张瀚，字子文，是杭州人。嘉靖十四年考中了进士。先是在南京工部当了个主事。后来升迁，当上了庐州知府，之后又调到河北大名府。当时俺答汗围困北京城，朝廷下令让兵部郎中征调畿辅地区的民兵进京勤王。张瀚马上查阅户籍，按照三十个人里挑一个兵，再用剩下的二十九个人供养这个兵，这样就凑齐了八百人。他火速赶到真定府，请求使者检阅部队，使者夸赞他很有才能。他一路升迁，最后当上了陕西左布政使，之后又升任右副都御史，负责巡抚陕西。才过了半年，就被调回京城，担任大理卿。接着又升任刑部右侍郎，没多久又调到兵部，负责总督漕运。
隆庆元年，张瀚被调去广东广西负责军务。当时广东广西都有自己的巡抚，军务并不归总督府管。张瀚请求效仿三边总督的模式，把所有军务都归他管。结果，大盗曾一本率众袭击广州，朝廷严厉责备张瀚，还停了总兵官俞大猷和郭成的俸禄。之后，曾一本又跑到福建沿海作乱，官军迎战，大获全胜，朝廷还赏赐了银币。没过多久，曾一本又跑到广东，攻陷了碣石卫，叛将周云翔等人还杀了雷琼参将耿宗元，和曾一本勾结在一起。朝廷商议要降张瀚一级，然后另派人去处理。结果，官军大胜，抓住了周云翔。朝廷又恢复了张瀚的官职，让他回家等候召用。后来他又被派去陕西巡抚。之后升任南京右都御史，然后又改任工部尚书。
万历元年，吏部尚书杨博被罢免了，张瀚被召回京城接替他的位置。任期满了之后，还被加封太子少保。当时朝廷推选吏部尚书，首先是左都御史葛守礼，其次是工部尚书朱衡，然后才是张瀚。首辅张居正讨厌葛守礼的耿直，也看不惯朱衡的骄横，所以特意提拔了张瀚。张瀚资历较浅，突然被提拔，朝中大臣都更加趋奉张居正，而张瀚处理大臣事务也总是按照张居正的意思行事。要是张瀚自己做主，舆论往往不太认同。因此，御史郑准、王希元弹劾了他。张居正很看重张瀚，没有采纳弹劾。后来御史刘台弹劾张居正，顺便还说张瀚在陕西巡抚期间一团糟，而且事事唯张居正马首是瞻。
比部尚书居正死了，有人想趁机夺取他的官职，瀚大人觉得这事儿不对劲。皇上让瀚大人去通知居正留任，居正自己又写了奏章，让瀚大人手下的官员去回复圣旨。瀚大人装作不明白，说：“人家政府官员奔丧，应该给予特殊待遇，这是礼部的事，跟吏部有什么关系？”居正又派人去跟瀚大人解释，可瀚大人还是不动摇。最后皇上直接下旨责备瀚大人很久不执行圣旨，没有做臣子的样子。朝中大臣都吓得不轻，纷纷上奏章请求留下居正，只有瀚大人不同意，他拍着胸脯叹气说：“三纲五常都乱套了！”居正气坏了，就指使给事中王道成和御史谢思启搜集瀚大人的罪证弹劾他，逼得瀚大人告老还乡。居正死后，皇上还挺想念瀚大人的，就下旨给瀚大人发放月俸，等到他八十岁的时候，还特地派人去慰问他。瀚大人去世后，皇上追赠他太子少保的职位，谥号恭懿。
王国光，字汝观，是阳城人。嘉靖二十三年考中进士，先是被任命为吴江知县。邻县有个棘手的案子来请他帮忙，他一审问就查清了真相。后来调到仪封，然后升任兵部主事。之后调到吏部，一直升到文选郎中。又多次升迁，最后做到户部右侍郎，负责督管仓场。后来因为生病辞职了。隆庆四年，他又被起用为刑部左侍郎，之后被任命为南京刑部尚书。还没等上任，就被改任户部，再次督管仓场。神宗皇帝登基后，王国光又回到户部工作。当时户部的文书非常繁杂，从地方州县到户部，要经过抄写、运输、缴纳等多个环节，各种费用让官府和百姓都苦不堪言。王国光上奏章请求简化流程，减少了十多项繁琐手续，当时的人都说这样方便多了。户部有十三司，从弘治年间开始，因为办公场所狭窄，只有郎中一个人在办公，员外郎和主事们只有在处理公务那天才会去一趟。郎中一个人忙不过来，就把事情交给吏员，这就导致了更多弊端。王国光下令让所有官员都到衙门上班，这样工作才能有效开展。当时边关军饷告急，各地的军费开支、屯田、盐税等都难以核实。王国光请求皇上命令边关官员核实数据，并且制定长久的策略上报朝廷。甘肃巡抚廖逢节等人分别上报了数字，揭露了其中许多浪费和损耗。
万历元年，有个叫国光的官员上奏说：“国家刚建立的时候，全国各地留存的夏税秋粮大约有一千二百万石。那时候政策比较宽松，除去国家的开支，还能余下百万两白银呢！要是相关部门认真收税，地方上就能积累很多粮食，就算遇到水灾、旱灾或者盗贼，也不至于造成大问题。可是现在，一遇到战争或灾荒，就立刻从京城储备粮里调拨，甚至动用内库的钱。因为相关部门对留存的粮食不太重视，只要催缴税款就说是扰民，所以情况才变得这么糟糕。我建议让全国的巡抚和按察使监督各部门上报收支、存留和欠款的数目，户部再统一进行核算，用多余的粮食来供应边关。如果相关部门催收税款不力，就按照新的规定来处理。”皇帝批准了他的建议。
当时驻扎通州的京军，领取粮食非常困难。国光建议派户部的一个官员专门负责这件事，设立一个“坐粮厅”，对粮食的发放进行检查，保证三天内完成，这样军队就方便多了。全国的钱粮分散在各个部门管理，国光建议把这些都集中起来，统一管理责任：京畿地区的府县归福建司管理，南直隶归四川司管理，盐税归山东司管理，关税归贵州司管理，淮安、徐州、临清、德州等地的粮仓归云南司管理，御马监、象房和二十四马房的草料归广西司管理。皇帝采纳了他的建议。
三年后，朝廷对官员进行考核，国光因为被南京的给事中和御史弹劾，两次上疏请求辞职，皇帝都特地留下了他。到第四年，他又坚决请求辞职，皇帝才下令让他乘驿车回家。临走之前，他把自己整理的条例汇编成《万历会计录》献给皇帝。皇帝赞赏他用心关注国家财政，命令户部进行修订。等书稿完成之后，皇帝又下诏褒奖了他。五年冬天，吏部尚书张瀚退休，国光被起用接替了他的位置。他提出了几项改革措施：推行务实的政策、区分事情的轻重缓急、严格执行法令、体恤下级官员、取消一些不必要的额外税收等等，这些建议都被采纳了。不久，因为考绩优异，他被加封为太子太保。八年后，朝廷要考察外地的官员，他建议不要限制考察的时间。皇帝批准了他的建议，并且命令对那些被冤枉的官员允许公开辩论，洗刷冤屈。 第二年，朝廷对京城的官员进行大考核，按照张居正的意思，把吴中行等五个人列入了考察名单。
国光这个人挺有才华的，一开始掌管国家大事，提出了很多好的建议。可是后来受到当权者的限制，名声不如以前了。有个叫商尚忠的给事中说国光在选拔官员的时候徇私情，另一个给事中张世则因为被国光外放到河南做佥事，心里不服气，就弹劾国光贪污受贿，卖官鬻爵。国光又上奏章辩解，皇帝也再次安慰他，并责备张世则挟私报复，把他贬到仪真当丞。等到张居正死后，御史杨寅秋又弹劾国光六条罪状。皇帝这下真的生气了，就让国光免职在家休息。过了一段时间，皇帝又考虑到国光的功劳，让他复官后退休。
梁梦龙，字乾吉，是河北真定人。嘉靖三十二年考中进士，后来改任庶吉士。当上兵科给事中后，第一个就弹劾吏部尚书李默。当时皇帝正看重李默，所以没理他。后来，梁梦龙被派去陕西核查军需储备，他又弹劾了前任延绥巡抚王轮、督粮郎中陈灿等人，这些人有的被罢官，有的被降职。之后，他升任吏科都给事中。皇帝因为生气礼部尚书吴山，梁梦龙偏偏又单独弹劾吴山，得罪了舆论，结果他和吏部尚书吴鹏一起被罢官了。他还曾经上奏章说：“宰相的好坏，关系到国家的兴衰。请求不要拘泥于资格，下令朝中大臣举荐德高望重的老臣，来彰显圣明的统治。”皇帝怀疑大臣们私下推荐了什么人，就责令他们说明情况。梁梦龙吓得赶紧认错，结果被扣了俸禄。后来他被提升为顺天府丞，因为京察考核中被发现有疏漏，就被外放到河南做副使。黄河在沛县决堤，尚书朱衡建议开挖徐州、邳州的新河道，梁梦龙负责这项工程。他后来升迁三次，最终做到河南右布政使。
隆庆四年，王宗沐升职了，当上了右佥都御史，去山东巡抚。那年秋天，黄河在宿迁决堤，八百艘漕粮船都被冲毁了。朝廷商量着开通海运，这事就交给了王宗沐。
王宗沐说：“海路，南方从淮安到胶州，北方从天津到海仓，都有商船来往。从胶州到海仓，岛上的居民和商人也经常来来往往。我们派人试着从淮安运送两千石粮食，从胶州运送一千五百石麦子，走海路到达天津，都成功了，没有任何问题。从淮安到天津，大概需要二十天就能到达。每年五月之前，风势比较温和，扬帆航行特别方便。而且船只走近海，沿途岛屿星罗棋布，遇到风浪可以靠岸避险。只要船只不是太破旧，根据天气预报航行，就绝对安全。比起元朝殷明略开辟的那条海路，这条路更安全便捷。丘浚说的‘傍海通运’，说的就是这条路。建议黄河作为主要的运输通道，海路作为备用通道。万一黄河一时难以疏通，海运就能派上用场，同时也能让黄河得到充分的疏浚，争取长久地解决问题。另外，海防非常重要，沿海卫所多年来懈怠，没有加强防御，很多有识之士对此都感到担忧。现在开通海运的同时整顿河防，不仅能大大增加国家的收入，对军事也有好处。”
这个方案递交户部后，户部认为海运已经废弃很久了，一下子很难完全恢复，建议漕运司先拨出十二万石粮食，从淮安走海路运到天津。工部也拨款，作为海船的经费。朝廷批准了。可是后来海运最终还是没有实行，具体情况可以参考《王宗沐传》。
第二年冬天，王宗沐升任右副都御史，调到河南巡抚。
宋神宗刚当政的时候，张居正当权。张居正特别喜欢他的门下人梦龙，把他招进朝廷，任命为户部右侍郎。没多久就调到兵部去了，派他去辽东犒赏那些立下战功的将士们。过了五年，梦龙升迁为兵部左侍郎，然后又升任右都御史，负责统领蓟州、辽州和保定地区的军务。
李成梁在长定堡大败土蛮，皇帝为此祭告宗庙，宣布捷报，并且大肆赏赐有功人员，还给梦龙的儿子也封了官。之后，给事中光懋上奏说：“长定堡是内属地区，游击将军陶承喾假借犒赏的名义袭击土蛮，应该追究他滥杀降兵的罪责。”兵部尚书方逢时极力为陶承喾辩解，梦龙等人也推辞了赏赐。后来，三万土蛮骑兵入侵东昌堡，李成梁又打败了他们。宁前地区再次告急，梦龙亲自率领三千精兵从山海关出发，支援李成梁，他还分别派遣两位参将拦截敌人，又调动戚继光驻守一片石，最终敌人退兵了。
梦龙前后多次上奏报告永奠堡、丁字泊、马兰峪、养善木、红土城、宽奠、广宁右屯、锦州、义州、大宁堡等地的胜利战报，皇帝多次下旨嘉奖他，并提拔他为兵部尚书。因为梦龙修筑了黄花镇和古北口的边墙，他又被加封为太子少保，并且再次荫封他的儿子为锦衣卫世袭千户。皇帝召见梦龙让他主管兵部事务，梦龙就上书陈述了四条关于军政的建议。后来，因为梦龙在边防的功劳，他又被加封为太子太保。
十年六月，张居正去世了，吏部尚书王国光被弹劾罢官，梦龙接替了他的职位。一个月后，御史江东之弹劾梦龙通过贿赂徐爵保住了吏部尚书的职位，还把孙女嫁给了徐爵的弟弟。御史邓练、赵楷也弹劾了他，于是梦龙被勒令退休。他在家住了十九年后去世。天启年间，赵南星为梦龙申诉边功，追赠他少保的爵位。崇祯末年，又追谥他为贞敏。
杨巍，字伯谦，是海丰人，嘉靖二十六年考中了进士。一开始，他被任命为武进知县，后来升迁为兵科给事中。当时，操江佥都御史史褒善因为办事不力被降职，但后来却意外地升迁为大理卿。杨巍觉得这事儿不对劲，就上奏说：“东南沿海倭寇作乱很严重，负责这件事的参赞和巡抚都被治罪了，就史褒善一个人没事儿，还升官了，这太不公平了！请求皇上一起惩罚吏部。”皇上听了很生气，扣了吏部官员的俸禄，把史褒善又降回原来的官职。杨巍因为这事儿得罪了吏部，就被调到山西当佥事了。
后来他又升迁为参议，负责宣府地区的防务。当时，敌人入侵，杨巍和副将马芳一起打仗，斩杀了敌人的首领，还缴获了不少银子和财物。之后，他被任命为阳和兵备副使，接着又升迁为右佥都御史，巡抚宣府。因为在剿灭倭寇方面立了大功，他被提升了两级。一年多后，杨巍因为要侍奉母亲而告老还乡。回家两年后，他又被朝廷召回，担任陕西巡抚。他增加了驻军的数量，还把被藩府侵占的屯田地给收了回来。
隆庆初年，杨巍升任右副都御史，调任山西巡抚。山西驿站每年要收取五十四万两银子，杨巍觉得太多了，就请求减少四分之一。他还修筑了边境的城堡，并且成功地抓捕了大盗李九经的同伙。之后，他又再次请求回家侍奉母亲。
神宗皇帝登基后，杨巍被起用为兵部右侍郎。万历二年，他调任吏部，并且升迁为左侍郎，之后又因为要侍奉母亲而再次回家。他的母亲活到一百多岁才去世。十年后，杨巍被起用为南京户部尚书，不久后又被调到工部担任尚书。当时皇上要修建行宫，地点就在功德寺附近，杨巍极力反对，最后皇上才作罢。第二年，他又调任户部，最后升迁为吏部尚书。
明朝的制度规定，六部负责处理天下事务，内阁不能干涉。但是从严嵩开始，内阁就开始暗中干预六部的权力。到了张居正时期，六部的权力完全被内阁掌控，六部官员办事都得看内阁的眼色，祖制就这样被改变了。等到申时行当权的时候，杨巍因为为人清廉，很有威望，但是年纪大了，又有些糊涂，所以经常听从申时行的指挥。御史丁此吕弹劾科场舞弊，申时行和丁、许国等人都不喜欢他。杨巍就上奏弹劾丁此吕，结果被御史江东之、李植等人攻击，他和申时行一起请求辞职。皇上听取了其他大臣的意见，留下了杨巍等人，并且告诫那些言官，杨巍这才复职继续工作。
张居正倒台后，那些平时不敢说话的官员一下子都活跃起来了，皇帝也开始怀疑大臣们是不是互相勾结，想让言官们去查处他们，堵住悠悠之口。大臣们害怕被攻击，于是政府和吏部暗中互相依靠，一起压制言官。早些年，九年京察的时候，张居正就让吏部把所有跟他不对付的人都清除掉了。到了十五年，又要进行大规模的考核了，都御史辛自修想好好整顿一番，但王锡爵却听从政府的指示，睁一只眼闭一只眼。那些进士出身的官员，被贬的只有三十三个，翰林院、吏部、给事中、御史一个都没有。好坏不分，大家都很失望。
十七年夏天，皇帝很久不上朝，朝野上下都怀疑是因为张鲸失宠，皇帝借此装病。王锡爵就带头和其他官员一起请求皇帝在秋天上朝，在御花园接见大臣。到了十月，王锡爵他们又再次请求。皇帝很不高兴，责备他们沽名钓誉。王锡爵刚开始在各地做官的时候，名声很好。但是后来掌管吏部，名声就差了很多。不过他为人清廉，性格宽厚，从不刻薄苛待别人。第二年，他快八十岁了，多次上奏请求退休。皇上准了他的请求，还按照惯例给他安排了车马和生活补贴。他退休十五年后，九十二岁去世，死后被追赠为少保。
李戴，字仁夫，是延津人。隆庆二年考中进士。先在兴化当县令，政绩很好。后来升迁为户科给事中。广东因为战争，加重了百姓的赋税。到了万历初年，战乱平息后，李戴上奏请求纠正这件事。他一路升迁，做到礼科都给事中。后来外放陕西，担任右参政，之后升任按察使。张居正提倡严厉的法令，各地的大官都跟着严格执行，只有李戴比较宽厚仁慈。他从山西左布政使升任右副都御史，巡抚山东。那一年山东闹灾荒，他多次请求朝廷减免赋税，赈济灾民。后来回朝，担任刑部侍郎。又一路升迁，做到南京户部尚书，之后被召回朝廷，任命为工部尚书，因为继母去世而离职。
二十六年，吏部尚书蔡国珍下台了。朝廷推荐接替的人有七个，戴震排在最后一位，皇上却破格提拔了他。那时候，赵志皋和沈一贯当权，虽然不敢直接干涉吏部的权力，但高级官员的空缺很多，九卿和各部门一把手都能自己推荐人选，然后皇上决定；吏部各个部门的小官也由九卿推荐，尚书自己没法选择下属。至于在外地的府佐和州县正副官员，全部用抽签的办法决定，吏部权力越来越小。戴震上任后，小心翼翼地遵守新规定，总算没犯什么错。
第二年，进行京官考核。编修刘纲、中书舍人丁元荐、南京评事龙起雷，曾经因为直言进谏得罪了当权者，都被戴震列入了考核不合格的名单里。当时舆论对戴震的做法很不满意。那时候皇位继承人还没确定，皇长子的婚事也一直拖着，戴震总是鼓励朝臣们直言进谏。后来矿税的害处越来越严重，戴震带领九卿上奏说：“陈增在山东开矿，知县吴宗尧被抓了；李道在湖口抽税，知府吴宝秀等人也被抓了。像陈增、李道这样的人天下有多少？地方官怎么办？再说现在水旱灾害频繁，田地荒芜，再加上东边打仗要增加兵力和军饷，西边又传来不好的消息。老百姓活不下去，强盗土匪就要兴起，为什么还要给他们机会，加速动乱呢？” 皇上没理他。
山西的税务官员张忠推荐夏县县令韩薰，说他为人简朴。戴（戴震）觉得内官不应该擅自推荐提拔官员，就上书反驳了这件事。 湖广的陈奉多次上奏，要逮捕一些地方官员，戴震他们又极力地论述这件事，并且说：“陈奉和辽东的高淮擅自招募壮丁，在民间横行霸道，这更是不容忽视的。” 但是皇帝也不听。
后来，戴震又和他的同僚们一起上书，说：“从去年六月到现在都没下雨，路上饿死的人一个接一个，巡抚汪应蛟奏报说有十八万饥民。再加上经常发生寇匪骚扰，屡次兴兵征讨，按丁加派赋税，每亩土地加收租税，赋税额比二十年前翻了一倍不止。百姓还没从之前的灾难中恢复过来，又出现了采矿税的祸害。不管有没有矿，都向民间强行征收，这算怎么回事？ 天下富裕人家本来就少，奸诈的人横行霸道到了极点。指着人家的房子吓唬他们说‘那里有矿’，这家就立刻破产了；说‘你漏税了’，这家人的钱财就立刻被搜刮光了。那些人拿着无法反驳的理由，用着无法约束的人，老百姓怎么能不穷困潦倒，天下大乱呢？ 湖广地区多次发生暴动，最近武昌尤为严重。这些人难道不爱惜自己的性命吗？造反会死，不造反也会死，与其默默地独自死去，不如和仇家一起同归于尽。所以，事情一旦爆发就不可收拾了。陛下能把这当成小事吗？” 但是，皇帝还是没有理会。
三月里，皇帝病了，赶紧下令免除矿税，释放囚犯，还把那些被贬官的官员都重新启用。第二天，皇帝病好了一些，又下令恢复矿税的征收。戴秉铨和他的同僚们极力劝谏。当时关于释放囚犯和起用被罢免官员这两件事，皇帝还让内阁大臣们讨论决定，戴秉铨就想自己写奏章请求皇帝重新考虑。可刑部尚书萧大亨说，释放囚犯这事儿必须得奏报皇帝才行。奏章刚写好要递交上去，太仆卿南企仲就说这两件事拖得太久了，弹劾戴秉铨他们办事不利。皇帝一听就生气了，把之前的命令都取消了。戴秉铨认错，请求辞职，皇帝没同意。从那以后，戴秉铨又两次请求重新启用被罢免的官员，四次带领九卿一起请求停止征收矿税，但皇帝都没答应。
稽勋郎中赵邦清为人正直刚烈，被给事中张凤翔弹劾，怀疑是文选郎中邓光祚和验封郎中侯执躬在背后指使，赵邦清就写奏章反驳他们。御史沈正隆、给事中田大益又联名弹劾赵邦清。赵邦清一气之下，把邓光祚和侯执躬的私事都抖搂了出来。邓光祚也写奏章反击，一时间刑部里乱成一锅粥，戴秉铨也管不住。御史左宗郢、李培遂又弹劾戴秉铨管教下属不力，戴秉铨就以生病为由请求辞职。皇帝劝他留下，最后把赵邦清降职三级，准许邓光祚和侯执躬回去，这才平息了这场风波。
第二年冬天，妖书案发生了。锦衣卫官员王之桢等人和同僚周嘉庆有矛盾，就说妖书是周嘉庆写的，把周嘉庆抓进诏狱严刑拷打。周嘉庆是戴秉铨的外甥，审讯的时候，戴秉铨就回避了。皇帝听说后很生气。正好王士骐牵扯到妖书案被捕，送到刑部审理。王士骐上奏章为自己辩解。皇帝说王士骐不该辩解，责怪戴秉铨管不住下属。戴秉铨认错，结果奏章上的印章用错了，又挨了皇帝一顿训斥，罪责还牵连到他管辖的属官。戴秉铨写奏章谢罪，但印章还是照旧用。皇帝大怒，下令让戴秉铨致仕（退休），并且削减了他管辖下郎中以下官员的俸禄。
戴秉铨在位六年，为人温和，像个长者，但名声却不如陆光祖等人。赵志皋、沈一贯把持朝政，戴秉铨不敢有什么异议，所以才能在位这么久，但朝政也因此越来越衰败了。最终，戴秉铨死后被追赠少保。
赵焕，字文光，是山东掖县人，嘉靖四十四年考中了进士。一开始被任命为乌程县的知县。后来调到京城，在工部担任主事，之后又改任御史。万历三年，有个太监张宏想让他手下的那些人承包真定府的木材生意，赵焕和给事中侯于赵一起上奏章反对，没让他得逞。
张居正他爹死了，很多言官都上奏章请求皇帝让他继续留任，但赵焕一个人没签字。后来赵焕升迁为顺天府丞，一步步升到左佥都御史。万历十四年三月，刮着大风，天气阴霾，正是上奏建议的好时机。赵焕就上奏建议皇帝要恢复开明宽广的胸怀，接纳忠臣直谏的意见，要谨慎言行，要以身作则，认真执行政令，要经常召见大臣商讨国事，逐步推行各项改革措施，把内府那些不好的事情都取消，并且要严厉督促各地的官员为百姓排忧解难。皇帝很高兴，采纳了他的建议。没多久，赵焕就升任工部右侍郎，后来又调到吏部，并且升任左侍郎。之后，他请求告假回家休息。
后来他又被起用，担任南京右都御史，因为父母年迈，他又请求辞职。当时，赵焕的哥哥，在辽东担任巡抚佥都御史的赵燿也请求回家养老。吏部说他们兄弟俩感情好，赵燿又是长子，而且在边疆任职时间长了，可以让他回家。于是就催促赵焕去南京上任。没过多久，他又被召回京城，担任刑部尚书。当时讨论日本进贡的事，赵焕坚决认为那不是好办法。有个叫龙光的人弹劾李如松通倭，李如松被抓起来，他的同伙陈仲登也被戴上枷锁，放在烈日下暴晒，期满后发配到瘴气弥漫的南方。赵焕认为盛夏酷暑，他们肯定活不了，而且他们的罪行也不至于判死刑，所以连续两次上奏章为他们求情。结果触怒了皇帝，被皇帝狠狠地训斥了一顿。后来，他又因为对浙江巡按御史彭应参的案子处理意见和皇帝不合，就以生病为由辞职回家了。之后他又被起用，担任南京右都御史，后来又升任吏部尚书，但他都没去上任。他在家待了十六年。最后，他又被召回京城，担任刑部尚书，不久又兼任兵部尚书。
公元1600年（明神宗万历四十年）二月，孙丕扬调走了，吏部就空缺下来了。当时皇帝万历帝对政事不上心，很多官职都空着。内阁就剩叶向高一个人，他闭门谢客已经有三个月了。六部尚书只有杨涟一个人还在任上，还兼着吏部尚书，吏部里连个堂上官都没有了。兵部尚书李化龙死了，新任命的王象乾还没到任，兵部侍郎的职位也没补上。户部、礼部、工部，每个部也只有一个侍郎。都察院自从温纯罢官后，八年都没正经的官员。按照规定，给事中应该有五十人，御史应该有一百一十人，可现在都只有十来个人了。杨涟多次上奏请求朝廷补齐这些空缺，但皇帝都不理他。
到了那年八月，皇帝终于任命杨涟为吏部尚书，其他几个部也补上了四个侍郎。之后，吏部考选的结果下来了，补上了十七个给事中和五十个御史，朝臣们都说言官队伍壮大了。
然而，这时候党争已经很严重了，朝堂上各种议论纷纷，互相攻击。杨涟一向清廉正直，突然从乡下被提拔上来，在朝中并没有什么势力，但他也不喜欢东林党。那些攻击东林党的人就乘机拉拢他。杨涟的一些做法常常和朝臣们的意见相左，先后被御史李若星和给事中孙振基弹劾。皇帝都下旨安慰他，让他继续留任。后来，兵部主事卜履吉被署理都察院事都御史孙玮告发。杨涟觉得卜履吉罪不至死，只建议削减他三个月的俸禄。结果，给事中赵兴邦又弹劾杨涟徇私枉法。杨涟上奏解释，再次请求辞职。
叶向高说：“现在国家大事艰难，人才越来越少。在野的官员得不到重用，在朝的官员也寥寥无几，大小官员们整天互相倾轧，这可不是国家之福啊！我希望从现在开始，大家都能一心为国，听取言官的意见，尊重当政官员的决策。让大臣们能够施展才能，不受言官的掣肘；让言官们能够畅所欲言，不受当政官员的打压，这样国家大事才能有所作为！”于是，叶向高请求皇帝让杨涟继续上任，杨涟这才重新上任。
明年春天，按照惯例，要派我出差，同行的是御史王时熙和魏云中。我们三个人以前曾经联手批评过汤宾尹和熊廷弼，这事儿也没跟都察院汇报，结果御史汤兆京就按照老规矩出来反对，还狠狠地攻击我。我写了好几封奏章为自己辩解，干脆闭门不出，皇上还特地派人来安慰我，让我出来上班。汤兆京见反对不成，一气之下就扔下官印回家了。他的同僚李邦华、周起元、孙居相，还有户部郎中贺烺，一起上奏弹劾我专权，要求把我跟王时熙、魏云中调回京城。皇上为了安抚我，就扣了这些大臣的俸禄，还把贺烺贬官。我更坚持要辞职，九月的时候，我直接在皇宫门口磕头，出城等候处置。皇上还派人来劝我留下。给事中李成名又弹劾我打击异己，拉帮结派，我干脆就说自己病重，坚决不上班。一个月后，皇上才准许我乘车回家。
四十六年，吏部尚书郑继之辞职了。当时党派势力已经很强大了，清流派官员差不多都被排挤出去了。齐党的人，特别是亓诗教，势力尤其嚣张。他们觉得我年纪大了，好控制，就极力推荐我接替郑继之的位置，我那时已经七十七岁了。我上任后，完全听从亓诗教的指挥，不敢有任何异议，因此我的名声也越来越差了。皇上最终还是看重我的清廉操守，信任我。到了第二年七月，辽东告急，我带领朝臣到文华门，强烈请求皇上亲临朝堂，商议国家大事。“**山河破碎风飘絮，身世浮沉雨打萍。**” 直到傍晚，皇上才派宦官通知我们回去，但重要的军务却依然搁置。我们又上奏催促皇上，还用了很激烈的语言说：“将来要是敌人攻破蓟门，打到皇宫门口，皇上您还能躺在宫里称病推脱吗？”皇上这才有点着急了。我到任期满应该升官，但这事儿却没下文。不久我就去世了，也没得到应有的抚恤。等到光宗皇帝即位，才按照规定追赠了我的官职。熹宗皇帝即位后，又追赠我太子太保。
郑继之，字伯孝，是襄阳人，嘉靖四十四年考中了进士。先是在余干县当县令，后来升迁到户部当主事，然后做到郎中。之后又升任宁国知府，再升四川副使，因为要照顾父母，就回家了。等父母的丧期过了，他很久都不出来做官。
万历十九年，因为给事中陈尚象的推荐，他又出来做官了，先是在江西，后来升任右参政。之后被朝廷召回，当了太仆寺少卿，一步步升迁，最后做了大理卿。东征的战事结束后，吏部尚书李戴建议留下五万五千士兵，让朝鲜承担军费供应。郑继之说：“既然要留下军队，当然应该自己承担军饷，怎么能让已经疲惫不堪的属国负担呢？”大家都很赞同他的意见。他在大理寺做了九年，升任南京户部尚书，又调任吏部尚书。
万历四十一年，吏部尚书赵焕被罢免了。皇上虽然已经厌倦了政事，但是对吏部的选拔却非常谨慎，很久都不任命新的尚书。因为郑继之名望很高，第二年二月，皇上才召他来接替赵焕。郑继之长期在地方任职，没有党羽。但是当时言官们掌握着权力，齐、楚、浙三党尤其嚣张，高级官员的升迁，全凭他们的喜好。郑继之是楚地人，熟悉楚地人的议论，而且已经八十多岁了，年纪大了，脑子也糊涂了，所以就听从党人的摆布。文选郎中王大智是郑继之信任的人。
那年秋天，按照惯例，把御史宋匋、潘之祥，给事中张键，南京给事中张笃敬外放，这些人以前都弹劾过汤宾尹、熊廷弼。按照当时的规定，科道官员外放必须经过都察院吏科同意，但是郑继之没有让他们参与。后来考选科道官员的时候，中书舍人张光房，知县赵运昌、张廷拱、旷鸣鸾、濮中玉本来应该被选上，但是因为他们的意见比较偏向于玉立、李三才，所以就被打压了，改授其他部门的官职。王大智的同僚赵国琦为他说话。王大智很生气，就向郑继之告状，把赵国琦赶走了。
于是御史孙居相、张五典、周起元等人援引以前的惯例争论，并且为张光房等人鸣不平，吏科都给事中李瑾也因为失职上疏弹劾王大智。御史唐世济则偏袒吏部，攻击孙居相等人。孙居相、李瑾很生气，一起上疏弹劾唐世济。给事中、御史们又帮助唐世济攻击孙居相。孙居相再次上疏强烈攻击王大智，王大智于是称病辞职。郑继之也意识到自己的错误，但是没有为自己辩解。
到了第二年二月，胡来朝负责文选，派兵科都给事中张国儒、御史马孟祯、徐良彦出外办事，却连都察院、吏科都没商量一声。张国儒当时已经陪同推举京官了，按规定不应该外派；马孟祯、徐良彦平时又跟当权派不对付，所以胡来朝借此机会打压他们。后来，胡来朝他们也阻止不了。那时候，那些位高权重的宰相们都已经离开了朝廷，只有杨巍一个人还在跟他们对抗，狠狠地批评胡来朝和郑继之。胡来朝他们没办法反驳，他们的同党就想着用人多势众来压倒杨巍，于是很多御史都一起攻击杨巍。杨巍斗争得很激烈，连续三次上奏章。胡来朝他们也连续三次上奏章反驳攻击，言语非常激烈。胡来朝还说：“每年例行的协赞（协助）工作，实际上是执政者在两方之间调停，这不是可以制定规章制度来约束的，请求修改之前的命令。”皇帝对此什么也没处理。杨巍当时正奉命出使，就主动请求离开。那年秋天，给事中梅之焕、御史李若星、张五典在年例之外升官，相关部门事先一点都不知道。吏科韩光裕、御史徐养量稍微提了一下这事，但势单力薄，最终也没能争得过。当时缙云人李鋕担任刑部尚书兼署都察院，也是浙江一党的推举对象。
弘治四十五年，对京官进行考核，郑继之和李鋕负责此事，考功郎中赵士谔、给事中徐绍吉、御史韩浚协助他们。哪些人留任，哪些人被免职，完全取决于徐绍吉他们几个人的意思，郑继之只是负责签字而已。一时间，那些跟当权派意见不合的人，几乎都被贬官或免职了，高级官员中间也掺杂着一些拾遗补缺的人，真正的好官都被排挤得差不多了。郑继之因为年老体弱，多次上奏章请求退休，皇帝总是安慰他，不准他退休。第二年春天，郑继之在皇宫门口叩头，到郊外等待皇帝的旨意。皇帝听说后，就派人让他乘车回家。又过了几年，郑继之去世了，享年九十二岁，追赠少保。
赞曰：张瀚、王国光、梁梦龙都以才能和办事能力著称；杨巍、赵焕、郑继之也都有很高的声望，但当他们掌握了选拔官员的权力后，却都受到了非议。当时政府内部勾心斗角，言官受到压制，这种积弊由来已久，很难改变，但是从公正无私的角度来看，这些人也确实难辞其咎。
