先说说这奉先殿、奉慈殿、献皇帝庙这些地方，还有亲王、功臣们一起祭祀的太庙和宗庙、家庙的事儿。
洪武三年，朱元璋觉得光靠太庙祭祀祖先，还不够表达他的孝心，就在皇宫东门内又建了个奉先殿。他把太庙比作朝廷的外面，奉先殿比作朝廷的里面。奉先殿正殿五间房，朝南，深度是二丈五尺，前面还有个五间房的走廊，深度是正殿的一半。里面供奉着四代皇帝和皇后的神位和衣冠，祭祀的仪式、祭文什么的都规定好了。每天早晚，皇帝和太子、诸王都要去祭祀两次。皇后和妃子们每天都要送去饭菜点心，逢年过节、每月初一都要祭祀，祭品种类和数量都按照第一年定的标准来。不过，三月不用鮆鱼，四月少用鲥鱼，多用王瓜和猪肉；五月多用茄子；九月少用柿子和螃蟹；十月少用木瓜和萝卜，多用山药；十一月少用天鹅、鸬鹚和老鸟，多用獐子。这些都是太常寺奏报后，由光禄寺负责准备祭品。要是碰上什么新鲜的季节性东西，太常寺也会进献上来。此外，朱元璋还把父母的忌日记下来，每年按时祭祀，成了惯例。
后来成祖朱棣迁都北京，也照着这个样子建了奉先殿。宣德元年，太宗朱棣入祀太庙后，又派郑王去奉先殿祭祀，摆上酒果，然后安置神位。天顺七年，孝恭皇后入祀太庙后，皇帝也照样在奉先殿安置了她的神位，仪式跟入祀太庙差不多。弘治十七年，吏部尚书马文升上奏说：“南京运送祭品的船只，本来是为奉先殿服务的，可那些搬运工，足足上千人，沿途敲诈勒索。现在扬州、徐州闹旱灾，我想着古时候遇到灾荒年景会减少祭祀，以此减轻百姓负担，能不能也减少一些祭品运输，缓解一下百姓的困境？”皇帝就让有关部门去研究研究这事儿。武宗朱厚照即位后，把熙祖朱元璋的神位迁到了德祖朱棣神位的西边，奉先殿里朱元璋的神位、衣冠、床幔、祭祀用品都收进了神库。
嘉靖十四年，皇帝下令规定了内殿祭祀的仪式和礼仪。清明、中元节、圣诞节、冬至、元旦这些节日，都要举行祭祀，有祝文，音乐也跟宴会一样热闹。而皇太后和皇后的生日，以及妃嫔们的生日，也都有祭祀，但没有祝文和音乐。立春、元宵节、四月八日、端午节、中秋节、重阳节、腊八节这些节日，也都有祭祀，会用时令食物。以前这些节日没有祝文，现在增加了告词。以前的祭祀仪式，就是在一个房间里拜一次，到中间的房间跪着祝祷完毕，再拜四次，然后焚烧祝帛。现在改成先在位子上拜四次，然后献上帛和酒，祝祷完毕后，皇后和妃嫔们再行亚献，负责祭祀的人最后行终献，撤掉祭品后，再拜四次。以前祭祀的时候，穿祭服，有音乐伴奏，现在改成穿浅色衣服，取消了音乐。总之，祭祀土地神、祭祀太阳和月亮，出行祭祀和回宫祭祀，以及册封祭祀，还有每月朔望的祭祀，所有这些都在新的规定里了。
嘉靖十五年，礼部尚书夏言等人上奏说：悼灵皇后的神主，之前因为要合葬在她亲人的墓地，所以暂时放在奉慈殿孝惠太后神主旁边。现在三位皇后的神主都要迁到陵寝，那么悼灵皇后的神主也应该暂时迁到奉先殿的旁边房间，在那里进行祭祀，祭品也要一样准备。皇帝同意了他们的建议。
隆庆元年，礼部又说：以前的规定，太庙一年祭祀五次，而其他的节日和忌辰的祭祀，都在奉先殿举行。现在孝洁皇后已经合葬到太庙了，那么奉先殿也应该安放她的神位。于是，他们在奉先殿的第九个房间设置了神位和祭祀用品，派官员按照仪式进行祭祀。
万历三年，皇帝想把孝烈皇后和孝恪皇后的神位也放到奉先殿。礼官们说，世宗皇帝在世的时候，讨论过合葬和祭祀陵寝的事，但没讨论过合葬到内殿的事。皇帝说：“奉先殿已经有孝肃、孝穆、孝惠三位皇后的神位了，都是皇祖定的，应该按照这个规矩来安放。”其实当时这三位皇后都已经合葬到陵庙了，但还在奉先殿祭祀，只是朝臣们都不知道。皇帝命令辅臣张居正等人去查看。张居正等人说：“奉先殿供奉着历代皇帝和皇后的神位，凡是尊为皇后的，都可以合葬到内殿，这和太庙一个皇帝配一个皇后的规矩不一样，所以现在也应该安放她们的神位并进行祭祀。”皇帝同意了他们的意见。
首先，皇帝册封妃嫔或祭祀祖先时，都是由太常寺的官员负责操办，同时还要上奏请派官员去执行。到了万历元年，皇帝亲自祭祀了，所以派官员的请求就取消了。第二年，太常寺说内殿在皇宫禁地，用内官（太监）来负责比较方便。皇帝同意了他们的请求。以前嘉靖初年，每逢圣节、中元节、冬至、岁末都要在奉先殿祭祀。嘉靖十五年，取消了中元节的祭祀；嘉靖四十五年，取消了岁末的祭祀；隆庆元年，又取消了圣节和冬至的祭祀。至于方泽、朝日、夕月这些祭祀活动，以及出告（出发祭祀）和回参（祭祀完毕返回），嘉靖年间是在景神殿进行的。到了隆庆元年，又改回在奉先殿举行了。
以前嘉靖皇帝之前，历代皇帝和皇后的忌辰祭祀都在奉先殿举行。到了嘉靖十八年，把高皇帝（明太祖）和皇后的忌辰祭祀改到景神殿，文皇帝（明成祖）及以后的皇帝和皇后的忌辰祭祀则改到永孝殿。到了嘉靖二十四年，又改回在奉先殿举行祭祀了。总之，从万历二年以后，内殿的祭祀，如果皇帝亲自祭祀，那么祭品、祭文和执事人员，都由内监（太监）负责；如果派官员代祭，那么就都由太常寺负责。只有祭品中用脯（肉干）和醢（肉酱）这些东西的时候，即使是皇帝亲自祭祀，也都是由太常寺来准备。
万历十四年，礼部官员说：“近些年来，皇贵妃册封时祭告奉先殿，祝文和执事人员由内庭（宫内）负责，而祭品却取自太常寺，这样做法不统一啊。太常寺专门负责祭祀，光禄寺专门负责准备膳食。内庭祭祀，其实是从皇帝平时吃饭时，上等菜肴的含义引申而来的。应该按照旧制度，凡是祭祀内殿，不管皇帝是亲自祭祀还是派官员祭祀，祭品都由光禄寺提供；只有祭祀的祝文和执事人员，如果是皇帝亲自祭祀，就由内庭负责；如果是派官员祭祀，就暂时由太常寺负责。”皇帝采纳了这个建议。
宋孝宗当了皇帝以后，追封他母亲孝穆太后纪氏的谥号，把她葬在茂陵，一起合葬。因为不能把她和祖宗一起供奉在太庙里，就在奉先殿的右边另建了一座奉慈殿来祭祀她。每年要祭祀五次，包括新米祭祀和忌日祭祀，祭祀的仪式都和太庙奉先殿一样隆重。
弘治十七年，孝肃周太后去世了。早在她活着的时候，成化年间就已经商议过要不要把她和皇帝的祖宗一起合葬，以及祭祀的礼仪。太后去世后，皇帝召集大臣们商议这件事，要不要把周太后一起供奉到太庙里。刘健他们说：“这事儿确实讨论过，但是当年参考的唐宋朝的典例，并不是汉朝以前的制度啊。”皇帝觉得这事儿应该遵循古代的制度，于是就拿孝穆太后另建奉慈殿祭祀的事儿来做例子，让大臣们讨论。刘健退朝后，又上书再次陈述自己的观点，想坚定皇帝的决心。
这时候，英国公张懋、吏部尚书马文升等人就说：“祖庙的祭祀礼仪，是关系到全国的大事，不是子孙后代可以私下决定的。殷商和周朝的祖庙，最多只有七个，父亲和儿子分别有自己的牌位，每个皇帝只有一个皇后配享，这是祭祀的正规礼仪。《春秋》里记载‘考仲子之宫’，胡安国在《春秋传》里解释说：‘孟子进入惠公的庙宇，仲子没有祭祀的地方。’由此可见，鲁国遵循周朝的礼仪，先王的制度还保留着，祖庙里没有两个皇后配享的先例。我们仔细看看宪宗皇帝的遗诏，里面有‘朕心终不自安’的话。我们私下揣测先帝的真实想法，是因为违背了皇太后的意愿，所以才勉强的同意让她和皇帝一起祭祀。群臣想找个折中的办法解决这件事，也是不得已才这样做的。根据礼仪制度来处理这件事，既能满足先帝在天之灵的遗愿，也恰好等到今天来解决。查阅《周礼》，里面有祭祀先祖母亲的记载，《周礼疏》解释说‘指的是姜嫄’，《诗经》里说的‘閟宫’也就是这个意思。唐宋两朝虽然很尊重太后，但太后不和祖宗一起在太庙里祭祀，而是另建殿宇来祭祀，这也符合‘閟宫’的含义。我们大明朝的祖宗牌位已经超过了九庙的限制，配享的皇后也没有超过一个。现在应该在奉先殿外面另建一座庙宇，就像《诗经》里说的‘閟宫’，或者像宋朝另建殿宇一样，每年按时祭祀，仍然尊称她为太皇太后，这样既能满足情理，又能尽到孝道。”
大臣们的意见上报后，皇帝又把刘健他们召到自己寝宫的帷帐里，拿出《奉先殿图》，指着西边一块地方说：“这是奉慈殿。”又指着东边一块地方说：“这是神厨。”他想在这块地方另建一座庙，把孝穆太后的神主迁过去，在那里一起祭祀。刘健他们都回答说：“这最合适不过了。”后来钦天监奏报说，今年的星象不利于动工，朝廷商议暂时把周太后的牌位供奉在奉慈殿正中间，把孝穆太后的牌位移到左边。
孝宗皇帝驾崩后，武宗皇帝登基。礼部这才开始准备奉安孝肃皇太后神主的大典。提前三天，皇帝斋戒，并且在奉先殿和孝宗皇帝的灵前祭告。当天早上，皇帝穿着黑色的翼善冠，浅淡色的衣服，系着黑色的犀牛皮带，去祭告孝穆皇太后的神位。仪式结束后，皇帝走到神位前，请求将神主从神位上请下来。皇帝捧着神主站着，内务人员把神位移到殿堂的左边。皇帝安放好神主后，行了叩头礼。到了中午，皇帝来到清宁宫孝肃皇太后的灵前行礼。礼毕，内侍把神主舆抬到殿前，衣冠舆放在丹陛上。皇帝走到祭拜的位置，亲王们穿着吉服跟在后面，行了四拜礼后起身。皇帝捧着神主从殿堂的中门出去，放到神主舆里。内务人员捧着衣冠放在神主舆的后面跟着。皇帝率领亲王们步行跟随。走到宝善门外，太皇太后和皇太后率领宫妃们在门内迎接。先来到奉慈殿，在殿西站好。神主舆到达奉先殿门外，稍作停留。皇帝走到舆前跪下，请求将神主迎入奉先殿，然后俯伏在地，起身后，捧着神主从殿堂的左门进入，走到殿内铺好的褥位前跪下，安放神主。皇帝行了五拜三叩头的礼节。礼毕，皇帝捧着神主，又从左门出来，放到神主舆里。
到了奉慈殿门外，皇帝捧着神主从中门进入，安放在神位上，行安神礼，三献的仪式和往常一样。太皇太后以下的人等都行了四拜礼。仪式结束后，内侍官在殿堂正中偏南的地方铺好褥位。皇帝来到孝穆皇太后的神位前，跪下请求将神主去谒见孝肃太皇太后，跪着把神主放在褥位上，俯伏在地，起身后，行了五拜三叩头的礼节。礼毕，皇帝捧起神主，又把它安放在神位上，行安神礼，和刚才一样，皇太后以下的人等都行了四拜礼。
嘉靖元年，皇上隆重地把孝惠邵太后一起祭祀了。
八年二月，礼部尚书方献夫他们上奏说：“悼灵皇后，按礼应该和皇帝一起祭祀太庙，但是现在太庙九个位置都满了。查查唐宋朝的典故，皇后在太庙里没有自己的牌位，那就另外建个庙。所以《曲台礼》里就有在太庙之外另建庙宇祭祀皇后的记载。还有《礼记·丧服小记》里说：‘媳妇要和祖姑一起祭祀，如果祖姑有三个，那就和关系最近的祖姑一起祭祀。’解释说：‘关系最近的祖姑指的是丈夫的亲生母亲。’现在孝惠太皇太后确实是皇上的亲生祖母，所以悼灵皇后应该和她一起祭祀。”皇上批准了。
三月，正式举行祭祀太庙的仪式。之前先到各个宫殿祭告。到了那天，把悼灵皇后的神主请到奉慈殿安置。内侍捧着神主、谥号和衣冠，跟着皇上到奉先殿去祭拜。皇上坐上位置，行了五拜三叩头的礼节。然后又去了崇先殿，接着去了奉慈殿，祭拜三位太后，内侍把神主安放在神座上，皇妃以下的人行了四拜礼。
十五年前，皇上觉得给三位太皇太后在慈宁宫另设祭祀有点不合适，觉得应该把她们的牌位放到陵庙里去才对。大臣们就开始讨论这事儿了，说：“古代皇帝的宗庙祭祀，只有皇帝和皇后，皇帝的生母会在寝宫里祭祀，等她去世就结束了。孝宗皇帝在慈宁宫祭祀太皇太后，那是儿子祭祀生母，尽孝道而已。但是，《礼记》上说‘妾的母亲不世祭’，注释解释说：‘不世祭就是说，儿子祭祀，到孙子辈就停止了。’这是因为要重视祖先，所以就不再祭祀私生祖母了。现在皇上您对孝肃皇太后是曾孙，对孝穆皇太后是孙子辈，对孝惠皇太后也是孙子辈。按照礼制，不应该世世代代祭祀，应该把她们的牌位迁走。看看宋朝熙宁年间就停止了祭祀慈宁宫的先例，跟咱们现在的情况一样。所以应该把她们的牌位迁到陵庙，每年按时祭祀就行了。”皇上觉得有道理，就同意了。于是慈宁宫的祭祀就取消了。
世宗皇帝的孝烈皇后，隆庆年间在弘孝殿祭祀，到了万历三年，又迁到奉先殿一起祭祀了。穆宗皇帝的母亲孝恪皇太后，隆庆初年在神霄殿祭祀，又把孝懿皇后牌位放在她旁边一起祭祀。过了六年，孝懿皇后牌位迁到太庙，万历三年，孝恪皇太后牌位也迁到奉先殿一起祭祀，神霄殿和弘孝殿也就都取消祭祀了。
嘉靖二年四月，皇帝下令为兴献王（明武宗的父亲）修建家庙，祭祀时用八佾舞乐，规格很高。一开始，负责礼仪的官员们对家庙的制度还没讨论出结果，有个监生叫何渊就上书皇帝，建议在太庙东边修建世室（为先帝修建的庙宇）。但是，礼部尚书汪俊等人认为这不行。皇帝就说，那就在奉先殿旁边另建一间房子吧，这样也算尽孝了。
礼仪官员们一起讨论后说：“为母亲修建庙宇，是根据姜嫄（古代传说中后稷的母亲）的庙宇为依据的。但为亲生父亲在皇宫里建庙，这可是古来没有的！只有汉哀帝为他的父亲定陶共王在京城建庙，但这不能作为例子啊！”詹事府的石珤等人也反对。可皇帝还是不听，直接下令修缮奉慈殿后面的房子，改名为观德殿，用来供奉兴献王。四年四月，何渊已经升任光禄寺署丞了，他又上书请求在太庙里为兴献王修建世室，隆重祭祀他的父亲。礼部尚书席书等人则反对说：“天子七庙，周文王和周武王都有功德，所以才在三昭穆之上为他们修建了世室。兴献王虽然追封为皇帝，但他并没有当过天子。何渊这是在阿谀奉承，请求皇上驳回他的奏章。”皇帝就下令再次讨论，席书等人又说：“如果把兴献王的牌位放在武宗（明武宗）上面，那武宗就成了他的儿子了，这尊卑有别，怎么可以僭越呢？如果放在武宗下面，那兴献王就成了武宗的叔叔了，这样他的神位也不安稳啊！”
当时朝臣们对称兴献王为父亲还是叔叔意见不一，各执一词，说到要把他祔庙（把先帝的牌位放入太庙），竟然没有一个人赞成的。就连大学士张璁、桂萼也认为不可行，席书还私下写奏章极力反对。但是皇帝还是不听，再次下令讨论。最后，参照汉宣帝的先例，在皇城内修建了一座祢庙，规模和文华殿差不多。祭祀时用的笾豆、乐舞，全部都按照天子的规格来。皇帝亲自给这座庙起名叫“世庙”。五年七月，皇帝告诉工部，说观德殿太小了，想在奉天殿左边另建一座。工部尚书赵璜认为不可行，但皇帝还是不听，最后在奉先殿东边建了一座庙，叫做崇先殿。
到了嘉靖十三年，皇帝下令把承天家庙改名为隆庆殿。嘉靖十五年，因为要避开水道，世庙被迁移，并且改名为献皇帝庙，原来的世庙就改名叫景神殿，寝殿则改名为永孝殿。
十七年的时候，丰坊提议把皇考（父亲）的牌位放到太庙里，跟明堂一起供奉。负责礼仪的官员们不敢违抗，就开会讨论了好久。有人说：“古代父子祭祀的顺序不一样，兄弟则同辈分。所以殷朝有过四个君主同时在同一个庙里祭祀的情况，宋朝太祖和太宗也一起在昭庙里供奉。现在皇考和孝宗皇帝应该一起在太庙里供奉。” 于是就正式把皇帝父亲的牌位奉入太庙了。
二十二年，太庙重新修建，朝廷讨论要不要把睿宗和孝宗一起供奉在同一个庙里，同为昭庙。皇帝责备大臣们没有尽忠职守，把这个议案给压下了。后来，左庶子江汝璧建议把皇考的庙迁到穆庙前面，以便将来皇室后代祭祀，和成祖的庙并列。右赞善郭希颜又想在太祖庙的文世室外，只建四位祖先的庙，把孝宗和武宗的牌位撤掉。结果被礼部官员批评是胡说八道，这事儿也就不了了之了。
二十四年六月，新的太庙建成了，于是把睿宗的牌位放在太庙左边第四位，排在武宗上面，同时取消了特庙的祭祀。四十四年，因为旧庙的柱子上长出了灵芝，就改名叫玉芝宫，并规定了每天的祭祀仪式。穆宗当政初期，礼部官员请求取消日常祭祀以及节气、忌日、有事禀告的祭祀，只保留每日的供奉。
隆庆元年，礼科给事中王治请求取消献皇（指皇帝的父亲）在太庙的合祭，而只在世庙单独祭祀，这个奏章被送到了相关部门。万历九年，礼科给事中丁汝谦请求恢复玉芝宫的单独祭祀，并且把宣宗皇帝和皇后的冠服重新放到太庙。皇帝批评丁汝谦胡乱议论，把他贬官外放了。天启元年，太常寺少卿李宗延上奏说应该重新讨论祧庙（废除旧庙，另建新庙）的事宜，他说：“睿宗入庙，是世宗皇帝无限孝心的体现，但是对于皇上来说，就比较远了。等到光宗皇帝也入庙的时候，可以恢复旧例，也可以重新制定方案。这就像孝子要尽力孝敬父母，仁人要以道义来规范祖先一样。”这个奏章送到了礼部，最终也没有被采纳。
1370年，朱元璋把他的皇伯父寿春王和寿春王妃刘氏放在一起祭祀；他的哥哥南昌王、霍丘王、下蔡王、安丰王，以及霍丘王妃翟氏和安丰王妃赵氏放在一起祭祀；他的哥哥蒙城王、盱眙王、临淮王，还有临淮王妃刘氏放在一起祭祀。后来，他又把这些王妃的称呼都改成了妃。他还把他的侄子宝应王、六安王、来安王、都梁王、英山王、山阳王、昭信王放在一起祭祀，总共十九位。春天和夏天在仁祖庙的东边偏殿祭祀，秋天、冬天和年底则在德祖庙的东边偏殿祭祀。皇帝亲自进行初献礼，其他的祭祀官员则分别到神位前献祭。
1371年，朱元璋把这些亲王的牌位都移到了殿内东墙。1376年，新太庙建成，他又增加了蒙城王妃田氏和盱眙王妃唐氏的牌位。正德年间，御史徐文华提议说：“这些宗室成员，有的已经成年了，却没留下子嗣，祭祀就只能祭祀到兄弟的孙子辈了。现在这些诸王已经传到五六代了，应该把他们的牌位从太庙里撤掉。”礼部官员们讨论后认为不可行。嘉靖年间，这些诸王的牌位仍然在东边偏殿排列着。嘉靖二十四年，新建的太庙建成，这些诸王的牌位又重新被移到了殿内东墙，并且取消了分献的祭祀方式。
万历十四年，太常卿裴应章又提议说：“这些诸王本来是跟着祖先一起祭祀的。现在四位祖先的庙宇都已经撤掉了他们的牌位，而这些诸王的牌位却无处安放，应该取消对他们的祭祀，把他们的牌位也放到已经撤掉牌位的祖先的庙宇里。”礼部则说：“撤掉牌位是为了把毁坏的庙宇的主人的牌位收起来，这是针对祖先的，而不是针对子孙的。虽然有撤掉牌位的礼仪，但没听说过有给配偶撤掉牌位的。所以，我们还是按照原来的制度，把他们的牌位放在东边偏殿比较符合礼仪。”皇帝批准了礼部的意见。
公元1369年，朱元璋在太庙祭祀祖先，同时追封廖永安、俞通海、张得胜、桑世杰、耿再成、胡大海、赵德胜七位功臣，在太庙庭院里搭了六个青布帷帐，让官员分别去祭祀。等皇帝祭祀仪式差不多结束的时候，再进行功臣的祭祀仪式。每年春秋两季祭祀祖先的时候，这七位功臣的牌位就放在仁祖庙东边的偏殿里。
三年后，朱元璋正式确定了八位功臣配享太庙，分别是常遇春以下的七位。春夏两季，他们的牌位放在仁祖庙西边的偏殿，秋冬两季则放在德祖庙西边的偏殿，牌位都朝东摆放，从此就取消了青布帷帐。同时，还修改了祭祀的仪式，改为皇帝先祭祀，然后其他的官员再分别去祭祀，不用行跪拜礼。
公元1371年，朱元璋对中书省的官员说：“太庙祭祀，把功臣的牌位放在偏殿里一起祭祀。现在太庙的祭祀仪式已经确定下来了，我这样做，是因为祖宗都在，让那些已经去世的功臣们也能得到神灵的庇佑，共享祭祀的恩泽。这不仅是朝廷的重大仪式，也表达了我不忘功臣之心的意思。”于是礼官们商议，说：“以后每次祭祀的时候，要用黄布做个帐篷，中间放祖先的牌位，两边分别放亲王和功臣的牌位，让大臣们分别去祭祀。”朱元璋同意了，但后来又下令取消了黄布帐篷。
公元1376年，新的太庙建成了，朱元璋把徐达、常遇春、李文忠、邓愈、汤和、沐英、俞通海、张德胜、胡大海、赵得胜、耿再成、桑世杰这十二位功臣的牌位放在西边的偏殿，取消了廖永安的配享。建文帝时期，礼部侍郎宋礼建议取消功臣在太庙的配享，说功臣们在鸡笼山有自己的庙宇。但建文帝考虑到这是太祖皇帝定下来的，所以没有采纳这个建议，只是下令在太庙祭祀结束后，再派官员去鸡笼山庙祭祀功臣。
洪熙元年（1425年），张玉、朱能、姚广孝被追封，与先帝一起祭祀。同时，还派张辅、朱勇、王通和尚宝少卿姚继分别去祭祀他们的父亲。嘉靖九年（1530年），根据廖道南的建议，取消了姚广孝的配享。十年后，刑部郎中李瑜建议，把刘基列入配享，位次在六王之上。嘉靖十六年（1537年），武定侯郭勋上奏，请求把他的祖先郭英列入配享。起初，两庙的功臣地位都是根据爵位来定的，后来刘基的地位被提升到公侯之上，于是重新让礼官们商议两庙功臣的爵位排序。最后，把郭英排在桑世杰之上，张玉、朱能排在沐英之下，刘基排在桑世杰之下。嘉靖二十四年（1545年），把所有配享的功臣牌位都移到新太庙西墙，取消了分献的仪式。
万历十四年（1586年），太常卿裴应章认为，庙里列祖列宗的牌位在上面，而异姓臣子的牌位在下面，礼仪上有所不妥，而且皇帝要向下面行跪拜礼，臣子的牌位也会不安宁。于是下令把功臣牌位重新移回西偏殿，恢复分献的仪式。天启元年（1621年），太常少卿李宗延认为，前朝的文臣都有从祀的，明朝不应该独缺。于是把这个建议提交礼部讨论，但最终没有实行。
洪武四年的时候，礼部尚书陶凯他们商量决定，王宫的城墙里面，左边建宗庙，右边建社稷。宗庙的制度是：正殿五间，寝殿也一样，大门三间。
永乐八年，修建了秦愍王的享堂，规定按照晋恭王的规格建造，高度再加高一尺。所以享堂就定为七间，宽十丈九尺五寸，高二丈九尺，进深四丈三尺五寸。
弘治十三年，宁王朱宸濠上奏说，庙祀的礼乐还没有固定的程式，请求朝廷颁布下来让他们遵守。礼部讨论后说：“洪武元年，翰林学士宋濂他们奏请制定了诸王祭祀的礼乐，用的是清字谱，但是只有曲名，没有具体的歌词，请各个王府自己去考证。结果靖江王的长史就上交了乐章，并且说明了每月初一、初八、十五、二十二以及除夕五次祭祀所需要用的物品、祭器、佾舞，礼仪都遵照国初的规定。”皇上就同意了他们的意见。
嘉靖八年，秦王朱充燿说：“代懿王应该把他配享到宗庙里，但是从他开始封王到现在，已经满了五个宗庙的数目了，请求制定祧庙（宗庙中祭祀已去世的祖先的制度）的制度。”礼部官员说：“亲王的祧庙，古代没有这样的制度，应该效仿太庙祧祔的礼仪，但要简化一些。始封的亲王放在中间，一百年不移动，以下四代，亲王去世后就入祧。但是诸侯没有祧庙，祧主应该放在始祖的灵位旁边，放在匣子里保存起来，每年岁末的时候再把祧主拿出来一起祭祀。”皇上就按照这个意见做了。
明朝初期没有这方面的定制，就暂时仿照朱熹祠堂的制度，供奉高曾祖祢四世的神主，在春分、夏至、秋分、冬至四个节气祭祀，再加上腊月忌日祭祀和岁时节日的祭祀。至于老百姓，可以供奉祖父母、父母的神主，这个已经明文规定了。当时在寝宫里进行祭祀的礼仪，大致和品级官员祠堂的制度差不多。祠堂三间，两边有台阶，每边三级，里外各有一个门。祠堂里设四个神龛，每个神龛里放一张桌子。高祖的神主放在西边，依次往东排列，神主都放在匣子里。两边的墙壁上立着柜子，西边柜子里存放遗书和衣物，东边柜子里存放祭祀用的器物。没有后代的旁系亲属，就按照他们的辈分排列在一起。老百姓没有祠堂，就用二代神主放在住宅的中间，不用匣子。
明洪武六年，朝廷规定了公侯以下官员的家庙祭祀礼仪。凡是公侯级别的官员，要在自己住房的东边另建三间祠堂，用来祭祀高祖、曾祖和祖父。如果祠堂还没建好，就在正堂里摆上祖先牌位祭祀。二品以上官员祭祀要用一只羊一只猪，五品以上官员用一只羊，五品以下官员用一只猪，都要把肉切成四块熟了再供奉。条件不好的，就摆上饭菜祭祀。祭祀用的器皿，要根据官员的品级和家里的情况来决定。祭祀前两天，主祭人要向皇上禀报，可以不用上朝。祭祀的日子，要选择在农历的正月、四月、七月、十月这四个月份里的吉日，或者春分、秋分、冬至、夏至这些日子。
祭祀的前一天，主祭人和家人要沐浴更衣，住在祠堂外的临时住所。天亮后，主祭人和妻子以及参加祭祀的人一起到祠堂。主祭人捧着正位和祔位的祖先牌位盒子，放在盘子里，让子弟们捧到祭祀的地方。主祭人打开盒子，捧出各个祖先的牌位，主妇也打开盒子，捧出各个祖先的牌位，按照顺序安放在神位上。子弟们把祔位的牌位放在东西两侧的墙边。负责祭祀的人端上祭品，负责念祝文的人站在一旁，协助祭祀，一般由子弟和亲属担任。神位摆好后，大家各就各位站好，主祭人在东边，伯父、叔父、哥哥们站在他前面稍偏东的位置，其他亲属站在他们后面；主妇在西边，母亲和其他长辈站在她前面稍偏西的位置，其他妇女站在她们后面。行礼时，都要两次叩拜。
主祭人走到香案前跪下，三次上香，献酒和奠酒，负责祭祀的人也把酒倒在祔位的牌位前。念祝文的人跪着念完祝文后，大家一起行礼，主祭人回到原位，他和主妇一起再次叩拜。第二次献祭和最后一次献祭也是一样的，只是不用念祝文。每次献祭，负责祭祀的人都要在祔位的牌位前也献上祭品。祭祀完毕后，再次叩拜，然后把祝文和纸钱在院子中间焚烧，最后把祖先牌位放回盒子里。
成化十一年，祭酒周洪谟跟皇帝说：“现在老百姓家里的祠堂，神主牌位都是从西往东摆的。古代可没有神道应该靠右的说法，只有咱们太祖的庙制，符合先王‘左昭右穆’的规矩。应该规定从一品到九品官员，都建一座庙，庙的大小规格根据官阶高低来定。神主牌位的话，高祖应该放在左边，曾祖放在右边，祖宗放在靠左的下一个位置，父亲放在靠右的下一个位置。” 皇帝就让礼部官员一起商量，修改祭祀制度。
嘉靖十五年，礼部尚书夏言又跟皇帝说：“看看古代三代，有五庙、三庙、二庙、一庙几种祭祀制度，那是因为当时有诸侯、卿、大夫这些爵位等级，官职等级不同，祭祀的庙宇数量也不同。后世官职制度不一样了，也没有世袭的封地，怎么能死板地照搬古代的制度呢？直到宋朝的程颐才把祭祀祖先的庙宇数量规定为四世，从朝廷高官到普通百姓，都遵循这个规矩。按照五服的制度，都祭祀到高祖，那祭祀也应该这样。现在规定三品以上官员建五庙，三品以下建四庙。建五庙的，就和唐朝的制度一样，五间九架的屋子，旁边隔板分成五个房间，中间供奉五世祖先，旁边四个房间供奉高祖、曾祖、祖父、父亲。建四庙的，三间五架的屋子，中间一个房间供奉高祖和曾祖，左右两个房间供奉祖父和父亲。如果要祭祀更早的祖先，就像朱熹说的那样，祭祀的时候，做一个纸牌位，祭祀完了再烧掉。三品以上官员，如果祖先世数太多，就把现在可以建庙的祖先作为世世代代祭祀的祖先，不再更改了。四品以下官员，就四世祖先轮流祭祀。” 皇帝就同意了这个方案。
