明朝初期，在皇宫东南方向建了四座祖庙，每座庙单独成院。太祖高皇帝的庙宇在正中间，太祖的曾祖父的庙宇在东边第一个位置，太祖的祖父的庙宇在西边第一个位置，太祖的父亲的庙宇在东边第二个位置，所有庙宇都是坐南朝北的。每座庙宇里正殿供奉着祖先的神主牌位，东西两侧还有侧殿和厢房。每座庙都有三个大门，大门上各插着二十四支戟，庙宇外面是围墙。正门南边是斋房，西边是厨房，都是五间房，坐北朝南。正门东边是五间厨房，坐西朝东；南边还有一个宰杀祭品的池子，坐南朝北。
洪武元年，皇帝下令让中书省召集儒臣讨论祭祀典礼。李善长等人说：周朝的制度是天子有七座祖庙。《尚书》里说：“七世之庙，可以观德”，可见天子七庙的制度由来已久。太祖的庙宇可以永久保留，按照昭穆次序排列，亲属祭祀完之后再迁走，这是天下的常理。像周文王、周武王，虽然亲属都祭祀完了，也应该迁走，但因为他们功勋卓著，所以分别另立一座庙宇，叫做文世室和武世室，也永久保留。
汉朝每个皇帝都单独建一座庙，不按照昭穆次序排列，还有郡国级别的庙宇和陵寝庙宇。光武帝中兴之后，在洛阳建了高庙，祭祀高祖以及文帝、武帝、宣帝、元帝五位皇帝。又在长安旧高庙里祭祀成帝、哀帝、平帝三位皇帝。还在南阳舂陵另建了四座祖庙，祭祀他父亲南顿君往上数四代的祖先。到了明帝时期，遗诏把神主牌位放在光烈皇后更衣的偏室里。后来的皇帝都继承了这个做法，把神主牌位都放在世祖的庙里。就这样，同堂异室的制度，一直沿用到元朝都没有改变。
唐朝高祖尊崇高祖、曾祖、祖父，在长安建了四座祖庙。唐太宗想建七座祖庙，空出太祖的庙宇。唐玄宗又创新，建了九座庙宇，祭祀八代祖先。唐文宗时期，礼官认为景帝受封于唐朝，高祖、太宗开创基业、受命于天，他们的庙宇应该永久保留。亲属祭祀完的神主牌位，按照礼制应该迁走，但是禘、祫祭祀的时候，还是要一起祭祀。后来，把敬宗、文宗、武宗三代祖先合在一起，所以唐朝一直有九座庙宇，十一间正殿。
宋朝从太祖开始，追尊了僖祖、顺祖、翼祖、宣祖四位祖先。每逢祭祀大典，这四位祖先的牌位就按照昭穆次序排列，而太祖的牌位则空着东向的位置。后来神宗皇帝把僖祖尊为太庙的始祖。到了徽宗时期，太庙扩建到十个房间，其中有五个祖先的牌位是不迁的。崇宁年间，根据王肃的观点，认为不迁的祖先牌位应该在七世之外，于是又把太庙改建成九个房间。高宗南渡之后，祭祀的祖先增加到了九世。直到宁宗时期，才另外修建了四祖殿，这才把太祖的牌位放在了东向的位置。
元世祖在燕京修建了宗庙，把太祖的牌位放在正中间，作为不迁的祖先。到了泰定年间，宗庙扩建到十个房间，祭祀七世祖先。
现在我打算追尊我的高曾祖考四代，每代都建一座庙宇。
于是，追尊我的高祖父谥号为玄皇帝，庙号德祖；高祖母谥号为裕玄皇后。我的曾祖父谥号为恒皇帝，庙号懿祖；曾祖母谥号为恒皇后。我的祖父谥号为裕皇帝，庙号熙祖；祖母谥号为裕皇后。我的父亲谥号为淳皇帝，庙号仁祖；母亲陈氏谥号为淳皇后。
然后下诏制作太庙的祭祀器皿。太祖曾经说过：“祭祀礼仪应该符合人情，可以用义理来引导。最重要的是要斟酌得当，根据实际情况增减。近来人们拘泥于古礼，祭祀祖先时喜欢用古代的笾豆之类的器物。活着的时候不用，死了却用，这实在没有意义。孔子说过：‘事死如事生，事亡如事存。’所以制作宗庙的器物、服饰和车马，都应该像对待活着的人一样。”于是就制作了银器，再镀上金。酒壶、酒盂、酒盏都是八个，朱漆的盘碗二百四十个，以及其他祭祀用的器具，如楎、椸、枕、簟、箧、笥、帏幔、浴室等等，都一应俱全。后来又下诏，把镀金的银器都换成纯金的。
第二年，下诏规定太庙的祝文只称“孝子皇帝”，不称“臣”。凡是派皇太子去祭祀，只称“命长子某”，不称“皇太子”。后来又改称“孝玄孙皇帝”，之后又改称“孝曾孙嗣皇帝”。起初，太庙每间屋子用祭祀用的丝织品一件。第二年，根据礼部的建议，改为用两匹白色的绢。又根据尚书崔亮的奏请，制作了圭和瓒。
话说，过了八年，咱们得好好修修太庙了。前面是正殿，后面是寝殿，殿的两边都有厢房。寝殿一共九间，每间都是一个独立的房间，用来供奉神主牌位，这叫“同堂异室”的制度。
到了九年十月，新的太庙终于建好了！中间的房间供奉着德祖皇帝的神主，东边第一个房间是懿祖皇帝，西边第一个房间是熙祖皇帝，再往东边数两个房间是仁祖皇帝，他们都朝着南方摆放。
又过了好些年，到了十五年，咱们把孝慈皇后的神主也请进太庙一起供奉了，以后其他的皇后要是过世了，也按照这个规矩来。建文帝登基后，又把太祖皇帝的神主也请进了太庙。正殿里，熙祖皇帝的神主牌位摆在最前面，朝东放着呢。寝殿里，神主牌位放在西边数过来第二间屋子里，也是朝南放的。后来成祖皇帝迁都了，新修的太庙就按照南京的样式建的。
宣德元年七月，礼部要给太宗皇帝的神主牌位入庙祭祀，这可是个大礼！首先，提前一天，派官员去太庙祭告一番，意思就是先打个招呼。第二天中午，在几筵殿举行隆重的祭祀仪式。
第二天一大早，天刚蒙蒙亮，就在几筵殿摆上酒果，殿前的丹陛上摆好了两辆御辇和四个装宝物的亭子。皇帝穿了比较朴素的衣服，祭告仪式结束后，司礼监的官员跪下请求把神主牌位抬上御辇，送去太庙安放。两个内侍抬着神主，四个内侍抬着册宝，从殿门出去，把这些都安置在御辇和册宝亭里。皇帝跟着队伍走到思善门，换上祭祀用的衣服，坐上车驾。到了午门外，仪仗队打着伞，拿着扇子走在前面开道，到了太庙的街门，皇帝下车。监官引导皇帝走到御辇前，奏报说要安奉神主到太庙，然后就趴在地上行礼，起身。内侍们抬着神主和册宝，皇帝跟着，从太庙的中门进去，到寝庙东边第三个房间，面向南方把神主安放好。皇帝磕头行礼，之后，祭祀仪式就按照正常的流程进行。文武百官都穿着祭祀的衣服参加仪式。太宗皇帝的神主牌位在仁宗皇帝的旁边，朝西摆放着。
两年后的五月，仁宗皇帝的神主牌位也入庙了，仪式跟之前一样。仁宗皇帝的神主牌位在寝殿西边第三个房间，面向南方；在正殿里，则放在高祖皇帝旁边，朝东摆放。以后每次皇帝去世入庙，都是按照这个规矩来的。
正统七年十二月，要奉昭皇后神主入庙，先把神主牌位送到列祖列宗的神位前行祭祀。仪式结束后，太常寺的官员唱着号子，宣布赐座，内侍捧着昭皇后的衣冠，放在和仁宗皇帝神位相同的位置。然后，官员唱着号子，请宣宗皇帝来朝见，内侍捧着宣宗皇帝的衣冠放在褥位上，宣宗皇帝行了四拜礼后，衣冠才被安放在座位上。
皇上孝宗继位了，要追封宪宗皇帝到太庙里。当时太庙九个位置都满了，很多人觉得德祖、懿祖、熙祖、仁祖这四位祖先的牌位，应该按照辈分顺序，一个一个地挪到别的地方去。
负责祭祀礼仪的大臣们说：“咱们国家从德祖开始往上数，都没严格按照辈分来排，德祖的地位就像周朝的後稷一样重要，不能轻易挪动他的牌位。现在要追封宪宗，那就应该把懿祖的牌位挪走。最好在太庙寝殿后面，另外建一座祧庙，就像古代的夹室那样。每年年底，要一起祭祀祧庙里的牌位，就像古代的祫祭仪式一样。”
吏部侍郎杨守陈提出了不同的意见：“《礼记》上说，天子七庙，祭祀祖先是为了表彰他们的功劳和美德。德祖的地位，可以比作商朝的报乙和周朝的亚圉，而不是像契、稷那样重要。现在大家习惯了宋朝儒生的说法，都照搬王安石的观点，结果七庙里既有始祖，又有太祖。太祖虽然配享天地，却不能正襟危坐，面向南方，这都不符合礼仪规范。现在我建议，把德祖、懿祖、熙祖三位祖先的牌位一起挪到祧庙去，从仁祖开始往下算，刚好七庙。以后要是祧庙满了，那就把太祖的地位提升到像契、稷那样崇高，把祧庙里的牌位放到寝殿后面，而主要的祭祀仪式则在前面大殿举行。平时祭祀的时候尊崇太祖，大规模祭祀的时候尊崇德祖，这样既能表彰他们的功劳，又能体现皇家的恩义。”
皇上听了礼官的建议，就在寝殿后面建了一座祧庙，还派人去祭告了宗庙。皇上穿着素服，在宪宗的灵位前祭祀，祭祀完毕后，就把懿祖的牌位和衣冠移到了后殿，床幔、御座和其他的祭祀用品则都收进了神库。以后再要挪动祖先牌位，就都按照这个规矩来办。
嘉靖九年春天，皇帝世宗搞了个隆重的祭祀仪式，规格很高。他在殿里搭了帐篷，布置得跟九庙一样，把历代祖先的神位都摆在南边，然后依次祭拜，念祝词三遍，其他的仪式都跟以前一样。
到了嘉靖十年正月，皇帝觉得庙里的祭祀制度该改改了，于是就到太庙、世庙和祧庙三个地方，正式宣布了新的祭祀制度。他把德祖皇帝的神位迁到了祧庙，把太祖皇帝的神位供奉在寝殿正中央，然后按照辈分，把其他七位祖先的神位也依次安置好。那年是丁酉年，皇帝又亲自去太庙进行了一次隆重的祭祀。
九月，皇帝跟大学士李时他们说：“现在宗庙的制度，父子兄弟都挤在一个庙里，这在礼法上不太合适。太宗皇帝以下的祖先，都应该给他们各自建一座庙，神位朝南。” 户部尚书夏言上奏说：“太庙两边空地本来就不多，宗庙这种大事，一开始就要谨慎考虑。” 皇帝还没做决定。
中允廖道南提出了一个建议：“太宗皇帝以下的祖先，可以在太庙两边的空地上，分别给他们建一座小庙。可以建一个主殿来统管这些小庙，没必要每个庙都单独建围墙；每个小庙里可以设个小房间来放置神位，也不用每个都建成寝殿。这样就能保证每位祖先都受到应有的尊重。皇上可以亲自到太祖庙祭祀，其他的庙宇就派亲信大臣代替祭祀，就像古代诸侯帮忙祭祀一样。”皇帝觉得这个主意不错，就下令大家一起讨论。
李时他们又说了：“太庙地方有限，恐怕容不下这么多庙宇。如果缩小规模，又违背了古礼。而且，如果真的建了这么多庙，皇上要一一祭拜，那不仅体力上吃不消，时间上也根本不够。古代宗伯官会代替皇帝进行祭祀，这指的是在一个庙里进行，代替皇帝做亚献。可没听说过让大臣代替皇帝祭祀一座独立庙宇的。再说，古代诸侯多是同姓的臣子，现在陪祀的人能比得上古代诸侯帮忙祭祀吗？以前丘浚先生建议说，可以隔几天祭祀一座庙，十四天祭祀完所有庙宇。这明显是没办法才想出来的办法。如果所有祖先都放在一个庙里，又显得太乱。我们建议用木头搭建一些像庙宇一样的建筑，按照庙宇的数量来建，并在里面搭帐篷，这样就能更恭敬地进行祭祀了。” 他们的建议提交上去了，但皇帝最终没有采纳。
十三年前，南京的太庙遭遇了火灾。礼部尚书湛若水建议，把南京太庙的香火跟南京的奉先殿合并，然后重建太庙，重新制作列祖列宗的神主牌位。皇上就召见湛尚书，跟大臣们一起讨论这件事。
湛若水跟大学士张孚敬等人一起说：“国家设立两座太庙，是从汉惠帝开始的；神主牌位有两座，是从齐桓公开始的。周朝的三座都城都有太庙，那是因为迁都才把太庙也迁过去，离开国都就带走神主，这和我们说的两座太庙、两座神主不一样。子孙后代是靠祖宗庇佑的，既然皇室子孙已经在这里亲自祭祀了，那么祖宗的神灵自然也会降临在这里。现在就应该确定下来太庙的选址，就以这个地方为根本。南京本来就有奉先殿，每天的香火祭祀照常进行，合并供奉就可以了。至于太庙的旧址，就按照古代祭坛的样式，修建高高的围墙，严格管理开关，以示庄严。” 皇上听了，就采纳了这个建议。
皇上想重建九庙，夏言就说：“首都的宗庙要恢复古代的制度，可是南京的太庙刚刚失火，这大概上天和列祖列宗在暗中指引，我们不能不认真对待啊！”皇上听了很高兴，就下令春天开始动工。大臣们在太庙南边讨论，决定左边建三昭庙，加上文祖的世室，一共四座庙宇；右边建三穆庙。每座庙宇的深度都超过十六丈，而世室的殿和寝宫要高一些，它们的长度、宽度和深度都和其他的庙宇差不多。所有庙宇的大门和太庙的大门并排，庙宇的后墙和太庙祧庙的后墙也并排。他们画了图纸呈给皇上。皇上觉得世室应该更尊贵一些，就让大家重新讨论。夏言他们建议扩大世室的前殿，比其他的庙宇高出四尺多，面积是其他庙宇的一半；寝宫比其他庙宇高出两尺多，面积和其他的庙宇一样。皇上批准了。
十四年正月，皇上告诉内阁大臣们：“现在打算把文祖的庙宇建成世室，那么皇考的世庙名字就要避讳了。”张孚敬说：“世庙写了《明伦大典》，已经颁发到全国各地了，不能改。文祖的世室应该叫做太宗庙。其他的庙宇不用‘宗’字，用原来的庙号就行了，以后再迁徙的时候，再改庙额就可以了。”皇上采纳了他的建议。二月，所有旧庙宇都被拆除，开始重建。每座庙宇都像皇宫一样，都有殿和寝宫。太祖庙寝宫后面有祧庙，用来供奉祧主。太庙的门和殿都朝南，其他的庙宇门朝东朝西，里面的门、殿和寝宫都朝南。
十五年十二月，新庙建成了，皇考的庙宇改名为睿宗献皇帝庙。皇上把德、懿、熙、仁四位祖宗的神主供奉在祧庙，太祖的神主供奉在太庙，百官按照礼仪陪祭。第二天，皇上把太宗以下的神主供奉到各个庙宇，并下令九卿正官和武职高官都要去太宗庙陪祭；文官三品以上，武官四品以上，分别到各个庙宇行礼。皇上又选了个日子，亲自捧着太祖的神主，文武大臣捧着七位祖宗的神主，把它们供奉到景神殿。
四月，二十年前的事了，太庙着火了，皇上，也就是成祖皇帝和仁宗皇帝，亲自下令把火扑灭，然后把列祖列宗的神主都移到景神殿暂时安置。 还派大臣去长陵和献陵，跟太祖高皇帝和皇后禀报这事儿，也把他们的神主请到景神殿去。
两年后，十月的时候，皇上觉得原来的太庙地基太小了，就下令重新设计规划。 这事儿汇报了三次，都没通过。 等了好久，皇上才决定恢复以前那种“同堂异室”的旧式格局，这才算把太庙的样式定下来。
又过了两年，六月，礼部尚书费寀他们说太庙要安放神主了，得安排好位置。皇上说：“咱们这儿没按昭穆次序排，也没按皇帝在位的顺序排，就按伦理辈分来排吧。太祖高皇帝在中间，左边依次是成祖、宣宗、宪宗、睿宗，右边依次是仁宗、英宗、孝宗、武宗。都朝南。” 七月，新太庙建好了，举行完仪式，百官都来祝贺，皇上还下诏书告诉全国人民。
新太庙还在皇宫左边，正殿九间宽，前面还有两个厢房，南边是戟门。戟门左边是神库，右边是神厨。再往南是庙门，庙门外东南角是宰牲亭，南边是神宫监，西边是庙街门。正殿后面是寝殿，安放着列祖列宗的神主；寝殿后面是祧庙，存放着已经过世的皇帝的神主，这些也都朝南。
嘉靖二十七年，皇帝想把孝烈皇后方氏的牌位迁入太庙，同时把仁宗皇帝的牌位迁出。当时大学士严嵩、礼部尚书徐阶等人一开始都觉得不行，但后来也没坚持住自己的意见。
到了嘉靖二十九年十一月，仁宗皇帝的牌位被迁出太庙了，孝烈皇后方氏的牌位这才被迁入西第四室。
隆庆六年八月，穆宗皇帝要把自己母亲的牌位迁入太庙，就下令让礼部官员讨论该迁出谁的牌位。礼科给事中陆树德上奏说：“宣宗皇帝到穆宗皇帝只有五代，建议还是把睿宗皇帝的牌位留在太庙，别迁出宣宗皇帝的牌位。” 奏章递交礼部后，礼部认为宣宗皇帝的辈分离穆宗皇帝还比较近，现在迁出他的牌位不太合适。礼部还进一步解释说：“古代的‘一世’指的是一个时代，而不是指一个皇帝。所以晋朝的太庙有十一间，却供奉了六代皇帝；唐朝的太庙也是十一间，却供奉了九代皇帝。宋朝从太祖皇帝追尊到徽宗皇帝，最终确定了九世十一室的制度，因为太祖和太宗算作同一时代。后来，徽宗皇帝的牌位迁入太庙，和哲宗皇帝算同一时代；高宗皇帝的牌位迁入太庙，和钦宗皇帝算同一时代，都没有迁出其他皇帝的牌位。直到光宗皇帝的牌位迁入，才增加到九世十二室。现在从宣宗到穆宗一共六代，加上追尊的两位祖宗，一共才八代，按照宋朝的制度，完全可以不用迁出任何皇帝的牌位，只需要在寝殿左右各增加一间屋子，这样既能尊祖敬宗，又不会互相冲突。” 皇帝最终还是按照之前的旨意执行，把宣宗皇帝的牌位迁出了太庙。
天启元年七月，光宗皇帝要把自己母亲的牌位迁入太庙。太常卿洪文衡建议不要迁出宪宗皇帝的牌位，而是迁出睿宗皇帝的牌位。 但是，这个建议没被采纳。
1368年，朱元璋当了皇帝的第一年，在太庙举行大规模的祭祀活动。他老爸老妈的牌位放在正中间，朝南；他爷爷奶奶的牌位在东边第一个位置，朝西；他曾爷爷奶奶的牌位在西边第一个位置，朝东；他高祖父母的牌位在东边第二个位置，朝西。
七年后，御史答禄和权臣一起上奏说：“皇上登基七年了，还没举行禘祭，这不太合适啊！应该好好研究一下古今的典制，创立一个符合咱们大明朝的祭祀典礼。”朱元璋下令让礼部、太常寺和翰林院一起讨论这事儿。他们讨论的结果是：“虞夏商周的祖宗世系都清清楚楚，所以才能举行禘祭。可是从汉朝到唐朝，都没能搞清楚他们的祖先到底是谁，他们所谓的禘祭，其实就是把已经祧出去的祖先牌位一起祭祀，这只是古代的大型祭祀活动，根本不是真正的禘祭。宋神宗皇帝曾经说过：‘禘祭是为了明确祖先的来源。’既然咱们连祖先是谁都不知道，那禘祭就没办法举行啊！现在咱们追封了四代祖先，但是始祖的来源还没查清楚，所以禘祭这事儿，现在还不能急着办。” 朱元璋同意了他们的意见。
到了弘治元年（1488年），才决定每年年底把懿祖（朱元璋的爷爷）的神位放在正殿左边，放在熙祖（朱元璋的曾祖父）上面，然后举行祫祭。
嘉靖十年，皇帝问张璁关于祭祀祖先的大事，让他和夏言一起商量个章程。夏言写了一篇文章给皇帝，大意是说：从汉朝以后，祖先的谱系很难查清楚，想按照虞夏时期祭祀黄帝，商周时期祭祀帝喾那样，根本做不到。所以，我仔细研究了古代典籍，参考了以前儒家学者的精辟见解，建议设置一个虚位来祭祀。皇帝觉得这个主意不错。
这时候，有个叫廖道南的官员跳出来说，朱家是颛顼的后代，应该根据《太祖实录》来祭祀颛顼。于是皇帝下令让礼部把夏言和廖道南的意见拿去和大家一起讨论。结果大臣们都说：说虚位祭祀没依据，祭祀颛顼又年代久远难以考证。太庙里已经明确了高皇帝是始祖的位置，应该祭祀德祖才对。皇帝心里还是想设虚位，就又让大家再讨论。夏言又上书，说祭祀德祖有四个疑点，而且现在定下的太祖是太庙里的始祖，可不是皇帝立始祖庙的始祖。皇帝也同意他的说法，把他的奏章发下去了。
大臣们这才同意设置虚位，祭祀最早的皇祖，方向朝南，配享太祖，方向朝西。负责祭祀的官员又说，大祫（一种祭祀）每年都要举行，大禘（另一种祭祀）建议三年举行一次，这样次数比较合适。皇帝亲自写了祭文祭祀皇祖，规定每逢丙年和辛年举行一次，然后命令礼部制定仪式和选择日子。四月，礼部上交了大禘的仪式流程。祭祀之前要提前告知庙宇，祭祀人员要斋戒三天，准备香火、祭品和酒水，跟平时祭祀一样。锦衣卫负责仪仗队，太常卿负责把皇初祖的神位和太祖的神位放到太庙正殿，摆放位置要按照图样来。到了祭祀那天，仪式跟在圜丘祭天一样隆重。
最后，关于德祖的祭祀问题，决定取消每年岁末的祭祀，改在冬季中旬举行大祫。太常寺把德祖的神位放在太庙正中央，方向朝南；懿祖以下的祖先，依次排列在东西两侧。
十五年的时候，朝廷重新确定了祭祀祖先的制度。立春的时候祭祀，每个祖先的牌位都摆放在各自的殿里。立夏、立秋、立冬这三个节气，则把太祖、成祖以及他们的七个祖先的牌位都请出来，在太祖殿一起祭祀，这叫“时祫”。到了冬天的中旬，要择吉日把四位祖先和太祖、成祖以及他们的七个祖先的牌位都请出来，在太祖殿一起祭祀，这叫做“大祫”。祭祀完了以后，就把这些祖先的牌位都送回他们各自的寝殿安放。
十七年的时候，朝廷确定了大祫祭祀的祝文。九庙里皇帝和皇后的谥号都完整地写进去了，平时祭祀的时候，只写“某祖”、“某宗某皇帝”就可以了。 还重新确定了冬季大祫的日期，规定奉德、懿、熙、仁以及太祖的异室宗亲都朝南摆放，成祖的牌位朝西，并且位置要靠北一些；仁宗以下的七个祖先，他们的牌位就东西相对摆放。祭祀的时候要行三献礼，演奏六种乐曲，舞八佾舞。皇帝亲自祭祀德祖皇帝和皇后，大臣十二人分批祭祀其他皇帝，内臣十二人分批祭祀其他皇后。
二十年十一月，礼部官员们讨论说，年末的大祫祭祀，应该把祧主（已经迁出宗庙的祖先）的牌位也摆出来，可是景神殿太小了，建议暂时把四位祖先的牌位放到后寝去祭祀，用连在一起的几案摆放祭品，这样比较方便。皇帝批准了这个建议。二十二年，朝廷对定时享和以及大祫的仪式进行了调整，取消了请出牌位、上香、奠献等步骤，改成直接捧着衣冠进出进行祭祀。太常寺和神宫监的官员负责执行这些新的规定。
二十四年，朝廷取消了冬月中旬的大祫祭祀，以及相关的告祭仪式，改在岁除日进行大祫，并且把大祫和时享的祭祀合并进行。二十八年，又恢复了告祭的仪式。穆宗皇帝即位后，礼部官员认为因为大行皇帝（穆宗的父亲）的服丧期还没过，建议按照弘治十八年的做法，年末的大祫和孟春的时享两场祭祀都派官员代理进行。因为这个时候乐队要演奏但不能演奏，皇帝因为服丧要斋戒，陪祀的官员也在服丧期间，所以建议暂时免去这两场祭祀。皇帝同意了这个建议。
洪武元年，皇上决定制定宗庙祭祀的制度，每年春季的三个月和年底都要祭祀，一共五次。当时有个叫陶安的学士建议说：“古代春夏秋冬四时祭祀，除了春季在各个庙宇分别祭祀外，其他三个季节都在祖庙一起祭祀。从汉朝开始，各个庙宇虽然都在同一个院子里，但都是分开的房子，所以四季祭祀都在祖庙一起进行。现在应该效仿近期的制度，把祭祀都集中在第一座庙宇进行，这样才符合礼制，也避免了麻烦。” 太祖皇帝就下令，孟春（正月）在各个庙宇分别祭祀，其他三个季节和年底则在德祖庙一起祭祀。
第二年，又确定了祭祀的具体时间：春天在清明节，夏天在端午节，秋天在中元节，冬天在冬至节，年底的祭祀时间不变。第三年，礼部尚书崔亮又提了个建议：“孟月（正月）是一年的开始，按照季节的变化表达孝心，所以要准备齐全祭祀的牲畜和谷物。到了仲月（二月）和季月（三月），只需要献上新鲜的祭品就可以了。既然已经进行了郊祀，那么庙里的祭祀就可以简化，应该恢复以前的制度。清明节等节日，只用准备应季的祭品就可以了。”皇上采纳了他的建议。 九年的时候，新建了太庙。以后每次祭祀，正殿中间摆放德祖皇帝和皇后的神位，朝南；左边是懿祖，右边是熙祖，都朝东西方向；仁祖在懿祖的旁边。所有神位都不用神主牌位，只摆放衣冠。祭祀完毕后，就把这些衣冠收起来。孟春选择上旬的某一天祭祀，其他三个月则选择朔日（初一）祭祀，年底也一起祭祀。从那时起，五次祭祀就取消了分别祭祀，改成合祭。二十一年，又重新制定了祭祀的仪式，改变了之前的制度，迎神要行四拜礼，饮福要行四拜礼，祭祀完毕也要行四拜礼。二十五年，又重新确定了祭祀的时间，如果国家有丧事，乐器虽然准备好了，但不能演奏。
正统三年正月，要祭祀太庙。礼部官员说，按照以前的规矩，祭祀前三天，太常寺要奏报祭祀事宜，皇上要在正殿接受奏报。但那天是宣宗皇帝的忌辰，按照惯例是不鸣钟鼓的，皇上只在西角门视事。但是皇上认为祭祀是大事，仍然应该去正殿，其他的都按照永乐年间的规矩执行。天顺六年，内阁大臣因为皇太后去世，请求把孟冬（十一月）的祭祀推迟到服丧期结束后再进行。皇上同意了。成化四年，礼部因为慈懿太后去世，请求把孟秋（七月）的祭祀推迟到七月初七再进行。皇上没有同意。
嘉靖十一年，大学士张孚敬他们建议说：“太庙祭祀，就摆放衣冠就行了。皇上您亲自去主持祭祀，确实符合古代礼仪。但是跑遍所有庙宇，亲自开启祭祀用品，难免太劳累了。现在建议您只亲自安置太祖的神主，其他庙宇的皇帝皇后神主，就让内外负责捧神主的官员们去安置吧。”皇帝同意了他们的建议。
十七年，祭祀的礼仪制度确定下来了，凡是立春的特别祭祀，皇帝亲自祭祀太祖，派八位大臣分别向其他皇帝献祭，派八位内臣分别向其他皇后献祭。立夏时举行大规模的祭祀，所有神主都摆放在太庙。太祖神主南向，成祖神主西向，排在七庙七宗之上，仁宗、宣宗、英宗、宪宗、孝宗、睿宗、武宗的神主则东西相对而立。秋冬的大规模祭祀，礼仪和立夏一样。
二十四年，新庙建成了，又决定祭祀时只摆放衣冠，不再把神主请出来了。“二十四年，新庙成，复定享祫止设衣冠，不出主。”隆庆元年，孟夏时节的祭祀，因为世宗皇帝的灵位还没有撤掉，所以按照正德元年时的做法，提前一天，皇帝穿着常服祭告世宗皇帝的灵位，然后才请求其他庙宇进行祭祀。“隆庆元年，孟夏时享，以世宗几筵未撤，遵正德元年例，先一日，帝常服祭告几筵，祗请诸庙享祀。”之后，在太庙大殿内进行的日常祭祀和大型祭祀，都按照这个规矩来办。
1368年，朱元璋刚当上皇帝，就规定了太庙每月初一祭祀时要献上当季的新鲜东西。正月要献韭菜、荠菜、生菜、鸡蛋、鸭蛋；二月是水芹、蒌蒿、白菜、小鹅；三月是茶叶、竹笋、鲤鱼、鳇鱼；四月是樱桃、梅子、杏子、鲥鱼、野鸡；五月是新麦、王瓜、桃子、李子、家禽、嫩鸡；六月是西瓜、甜瓜、莲子、冬瓜；七月是菱角、梨、红枣、葡萄；八月是芡实、新米、莲藕、茭白、生姜、鳜鱼；九月是小红豆、栗子、柿子、橙子、螃蟹、鳊鱼；十月是木瓜、柑、橘子、萝卜、兔子、大雁；十一月是荞麦、甘蔗、天鹅、鸬鹚、鹿；十二月是芥菜、菠菜、白鱼、鲫鱼。这些祭祀仪式，一开始都是皇帝亲自操办的。没过多久，就把这些事情交给太常寺负责了。
第二年，朱元璋下令，所有季节性的贡品，都要先由太常寺献给宗庙，然后再送到皇宫。第三年，他又规定了每月初一祭祀时要献上的东西：每个庙都要献一只羊、一只猪，还有八样装在笾豆里的祭品，以及两套簠簋、两套登铏，三樽酒，还有常规的鹅肉羹和米饭。太常卿和其他祭祀官员都要穿着法服行礼。至于每月十五的望祭，就只用献上常规的鹅肉羹和米饭，官员们可以穿常服行礼。此外，还规定了献新仪式：各地进贡的其它新鲜东西，只要不是每月初一献上的，都由太常卿和内侍监的官员穿着常服献到太庙，这个仪式不用行大礼。后来，朔望祭祀、荐新、献新这些仪式，都在奉先殿进行。
明朝洪武元年，朱元璋追封祖先四代的庙号和谥号，用的都是玉制的册宝。册书长一尺二寸，宽一寸二分，厚五分，册简的多少根据内容多少而定。册书用金绳捆绑，垫着锦褥，再盖上红罗泥金夹帕，装在朱漆镂金的匣子里，匣子上刻着龙凤图案。玉宝上刻着篆文，宽四寸九分，厚一寸二分，金盘龙纽，系着锦绶，裹着红锦，再用帕子包好放在盒子里，盒子也是金的。
追封德祖（朱元璋的高祖父）的册文中写道：“臣，孝顺的玄孙，嗣皇帝某某，再拜叩头，上奏：臣听说尊敬祖先，是人之常情。祖父拥有天下，传给子孙，子孙拥有天下，再追尊祖父，这是古今通行的道理。我遇到天下大乱，亲身披甲上阵，统率军队，平定四方，安定百姓，国土日益辽阔，这一切都仰仗祖宗庇佑。百姓拥戴我为皇帝，而我的祖先考妣（父亲和母亲）却还没有称号。特此尊奉我高祖考府君（高祖父）为玄皇帝，庙号德祖。希望英灵能够鉴察我的孝心。” 玉宝上刻着“德祖玄皇帝之宝”几个字。玄皇后、懿祖以下诸位帝后的册宝也都是同样的规格。到了建文帝时期，这种追尊谥号册封的典礼就取消了，说是没有根据。
永乐元年五月，要给高皇帝（朱元璋）和高皇后（马皇后）上谥号，这事儿要好好议论议论。前一天，在奉天殿里摆好了议论谥号的案子。第二天一大早，永乐皇帝穿着衮冕，按照规定的仪式上了殿。文武百官穿着朝服，行了四拜大礼。礼部官员奏请进献尊谥的议案。两个官员引领着班首（领头的官员）走到丹陛（皇帝宝座前的台阶），捧着写着谥号议案的文书交给班首，然后从殿门进去，走到殿中央，宣读尊谥议案。皇帝来了，走到议案文案前，班首把议案放在案上，然后跪下，百官都跟着跪下。皇帝看完之后，又坐下了。班首和百官伏地叩拜后起身，回到原位，又行了四拜大礼。礼仪完毕。皇帝亲自拿着议案，交给翰林院的官员，让他们起草册文。
六月，皇上要追封先帝和先皇后尊号，提前就开始斋戒，派官员祭告天地、宗庙和社稷。鸿胪寺在奉天殿设了香案。当天早上，内侍把册宝放在案子上。太常寺在太庙门外丹陛上，皇考（先帝）和皇妣（先皇后）的神位前各设了一个放册宝的案子。鸿胪寺把装册宝的彩舆放在奉天门外，仪仗和乐队都按照规定的仪式准备好了。百官穿着祭祀的衣服，在太庙门外等候，负责仪式的官员和宣读册宝的官员先从太庙右门进去，在殿内右侧站好。皇上穿着衮冕，在华盖殿里等候，四个捧着册宝的官员穿着祭祀的衣服，在奉天殿东西两侧站好。鸿胪寺奏请开始仪式。
皇上走出奉天殿，来到放册宝的案子前，捧册宝的官员把册宝抬到彩舆里，仪仗和乐队在前面引导。皇上坐上御舆，跟着彩舆走。走到午门外下御舆，换乘辂车，到达太庙门。百官跪着等彩舆过去，然后起身。皇上下了辂车，跟着彩舆走到太庙中门外。捧册宝的官员抬着册宝走在前面，皇上跟着走，走到丹陛上。把册宝放在案子上，典仪官员按照惯例唱礼，内侍奏报官员就位，典仪官员奏请迎神奏乐。乐声停止后，内侍奏报皇上行四拜礼，百官跟着一起拜。典仪官员奏请进献册宝，捧册宝的官员走在前面，从左门进入太庙，走到皇考神位前。奏请跪下，拿着圭玉。奏请进献册宝，捧册的官员跪着把册宝献给皇上，皇上接过册宝交给负责仪式的官员，放在案子左边。然后奏请放下圭玉，宣读册宝，宣读册宝的官员跪在皇上左边宣读。册文如下：
“惟永乐元年，岁次癸未，六月丁未朔，越十一日丁巳，孝子嗣皇帝臣某，谨拜手稽首言：臣闻俊德赞尧，重华美舜，禹、汤、文、武，列圣相承，功德并隆，咸膺显号。钦惟皇考皇帝，统天肇运，奋自布衣，戡定祸乱，用夏变夷，以孝治天下。四十余年，民乐永熙，礼乐文章，垂宪万世，德合乾坤，明同日月，功超千古，道冠百王。谨奉册宝，上尊谥曰圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝，庙号太祖。伏惟神灵陟降，阴骘下民，覆帱无极，与天常存。”
宣读完毕后，奏请放下圭玉。奏请进献宝器，捧宝器的官员跪着把宝器献给皇上。皇上接过宝器交给负责仪式的官员，放在案子右边。奏请放下圭玉。宣读宝器铭文，宣读宝器铭文的官员跪在皇上右边宣读，宝器铭文和谥号一样。宣读完毕后，奏请皇上俯伏叩拜，然后起身。皇上走到皇妣神位前，进献册宝的仪式和前面一样。册文如下：
“臣闻自古后妃，皆承世绪。妫汭嫔虞，发祥帝室，周姜辅治，肇基邦君。钦惟皇妣孝慈皇后，以圣辅圣，同起侧微，弘济艰难，化家为国。克勤克俭，克敬克诚，克孝克慈，以奉神灵之统，理万物之宜。正位中宫十有五年，家邦承式，天下归仁。谨奉册宝，上尊谥曰孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后。伏惟圣灵陟降，膺慈显名，日月光华，照临永世。”宝器铭文和谥号一样。宣读完毕后，皇上回到原位。奏请行四拜礼，百官跟着一起拜。祭祀仪式按照惯例进行。第二天，颁布诏书给天下。追封尊号的仪式完成，参与祭祀的官员设宴款待，其他官员每人赏赐白银一锭。
宋仁宗登基后，九月，礼部和其他的大臣们一起上奏，讨论要给他的父亲——大行皇帝和母亲——仁孝皇后上谥号。仁宗接过来看了，看完之后，忍不住哭了起来，然后把这事交给翰林院去起草谥号的册文。
礼部又上奏了关于谥号仪式的奏章，前面那些斋戒、祭祀之类的程序都跟以前一样。宫里的太监们把装有谥号册宝的仪仗车准备好，放在奉天门。第二天，大家把册宝小心地放到仪仗车上。仁宗穿着丧服来到奉天门，太监们抬着仪仗车，仁宗跟在车后面走，下台阶，然后上了车驾。文武百官都站在金水桥南边，面向北方跪着，等仪仗车过去之后才起身。仪仗车到了思善门外，大家按照顺序站好，面向北方，仁宗下了车驾。仪仗车从宫门进去，一直到几筵殿的丹陛上。仁宗从左边门进去，在丹陛上站好准备行礼。抬着册宝的人从殿的左边门进去，走到几筵前面。引导仪式的人奏乐，皇帝行四拜礼，皇太孙、亲王、皇孙在丹陛上陪着一起拜，其他的百官在思善门外陪着一起拜。
仁宗从殿的左边门进去，走到大行皇帝的灵位前，跪下献上册宝。宣读册宝的官员跪着宣读完毕后，奏乐，皇帝俯伏在地，然后起身。仁宗又走到仁孝皇后的灵位前，行礼的程序都一样。奏乐，皇帝再次行四拜礼，皇太孙以下的人也跟着一起拜。仪式结束后，就开始祭祀。当天，就把仁孝皇后的神主牌位改了新的谥号，然后下诏书告诉全国各地。从那以后，给皇帝、太皇太后、皇太后上谥号，都是按照这个规矩来的。
嘉靖十七年，皇帝听从丰坊的建议，给献皇帝加上了庙号，尊称他为“宗配帝”，然后把太宗皇帝的庙号改成了成祖。 接着，命令制作了这两个皇帝的神位，放在南边的宫殿里，皇帝亲自去景神殿，隆重地进行祭祀，颁布册宝。 正式尊称文皇帝为“成祖启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝”，尊称献皇帝为“睿宗知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭俭敬文献皇帝”。 皇帝还给上天上帝加上了新的尊号。十一月第一天，皇帝去南郊，恭敬地献上册表。仪式结束后，又回到太庙，颁布册宝，给高皇帝加上尊号，尊称他为“太祖开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝”，给高皇后加上尊号，尊称她为“孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后”。当天，皇后还带着高皇后的神主牌位，参与了祭祀仪式，文武官员和命妇们一起陪祀。 之后又选了个日子，去太庙，正式改写神主上的名字。
天启元年正月，根据礼部的建议，凡是字形里包含“点水”偏旁的字，都改成“雒”字；字形里包含“木”和“交”的字，都改成“较”字。 但是，有人觉得督学的“较”字不太合适，应该改成“学政”。 所有王府和文武官员，如果名字或官衔里犯了庙讳或者皇帝的名字，都要全部改掉。
