钱币的起源，可以追溯到西周的九府圜法，后来的朝代都沿用了这个制度。纸币最早出现在唐朝，叫做“飞钱”，宋朝有“交子”和“会子”，金朝有“交钞”。元朝始终使用纸币，铜钱几乎被废弃了。
明太祖朱元璋最初在应天（今南京）设立了宝源局，铸造“大中通宝”钱，与以前各个朝代的钱币一起流通。规定四百文为一贯，四十文为一两，四文为一钱。等到平定了陈友谅，朱元璋命令江西行省设立货泉局，颁布大中通宝钱，分为五个等级。朱元璋登基后，颁布了“洪武通宝”钱，也分为五个等级：分别是“当十”、“当五”、“当三”、“当二”、“当一”。“当十”钱重一两，其余的依次递减，最轻的重一钱。各个行省都设立了宝泉局，与宝源局一起铸造铜钱，并且严厉禁止私人铸造。洪武四年，把大中、洪武通宝大钱改铸成小钱。一开始，宝源局铸造的钱币背面铸有“京”字，后来很多都不铸了，民间没有“京”字的钱币不能流通，所以改铸小钱来方便百姓。不久，朝廷下令把私人铸造的钱币当作废铜送到官府，官府再用铜钱补偿给他们。当时，官府要求百姓上交铜，百姓只好把家里的铜器都砸了上交，非常痛苦。而商人们沿袭元朝的旧习惯，喜欢用纸币，不太习惯用铜钱。
话说，过了七年，皇帝才下令成立了专门管理宝钞的机构——宝钞提举司。第二年，就开始下令中书省印制“大明宝钞”，让老百姓都能用。这宝钞呢，是用桑树皮做的，形状是方形的，高一尺，宽六寸，颜色是青色的，外面印着龙纹和花纹栏杆，横着写着“大明通行宝钞”几个大字。钞票里面上方两侧，还用篆书写着“大明宝钞，天下通行”八个字。中间印着钱串的图案，十串代表一贯钱。下面还写着：“中书省奏准印造大明宝钞与铜钱通行使用，伪造者斩，告捕者赏银二十五两，仍给犯人财产。” 要是面值五百文，就画五串钱的图案，其他的面值也是按照这个比例递减的。一共分六种面值：一贯、五百文、四百文、三百文、二百文、一百文。一贯宝钞相当于一千文钱，或者一两银子；四贯宝钞相当于一两黄金。 当时还禁止老百姓用金银进行交易，违反者要受罚；但是可以用金银换取宝钞，这倒是允许的。于是，之前的宝源局、宝泉局就停办了。
过了两年，又重新设立了宝泉局，开始铸造小钱，和宝钞一起流通使用，不过一百文以下的还是只能用铜钱。收税的时候，钱和钞一起收，比例是钱三钞七。到了第十三年的時候，因为宝钞用了很久都破旧不堪了，所以就设立了“倒钞法”，各地都设立了专门的兑换库，允许军民百姓和商人用旧钞到库里换取新钞，只是要收取一些工本费。后来中书省撤销了，印制宝钞的职责就归属户部，铸造铜钱的职责归属工部，宝钞上的“中书省”也改成了“户部”，新旧宝钞同时流通。
到了第十六年，又设立了户部宝钞广源库和广惠库；广源库负责宝钞的收入，广惠库负责宝钞的发放。边关卫所的军士，每个月的盐都用宝钞发放；各个盐场也发放工本费宝钞。到了第十八年，全国各地官吏的俸禄米粮也改用宝钞发放，两贯五百文宝钞相当于一石米。
洪武二十二年，朝廷下令重新规定钱币制度：一斤生铜可以铸造一百六十个小钱，折二钱半，从“当三”到“当十”的钱币，根据实际情况略有差异。同时，还开始发行小额钞票，面值从十文到五十文不等。二十四年，朝廷告诫税务官员，凡是钞票上字迹清晰可辨的，不管破损与否，都要收受并解送京城，严惩伪造钞票的行为。二十五年，在东市设立了三个宝钞行用库，每个库的钞票本金都是三万锭，负责回收旧钞送交内府。朝廷下令大明宝钞和历代钱币同时流通，一贯钞票等值一千文钱，宝钞提举司在三月内开始印钞，十月内停止，印好的钞票送交内府用于赏赐。第二年，朝廷就取消了行用库，宝泉局也随之被撤销。当时浙江、江西、福建、广东等地老百姓更喜欢用钱币而不喜欢用钞票，甚至有人用一百六十文钱兑换一贯钞票，导致物价飞涨，钞票制度越来越混乱，无法实行。到了洪武三十年，朝廷再次申明禁止用金银进行交易。
成祖朱棣即位初期，违反禁令的人都被当作奸邪论处，只有制作首饰器皿不在禁令之列。永乐二年，朝廷下令对违反禁令的人免除死罪，只流放兴州充军。陕西都司佥事张豫，因为用官府钞票抵债而被发配充军。江夏有个老百姓父亲去世了，他用银子置办丧葬用品，结果也被发配边疆。皇帝考虑到他是因为操办丧事才不得不使用银子，并非故意违反法令，于是特地赦免了他。都御史陈瑛上奏说：“近几年钞票制度行不通，都是因为朝廷发行钞票太多，回收又没有办法，导致物价上涨，钞票贬值。不如暂时实行按户口和食盐征收钞票的办法。天下百姓至少千万户，官兵至少二百万户，如果按户口征收钞票和食盐税，可以收缴五千多万锭钞票。”皇帝下令户部与群臣商议此事。商议的结果是：大户人家每月每斤食盐纳税一贯钞票，小户人家则纳半贯。朝廷采纳了这个建议，设立了北京宝钞提举司，税粮、课程、赃罚都折算成钞票收缴，其价值相当于洪武初年减去十分之九。后来又下令盐官用旧钞票支取盐，南京抽分场积攒的薪柴、龙江提举司的竹木都卖给军民，收取钞票。应天府每年供应的芦柴，要征收十分之八的钞票。成祖朱棣刚即位时，户部尚书夏原吉建议更改钞票上的篆文为“永乐”，皇帝下令仍然沿用洪武年号。此后，整个明朝都一直使用洪武年号。
宋仁宗当政的时候，下令犯了笞杖罪的人要交纳钞票。等他正式登基后，因为钞票流通不畅，就问原吉怎么办。原吉说：“钞票多的时候就贬值，少的时候就值钱。现在民间钞票流通不畅，是因为散出去的多，收上来的少，应该制定办法多收一些。建议对市集店铺征税，对度量衡进行严格管理，增加税课。收上来的钞票，官府要将破损的都销毁掉。以后官府发的钞票要少，民间得到钞票不容易，这样钞票自然就值钱了。”于是仁宗下令说：“增加的市集店铺税课，等钞票流通正常了，就恢复原样。金银布帛交易也暂时禁止。”但是当时老百姓还是看不起钞票。
到了宣德年间初期，一石米要花五十贯钞票，于是就取消了布帛米麦交易的禁令。凡是用金银交易或者囤积居奇抬高物价的，都要罚交钞票；府县卫所仓库里积压了十年以上的粮食，都要收成钞票；秋粮也要折算成钞票的三分之一；市集店铺的税课增加五倍；倒塌的房屋、店铺每月要交纳五百贯钞票；果园、车辆也要交纳钞票。户部反映说，民间交易都用金银，钞票根本没人用。于是政府更加严厉地禁止使用金银，交易中用一文钱银子的，罚交一千贯钞票；贪官污吏收受一两银子的，追缴一万贯钞票，还要追缴免罪的钞票。
英宗皇帝即位后，下令可以用米麦折算成银子纳税，这样就减少了要交纳钞票的人，用米、银、钱来代替钞票，取消了禁止使用银子的禁令。朝廷上下都用银子，小额交易才用铜钱，只有发放官俸才用钞票，结果钞票堆积如山，流通不畅。十三年后，政府再次发布禁令，阻挠钞票流通的，追缴一万贯钞票，全家发配边疆戍守。到了天顺年间，才最终取消了这个禁令。宪宗皇帝下令内外税课可以用钱和钞票都收，官俸军饷也可以用钱和钞票都发放。那时一贯钞票连一文钱都买不到，但是向老百姓征收钞票的时候，却按每贯征收二分五厘银子，老百姓因此非常困苦。
弘治元年，也就是明孝宗朱祐樘当政的第一年，北京的税课司负责收取顺天府、山东和河南的户口税和盐税，一开始都是用钞票收的，各个关卡也收钱和钞票。后来呢，就都改成收银子了。 可是之前洪武、永乐、宣德时期积累下来的铜钱堆在那儿没用，皇帝下令把这些旧钱拿出来，和历代的铜钱一起流通使用。户部就请求重新铸造铜钱，于是又重新开铸钱局造钱。 收税赎罪的时候，旧钱和新铸的制钱各收一半；要是没有制钱，就收旧钱，两文旧钱当一文新钱。这“制钱”啊，就是我们明朝自己铸造的钱。
按照以前的规定，工部铸造的钱要存进太仓和司钥库这两个地方；各关卡收上来的钱也存进司钥库。这两个库里存了上千万的钱，都是太监管着，京城的卫戍部队的秋粮就从这里支取，七百文钱能换一两银子。武宗朱厚照刚当皇帝的时候，户部官员请求查一下这些钱有没有被贪污，还说用钱来发放俸禄的，只够银子的三分之一，请求从承运库发放银子。 当时那些太监们当道，根本不听。后来司钥库的太监庞某说：“自从弘治年间关卡改成收银子存进承运库后，钱和钞票就少了，发放不出去，请求恢复成化年间的旧例，钱和钞票一起收。”皇帝就同意了。
正德三年，也就是明武宗正德三年，用太仓里积压的钱发放官吏俸禄，比例是十分之一的银子，九分钱。 又听从太监张永的建议，把天财库和户部布政司库里的钱拿出来，用于关卡征收，七十文钱换一钱银子，并且严禁私自铸造钱币。 嘉靖四年，明世宗嘉靖四年，下令让宣课分司收税，一贯钞票换三厘银子，七文钱换一分银子。 这时候钞票早就没人用了，铜钱也堆积如山，大家越来越习惯用银子了。
明朝初期铸造的是洪武通宝钱。到了成祖朱棣的永乐九年，又铸造了永乐通宝钱。宣德九年的时候，铸造的是宣德通宝钱。弘治皇帝在位十六年后，开始铸造弘治通宝钱。到了世宗嘉靖皇帝在位的第六年，大规模铸造嘉靖通宝钱。每一枚嘉靖通宝钱重一钱三分，同时还补充铸造了之前朝代没有铸造过的钱币。嘉靖三十二年，朝廷铸造了从洪武通宝到正德通宝这九种钱币，每种各一百万锭，而嘉靖通宝钱则铸造了一千万锭，一锭有五千枚。当时税收和各厂的抽成，都只收嘉靖通宝钱。老百姓因为钱币短缺而苦不堪言，于是朝廷就从内库里拿出八千一百万枚新旧钱币，用来发放俸禄。同时还下令允许流通历代钱币，如果有人熔化新旧钱币或用铜来制造佛像和器物，罪行等同于盗铸钱币。
在此之前，民间流通着很多劣质钱币，大概需要三四十枚才能兑换一分的银子。后来这些劣质钱币里又掺杂了铅锡，质量越来越差，形状也越来越不成样子，甚至需要六七十枚才能兑换一分的银子。更过分的是，有些劣质钱币里还夹杂着纸片，根本就分辨不出来。给事中李用敬建议，让制钱和前代的各种钱币一起流通，最好的钱币七文兑换一分银子，其他的钱币根据质量分成三等，最差的要二十一文才能兑换一分银子；同时禁止私造劣质钱币，违者将受到法律制裁。小钱流通时间长了，突然改变，老百姓有些不适应。朝廷又拿出内库的钱发放给文武官员做俸禄，无论新旧好坏，都按七文兑换一分银子计算。那些用俸禄进行交易的人，也按照七文兑换一分银子来压榨百姓，百姓们对此怨声载道。
连续几年的灾荒，各地流民涌入京城，饿死的人们尸体堆积如山。有人认为这是因为钱法不通导致的。于是御史何廷钰上奏章，请求允许百姓使用小钱，六十文兑换一分银子。户部坚决不同意。何廷钰就弹劾户部尚书方钝和郎中刘尔牧。皇帝大怒，斥责了刘尔牧，采纳了何廷钰的建议，命令按照百姓的方便行事。并且规定嘉靖通宝钱七文、洪武等钱十文、前代钱三十文兑换一分银子。但是，由于之前严厉禁止劣质小钱，即使奉旨允许流通，最终也没有人使用，而民间却竞相私铸嘉靖通宝钱，与官府铸造的钱币一起流通。
殷正茂跟皇帝说：“现在京城铜价太贵了，铸钱根本不划算。最好是用云南的铜，运到岳州去铸钱。虽然要花三十九万两银子，但能铸出六千五百万文钱，折合白银九十三万多两，足够缓解一下国家的燃眉之急。”户部也同意说：“云南地处偏远，事情又简单，直接在山上铸钱最方便。”于是皇帝下令，拨给巡抚两万两盐课银子作为铸钱的费用。
没过多久，巡抚王昺就上奏说，实际花费比预期多，收入却很少，请求停止铸钱。皇帝觉得这点钱不算什么，还是坚持要继续铸钱。过了几年，巡按御史王诤又上奏说应该停止铸钱。户部讨论后认为：“钱币流通不畅，主要是因为宣课司收税时，七文钱才算一文，奸商们乘机从中作梗，钱多就互相欺诈，钱少就抬高价格牟利，所以禁令越多，钱币流通越不畅。从现在开始，我们应该根据老百姓的方便来决定折算比例，不用规定具体的文数，税收和官员俸禄都改用白银支付。”于是停止了在云南铸钱，采纳了户部的建议。
当时铸造的钱币，有金背的，有火漆封口的，还有车床铣边的。有人认为铸钱太难，工匠们太辛苦，建议取消车床铣边，改用锉刀。结果铸钱的工匠们为了省事，就往里面掺杂铅锡，钱币的边缘就变得粗糙，颜色也暗淡无光。奸商们纷纷仿造，盗铸的钱币越来越多，反而导致金背钱也流通不畅。每天都有因为盗铸而被判死刑的奏报，但还是无法阻止。皇帝为此很苦恼，就问大学士徐阶。徐阶列举了五条弊端，请求停止宝源局的铸钱，凡是需要支付钱币的地方，都改用白银。皇帝于是严惩了那些工匠中贪污材料、偷工减料的人，并且停止了铸钱。从此以后，税收和赋税都用白银收缴，不用铜钱了。而且民间只用制钱，不用旧钱，但私自铸钱的人却越来越多。
隆庆年间刚开始的时候，钱币制度完全不管用了。兵部侍郎谭纶就说：“想要老百姓富裕起来，必须重视布匹、粮食这些生活必需品，让银子的价格降低，想要银子便宜，就得规范钱币制度，来解决银子不够用的问题。现在铜钱遍布天下，但却不用来上缴赋税，所以它的控制权掌握在老百姓手里。我建议允许老百姓用铜钱缴纳官府税赋，这样钱币制度自然就畅通了。” 所以，政府规定三两银子以下的税款可以再用铜钱缴纳，民间交易一钱以下的也只允许用铜钱。当时八个铜钱兑换一文银子，还禁止老百姓随意抬高或压低铜钱的价格。
直隶巡按御史杨家相建议铸造“大明通宝”铜钱，但是他连年号都没搞清楚。这事儿在部门里讨论，最后没通过。后来高拱再次担任首辅大臣，他说：“钱币制度今天讨论，明天又改，到现在还没个章程。老百姓担心今天能用的钱，明天就不好用了，所以改来改去越乱，禁来禁去越让人怀疑。我看啊，就应该顺应民意，别再制定那么多条条框框来扰乱人心了。”皇帝觉得他说的很有道理。于是，钱币制度慢慢地又恢复正常了。宝钞（纸币）不用已经一百多年了，各种税赋也很少收纸币，只有官员的俸禄还照旧发放纸币。直到隆庆四年，才开始用新铸造的“隆庆通宝”铜钱发放京城官员的俸禄。
万历四年，皇帝下令户部和工部，按照嘉靖年间的钱币样式铸造“万历通宝”，有金背钱和火漆钱两种，一文金背钱重一钱二分五厘，还铸造了镟边钱，一文重一钱三分，全国通行，官员的俸禄也用银钱两种一起发放。云南巡按御史郭庭梧上奏说：“国家刚建立的时候，京城有宝源局，各省都有宝泉局，从嘉靖年间开始，各省的铸钱局都停办了，老百姓用的钱都缺了。云南盛产铜，却不用来铸钱，反而花高价买海贝来用，这很不划算啊！”于是，云南就开了铸钱局。后来，皇帝下令全国十三布政司都开设铸钱局。工部建议，以五铢钱为标准，用四火黄铜铸造金背钱，用二火黄铜铸造火漆钱，如果铸造质量粗糙，就要处罚。这是因为，如果铸钱成本高，利润低，私铸钱币的行为就会减少。
过了一段时间，户部又上奏说：“钱币的轻重是不固定的，钱轻了，就容易收税；钱重了，就容易流通，所以不会出现钱币积压或匮乏的情况。刚开始铸造的时候，十文金背钱可以换一分的银子，现在万历金背钱五文可以换一分银子，嘉靖金背钱四文可以换一分银子，火漆钱和镟边钱也是这样。仅仅十几年时间，钱币的轻重就相差了一半，钱币变重了，物价却飞涨，应该从国库里拿出钱来平抑物价。”皇帝同意了这个建议。当时，各个王府都私铸钱币，但是官员们都不敢揭发。因为旧钱流通不畅，国库缺钱，于是皇帝下令南北宝源局扩大规模，增加熔炉，加紧铸钱。但是北方的钱币比南方的贵三分之一，南方铸造的钱币大多轻薄。然而，南北方的铸钱方法都沿袭旧制，同时并行，并没有废除任何一种。
天启元年，铸造了泰昌钱。兵部尚书王象乾建议铸造当十、当百、当千三种大钱，采用龙纹图案，样式有点像古代的白金三品钱，于是京城和南京都开始铸造大钱。后来有人说大钱有很多弊端，皇帝下令京城和南京停止铸造大钱，把已经铸造的大钱收回来，重新熔铸。当时，全国各地都开设了铸钱局，对钱币的税收也加重了。
崇祯元年，南京造币厂用七万九千多两银子作为本金铸造钱币，获得了三万九千多两的利息；户部用银子铸钱也获得了二万六千多两的利息。这些铸造的钱币，都是按照55文钱兑换一两银子的比例计算利息的，这导致工匠们赔钱，流通的钱币质量也差，真是让人受不了。宝泉局的本金是四十万两银子，以前钱币铸造完成后，本金会还给国库，第二年再借用，但是现在规定这四十万两要永久作为铸币本金。
三年后，御史铙京上奏说：“铸钱局设立的初衷是为了钱币流通全国，但是现在却苦于没有本金，总是开开停停的，除了南北两个铸钱局以外，就只剩下湖广、陕西、四川、云南以及宣府、大同两个镇还有铸钱局了。而且铸币获得的利息，也没有全部归入国库，还苦于没有铸币本金，这是因为铸钱局是花钱买铜，而不是自己开采铜矿造成的。我请求按照洪武初年、永乐九年和嘉靖六年时的做法，派官员到各省铸造钱币，在产铜的地方开采铜矿，设置官吏和驻军，效仿银矿的管理模式，朝廷抽取三成利润。铜矿的收益，朝廷独享，老百姓自己开采的铜，仍然可以按照市场价格出售。”皇帝同意了他的建议。
这时候，铸钱厂纷纷开设，用铜的数量增加了，但是铜却越来越少了。南京户部尚书郑三俊建议专门设立机构负责购买铜。户部商议，让原籍是产铜地区的人，到镇远、荆州、常州等铜铅集散地去，这就是所谓的“在产铜的地方开采铜矿”。皇帝都同意了这些建议。之后，又开始在绛州、孟州、垣曲、闻喜等州县开采铜铅。荆州抽分主事朱大受上奏说：“荆州北连黔地和蜀地，南接江地和广地，铜铅商人云集于此，一年可以铸造四次钱币。四次铸币获得的利息，是南方的两倍，是北方的三倍。”于是朱大受提出了四条有利的建议，皇帝就让他专门负责督办此事。随后确定了钱币的规格，每枚钱币重一钱，一千枚钱币价值一两银子。南京铸造的钱币轻薄，皇帝多次下令严厉整治，最终确定每枚钱币重八分。
最初，嘉靖年间的钱币质量最好，隆庆、万历年间的钱币加重了半铢，自从天启、崇祯年间新铸的钱币出现后，旧钱币都被丢弃了。然而，新铸的钱币日益劣质，大部分掺杂了铅和沙子，一百枚钱币还不到一寸厚，随便一扔就碎了。明朝末年，朝廷下令铸造的钱币，一枚当五文钱，但是还没来得及铸造，明朝就灭亡了。
一开始啊，各种旧钱和新铸的制钱一起流通。从神宗皇帝开始，佥都御史庞尚鹏建议，旧钱只允许在民间流通，纳税和赎罪都得用新铸的制钱。到了熹宗和思宗时期，大量铸造新钱，干脆把旧钱都收上来当废铜处理，民间买卖也都不再用旧钱了。庄烈帝刚登基的时候，在御平台召见大臣议事，给事中黄承昊上奏说要销毁旧钱。大学士刘鸿训就说：“北方都用旧钱，要是突然废除，老百姓会很不方便啊。”皇帝觉得他说得对。后来，御史王燮又建议收缴旧钱，只用新钱，于是旧钱就被彻底销毁了。从隋朝彻底销毁旧钱之后，这可是又一次啊！
钞票制度呢，从弘治、正德年间就废除了，到了天启年间，给事中惠世扬又请求发行钞票。崇祯末年，有个叫蒋臣的人也提出了这个建议，还因此被提升为户部司务。当时倪元璐掌管户部，大力支持这个建议，但是最终还是没能实行。
矿冶的税收，包括金银、铜铁、铅汞、朱砂、青绿等等，但是金银矿对老百姓的危害最大。徐达攻下山东后，有近臣建议开采银矿。太祖皇帝说，开银矿的坏处是，对朝廷有利的少，对老百姓有害的多，所以不能开。后来有人建议开采陕州的银矿，皇帝说：“土地出产的东西，有时候也会枯竭。每年都按数额征收银子，没完没了。那些只顾着说有利可图的大臣，都是残害百姓的贼子！”临淄县令请求开采山海里的矿藏来充实国库，皇帝把他给罢免了。成祖皇帝也斥责河池百姓私自采矿的事。仁宗、宣宗时期继续禁止开矿，还填平了番禺的矿洞，停止了嵩县白泥沟的采矿活动。但是，福建尤溪县银屏山的银矿冶炼厂，有42座炉子，从洪武十九年就开始运作了。浙江温州、处州、丽水、平阳等七个县，也都有银矿冶炼厂，每年上缴的税银都超过两千两。
永乐年间，政府在陕西商县凤皇山银坑开了八个矿场。然后派官员去湖广和贵州采办金银，还派宦官和御史去监督检查。 后来又在福建浦城县开了马鞍山等三个矿场，还设立了贵州太平溪、交趾宣光镇的金场和葛容溪的银场，以及云南大理的银冶炼厂。那些不产金银的矿场，也多次被关闭。但福建的年产量增加了三万多两，浙江增加了八万多两。
宣宗皇帝刚登基的时候，稍微减少了福建的产量指标，但后来又增加到四万多两，浙江也增加到九万多两。英宗皇帝下令封锁矿坑，撤销了矿场管理官员，老百姓终于可以松口气了，但是年产量指标却没有取消。每年要完成的产量，都是洪武年间定下来的老指标；而那些被取消的矿场管理官员，是永乐和宣德年间新增加的。后来又禁止私自冶炼。一些坏人偷偷开采矿山，互相残杀，严厉禁止也制止不了。皇帝下诏书赦免了他们，可他们还是不悔改。有人建议重新开采银矿，这样收益归国家所有，盗采也就没有了。于是皇帝就派侍郎王质去管理，确定了每年的产量指标：福建银二万多两，浙江是福建的两倍。 又派御史曹祥、冯杰去监督，结果税收超过了规定，老百姓苦不堪言，盗采的人反而更多了。邓茂七、叶宗留这些盗匪在浙江、福建流窜作恶，过了很久才平定。
景帝曾经下令关闭矿场，但很快因为盗采矿的人太多，兵部尚书孙原贞请求重新开采浙江的银矿，于是又同时开了福建的矿场，并派宦官戴细保去监督。天顺四年，皇帝又派宦官罗永去浙江，罗珪去云南，冯让去福建，何能去四川。浙江、福建的产量指标大致和以前一样，云南十万多两，四川一万三千多两，总共十八万三千多两。成化年间，在湖广开了金矿，武陵等十二个县，一共二十一个矿场，每年征用民夫五十五万人，死的人不计其数，结果只采到三十五两黄金，于是又关闭了。而浙江的银矿因为产量达不到指标而被减少开采量，云南的矿场也是屡开屡停。
弘治皇帝第一年就开始减少云南的赋税，少收了两万两银子，温州、处州那边也少收了一万多两，还把浦城废弃的银矿给停了。一直到弘治十三年，云南巡抚李士实上奏说：“云南九个银矿场，有四个矿脉早就枯竭了，请求免除它们的税收。”皇上批准了。四川、山东的矿场也陆续被关闭了。
武宗皇帝刚登基的时候，宦官秦文等人上奏，又重新开采了浙江、福建的银矿。可是没多久，浙江的地方官就说矿脉已经枯竭了，于是就规定每年上交两万两银子，等到刘瑾被杀后，这事儿才算完。世宗皇帝刚开始的时候，关闭了大理的矿场。后来，蓟州、河南、齐州、山西、四川、云南这些地方，都陆续上交矿砂、金银，朝廷又开始讨论重新开采矿山，好支援一些大型工程。
等挖到了玉旺峪的银矿之后，皇帝就指示内阁大臣们要大力开采矿山。户部尚书方钝等人就建议让四川、山东、河南的巡抚和按察使严厉督促下属，一个一个地去寻找矿藏，说是为了响应上天降祥的吉兆。于是乎，官府和百姓都争先恐后地去追求矿山的利益，而浙江、江西盗采矿的人甚至还抢劫徽州、宁国府，天下渐渐地就乱起来了。
隆庆年间刚开始的时候，朝廷下令停止了蓟镇的矿产开采，南方各地的矿山也都被下了禁令，刻石为记。可是到了万历十二年，一些奸诈的百姓又开始屡屡利用矿产的利益去讨好皇上。朝中大臣们极力陈述这种做法的弊端，皇帝虽然表面上答应了，心里却很不痛快。
到了万历二十四年，张位当政，前卫千户仲春请求开采矿山，张位也无力阻止。矿山开采的闸门一旦打开，那些没官职的人纷纷上交矿山的地点，希望能得到好处，于是到处都在开采矿山。皇上的宦官们四处搜刮民脂民膏：昌平地区是王忠，真定、保定、蓟州、永平、房山、蔚州地区是王虎，昌黎地区是田进，河南的开封、彰德、卫辉、怀庆、叶县、信阳地区是鲁坤，山东的济南、青州、济宁、沂州、滕州、费县、蓬莱、福山、栖霞、招远、文登地区是陈增，山西的太原、平阳、潞安地区是张忠，南直隶的宁国、池州地区是郝隆和刘朝用，湖广的德安地区是陈奉，浙江的杭州、严州、金华、衢州、孝丰、诸暨地区是曹金，后来又换成了刘忠，陕西的西安地区是赵鉴和赵钦，四川地区是丘乘云，辽东地区是高淮，广东地区是李敬，广西地区是沈永寿，江西地区是潘相，福建地区是高寀，云南地区是杨荣。这些宦官们都领到朝廷的关防，并且都带着原先奏报的官员一起去开采。
很多矿脉细小，根本开采不出什么东西，却强迫老百姓赔偿损失。而那些奸诈的人就借着开采矿山的幌子，仗着皇上的权势到处敲诈勒索老百姓的钱财，欺压州县官吏。那些同情百姓的官员，反而因为阻挠开采而受到处罚，被逮捕审问，最后被罢免官职。当时的宦官们大多蛮横霸道，而陈奉尤其过分。富裕人家和豪门大族，都被他们诬陷为盗采矿山，良田美宅都被他们指认为地下有矿脉，然后就率领人马进行围捕，连妇女都不放过，甚至砍断人的手脚扔进江里，其残暴程度令人发指。皇帝却对此不管不问。
从万历二十五年到三十三年，这些宦官们上交的矿税白银竟然高达近三百万两，而那些依附他们的小人借此机会敲诈勒索，所得的钱财更是数倍于此，老百姓们已经到了无法生存的地步。山西巡抚魏允贞上奏说：“现在各地水旱灾害频发，天有异象，地震、流星、大气异常，各地都在报告灾情。内外战争不断，百姓困苦不堪。而那些贪婪的小人却借着开采矿山的机会大肆敛财。如果因此引发民变，那些矿工和被强征劳役的人就会成为祸乱的根源。等到那时再想弥补，就太晚了！”河南巡按御史姚思仁也上奏说：“矿山开采的弊端，主要有八点：矿盗聚集，容易引发叛乱；矿山开采过度，容易造成山体崩塌；矿工受到残害，被迫逃亡；雇佣的民工缺粮，饥饿叫嚣；矿洞到处乱挖，造成资源浪费；矿砂含银量少，却强迫百姓购买；大家都去开矿，农业生产荒废；奏报的官员蛮横无理，滥用酷刑，激化矛盾。现在矿头因为亏损而死，老百姓因为被强迫购买而死，矿工因为矿山坍塌而死，因为争斗而死。如果现在还不停止，即使倾尽国库的钱财，耗尽天下的力量，也无法挽救国家的危亡！”这些奏章上呈后，皇帝都没有理会。有识之士认为，明朝的灭亡，祸根就在于此。
铁冶所，是洪武六年设立的。当时在江西的进贤、新喻、分宜，湖广的兴国、黄梅，山东的莱芜，广东的阳山，陕西的巩昌，山西的吉州（两个），太原、泽州、潞州（各一个），一共十三处铁冶所，每年上交的铁就有七百四十六万多斤。河南和四川也有铁冶。洪武十二年，又增加了茶陵一个铁冶所。
洪武十五年，广平府的官员王允道说：“磁州盛产铁矿，元朝的时候就设有官办铁厂，每年能收上百万斤铁，建议恢复以前的制度。”朱元璋觉得老百姓刚安定下来，重新设立铁厂会加重他们的负担，就把他打了一顿，流放到海外去了。洪武十八年，朝廷下令撤销各布政司的铁冶所。
后来，工部又说：“山西交城出产一种叫‘云子铁’的优质铁矿，以前每年进贡十万斤，用来打造兵器，其他地方都没有这种铁。”于是，朝廷又重新设立了交城的铁冶所。之后，武昌和吉州的铁冶所也陆续恢复了。到洪武朝末年，根据工部的建议，朝廷再次全面开放铁矿开采，允许老百姓自己采矿冶炼，政府只收取十分之二的税收。
永乐年间，又在四川龙州和辽东都司三万卫设立了铁冶所。景泰年间，有办事人员请求恢复陕西和宁远铁矿的开采，工部官员认为他们违反了规定，把他们抓了起来。给事中张文质觉得不应该堵塞言路，就请求释放了他们。弘治十七年，广东归善县请求开设铁冶所，但是当地官员趁机勒索贿赂，导致唐大鬓等人造反，最后被都御史刘大夏平定。正德十四年，广州设立了铁厂，由盐课提举司管理，私自贩卖铁器就像贩卖私盐一样被禁止。嘉靖三十四年，建宁、延平等府又开设了铁冶所。隆庆、万历以后，铁冶所的设置基本沿袭旧制，没有再特别开设新的。
明朝初期，只有江西德兴和铅山这两个地方出产铜。后来，四川梁山、山西五台、陕西宁羌、略阳以及云南也开始采水银和青绿矿石。朱元璋当皇帝的时候，廉州的巡检（相当于县长）跟他说，阶州那边靠近西戎（少数民族），有水银矿和青绿、紫泥矿，想带兵去把那地方占领了。但是朱元璋没同意。只有贵州大万山长官司有水银和朱砂的矿场，四川东川府会川卫山也出产青绿、银、铜，因为靠近外族地区，担心老百姓偷偷采矿惹事，所以特别下令禁止。成化十七年，云南南州的铜矿被封了。弘治十八年，板场坑的水银场被撤销了。正德九年，有个叫周达的军官请求开采云南的银矿，顺便还提到了铜、锡、青绿矿。皇帝批准了，于是这些矿就陆续开采起来了。
嘉靖、隆庆、万历年间，因为要铸造钱币，云南各地的铜矿又多次被开采，但时间长了，产量就渐渐减少了。到了崇祯年间，干脆把旧钱币收上来熔化铸钱。宋朝和元朝的关税制度很复杂，明朝初期力求简化，但后来又逐渐增加了许多税收。商人走南闯北做生意，走到哪儿都要交税。税目都写在官府的告示牌上，按着上面的收税，只有农具、书籍和一些不卖的东西才不用交税，要是该交税而藏匿的，要没收一半。买卖田地房屋和牲口都要交税，契约还要另外交纳纸张的钱。凡是收税的地方，都要设立一个登记簿，记录商人的姓名、货物名称和数量。官府里收税的机构很多，有都税司、宣课司、税务司、税务局、分税司、抽分场局、河泊所等等，收的税有实物税，也有折算成钱的税。这些收税的机构，在京城各城门和各府州县的集市上都有，总共有四百多处，后来陆续裁撤了七成。
在南京的抽分场局，叫龙江和胜港；在北京的，叫通州、白河、卢沟、通积、广积；在外地的，有真定、杭州、荆州、太平、兰州、广宁。此外，还让军队自己设立场局，收存柴火。河泊所只有黄河以南才有，黄河以北只有盐山县一个。
老百姓要交的税，有各种各样的，比如对商人买卖的货物收税，对竹木柴薪抽税，对河里的鱼也收税。此外还有关卡的税，得去官府交钱。朱元璋刚当皇帝的时候，收酒醋税，还收官店里的钱。等他当了吴王之后，就减少了收官店里的钱，把京城里的官店改成了“宣课司”，府县里的官店改成了“通课司”。
商人要交的税，是按三成收，超过三成的，就按违法处理。朱元璋刚当皇帝那会儿，命令京城里的兵马指挥使管着市场，每三天就要检查一下市场上的度量衡，查查那些奸商的物价；在地方上，城门的守军也兼管市场。彰德府的税课司，连蔬菜水果、吃食、牲畜这些东西都收税，朱元璋听说后，就把这事儿给取消了。山西平遥有个主簿叫成乐，他任期满了来京城汇报工作，上面写着“能多收商税”，朱元璋说：“税收是有定额的，要是把多收税当成本事，那就是剥削老百姓，该撤职！这考核报告不对！”然后就让吏部去调查。过了十年，户部报告说，全国各地收税的机构，有178个地方收的税达不到指标。于是就派了宦官、国子监的学生和各部门的官员，每部门一人去核实，重新确定了税收额度。又过了三年，吏部说，有364个收税机构，一年收的米不到500石，应该撤销了。皇帝批准了。胡惟庸被杀后，朱元璋告诉户部说：“以前那个奸臣胡惟庸搜刮民脂民膏，连鸡毛蒜皮的小事都收税，朕觉得非常耻辱！以后，老百姓结婚嫁娶、祭祀这些事，还有船、车、丝绸布匹等等，都别收税了！”然后就取消了全国各地收竹木的抽税点。第二年，又规定用野兽皮抵鱼税，做成皮袄给边防士兵穿。
一开始，京城军民的房子都是政府分的，根本没有多余的地方。商人的货物来了，有的只能放在船上，有的只能堆在城外，那些奸商就抬高价格，商人苦不堪言。于是朱元璋就在三山等城门外的河边盖房子，叫“塌房”，专门用来存放商货。
永乐年间刚开始的时候，规定结婚、丧葬、祭祀用的礼物，自己织的布，农具，食品，还有买东西交的税，以及用车船运输自己货物的，鱼菜水果这些不是从市场上买的，都免税。 按照南京的规矩，在京城也设立了官办的旅店。永乐七年，还派了御史和监生到收税的地方监督管理税收。永乐二十一年，山东巡按御史陈济上奏说：“淮安、济宁、东昌、临清、德州、直沽这些地方，都是商人聚集的地方。现在都城迁到北京了，货物比以前多了一倍。这些商税应该派人监督一年，确定一个税收标准。”皇帝同意了他的建议。
洪熙元年，增加了市集和摊位的税收。宣德四年，因为纸币制度不好使，就改成商人买卖货物不用交税了。 于是，在京城和各省的商贾聚集地、城镇的店肆、摊位，税收就增加了，比以前足足多了五倍！两京的菜园子，不管是谁家的，只要卖菜的，旅店、仓库、店面里的商人，还有出租骡驴车的，都得交税。皇帝还派了御史、户部、锦衣卫、兵马司各派一人，到城门口收税。 租用船只运输货物的，要根据货物多少和路程远近来交税。 钞关就是从这个时候开始设立的。那些仗势欺人，隐瞒不报的，东西全部充公，还要受到惩罚。 于是，就有了漷县、济宁、徐州、淮安、扬州、上新河、浒墅、九江、金沙洲、临清、北新这些钞关，根据船的大小修建关口，并规定了税额，叫做“船料”，货物本身是不收税的。 只有临清和北新两处钞关，既收船料，也收货物税，还分别派了御史和户部主事去监督收税。从南京到通州，经过淮安、济宁、徐州、临清，每条船一百料，要交一百贯钱的税。 当时有个叫曹弘的侍郎上奏说：“旅店的月税五百贯，太重了，有人为了交税，都卖儿卖女了！”皇帝就下令调查核实，把这部分税收给免了。等纸币制度稳定之后，北京菜地的税收减半，船料一百贯的也减到六十贯。
明朝正统年间刚开始的时候，朝廷下令所有税收项目都得按照洪武年间的标准来，不许借着钞法（纸币制度）的名义随意增加税收。没过多久，兵部侍郎于谦上奏，建议取消各省的税课司局，把征税的权力交给地方官；同时裁撤济宁、徐州和南京上新河的船料钞收税机构，把漷县的钞关迁到河西务；并且把原本要交纳六十贯的船料税减到二十贯。商人和老百姓都觉得方便多了。
到了正统九年，王佐掌管户部，在彰义门设立了官署，专门收取商税和钞税，又重新设立了各省的税课司，征税的制度也越来越繁琐了。景泰元年，于谦执政，他又把船料税减到了十五贯，还把涨家湾和辽阳的税收减半。大理卿薛瑄觉得，那些偷偷藏匿薪炭等物资不报税的人，按匿藏番货的罪名全部没收财产，处罚太重了，建议参照匿税的法律来处罚。皇帝同意了他的建议。
成化七年，朝廷又增加了芜湖、荆州、杭州三处工部官署。一开始只是抽取竹木的税，只收钞票，后来改成收银子，到这时候，每年收的银子已经逐渐增加到几万两了。不久之后，朝廷又派御史去监督税收。孝宗皇帝刚即位的时候，御史陈瑶上奏说：“崇文门收税的官员把巧取豪夺当成本事，这根本不是国家的风范！”于是皇帝下令，除了货物之外，车辆不得随意搜查阻拦。 皇帝还采纳了给事中王敞的建议，把芜湖、荆州、杭州的抽分御史撤了，改由府州的佐贰官来收税。过了十三年，朝廷又重新派了御史去监督。正德十一年，朝廷开始收取泰山碧霞元君祠的香火钱，这是听从镇守太监的建议才这么做的。
正德十二年，御史胡文静请求取消新设立的那些抽分厂。还没过一年，太监郑玺又请求在顺德和广平重新设立抽分厂。工部尚书李鐩左右逢迎，两边讨好，于是横征暴敛的情况又出现了。不久，朝廷又派宦官李文、马俊到湖广、浙江的抽分厂，和主事一起分管税收。世宗皇帝刚即位的时候，对抽分宦官以及江西、福建、广东的税课司局进行了大规模的裁撤，还裁撤了真定府等地的抽印木植宦官。
话说京城九座城门的税收，弘治皇帝刚登基那会儿，一年能收六十六万多贯钞票，二百八十八万多文钱。可到了弘治皇帝后期，税收大减。到了正德七年以后，钞票收入增加了四倍，钱也增加了三十万。嘉靖三年，皇帝下令恢复弘治初年的税收标准，又减了三十万钱。
至于各省的关税，从成化年间开始，就改成收银子了，后来又收钱和钞票。过了八年，又恢复收银子，这才成了惯例。一开始，钞关是根据船只的装载量估算税收，后来发现估算装载量太难了，就改成根据船梁的宽度来定税，从五尺到三丈六尺不等。皇帝下令规定以一丈为限，不收取零头税。太监李能提议在山海关征收商税，实施了几年后，主事邬阅指出：“广宁八里铺前屯卫已经有税场了，不应该再设税场了。”于是就取消了山海关的商税，同时废除了八里铺的店税。嘉靖四十二年，皇帝下令各关税收在既定数额之外的剩余部分，全部都上缴国库。
隆庆二年，才开始给钞关主事发放关防敕书。接着又规定，离府衙近的钞关，由知府收取税款解送；离府衙远的钞关，由知府的佐贰官员收取，存入府库，每季度解送中央。钞关主事负责核实商人报送的货物数量，以此确定税额，收取税款后，不得私自挪用。
到了神宗皇帝执政初期，规定商人进京的货物，必须在河西务领取红单，到崇文门缴纳正税、条税和船税；如果货物不进京，河西务只收正税，免收条税和船税。万历十一年，朝廷取消了全国各地私设的各种无名税课。然而，从隆庆年间开始，各地桥梁、道路、关口津渡私自收税的情况非常普遍，严重损害了百姓利益，虽然朝廷多次下令查处，却始终无法根治。直到两宫三殿发生火灾，重建费用巨大，才开始开矿增税。
这还不算完，天津的店租，广州的珠税，两淮地区的余盐税，京口地区的供用税，浙江的市舶税，成都的盐茶税，重庆的名贵木材税，湖口和长江的船税，荆州的店税，宝坻的鱼苇税以及城门的摊位税、油布杂税等等，遍布天下的太监们不是收税就是管矿，他们欺压官员，竭泽而渔，搜刮民脂民膏。
话说从万历二十六年开始，就有了这些专门收税的官员，这事儿是从千户赵承勋上奏请来的。后来，高寀在京口，暨禄在仪真，刘成在浙江，李凤在广州，陈奉在荆州，马堂在临清，陈增在东昌，孙隆在苏州杭州，鲁坤在河南，孙朝在山西，丘乘云在四川，梁永在陕西，李道在湖口，王忠在密云，张晔在卢沟桥，沈永寿在广西，这些地方都派了人收税。有的收海关税，有的收店铺税，有的专门管税务，有的还兼管矿产开采。
那些坏人就给太监送礼，太监就给他们发个指挥千户的文书，当作他们的凭证。他们在水陆路上走几十里，就插旗子，建厂子。那些胆小的商人，他们就明目张胆地抢劫，把人家的全部家当都抢走。就是背着行李走路的，也被他们搜查。他们还设立各种名目的税，穷乡僻壤，米、盐、鸡、猪，都要收税。他们走到哪儿，就激起哪儿的民变，皇帝总是睁一只眼闭一只眼不管。那些上交的税款，有的说是以前欠的税，有的说是节省下来的银子，有的说是罚款赎罪的钱，有的说是额外赚到的。他们还假借采办、孝敬的名义，收受金银珠宝、貂皮、好马，乱七八糟地进贡给皇帝，皇帝还觉得他们能干。
甚至税监刘成因为闹灾荒，请求暂时减免商税，皇帝还是下令要收四万两银子，可见他有多么贪财！到了万历三十三年，才下令停止开采矿产，把税务交给地方官府管理，但是那些收税的官员却没撤。李道就骗说地方官府拒绝接受税务，请求继续沿用旧例，皇帝竟然就同意了。皇帝还听信了福王府承奉谢文铨的话，在崇文门外设立官店，供福王府使用。户部尚书赵世卿多次上书反对，都不被采纳。
赵世卿还说：“崇文门、河西务、临清、九江、浒墅关、扬州、北新关、淮安等各钞关，每年征收的税款本金和利息加起来大约有三十二万五千多两，万历二十五年又增加了八万二千两，这是固定的数额。可是从二十七年以后，每年都在减少，到二十九年总共只收了二十六万六千多两。究其原因，是因为那些收税的官员太苛刻了，来做生意的商人少了，那些收税的官员上交的税款，就是这些关卡税收不足的数额。”可是他的奏疏也没被采纳。宝坻银鱼厂，永乐年间设立，穆宗年间，只让估算价值，供奉庙宇和皇宫。到这时候，太监们又开始在那里开采，又收税，后来还把武清等地不产鱼的地方也收税。又增加了芦苇、渔网等税，还波及到青县、天津。九门税尤其苛刻，连参加科举考试的人都逃不掉，甚至还打死了来进贡的官员。这件事传到皇帝那里，皇帝下令法司审理，那些太监们才稍微收敛一点。
直到万历四十二年，李太后遗命减免天下税额的三分之一，免除京城附近零零碎碎的小税。光宗继位后，才彻底免除了天下所有的额外税收，撤销了那些收税的官员，那些加派到田亩、户口、人丁、房屋上的税，全部免除。
天启五年，户部尚书李起元建议恢复对水陆交通要道的税收，按照万历二十七八年时的办法，征收十分之一的税。皇帝批准了。崇祯初年，关税每两白银增加一钱，所有八个关口总共增加了五万两白银的税收。三年后，又增加了二钱，不过临清关只增加了一半，崇文门和河西务的税收还是老样子。户部尚书毕自严建议增加南京宣课司的税额，从一万两增加到三万两。南京户部尚书郑三俊觉得宣课司收的落地税本来就少，建议对芜湖征税来凑够这增加的数额。毕自严就决定对芜湖征税三万两，而宣课司还是增加一万两。郑三俊后悔了，上奏章争论，但也没办法。崇祯九年，朝廷再次讨论增加税收款项的事。崇祯十三年，关税又增加了二十万两，老百姓和商人更加艰难了。
从一开始，各种税收先收钞票，后来改成收米，再后来收一半钱一半钞票，最后就改成收银子了。收税的方式年年轮换，一种叫“本色”，一种叫“折色”，“本色”的税收归内库，“折色”的税收归太仓。
明朝初期，东边有马市，西边有茶市，都是为了控制边疆，减少戍守的费用。海外各国来进贡，允许他们顺便带一些货物来中国贸易。所以就设立了市舶司，任命提举官来管理，目的是了解外国情况，压制奸商，让法律法规能够执行，从而避免冲突。洪武初年，市舶司先设在太仓黄渡，后来取消了。之后又分别在宁波、泉州、广州设立。宁波通日本，泉州通琉球，广州通占城、暹罗和西洋各国。琉球和占城等国都很恭顺，什么时候来进贡都行。就日本反复无常，所以特别限制他们十年来一次，每次只允许二百人，两艘船，用金叶勘合表文作为凭证，防止欺诈和偷税漏税。后来市舶司一度取消，就严禁沿海居民和守备将士私下和海外各国交易。
永乐年间刚开始的时候，西洋的剌泥国，回回人哈只马哈没奇等等，都来朝贡，顺便带了胡椒跟咱们老百姓做买卖。当时的官员就建议收他们的税。永乐皇帝说：“收商税啊，那是国家为了限制那些做小买卖的人，可不是为了赚钱的。现在这些外国人千里迢迢来咱们这儿，咱们还要占他们的便宜，能赚几个钱？丢人现眼的事儿可就多了！”所以就没收税。过了三年，因为来朝贡的外国使者越来越多，就在福建、浙江、广东这三个市舶司（就是管理海港贸易的机构）设立了驿站来招待他们。福建的驿站叫“来远”，浙江的叫“安远”，广东的叫“怀远”。后来又在交趾（越南北部）的云屯设立了市舶提举司，专门接待西南各国的朝贡使者。以前，外国的贡船来了，官员们都要先封好，等奏报上去，皇帝批准了才能运送货物。宣宗皇帝在位的时候，规定贡船一来就赶紧上报，不用等批准了，直接送到京城去。
武宗皇帝在位的时候，市舶提举太监毕真说：“以前，所有出海的船只，都由市舶司统一管理，现在却让镇守地方的官员和三司（户部、吏部、礼部）的官员也插手了，还是按照以前的规矩办比较好。”礼部讨论后认为：市舶司的职责是管理朝贡的物品，那些出海做买卖的商人和停靠港口的外国船只，除非是皇帝下令的，否则不应该干预。皇帝最后决定，按照熊宣以前的做法执行。这个熊宣以前也是市舶提举太监，曾经因为没有参与对满剌加等国的船只抽税，而上奏请求自己兼管，结果被礼部弹劾罢官了。刘瑾私下里跟毕真关系好，就错误地把这事儿当作例子说。
嘉靖二年，日本派了两个使臣，一个叫宗设，一个叫宋素卿，分别来进贡，结果两人互相争执，弄不清谁是真的使臣。负责管理海贸的官员赖恩，收了宋素卿的贿赂，偏袒宋素卿，结果宗设一怒之下，在宁波大肆抢掠。有个叫夏言的官员，认为倭寇的祸患都源于海贸管理混乱，于是建议朝廷取消市舶司。
市舶司取消后，日本的海商进进出出更加自由，一些海上的恶棍也和他们勾结，根本没人管，最终都变成了海盗。到了嘉靖二十六年，上百艘倭寇船只长期停留在宁波和台湾附近，几千倭寇上岸烧杀抢掠。浙江巡抚朱纨调查后发现，那些负责海贸的都是达官贵人和大地主，他们做买卖都弄虚作假，高价买进低价卖出，从中牟取暴利，还经常拖欠货款，这才导致了倭寇作乱。于是朱纨严厉禁止海贸，拆毁了剩下的海关，还上奏朝廷，请求训诫那些大地主，但朝廷没批准。
嘉靖二十八年，朱纨再次上奏，说长澳的一些地痞流氓，比如林恭等人，勾结倭寇作乱，而一些大奸商比如关通，为了赚钱，还充当倭寇的向导，践踏我们的海疆，应该严惩他们。但朝廷驳回了他的奏章。然而，朱纨还是擅自处决了一些勾结倭寇的大坏蛋。御史陈九德弹劾朱纨擅自行动，滥杀无辜，激化矛盾。皇帝把朱纨抓起来审问。朱纨被罢官后，那些坏蛋更加肆无忌惮，内外勾结，最终酿成大祸。汪直、徐海、陈东、麻叶等倭寇首领纷纷起事，海上再无宁日。
嘉靖三十五年，倭寇大规模袭击福建、浙江、直隶，都御史胡宗宪派他的手下蒋洲、陈可愿去跟倭寇谈判。谈判的结果是，倭寇表示想恢复贸易进贡。但兵部认为不行，这事儿就不了了之了。嘉靖三十九年，凤阳巡抚唐顺之建议恢复三个市舶司。兵部同意了。到了嘉靖四十四年，浙江巡抚刘畿建议再次取消市舶司，朝廷也同意了。福建的市舶司也是开开停停。到了万历年间，福建的互市又恢复了，但禁止交易硝石和硫磺。后来，两个市舶司都恢复了，还是由宦官负责。
永乐年间，朝廷在北方设立了三个马市：一个在开原南关，一个在开原城东五里，一个在广宁，都是为了和海西女真以及朵颜三卫进行贸易。马匹的价格分四等：最高等级要用八匹绢和十二匹布交换，依次递减。后来，开原城东和广宁的马市都废除了，只有开原南关的马市保留了下来。
“永乐间，设马市三：一在开原南关，以待海西；一在开原城东五里，一在广宁，皆以待朵颜三卫。定直四等：上直绢八疋，布十二，次半之，下二等各以一递减。既而城东、广宁市皆废，惟开原南关马市独存。”
大同的马市是从正统三年开始的，巡抚卢睿建议让军民按照公平的价格买卖马匹，达官李原等人负责翻译沟通，并且禁止买卖兵器和铜铁。皇帝同意了这个建议。十四年的时候，都御史沈固建议用山西行都司的库银来购买马匹。当时也先已经开始贡马互市了，可是宦官王振却操纵马匹的价格，结果也先大举入侵，导致了土木堡之变。
成化十四年，陈钺担任辽东巡抚，重新开放了三卫的马市。负责翻译的刘海、姚安二人贪污受贿，朵颜诸部因此怀恨在心，骚扰广宁，不再来马市交易了。兵部尚书王越建议派参将和布政司官员各一人进行监督，防止贪污受贿。于是，刘海、姚安二人受到了处罚。后来又命令海西和朵颜三卫前来马市交易；开原每月一次马市，广宁每月两次马市，用互市的税收来充当抚恤和赏赐的费用。正德年间，规定进入马市交易的人，必须按照期限出境，不得携带弓箭，而且非互市的日子，不得靠近边塞。
嘉靖三十年，因为总兵仇鸾的建议，朝廷下令在宣府和大同开设马市，并任命侍郎史道负责此事。兵部员外郎杨继盛进行劝谏，但没有被采纳。结果俺答很快入侵抢掠，大同的马市就成了宣府的祸患，宣府的马市又成了大同的祸患。钱财还没运到边境，警报就接踵而至。皇帝这才后悔，召回了史道。但是各部族都贪恋马市的利益，不敢公开反对，而边臣也多半畏惧受牵连，就用互市来安抚他们。第二年，大同的马市被取消了，宣府的马市还暂时保留，但抢掠仍然不断，最后宣府的马市也被取消了。隆庆四年，俺答的孙子把汉那吉来投降，于是贡马互市的议论又开始了。宣府和大同的马市又重新开放了，边境也稍微平静了一些。但是抚恤和赏赐非常丰厚，朝廷为了节省客兵的军饷和减少哨银的支出，都拿来充当马市的费用。年年增加赏赐，但是他们的要求也越来越高，负责此事的人又从中贪污，边境的费用反而超过了预算。
辽东义州的木材市场，万历二十三年开放，具体情况记载在李化龙的传记里。二十六年，根据巡抚张思忠的奏报，木材市场被取消了，马市也一并取消了。后来总兵李成梁极力请求恢复，蓟辽总督万世德也上书朝廷。二十九年，马市和木材市场重新开放，后来就一直保留下来了。
