漕运仓库，历代都是给官府提供粮食的地方，具体数量根据距离远近来定。朱元璋定都南京，全国各地进贡的粮食，都经由长江运到京城，路程近，运输方便。后来朱棣迁都北京，路途遥远，漕运制度就改了三次。一开始是支运，后来是兑运和支运结合，最后支运全部改成了长运，这才算正式定下来。
洪武元年，朱元璋北伐，命令浙江、江西和苏州等九个府，运送三百万石粮食到汴梁。后来大将军徐达又命令忻州、崞州、代州、坚州、台州五个州，运粮到大同。中书省还下令山东行省，招募水工，从莱州的海洋仓库运送军饷到永平卫。之后，海运给北平、辽东送军饷就成了常规做法。西北边疆地区呢，就疏浚开封漕河，运送粮食到陕西，再从陕西转运到宁夏、河州。西南地区呢，就让四川、贵州交纳米和盐，以减少远距离运输的麻烦。那时候，各地都就近运输，效率高多了。
永乐元年，户部尚书郁新提了个建议，开始用能装载三百石以上的大船，经由淮河和沙河，到达陈州颍岐口，再换乘大船进入黄河，到达八柳树，然后用车运到卫河，最后运到北平，跟海运一起配合着来。那时候皇帝经常去视察，各种开支都很大，需要的粮食远远不止是供应边疆那么简单。淮河和海运这两条路线，再加上临清仓储备的河南、山东粮食也运往北平，一共算起来就是三条漕运路线。只有海运是用官兵，其他的都是老百姓在运。
自从开凿会通河之后，皇帝命令都督贾义和尚书宋礼用船队运输粮食。宋礼觉得用大型海船（一千石的大船），建造粗糙容易坏，于是就建造了五百艘浅水船，运输淮南、扬州、徐州、兖州的百万石粮食，顶替海运的数量。后来平江伯陈瑄接手这项工作，船只数量增加到三千多艘。当时淮南、徐州、临清、德州都有粮仓。江西、湖广、浙江的老百姓把粮食运到淮安仓，然后由官兵就近转运。从淮安到徐州由浙江、直隶的军队负责，从徐州到德州由京师的卫队负责，从德州到通州由山东、河南的军队负责。轮流运输，一年四次，一共能运送三百多万石粮食，这叫做“支运”。“支运”的方法是，支出的粮食，不必是当年老百姓交纳的；而老百姓交纳的粮食，也不必全部供应当年军队的支出。几年积累下来，就会有盈余，保证每年都能完成规定的数量。因此，海运和陆运都取消了，只保留了少量遮洋船，每年在河南、山东、小滩等水域，转运三十万石粮食，其中十二万石运往天津，十八万石经直沽入海运往蓟州。
没过几年，官兵调动频繁，于是又恢复了百姓自己运粮的办法，路途遥远，经常耽误时间。
宣德四年，陈瑄和尚书黄福建议恢复支运法，于是命令江西、湖广、浙江的老百姓运送一百五十万石粮食到淮安仓；苏、松、宁、池、庐、安、广德的老百姓运送二百七十四万石粮食到徐州仓；应天、常州、镇江、淮安、扬州、凤阳、太平、滁州、和州、徐州的老百姓运送二百二十万石粮食到临清仓；然后由官兵接运到京师和通州的粮仓。因为老百姓把粮食运到附近的粮仓，力气省了不少，所以就根据各地距离远近和粮食多少，抽调十分之一或十三分之五的民船给官兵使用。只有山东、河南、北直隶的粮食直接运到京师粮仓，不用支运。后来又规定南阳、怀庆、汝宁的粮食运到临清仓，开封、彰德、卫辉的粮食运到德州仓，之后山东、河南的粮食都运到德州仓。
六年的时候，朱祁镇说：“江南老百姓运粮到各个粮仓，来回一趟要好几年，耽误农业生产啊！不如让老百姓把粮食运到淮安、瓜洲，然后跟驻军换。官兵再把粮食运到北方，路上给点路费和粮食，这样对军民都有好处。”这就是“兑运”的由来。然后他就下令让大臣们开会讨论这事儿。
吏部尚书蹇义他们这些人，就给官兵兑运民粮加的耗损定了个标准，根据距离远近来算。每石粮食，湖广加八斗，江西、浙江加七斗，南直隶加六斗，北直隶加五斗。要是老百姓把粮食运到淮安跟军队换的，就只加四斗。如果换粮换不完，那就还得老百姓自己继续运到各个粮仓去。不愿意换的，也可以自己运。军队因为加了耗损，又给了一笔轻赍银作为洪闸的盘拨费用，还能顺便捎带点其他东西，所以都挺乐意干这活儿，但老百姓觉得长途运输太辛苦了。所以选择跟军队换粮的人多，自己运送的人就少了。
军队和老百姓换粮食的时候，经常仗势欺人，敲诈勒索。皇帝知道了这事儿的弊端，就下令户部派正官去监督，不许私下换粮。后来又减少了加耗的粮食，远的最多加六斗，近的只加二斗五升。按三七分成，两分给粮食，一分用其他东西抵。正粮和面粉价格下降了，耗损的粮食也统一了标准。运来的粮食四百万石，京城的粮仓存了十四万石，其他的粮仓存了十六万石。临清、徐州、淮安三个粮仓都派了御史去监督收粮。
正统年间刚开始的时候，运粮的数量是四百五十万石，其中跟军队换粮的有二百八十多万石，淮安、徐州、临清、德州四个粮仓自己直接收的粮食只占总数的三四成。土木堡之变后，就把山东、直隶的军队都留下来备战了，苏州、松江等府的运粮任务还是老百姓承担。景泰六年，瓦剌来进贡了，才又恢复了军队运粮。天顺年间快结束的时候，兑运法执行了很久，粮仓里收的粮食比实际应该收的多，收粮的标准也变了，而且总是想多收，军队都快穷死了。
宪宗皇帝即位后，漕运参将袁佑上书提出了自己的建议。皇帝说：“律法里明明写着，收粮要按户口平摊，每石粮食加耗最多不超过五升。现在军队愿意多加耗损，那就说明粮仓里的官吏贪污受贿太多了。以后就让军队自己承担，每石粮食加耗五升，不能超过，要是敢敲诈勒索就严惩！”后来，听从了督粮太监的建议，加耗增加到八升。过了一段时间，又像以前一样多收粮食了，屡禁不止。
一开始，往京城运粮，没个固定的数量。成化八年才定下来每年四百万石，之后就一直按这个数来。其中北方运来的粮是七十五万五千六百石，南方运来的粮是三百二十四万四千四百石。这其中，直接用粮食兑换的占三百三十万石，因为各种原因改成用钱兑换的占七十万石。在这些兑换的粮食里，湖广、山东、河南三地用其他东西折算成粮食的，有十七万七千七百石。
总共算下来，直接兑换的、改成兑换的，再加上路上损耗的粮食和两大粮仓里的粮食，一共是五百十八万九千七百石。而南直隶自己出的粮食就有一百八十万石，苏州府就七十万石，这还没算路上损耗的。浙江的赋税比苏州少几万石，江西、湖广也少一些。天津、蓟州、密云、昌平四地一共供应六十四万多石粮食，这些都是直接用粮食兑换的。临清仓和德州仓里，还储备着十九万多石粮食，这些粮食是用山东、河南改成钱兑换的粮食补充的。
如果遇到灾荒年景，就从这两个粮仓里拨出粮食来补充运送京城的粮食，务必保证每年四百万石的数额，不能出现缺口。
成化七年的时候，朝廷开始讨论改换漕运交接地点的事儿。当时应天巡抚滕昭下令，让运送军粮的士兵到江南水路交接，除了正常的损耗，还要额外加收一斗米的“过江费”。过了几年，皇帝下令，让淮安、徐州、临清、德州四个粮仓，一起运送七十万石粮食，全部改成在水路交接。这样一来，改换交接地点就成了惯例，官军长途运输粮食也成了制度。但是，当时管粮仓的官员贪污腐败，常常额外收费，甚至罚款，运粮的士兵们到处借钱，都还不够用。
弘治元年，都御史马文升上奏章，说了说运粮士兵的苦处，他说：“各个省份的漕运船只，都是工部拨款建造的。最近，漕运总兵说工部拨款不及时，请求自己筹钱建造。工部官员担心士兵不会好好爱惜船只，就规定，工部出四成材料，军队出三成，旧船抵三成。军队根本拿不出那么多钱，士兵们都卖掉家产，甚至卖儿卖女来凑钱，造船就够他们受的了！本来正规的士兵就逃亡很多，但是名额却没减少，都用多余的丁壮来顶替。春天出发，秋天回来，辛苦得不得了。船到了张家湾，还得雇车转运，还得借钱来维持生活，来回奔波，更是苦不堪言。那些借的钱，运粮的官员就趁机敲诈勒索，要加倍利息还钱。士兵们有时候自己带些土特产去换柴米，却又违反规定，还经常被抢劫。现在应该每艘船增加二十两银子的造船费用，并且禁止运粮官员和地方官吏敲诈勒索，这样士兵们的困境才能稍微缓解一些。”皇上同意了他的建议。
五年后，户部尚书叶淇说：“苏州、松江等府，连续几年歉收，老百姓买漕粮，每石要花二两银子。而北直隶、山东、河南每年供应宣府、大同两地的军粮，每石也要一两银子。去年，苏州的漕运已经折算成五十万石，每石一两银子。现在建议推广到其他府，稍微调整一下价格。灾情严重的地方，每石七钱银子；灾情较轻的地方，每石还是一两银子。这些银子都交给户部，转交给边关，抵充北直隶三个地方每年供应的粮食数量，然后用这三个地方的粮食来供应京城的粮仓，这样既省钱，事情也更好办。”皇上也同意了这个建议。从那以后，每年遇到灾荒，就临时折算成银子，用水路沿途粮仓的粮食来抵充，折价的比率是每石六七钱银子，再也没有达到每石一两银子的情况了。
话说成化年间，开始实行了一种新的漕运办法。江南各州县的粮食运到南京后，就地由官兵领取，这样算下来，省去了很多运输和损耗的费用，结果多余出来十万多石粮食，就存放在预备粮仓里，以备不时之需。
后来，巡抚都御史觉得这种就地领取的办法不好，建议恢复原来的办法，先把粮食运到粮仓再发放。户部说：“就地领取的办法很好，不能改变。”皇帝就采纳了户部的意见，把多余的粮食存在各地的卫所粮仓，作为正常的粮食发放。户部又建议，山东省改成就地领取九万石粮食，仍然允许老百姓自己把粮食运到临清、德州这两个粮仓，再由官兵领取运输。
正德二年，负责漕运的官员建议疏通一下沿途的粮仓，他说：“过去老百姓把粮食运到淮安、徐州、临清、德州这四个粮仓，再由侍卫军负责运输，后来改成了沿途各州县就地领取。后来，七十万石粮食的运输也改成了就地领取。但是，除了这七十万石之外，还有很多粮食没来得及就地领取，老百姓还得把粮食运到那四个粮仓，时间长了粮食就容易坏掉。所以，建议把浙江、江西、湖广三省每年就地领取的三十五万石粮食折算成银子运到京城，让三省的卫兵到临清、德州等粮仓领取等量的粮食。这样，粮仓里的粮食就不会坏掉，三省的漕运士兵也方便运输，而且每年漕运之外，还能额外得到三十五万两银子，真是一举多得啊！”皇帝让户部大臣们讨论，最后同意了这个建议。
到了正德六年，户部侍郎邵宝认为漕运速度太慢，建议恢复原来的官兵运输的办法。户部讨论后认为，官兵运输的办法已经废除很久了，不能一下子恢复，这事儿就不了了之了。
临清和德州的两个粮仓里，一共存了十九万石粮食，按十年算下来，一共有一百九十万石。从世宗皇帝开始，因为天灾人祸，拨付粮食救济的情况就很多，而山东、河南又连年歉收，多次请求减免赋税。再加上这两个粮仓里堆积的粮食很多都腐烂了。所以，修改折算粮食的方案多次被提出，粮仓里的粮食也逐渐减少了。
嘉靖元年，漕运总兵杨宏建议，可以用轻赍银（运粮途中支付的费用）来支付运粮官的道路费用，这样就不需要把粮食装箱封存，计算盈余了，也减少了漕运士兵的辛苦。但是给事中和御史们都反对这个方案。户部说：“监察官员的意见，主要是为了防止贪污，这没错。但是轻赍银本来是为了支付运输费用，现在担心官兵会侵吞剩余的粮食，把所有盈余都送回太仓，那岂不是把运输费用算作正粮了，这可不是当初立法的本意啊！” 最后决定，运粮船到了通州后，由巡仓御史检查验收，根据实际情况酌情支取费用，并把这作为一项规定。如果还有盈余，不用上交太仓，就用来修船，如果官吏贪污受贿，就要严惩。
轻赍银的制度，是宪宗皇帝为了方便各粮仓兑换粮食，给运粮队伍发放路费才开始的，所以各粮仓都有粮食损耗；兑换的粮食，有精米也有粗米，所以有“锐米”的说法；除了每船给运粮人员四斗粮食外，剩下的就折算成银子，叫做轻赍银。总共大约有四十四万五千多两。后来，大部分都送进了太仓。隆庆年间，漕运线路受阻，有人建议开通胶莱河，恢复海运。路线是从淮安的清江浦出发，经过新坝、马家壕，到达海仓口，直接到达直沽，只走沿海航线，不走大洋。奏疏上报后，派人去勘察，结果因为水流湍急，沙洲太多而作罢。
宋神宗的时候，漕运总督舒应龙说：“咱们国家在南北都建了京城，淮安、徐州、临清、德州，那是南北交通的咽喉要道啊！自从兑运（漕粮兑换制度）实行这么久，临清、德州的粮仓还有存粮，可淮安、徐州的粮仓却一粒米都没有了！我建议以后山东、河南粮食丰收的时候，就征收实物粮食入库。算算临清、德州的存粮已经有五十多万石了，那就把这些粮食调拨到淮安、徐州两仓，各存五十万石就够了。”皇上就同意了他的建议。
那时候，用银子抵粮的情况越来越多。到了明万历三十年，运到京城的漕粮只有138万多石。而地方官员建议留下部分漕粮用于黄河工程，仓场侍郎赵世卿强烈反对，他说：“国库的粮食是不能随便支出的，算算两年后，京城六军将士和百姓都要靠新运来的漕粮吃饭，要是漕粮运送延误，京城可就危险了！”原来，因为灾荒减免赋税，用银子抵粮，本来是用这些银子来支付京师军队的月俸的。但当时却把这些银子混杂着用在了边防军饷上，结果导致银子和粮食都空了，所以赵世卿才极力反对。从那以后，国库的储备越来越少，漕运也越来越混乱。到了明熹宗、明思宗时期，天下萧条，财政困难，每年供应的粮食都远远不够用了。
漕运船的数量，从永乐年间到景泰年间，大小不一，数量非常多。天顺年间以后，规定船的数量是一万一千七百七十艘，官兵十二万人。允许船只顺便运送一些当地的土特产，免征税收。孝宗时期规定每艘船最多装载十石粮食，到了神宗时期，就增加到了六十石。
宪宗皇帝规定了漕船到达京城的期限：北直隶、河南、山东五月初一；南直隶七月初一；那些在途中兑换粮食的，可以延后一个月；浙江、江西、湖广九月初一。一共三年考核一次，超过期限的，运粮官员就要降职受罚。武宗皇帝绘制了水路图，按日期填写船只停靠的站点，超过期限的粮食，就暂时存放在德州等地的粮仓，叫做“寄囤”。世宗皇帝规定了过淮河的期限：江北地区是十二月，江南地区是一月，湖广、浙江、江西是三月。到了神宗时期，改为二月。又把到达京城的期限，五月到京的缩短一个月，七八九月到京的缩短两个月，后来又再次缩短一个月。神宗初期，规定十月开仓，十一月兑换完毕，大县限船到期为十天，小县为五天。十二月开船，二月过淮河，三月过洪泽湖入闸。所有运粮之前都要先把样品粮食呈报户部，运粮到达后，要与样品对比检验，完全一致才能收粮。
所有因为灾害而上报请求更改的奏折，最迟要在七月之前提交。那些延误上报或者临时更改上报内容的，直接立案，不用再回复了。漂流的船只，可以用粮食进行赔偿。大江上的漂流是大的灾害，河道上的漂流是小灾害；超过二百石粮食的船只漂流是大的灾害，二百石以下的船只漂流是小灾害。小灾害由把总勘察上报，大灾害则要详细奏报，之后不管多少，一律奏报勘察。
一开始，船是用楠木杉木做的，差一点的就用松木。三年小修，六年大修，十年就需要重新建造。每条船每次运输的正常损耗是四百七十二石粮食。后来船只数量不够了，一条船就要运送七八百石粮食。船上夹带的东西越来越多，到处耽误时间，超过期限。一旦河堤决口，就会发生漂流，官兵就借机作奸犯科。在水路运输过程中，沿途侵吞盗窃，还谎称遭遇水火，甚至有人凿沉自己的船只。
明朝初期，曾经命令武臣督促海运，还曾经设立漕运使，后来又取消了。成祖以后，就用御史，还有侍郎、都御史来催促督办，郎中、员外郎分管事务，主事督促兑换，制度很不统一。景泰二年才在淮安设立漕运总督，和总兵、参将一起管理漕运事务。漕运司管辖十二个总管，十二万军队，和京师操练的十二营军队数量相当。一开始，宣宗皇帝命令运粮总兵官、巡抚、侍郎每年八月到京城，商议下一年的漕运事宜，后来设立漕运总督后，就都让总督去京城。直到万历十八年以后才免除这个规定。每年正月，总漕官巡视扬州，管理瓜洲、淮安的过闸事宜。总兵驻扎徐州、邳州，督促过洪泽湖入闸，和管理漕运的参政一起押运粮食到京城。押运粮食到京城，有御史、郎中；押运粮食，有参政；监察兑换、管理刑狱、管理洪泽湖、管理船厂、管理闸口、管理水井、管理仓库，则由主事负责；清江、卫河则有提举官。粮食兑换完毕，经过淮安、洪泽湖后，巡抚、漕运司、河道官员都根据各自的职责上报。如果官府粮食准备不足，军队船只准备不足，或者过淮安误了期限，责任在巡抚。如果粮食和船只都准备好了，却不及时检验放行，不是因为河道阻塞却压着船只停泊，导致过洪泽湖误了期限，粮食冻坏，责任在漕运司。如果船只和粮食按时到达，但河道淤塞浅滩，疏浚工程没做好，闸口开关不及时，导致不能过洪泽湖到达目的地，责任在河道官员。
明朝初期，为了漕运的事儿，朝廷特别照顾，仁宗、宣宗时期还禁止征用民船运粮，对运送迟缓的也网开一面。到了英宗当皇帝的时候，才开始实行按人口摊派漕粮的办法，可那些运粮的军队根本不遵守规矩，反而祸害老百姓。
从那以后，漕运管理越来越松懈，运粮的士兵们拿粮食换私人物品，路上还故意拖延时间。等到了目的地，他们竟然反过来花钱买仓里的粮食来凑数，常常不够数。更可恶的是，那些粮官还往米里掺沙子、掺水，河南、山东尤其严重，很多粮食都蒸得湿漉漉的，烂掉了根本不能吃。那些有权有势的人就借着运粮的机会向军队借钱，从中牟取暴利，甚至还请求拨付关税作为船只的修理费用。漕运的把总（主管）也都是靠贿赂上位的。仓库存放的粮食，私下克扣的，一年竟高达十四万石！世宗皇帝刚开始执政的时候，整顿了不少弊端，但是粮食漂流和逾期未到的问题，却越来越严重，到了朝代中后期，更是难以追究了。
除了漕粮，苏州、松江、常州、嘉兴、湖州这五个府，还要运送十七万四十多石上等白糯米给皇宫，其中要扣除八千多石作为损耗；各个府还要运送四万四千多石糙米给皇宫，其中也要扣除八千八百多石作为损耗，这些都得老百姓自己出钱出力去运，叫做“白粮船”。自从实行长运法之后，粮食都由军队负责运输，但这些白米却仍然由老百姓负责运输。穆宗时期，有个叫陆树德的官员上奏说：“军队运输粮食是为了充实军队的储备，老百姓运输粮食是为了供应朝廷的俸禄。大家都知道军队运输粮食的辛苦，却不知道老百姓运输粮食更辛苦！船户的敲诈勒索，运粮士兵的欺压凌辱，洪泽湖闸口的盘查守候，进京入仓的各种麻烦，弊端实在太多了！嘉靖初年，老百姓运输粮食，还有一些人家能保住家业，十年后，就没有一家能幸免了。干脆让军队负责运输白米，这样方便多了！”他的奏疏递交上去，交给部门讨论，结果没被采纳。
凡是各地的粮仓应该上缴的粮食都有定额，如果临时改变调拨到其他地方，水路运输途中需要兑付漕粮，就让当地驻军负责兑付粮款；州县官员监督车户把粮食运到偏远的粮仓，或者直接给军队钱款，让他们自己去关卡领取，这些都被称为“挖运”。九边地区，运输粮食大多用车，宣德年间，给开平送军饷也是这样，但是兰州、甘州、松潘地区，却常常让老百姓背着粮食走。永乐年间，还曾经命令广东海运二十万石粮食到交趾（今越南）。
明朝初期，北京附近驻军的粮仓不少。洪武三年，又增加了二十个粮仓，还在临濠和临清建了两个大仓，方便转运粮食。各个省份都有粮仓，官员的俸禄都从这里发放。边境地区也有粮仓，收取屯田的粮食供应军队。州县里则设置了四个预备粮仓，分别在东南西北四个方向，以应对灾荒。自从实行钞法之后，节省了不少开支。
洪武二十四年，在临清储存了十六万石粮食，供应训练骑兵。二十八年，在皇城四个城门附近设立了粮仓，供应守卫军队的粮食。北京各卫的粮仓也增加了四十一个。还在北平、密云等县设立了粮仓，为北方的军事行动储备粮食。永乐年间，又在天津和通州左卫设立了粮仓，北京也增加了三十七个卫所粮仓。朝廷还命令全国府县多设粮仓，把原来设在郊外的预备粮仓都搬到城里。等到会通河修建完成之后，又在徐州、淮安、德州设立了粮仓。临清因为洪武年间就有的粮仓，加上天津的粮仓，一共五个，叫做水次仓，专门用于转运粮食。
后来，又把德州的粮仓搬到了临清的永清坝，在河西务设立了武清卫粮仓，在张家湾设立了通州卫粮仓。宣德年间，扩建了临清粮仓，可以储存三百多万石粮食。北京和通州的粮仓也增加了。京城里的粮仓由御史、户部官员和锦衣卫千户轮流巡查。其他的粮仓则由布政使、按察使、都司负责监管。每个粮仓的门，都由两位退休的武官和十个老弱士兵轮流看守，半年换一次班。
英宗初期，皇帝下令大臣们商议，全国各府州县的粮仓，凡是有粮仓的都归属附近的卫所管理，没有粮仓的就改隶属于附近的卫所。只有辽东、甘肃、宁夏、万全和沿海的卫所，因为没有府州县，所以还是按照原来的管理方式。正统年间，京城的卫所粮仓又增加了七个。自从实行兑运法之后，各地的粮仓支出的粮食少了，而京城的和通州的粮仓却装不下了，于是就拆除了临清、德州、河西务三个粮仓的三分之一，用来扩建京城和通州的粮仓。
景泰初期，把武清卫的粮仓搬到了通州。成化初期，废除了临清和德州城外预备粮仓，把城内的空仓库用来储存预备粮食。临清的粮仓改名为“常盈”，德州的粮仓改名为“常丰”。总的来说，京城有粮仓五十六个，通州有粮仓十六个。直隶各省府州县，藩府，边境要塞，堡站，卫所驻军，都有粮仓，少的有一两个，多的有二三十个。
预备仓一开始啊，是太祖皇帝选的那些德高望重的百姓来管理，负责运输粮食，储备起来以备不时之需。全国各地州县都建了不少这样的粮仓，后来慢慢就荒废了。
后来于谦治理河南、山西的时候，重新修整了这些粮仓，把事情办得井井有条。周忱治理南直隶的时候，又另外设立了济农仓，这都是别人做不到的。到了正统年间，严惩盗窃粮食的罪行，犯了罪的，甚至连老婆都要充军。而且规定，谁捐献一千五百石粮食的，就封他为义民，免除他家里的杂役。凡是救济灾民的粮食，一石粮食，等到丰收年景，要还官府两石五斗稻谷。
弘治三年规定，十里范围内要储存一万五千石粮食，二十里范围内要储存两万石；卫所的千户所要储存一万五千石，百户所要储存三百石。每年考核的时候，就根据储存粮食的多少来评定官员的业绩。达不到三分之一的，要扣俸禄；超过六分之一的，可以升官。弘治十八年规定，赎罪的钱和罚款，都要用来买粮食存进粮仓。正德年间，规定犯人可以用纸来抵罪，八成纸的价值折算成粮食存入粮仓。军官犯了罪，也可以用捐献粮食来抵罪立功。
一开始，预备仓都有专门的仓官管理，后来取消了，改由州县官员和管粮仓的官员负责。嘉靖年间，御史顾鼎臣上奏说：“成化、弘治年间，每年都把剩余的粮食存入预备仓，以备不时之需。现在秋季的粮食勉强够交纳赋税，预备仓里一粒米都没有了。一旦发生灾害，就只能奏请留存其他的粮食，或者劝说富人借粮救济，应付差事。请求赶紧恢复预备仓的粮食储备，以利于百姓。”皇帝就下令有关部门想办法多积攒粮食，还效仿古代的常平法，春天救济穷人，秋天收粮还官，不收取利息。府里要存一万石，州里存四五千石，县里存两三千石，以此类推。之后，又规定十里以内要存一万五千石，以此类推，到八百里以内要存十九万石。
后来，积攒的粮食都平价卖给穷人，用来救济百姓，所以储备的粮食就越来越少了。到了隆庆年间，大的郡县最多也就存六千石，小的县城只有一千石。时间久了，粮食储备越来越少，相应的处罚也越来越轻。万历年间，上州郡最多也就存三千石，小的县城有的甚至只有一百石。有关官员只是走走过场，敷衍了事，屡次下诏书申饬，他们还是用虚报数字来欺骗朝廷。
弘治年间，江西巡抚林俊曾经建议修建常平仓和社仓。到了嘉靖八年，才下令各地的巡抚、按察使设立社仓。规定每二三十户人家组成一个社，选一个家境殷实、品德高尚的人当社首，选一个办事公正的人当社正，选一个擅长算账的人当社副。每个月朔日和望日都要聚会，根据各户人家情况，按上中下三等，分别缴纳四斗到一斗不等的米，每斗米还要加收五合的损耗费，上等户负责管理社仓。年景不好，上等户不够的可以借贷，丰收年再还仓；中下等户酌情给予救济，不用还仓。官府要造册登记，报送巡抚、按察使，每年检查一次。如果仓库存粮不足，就罚社首拿出一年份的米来赔偿。这个办法挺好，但是后来因为缺乏执行力而没能坚持下去。
两京的仓库，先后都修建过，制度大体上差不多。内府一共有十个仓库：内承运库，存放丝绸、金银、珠宝、象牙、羽毛等等，其中金银最多，每年进项超过一百万两。广积库，存放硫磺、硝石。甲字库，存放布匹、颜料。乙字库，存放棉袄、战靴、士兵的裘帽。丙字库，存放棉花、丝绵。丁字库，存放铜铁、兽皮、苏木。戊字库，存放兵器。赃罚库，存放没收的财物。广惠库，存放钱钞。广盈库，存放纻丝、纱罗、绫锦、绸绢。这六个库都归户部管，只有乙字库归兵部管，戊字库、广积库、广盈库归工部管。还有一个天财库，也叫司钥库，存放各衙门的钥匙，也存放钱钞。供用库，存放粳米、熟米和供奉的物品。以上这些统称为内库。在宫内还有内东裕库、宝藏库，叫做里库。这些里库不归官府管。至于会同门、宝善门以东和南城磁器库等，则称为外库。像内府的各个监司局、神乐堂、牺牲所、太常寺、光禄寺、国子监，都各自保管和储存自己所管辖的物品。太仆寺则把马匹的钱款上交国库。明朝初期，曾经在京城和各府州县设立行用库，用来兑换破损的钞票，到了仁宗时期就取消了。
英宗皇帝的时候，才开始设立太仓库。一开始，每年收的税里没有金银，只有矿冶税里有金银，直接送进内承运库。如果偶尔有税收折算成金银的，就都送到南京去，给武官发工资。边疆要是有什么紧急情况，也从这里取钱。正统元年，改成折算成漕粮，每年一百万石为标准，全部送到内承运库，不再送到南京了。除了给武官发十多万两银子以外，剩下的都用来做皇帝的私房钱，也就是所谓的“金花银”。过了七年，才设立户部太仓库。各个省份剩下的麦子和米，十库里的棉花、丝绸、布匹，还有马草、盐税、关税，凡是能折算成银子的，都放到太仓库里。没收的家产，变卖的田产，追收的欠款，按照规定上交的钱，也都放到这里面。太仓库专门用来存放银子，所以也叫银库。
弘治年间，皇宫的开销很大，经常把太仓的银子调到内库去用。后来还在南京也设立了一个银库。正德年间，内承运库的官员多次说皇宫的钱不够用，请求支取太仓的银子。户部虽然反对，但还是没拦住。嘉靖初年，皇宫的开销跟弘治年间比起来，后来更是翻了一倍。一开始，太仓中库存了八百多万两银子，后来收到的银子就堆在库房的两边，方便取用。而中库的银子一直没动，所以中库就成了“老库”，两边的库房就成了“外库”。到了这个时候，“老库”里剩下的银子只有不到一百二十万两了。嘉靖二十二年，专门下令金花银、子粒银（这都是税收来的银子）应该送到内库的，都先送到太仓，以备边疆所需，但后来还是又送回内库了。嘉靖三十七年，下令每年送一百万两银子到内库，外加预备皇帝随时取用的银子，后来又把没收的官员的四十万两银子送进内库。
隆庆年间，多次把太仓的银子调到内库去，内承运库的官员甚至直接拿着空袋子到户部去要银子。大臣们上书劝谏，都没用。又多次取用光禄寺和太仆寺的银子，工部尚书朱衡极力劝谏，还是没用。一开始，世宗皇帝的时候，太仓收入有两百多万两。到了神宗万历六年，太仓每年的收入有四百五十多万两，而内库每年除了要供应金花银，还要额外添置二十万两的采购款，后来又增加了内务府马匹和草料的费用七万多两。时间长了，太仓、光禄寺、太仆寺的银子，几乎都被掏空了。边疆赏赐有功将士的钱，以前是从内库发的，现在也从太仆寺取了。
话说朝廷的各个仓库，主管官吏和负责巡视的官员都会一起检查。太仓这种重要的仓库，由员外郎和主事负责管理，但巡视的官员级别是给事中，比他们高。嘉靖年间开始，每个月都要汇报两次仓库的收支情况。那时候修建工部旧库，取名节慎库，专门用来存放矿银。工部尚书文明用这笔钱发放工人工资，结果被皇帝责问，让他用别的钱补上，从此节慎库的矿银就专门用来支付宫里的费用了。
全国各地，像布政司、都司、各省府州县卫所，都有自己的仓库，存放金银、钱钞、丝绸、没收的赃物等等。巡按御史每三年要检查一次。各个运输部门也都有仓库存放银子，每年年底，巡盐御史会派人检查。像府州县的税务机构、河泊管理处，收到的各种税款、商税、渔业税、引子、契约等等，按照太祖皇帝的规定，都要层层上报，一直到户部，户部再送到专门的仓库保管，原封不动，不能私自开启。到了永乐年间，才开始实行验收制度，先在当地验收合格后才能上报，到户部再验收一次，如果没问题才能正式入库。到了嘉靖年间，又设立了验试厅，验收合格后，会发放入库凭证。每个月的初九，负责巡视仓库的官员都会来仓库检查，验收不合格的要退回重新办理。正统十年，在通州设立了通济库，后来世宗年间取消了。隆庆初年，密云、蓟州、昌平等地的军镇又设立了仓库，用来存放军队的日常经费、军费以及赏赐、修筑边防的银两等等。
仓库最大的祸害，莫过于那些宦官了。内府的仓库，都是宦官们负责管理，他们无休止地敲诈勒索，贪得无厌。正德年间，台州卫指挥陈良送来军械，结果被拖延了八年，最后竟然沦落到在街上讨饭的地步。内府收粮，损耗率经常是好几倍，可见其危害之大。以前仓库里是没有宦官的，宣德年间，京仓和通仓才开始设置一个宦官总督，后来淮安、徐州、临清、德州等地的仓库也都设置了宦官监督，漕运的官兵百姓都受其荼毒。世宗皇帝采纳孙交、张孚敬的建议，撤销了大部分宦官的职位，只有那些负责监督仓库的宦官保留了下来。过了很久，才根据给事中的建议，把这些宦官也撤掉了。
一开始啊，全国各地府库都有自己的储备，边关的军费不用从中央借，京城也不用从各地收刮钱粮。成化年间，巡盐御史杨澄第一个提议，把各盐运提举司没收的罚款银子都送到京城国库里。
弘治年间，给事中曾昂建议，把各布政司积累的公款和征税的剩余银子，都送到太仓去。当时尚书周经强烈反对，他说，朝廷花钱的地方多着呢，织造、赏赐、祭祀、修建宫殿等等，都需要钱，如果把全国的钱都收刮到京城，那可不是为老百姓着想啊。
后来刘瑾当权，直接下令各省的库藏全部送到京城。到了世宗时期，福建、广东省上交了剩余的钱，户部就要求其他省份的巡按御史也照这个规矩，每年都上交一次。因为太仓缺钱，户部又从南方户部库里调拨了八十万两银子过去。户部还上报了一份理财方案，说临清、德州两仓有二十万两银子，也应该送到太仓来。
隆庆初年，朝廷派了四个御史到全国各地搜刮库银。到了神宗时期，御史萧重望建议核查府县上交的岁额银子，结果还没上报呢。有个叫何其贤的千户，就请求皇帝允许内官和他一起督促这件事，皇帝竟然答应了，所以各地储备的钱财就一天天减少了。
到了天启年间，采纳了操江巡抚范济世的建议，朝廷下令督促各地每年上交钱粮，搜刮得一点儿不剩。南京内库里存了不少金银珠宝，魏忠贤假传圣旨把这些东西都弄走了，偷得一干二净。内外库都空了，最后导致了国家的灭亡。
