何腾蛟，字云从，贵州黎平卫人。天启元年举于乡。崇祯中授南阳知县。地四达，贼出没其间，数被挫去。已，从巡抚陈必谦破贼安皋山，斩首四百余级，又讨平土寇，益知名。迁兵部主事，进员外郎，出为怀来兵备佥事，调口北道。才谞精敏，所在见称。遭母忧，巡抚刘永祚荐其贤，乞夺情任事。腾蛟不可，固辞归。服除，起淮徐兵备佥事。讨平土寇，部内宴然。
十六年冬，拜右佥都御史，代王聚奎巡抚湖广。时湖北地尽失，止存武昌，屯左良玉大军，军横甚。腾蛟与良玉交欢，得相安。明年春，遣将惠登相、毛宪文复德安、随州。
五月，福王立。诏至，良玉驻汉阳，其部下有异议，不欲开读。腾蛟曰：“社稷安危，系此一举。倘不奉诏，吾以死殉之。”抵良玉所，而良玉已听正纪卢鼎言，开读如礼。正纪者，良玉所置官名也。八月，福王命加腾蛟兵部右侍郎，兼抚湖南，代李乾德。寻以故官总督湖广、四川、云南、贵州、广西军务，召总督杨鹗还。明年三月，南京有北来太子事，中外以为真，朝臣皆曰伪。腾蛟力言不可杀，与当国者大忤。
无何，良玉举兵反，邀腾蛟偕行，不可，则尽杀城中人以劫之。士民争匿其署中，腾蛟坐大门纵之入。良玉破垣举火，避难者悉焚死。腾蛟急解印付家人，令速走，将自刭，为良玉部将拥去。良玉欲与同舟，不从，乃置之别舟，以副将四人守之。舟次汉阳门，乘间跌入江水。四人惧诛，亦赴水。腾蛟漂十余里，渔舟救之起，则汉前将军关壮缪侯庙前也。家人怀印者亦至，相视大惊。觅渔舟，忽不见。远近谓腾蛟忠诚得神佑，益归心焉。
腾蛟乃从宁州转浏阳，抵长沙。集诸属吏堵胤锡、傅上瑞、严起恒、章旷、周大启、吴晋锡等，痛哭盟誓。分士马舟舰糗粮，各任其一。令胤锡摄湖北巡抚，上瑞摄湖南巡抚，旷为总督监军，大启提督学政。起恒故衡永道，即督二郡军食，晋锡以长沙推官摄郴桂道事。即遣旷调副将黄朝宣、张先璧、刘承胤兵。朝宣自燕子窝，先璧自溆浦，承胤自武冈，先后至，兵势稍振。而是时良玉已死。
顺治二年五月，大兵下南都。唐王聿键自立于福州。王居南阳时，素知腾蛟贤，委任益至。李自成毙于九宫山，其将刘体仁、郝摇旗等以众无主，议归腾蛟。率四五万人骤入湘阴，距长沙百余里。城中人不知其求归也，惧甚。朝宣即引兵还燕子窝。上瑞请腾蛟出避，腾蛟曰：“死于左，死于贼，一也，何避焉。”长沙知府周二南请往侦之，以千人护行。贼谓其迎敌也，射杀之，从行者尽死。城中益惧，士女悉窜。腾蛟与旷谋，遣部将万大鹏等二人往抚。贼见止二骑，迎入演武场，饮之酒。二人不交一言，与痛饮。饮毕，贼问来意，答言督师以湘阴褊小，不足容大军，请即移长沙。因致腾蛟手书召之曰：“公等归朝，誓永保富贵。”摇旗等大喜，与大鹏至长沙。腾蛟开诚抚慰，宴饮尽欢，犒从官牛酒。命先璧以卒三万驰射，旌旗蔽天。摇旗等大悦，招其党袁宗第、蔺养成、王进才、牛有勇皆来归，骤增兵十余万，声威大震。
未几，自成将李锦、高必正拥众数十万逼常德。腾蛟令胤锡抚降之，置之荆州。锦，自成从子，后赐名赤心。必正则自成妻高氏弟也。高氏语锦曰：“汝愿为无赖贼，抑愿为大将邪？”锦曰：“何谓也？”曰：“为贼无论，既以身许国，当爱民，受主将节制，有死无二，吾所愿也。”锦曰：“诺。”腾蛟虑锦跋扈，他日过其营，请见高氏，再拜，执礼恭。高氏悦，戒其子毋忘何公，锦自是无异志。
自成乱天下二十年，陷帝都，覆庙社，其众数十万悉归腾蛟。而腾蛟上疏，但言元凶已除，稍泄神人愤，宜告谢郊庙，卒不言己功。唐王大喜，立拜东阁大学士兼兵部尚书，封定兴伯，仍督师。而疑自成死未实。腾蛟言自成定死，身首已糜烂。不敢居功，因固辞封爵。不允，令规取江西及南都。
当是时，降卒既众，腾蛟欲以旧军参之，乃题授朝宣、先璧为总兵官，与承胤、赤心、郝永忠、宗第、进才及董英、马进忠、马士秀、曹志建、王允成、卢鼎并开镇湖南、北，时所谓十三镇者也。永忠即摇旗，英，腾蛟中军，志建则故巡按刘熙祚中军，余皆良玉旧将也。
腾蛟锐意东下，拜表出师。明年正月与监军御史李膺品先赴湘阴，期大会岳州。先璧逗遛，诸营亦观望，独赤心自湖北至，为大兵所败而还，诸镇兵遂罢，腾蛟威望由此损。时诸将皆骄且贪残，朝宣尤甚，劫人而剥其皮。永忠效之，杀民无虚日。腾蛟不能制。故总督杨鹗者，克饷失军心，至是复夤缘为偏沅总督。腾蛟以为言，乃召鹗还。
王数议出关，为郑氏所阻。腾蛟屡请幸赣，协力取江西。王遣使征兵，腾蛟发永忠精骑五千往。永忠不肯前，五月始抵郴州。会大兵破汀州，聿键被执死，赣州亦失。腾蛟闻王死，大恸，厉兵保境如平时。已，闻永明王立，乃稍自安。王寻以腾蛟为武英殿大学士，加太子太保。王进才故守益阳，闻大兵渐逼，还长沙。
四年春，进才扬言乏饷，大掠，并及湘阴。适大兵至长沙，进才走湖北。腾蛟不能守，单骑走衡州，长沙、湘阴并失。卢鼎时守衡州，而先璧兵突至，大掠。鼎不能抗，走永州。先璧遂挟腾蛟走祁阳，又间道走辰州。腾蛟脱还，走永州。甫至，鼎部将复大掠。鼎走道州，腾蛟与侍郎严起恒走白牙市，大兵遂下衡、永。初，腾蛟建十三镇以卫长沙，至是皆自为盗贼。大兵入衡州，守将黄朝宣降。数其罪，支解之，远近大快。大清以一知府守永州，副将周金汤瞷城虚，夜鼓噪而登，知府出走，金汤遂入永。
六月，腾蛟在白牙。王密遣中使告以刘承胤罪，令入武冈除之。腾蛟乃走谒王，王及太后皆召见。承胤由小校，以腾蛟荐至大将，已渐倨。腾蛟在长沙征其兵，承胤大怒，言：“先调朝宣、先璧军，皆章旷亲行，今乃折箠使我。”遂驰至黎平，执腾蛟子，索饷数万。子走诉腾蛟，腾蛟遣旷行，承胤乃以众至。腾蛟为请于王，得封定蛮伯，且与为姻，承胤益骄。至是爵安国公，勋上柱国，赐尚方剑，益坐大。忌腾蛟出己上，欲夺其权，请用为户部尚书，专领饷务，王不许。王召腾蛟图承胤，腾蛟无兵，命以云南援将赵印选、胡一青兵隶之。及辞朝，赐银币，命廷臣郊饯。承胤伏千骑袭腾蛟，印选卒力战，尽歼之，腾蛟乃还驻白牙。
八月，大兵破武冈，承胤降。王走靖州，又走柳州。时常德、宝庆已失，永亦再失。王将返桂林，而城中止焦琏军，腾蛟率印选、一青入为助。而南安侯郝永忠忽拥众万余至，与琏兵欲斗，会宜章伯卢鼎兵亦至，腾蛟为调剂，桂林以安。乃遣琏、永忠、鼎、印选、一青分扼兴安、灵川、永宁、义宁诸州县。十一月，大兵逼全州，腾蛟督五将合御。
公元1650年正月，王腾蛟在桂林被加封为腾蛟太师，并晋爵为侯，爵位世袭。二月，清军攻破全州，兵临兴安。永忠的军队溃败，逃往桂林，逼迫王腾蛟往西逃窜，并沿途烧杀抢掠。腾蛟从永福赶来。清军得知桂林发生变故，直接攻打北门。腾蛟指挥焦琏、李一青等人分守三门，坚决抵抗，清军这才退回全州。正巧这时，金声桓、李成栋叛清投降，他们的军队也加入了腾蛟的队伍。湖南的清军暂时撤退，腾蛟乘机收复了全州。接着，他又派保昌侯曹志建、宜章侯卢鼎、新兴侯焦琏、新宁侯赵印选率军攻打永州，围城三个月，大小战斗三十六次，最终在十一月初一攻克永州。没过多久，监军御史余鲲起和职方主事李甲春攻下宝庆，其他将领也收复了衡州，马进忠收复了常德，许多失地都收复了回来。
腾蛟计划进兵长沙。这时，督师堵胤锡忌恨马进忠，便调集忠贞营李赤心的军队从夔州赶来，命令马进忠把常德让给李赤心。马进忠勃然大怒，把城里的居民全部赶出城外，放火烧毁房屋，然后逃往武冈。宝庆的守将王进才也弃城而逃，其他守将也都溃败了。李赤心等人所到之处都是空城，于是他们也很快撤兵，向东奔长沙。腾蛟当时驻扎在衡州，听到这个消息非常震惊。
公元1651年正月，腾蛟下令马进忠从益阳方向进攻长沙，约定各路将领会合，他自己则亲自前往忠贞营，邀请李赤心来衡州。他只带了六千士兵，担心忠贞营会偷袭，所以没有带护卫，只带了三十名官兵前往。快到的时候，听说李赤心军队已经东去了，于是就追赶到湘潭。湘潭也是空城，李赤心已经离开，腾蛟于是进城驻扎。清军得知腾蛟进入空城，就派将领徐勇率军进入湘潭。徐勇是腾蛟以前的部下，率领士兵向腾蛟下跪，劝他投降。腾蛟大怒，徐勇只好带着士兵离开。腾蛟绝食七天后被杀害。永明王听到这个消息后非常悲痛，赐予他九次祭祀，追封他为中湘王，谥号文烈，并封他的儿子文瑞为佥都御史。
章旷，字于野，是上海松江华亭人，崇祯十年考中了进士。 他先被任命为沔阳知州。
崇祯十六年三月，贼将郝摇旗攻破了沔阳城，同知马飙战死。章旷侥幸逃脱，跑到九江去见总督袁继咸，袁继咸就让他暂时担任监纪的职务。 后来，他跟着方国安、毛宪文、马进忠、王允成等将领一起收复了汉阳。
武昌巡按御史黄澍让他暂时担任汉阳推官，还兼管府里的事情；承德巡抚王扬基又让他暂时担任分巡道的职务，这小子真是官运亨通啊！
第二年四月，毛宪文和惠登相一起收复了德安，王扬基就派章旷去守城。结果城里空无一人，十几个卫兵居然把印信送给贼将白旺投降了！章旷把这些叛徒抓起来杀了，然后赶紧加强城防，日夜戒备。
他守了三个月，接替他的人李藻来了。这时，巡抚何腾蛟又让章旷暂时担任荆西道的职务。章旷离开后，李藻失去了将士们的信任，德安城再次失守了。
这可捅了马蜂窝！给事中熊汝霖和御史游有伦弹劾章旷在沔阳丢城负责任，要把他抓到黄州审问。多亏何腾蛟为他求情，让他戴罪立功，继续干下去。
福王在南京称王，左良玉的军队就要攻打京城了。腾蛟到了长沙，任命旷为监军。腾蛟手下有个副将叫黄朝宣，原来是巡抚宋一鹤手下的将领，驻扎在燕子窝，腾蛟就让旷把他叫来。另一个副将张先璧在溆浦屯着三千精兵，腾蛟也让旷把他叫来，留作自己的亲兵，而把黄朝宣派去驻守茶陵。腾蛟还让旷从武冈调来刘承胤的军队。这时候李自成死了，他的部下刘体仁、郝摇旗、袁宗第、蔺养成、王进才、牛有勇这六大部，各自带着几万兵马来了。腾蛟和旷商量了一下，决定把他们都招安了，军队一下子壮大起来了。
左良玉死了，他的将领马进忠、王允成没了靠山，突然跑到岳州来了。湖南偏沅巡抚傅上瑞吓坏了，旷说：“这是群没主子的兵，可以招安啊！”他直接进了马进忠的营地，和马进忠握了握手，指着白水发誓，马进忠他们都答应了。这马进忠可是贼军里的头头，手下有十万兵马呢！那时候南京已经破了，大兵压境逼近湖南，其他的将领都害怕得不行，只有旷一个人拼尽全力抵抗。后来唐王提拔他做了右佥都御史，让他负责督促军务，负责收复湖北。
旷很有智谋，打仗从不躲避危险。他亲自扼守湘阴、平江这两个重要的战略要地，湖南因为有他而不用害怕。有一次在岳州打仗，因为后援部队跟不上，只好撤退了。后来，又在荆州大驿站附近打了一场大仗。永明王又给他加官，升任兵部右侍郎。长沙守将王进才和狼兵将领覃遇春闹翻了，带着兵马抢掠而去。腾蛟逃到了衡州，旷也逃到了宝庆，长沙就这样丢了。腾蛟驻扎在祁阳，旷赶来和他会合。腾蛟把军事上的事情都交给旷，自己去武冈拜见永明王。旷搬到永州驻扎，看到各路大将都拥兵自重，一听到警报就逃跑，心里郁闷极了，最终忧郁而死。
傅作霖，是武陵人。他先是因为乡试考中举人而做了官，后来大学士苏观生推荐他当了职方主事，负责监督军队。苏观生去世后，何腾蛟在长沙当官，傅作霖就改任监军御史。永明王在全州的时候，傅作霖被破格提升为兵部左侍郎，负责兵部的事务，不久又升任尚书，跟着永明王到了武冈。那时候刘承胤专权，傅作霖和他关系不错，所以升迁很快。
等到大军包围武冈，刘承胤想投降，傅作霖勃然大怒，狠狠地责备了他。刘承胤派人去送礼求和，大军攻入城内，傅作霖穿着官服戴着帽子，坐在堂上。刘承胤极力劝他投降，但他不肯，最后被杀害了。他的妾室郑氏长得非常漂亮，也被抓了，押着她在桥上走过，结果她跳进水里自杀了。
萧旷，是武昌的秀才，在刘承胤手下当坐营参将。何腾蛟提拔他做了总兵官，负责黎平参将的事务。等到刘承胤投降的时候，刘承胤让降将陈友龙去招降萧旷，萧旷不肯投降。后来城破了，萧旷战死了。
傅上瑞，一开始是武昌的推官，城被贼军围困的时候，他就逃跑了。过了很久，何腾蛟推荐他做了长沙佥事，又让他代理偏沅巡抚。他劝何腾蛟设置十三镇，结果成了湖南的一大祸害。唐王当政的时候，因为何腾蛟的推荐，傅上瑞被提升为右佥都御史，实际担任偏沅巡抚。他这个人反复无常，后来像扔垃圾一样抛弃了何腾蛟。武冈城破后，大军逼近沅州，傅上瑞投降了。一年多后，他和刘承胤一起被处死了。
瞿式耜，字起田，是常熟人，他爷爷是礼部侍郎瞿景淳，他爸爸是湖广参议瞿汝说。万历四十四年，他考中了进士。 先被派去吉安府永丰县当县令，政绩很好，老百姓都夸他。
天启元年，他被调到江陵县。永丰县的老百姓都舍不得他走，请求朝廷让他继续任职，皇上就又让他回永丰当了一任县令。后来因为家里有丧事，他就回老家丁忧去了。崇祯元年，他被提升为户科给事中，上疏建议皇上：李国桢应该留在内阁，王永光应该负责选拔官员，曹于汴应该负责执法，郑三俊和毕懋良应该负责管理户部，李邦华应该负责军事。皇上采纳了他的很多建议。
接着，他又上疏弹劾朝政，为王之寀请求朝廷抚恤，为孙慎行申冤，要求迅速处决杨镐和王化贞，揭露杨涟和左光斗被诬陷的真相，追究前任宰相魏广微、顾秉谦、冯铨、黄立极的罪责。他还说，因为夺情建祠而被免官的朱童蒙不能轻易放过，因为犯错很久而被罢官的汤宾尹不能再启用。皇上也听从了他的建议。他还强烈批评来宗道和杨景辰依附奸臣，不适合在政府任职，这两个人不久就被罢免了。御史袁弘勋弹劾大学士刘鸿训，实际上是逆党徐大化在背后指使。四川贵州总督张鹤鸣之前已经被罢官，他再次被启用是因为魏忠贤。瞿式耜也上疏弹劾了这件事。
之后，他称赞杨涟、魏大中、周顺昌是清正廉洁的忠臣，这三个人后来都被追赠谥号。没过多久，他又上疏陈述时务七事，说：“罢官的官员是否应该复职要仔细核查，官员升迁要循序渐进，推举官员要慎重。谥号的评定要严格，法律条文要完善，评价官员要公正，依附奸臣的官员要区别对待。”他还强烈批评了科举考试中竞相攀附的弊端，请求皇上亲临殿试。最后，他说：“古代有左右史官，记录天子的言行。现在皇上召见大臣时很勤，应该让史官侍奉记录，公开昭示朝野。”他的很多建议都被采纳了。当时朝廷正要审理逆案，他请求公开所有证据，根据情节轻重确定罪责。他还说宣府巡抚徐良彦没有依附魏忠贤，却被崔呈秀诬陷而被发配边疆，应该立即起用他。徐良彦后来果然被起复了。
话说这位式耜先生，工作能力杠杠的，写出来的奏章好多都得到了皇帝的赞赏。但是，他说话太直接了，得罪了不少权贵大臣，那些大佬们都挺怕他的。有一次，朝廷要选拔官员，礼部侍郎钱谦益想借此机会往上爬。当时有个叫周延儒的官员也很有希望，钱谦益担心要是周延儒也选上了，自己就显得逊色了，于是就暗中使坏想把周延儒挤下去。巧的是，式耜是钱谦益的学生，钱谦益就让式耜帮忙，结果周延儒没被选上，钱谦益反而排在了第二位。这下可捅了马蜂窝，温体仁跳出来发难，周延儒也跟着一起攻击，钱谦益被罢官了，式耜也跟着倒霉，被贬官了。之前式耜还曾经为胡平将军歌功颂德，请求朝廷给他升官，结果后来胡平因为犯错被罢官了，式耜也再次被贬官，最后干脆在家赋闲了。
过了很久，常熟出了个坏家伙叫张汉儒，他听信了温体仁的指使，诬告钱谦益和式耜贪污受贿，滥用职权。温体仁也跟着起哄，把这事儿交给司法部门处理，要抓捕他们。巡抚张国维和巡按路振飞都上书为他们申冤，但都没用。眼看着两人就要进监狱了，没想到温体仁自己先倒台了，案子这才稍微缓和了一些。最后，钱谦益被革职，式耜花钱赎了罪。后来有人推荐他们复出，但朝廷也没同意。
十七年，福王在南京登基。八月，福王起用式耜担任应天府丞，没多久又升他做了右佥都御史，让他去广西巡抚，接替方震孺。没想到，第二年夏天，式耜刚到梧州，就听说南京城破了。靖江王亨嘉想称帝，派人来请式耜过去。式耜拒绝了，还给思恩参将陈邦传发了命令，让他加强防备，不要理睬靖江王。靖江王亲自带兵来到梧州，抓了式耜，把他关押在桂林，还派人去抢他的印章。
一开始，式耜主张拥立桂端王子安仁王。后来唐王监国，式耜认为按照宗法继承的顺序，唐王不应该继位，所以没有上书拥戴他。结果被靖江王抓起来后，式耜派人去向唐王祝贺，顺便求救。唐王很高兴，而这时靖江王又被丁魁楚攻击，情况危急，只好释放了式耜。式耜和中军官焦琏、陈邦传一起合力抓住了靖江王，平定了叛乱。唐王任命式耜为兵部右侍郎，让他协助处理军务，并让晏日曙来接替他的巡抚职位。但是式耜没有上任，而是退居广东。
1646年9月，清军攻破了汀州。式耜和魁楚等人商量着拥立永明王朱由榔，于是迎接永明王到梧州，并在10月10日让他在肇庆监国。之后，式耜被提升为吏部右侍郎、东阁大学士，兼管吏部事务。没过多久，赣州战败的消息传来，司礼监王坤逼着永明王去梧州。式耜极力反对，但没成功。11月1日，苏观生在广州拥立了唐王朱聿键。于是式耜和魁楚等人又商量着迎接永明王回肇庆，派总督林佳鼎去对抗苏观生，结果林佳鼎战死了。式耜亲自去峡口视察军队情况。12月15日，清军攻破了广州。王坤催促永明王往西逃走。式耜赶紧赶去见永明王，但永明王已经越过梧州往西去了。
1647年1月，清军攻破了肇庆，又逼近梧州，巡抚曹晔投降了。永明王想逃到湖广投奔何腾蛟，丁魁楚、吕大器、王化澄都抛弃永明王逃走了，只有式耜和吴炳、吴贞毓等人跟随永明王，他们从平乐到了桂林。2月份，清军袭击了平乐，又分兵攻打桂林。永明王打算逃到全州，式耜详细地分析了桂林的形势，请求留下抵抗，但没有得到允许。于是他主动请缨留守桂林，请求得到了批准。他被提升为文渊阁大学士，兼任兵部尚书，还被赐予宝剑，准许他便宜行事。平乐、浔州相继失守，桂林的形势非常危急。总督侍郎朱盛浓逃到了灵川，巡按御史辜延泰逃到了融县，布政使朱盛氵调、副使杨垂云、桂林知府王惠卿以下的官员都逃跑了，只有式耜、通判郑国藩、县丞李世荣以及都司林应昌、李当瑞、沈煌留了下来。永明王命令兵部右侍郎丁元晔代替朱盛浓，御史鲁可藻代替辜延泰。他们还没赶到，清军就在3月份逼近了桂林，几十个骑兵从文昌门冲了进来，登上城楼，俯瞰着式耜的住所。式耜急忙命令援将焦琏抵抗。
一开始啊，永明王被贼寇抓住了，式耜带兵攻城，硬是把永明王救了出来。永明王当时病得走不动路，式耜就背着他走。永明王因为这事儿特别感激式耜，后来在攻打靖江王的时候，式耜立了大功，被封为参将。那场仗打了三个月，式耜功劳最大，元晔和可藻也都很卖力。式耜自己也冲锋陷阵，跟士兵们同甘共苦。
后来雨下个不停，城墙都坏了，官兵们个个都吓坏了，没精打采的。式耜却指挥若定，城防一点问题都没有，所以大家都没想着叛变。 等来援兵要钱要粮的，还闹了起来，式耜把库房里的东西都搜刮了一遍，还是不够，他老婆邵氏干脆把自己的金簪玉耳环都拿出来凑数。 接着，式耜手下的兵跟其他部队闹矛盾，吵吵嚷嚷地走了，城都快被攻破好几次了。 幸好陈邦彦他们攻打广州，主力部队调往东边，桂林才保住了。式耜也收复了阳朔和平乐，陈邦彦也从浔州收复了梧州。永明王听说捷报后，封式耜为临桂伯，封式耜为新兴伯，元晔他们也升了官。
式耜一开始劝永明王回全州，永明王没听。后来，式耜又请求回桂林，永明王答应了。结果武冈失守了，永明王从靖州逃到了柳州，式耜又请求回桂林。十一月份，大部队从湖南逼近全州，式耜和腾蛟一起抵抗，把敌人打退了。 可是后来梧州又失守了，永明王当时在象州，想逃到南宁去。 幸好大臣们极力劝阻，最后永明王在十二月份才回到桂林。
公元1646年（清顺治三年）二月，南安侯郝永忠带着他的军队驻扎在桂林，他看城外的团练兵不顺眼，就把水东十八个村子都给抢了，杀了不少人，还跟巡抚式耜闹矛盾。式耜费了好大力气才把事情给调解了，郝永忠这才挪窝去了兴安。
结果，郝永忠的大军又杀到了灵川，结果被打了败仗，灰溜溜地跑回桂林，还怂恿桂林王赶紧跑路，最好是晚上就走。式耜死活不同意，极力劝阻。桂林王身边的人都劝他赶紧跑，式耜还是不同意，哭着劝说。桂林王说：“你就是想让我为国捐躯啊！”式耜哭得衣服都湿了。桂林王最终还是走了，郝永忠立刻开始大肆抢掠，连太常卿黄太元都被他给打死了。式耜的家也被抢了，他家人赶紧拿着腾蛟的令箭，才逃出了城。中午的时候，赵印选带着军队从灵川赶来，也开始大规模抢劫，城里城外都被洗劫一空。郝永忠逃到了柳州，赵印选他们逃到了永宁。
第二天，式耜开始清理城里的残骸，安抚城里城外的人。焦琏和其他的将领周金、汤兆佐、胡一青等等都带着自己的军队赶到了，腾蛟的军队也到了。到了三月，大部队知道了桂林出了事，来攻打桂林，打到了北门。腾蛟督促众将士抵抗，保住了桂林城。这时候桂林王在南宁，式耜派人去慰问王室人员的生活起居。桂林王这才知道式耜安然无恙，感动得哭了。
三月闰月，广东的李成栋和江西的金声桓都造反了，占据了地盘，要自立为王。 式耜就劝王赶紧回桂林去。 皇上想先去拜访一下李成栋，准备去广州。 式耜担心李成栋会挟持皇上独揽大权，就像当年刘承胤那样，他极力反对，最后皇上就驻扎在了肇庆。
十一月份，永州、宝庆、衡州都收复了。 式耜觉得这是一个好机会，再次劝皇上回桂林，然后想办法收复楚地，但皇上没听。 庆国公陈邦传守着浔州，自称世世代代守护广西，想学黔国公那样自立。 式耜专门写奏章弹劾他，当时朝中内外很多人都在争论这件事，陈邦传这才作罢。 广西巡抚鲁可藻自己加了职衔，自称两广巡抚，式耜也写奏章反驳了他。
式耜人在外面，但只要朝廷政事有什么疏漏，他一定会上奏章劝谏。 他曾经说过：“我和皇上患难与共，荣辱一体，这和别的臣子不一样。所有的大事，我都应该参与知道。” 皇上很欣赏他，也采纳了他的意见。 可那时候李成栋的儿子李元胤把持朝政，他知道式耜很正直，所以袁彭年、丁时魁、金堡这些人就都争着巴结他。
到了第六年正月，丁时魁等人把朱天麟赶走了，也不想让何吾驺当首辅。他们就召式耜进宫当值，还把文渊印给他，但式耜始终不肯进宫。 没过多久，腾蛟、金声桓、李成栋相继战败身亡，国家的形势非常危急。 朝中大臣们都在拉帮结派，互相争斗，式耜也无力阻止。
公元某年正月，南雄城丢了。王（指南明永历帝）吓得赶紧逃到梧州去了。很多大臣互相指责，当时那些主要负责的人都被抓进监狱了，瞿式耜写了七封奏章为他们求情。胡执恭私自封孙可望为王，瞿式耜在奏章里请求杀了他，但都没被采纳。
九月，全州也丢了。开国公赵印选跑到桂林躲着，卫国公胡一青守着榕江，还有宁远伯王永祚，他们都害怕得不敢出兵，清军的大部队就顺利地进入了严关。十月，胡一青和王永祚跑到桂林去分军饷，榕江城里一个兵都没了，清军就更深入地打进来了。十一月五日，瞿式耜下令让赵印选出兵，赵印选不肯，瞿式耜又催了他一次，结果赵印选带着全家老小逃跑了。胡一青、武陵侯杨国栋、绥宁伯蒲缨、宁武伯马养麟也一起逃跑了。王永祚投降了，桂林城里一个兵都没有了。
瞿式耜坐在府里，家人都跑光了。他的部将戚良勋劝他赶紧骑马逃跑，瞿式耜坚决不肯，还把他骂走了。过了一会儿，总督张同敞来了，表示要和他一起死，于是两人就相对喝酒，旁边只有一个老兵侍候着。瞿式耜把中军印信交给徐高，让他赶紧送去给永历帝。那天晚上，两个人点着蜡烛，危坐了一夜。第二天黎明，几匹马过来了。瞿式耜说：“我们俩等死已经很久了。”然后就和张同敞一起走了，到了地方后就坐在地上。清军劝他们投降，他们不肯，就被关押在一户人家的房子里。这两个人每天都写诗互相唱和，写了一百多首。到了闰十一月十七日，要被处死了，天上突然打起了很大的雷，空中还连续三次震动，附近的人都觉得很奇怪，最后瞿式耜和张同敞一起死了。张同敞是大学士张居正的曾孙，这些事《张居正传》里都有记载。
那时候，在桂林殉难的还有光禄少卿汪皞，他是投水自尽的。平乐城破的时候，守将镇西将军朱旻如自杀了。
还 有一个人叫周震，是中书舍人，住在全州，为人慷慨，很有气节。武冈丢了，全州也危险了，周震就邀请文武官员在神灵面前盟誓，要誓死保卫全州。他制定了守城的策略，上报给了留守瞿式耜。瞿式耜就给他授予了御史的职位，让他监军。没过多久，郝永忠和卢鼎从全州撤兵回桂林了。全州的守将们商量着要投降，周震极力反对，结果大家愤怒之下把他杀了，全州城就丢了。
话说何腾蛟和瞿式耜两位大人，在那样艰难困苦的处境中，始终坚持着自己的操守，光明磊落。虽然他们制定的策略和计划，最终没能看到效果，但这主要也是因为当时的局势所限啊。他们那种鞠躬尽瘁的精神，一点儿都没打折扣，所以根本没必要去批评他们。
赞曰：何腾蛟、瞿式耜崎岖危难之中，介然以艰贞自守。虽其设施经画，未能一睹厥效，要亦时势使然。其于鞠躬尽瘁之操，无少亏损，固未可以是为訾议也。
说到底，一个人的节操和气节，往往只有到了穷途末路的时候才能真正显现出来。就像何腾蛟和瞿式耜两位大人一样，他们拼尽全力，直到生命最后一刻，都没有丝毫动摇，真是那种百折不回的英雄气概啊！明朝二百七十年来培养士大夫的初衷，不就是为了出现这样的忠臣吗？真是令人感慨万千啊！
夫节义必穷而后见，如二人之竭力致死，靡有二心，所谓百折不回者矣。明代二百七十余年养士之报，其在斯乎！其在斯乎！
