧完工。
六月，周堪赓上奏说：“马家口的决口有一百二十丈宽，两岸都修筑了四分之一的长度，中间还有七十多丈没修，水流湍急，难以施工，请求等到霜降之后再开工。”过了一会儿他又上奏说：“五月雨水暴涨，原来河道的沙滩淤塞的地方被冲刷得深了几丈，黄河的大水都往东流了，运河已经畅通，皇陵也没有受到影响。”奏疏刚递上去，决口又再次溃决了。皇帝赶紧组织人力抢修，但还没等修好，明朝就灭亡了。
