日本，以前叫倭奴国。唐朝咸亨年间开始改名叫日本，因为靠近东海，太阳从这里升起。日本四面环海，只有东北边靠着大山。它分为五畿、七道、三岛，一共一百十五个州，管辖五百八十七个郡。还有几十个小国，都臣服于日本。小的国家方圆百里，大的也不超过五百里。人口少的国家只有几千户人家，多的也不过一两万户。日本国王世世代代都姓王，大臣们也是世袭的官职。宋朝以前，日本和中国一直有往来，不断地进贡朝拜，这些事情史书上都有记载。
只有元朝的时候，忽必烈好几次派使者赵良弼去招降日本，但日本都没来。于是忽必烈就派忻都、范文虎等人率领十万水师去征讨日本，结果到了五龙山就遭遇了暴风雨，全军覆没。后来元朝又多次招降，但日本始终没来，所以元朝到结束也没和日本建立联系。
明朝建立后，朱元璋当了皇帝，平定了方国珍、张士诚的叛乱。一些逃亡的土豪强盗，经常纠集日本海盗，到山东沿海的州县去抢劫。洪武二年三月，朱元璋派使者杨载去日本下诏书，并且质问他们为什么来抢劫，说：“你们应该来朝贡，如果不来，就应该加强防御。如果一定要当海盗，我就派兵去征讨你们，你们自己考虑清楚吧！” 日本国王良怀不听命令，继续到山东抢劫，又去温州、台州、明州等地抢掠沿海百姓，最后还抢到了福建沿海的郡县。
莱州府的同知赵秩，三年三月的时候，奉命去责问倭寇头目良怀。他乘船到了析木崖，想进去，守关的却拦着不让进。赵秩就写信给良怀，良怀这才把赵秩请了进去。赵秩跟良怀讲大明的威德，又念了朝廷责备他称臣不忠的诏书。良怀说：“我们国家虽然在扶桑的东边，但一直都仰慕中原。只是蒙古人和我们这些蛮夷一样，都想让我们做他们的臣子。我祖先不服，就派了一个姓赵的使者来跟我们说好话，话还没说完，十万水军就出现在海岸上了。亏得老天爷显灵，雷霆暴雨，巨浪滔天，一下子就把这支军队全给淹没了。现在新皇帝统治中原，派来的使者也姓赵，难道是蒙古人的后代吗？是不是也要先用好话骗我们，然后再袭击我们呢？”说着，他就示意左右的士兵准备动手。
赵秩一点也不害怕，不慌不忙地说：“我们大明皇帝圣明神武，可不是蒙古人能比的，我也不是蒙古使者的后代。你们要打，尽管来打！”良怀被赵秩的气势镇住了，脸色变了，赶紧下堂迎接赵秩，还非常热情地招待了他。后来，良怀派他的僧人祖来进贡马匹和各种土特产，表示臣服，还送回了被倭寇掠走的明州和台州的七十多个人口。这些人口在四年十月到达京城。太祖皇帝很高兴，设宴款待了倭国使者。考虑到倭国人信奉佛教，可以用佛教来感化他们，于是就派了祖阐、克勤等八位僧人护送使者回国，还赏赐了良怀《大统历》以及丝绸、纱罗等物品。同年，倭寇又袭击了温州。
五年，倭寇又侵扰了海盐、嘉兴浦，还袭击了福建沿海各郡。六年，朝廷任命于显为总兵官，出海巡查倭寇，倭寇又侵犯了莱州和登州。祖阐他们到了倭国之后，就在那里传教，倭国人有不少人开始信奉佛教。但是倭王却傲慢无礼，把他们扣留了两年，直到七年五月才放他们回京。倭寇又袭击了胶州。
话说年轻的时候，良怀跟一个叫持明的人争权夺利，国内因此大乱。那年七月，持明的大臣派僧人宣闻溪等人带着贡品，包括马匹和一些特产，来朝廷上贡，但是却没有正式的国书。皇帝下令把贡品退回去，并且还赏赐了使者，让他们回去。没过多久，持明手下另一个岛屿的守臣氏久，也派僧人带着国书来进贡。皇帝觉得这贡品没有国王的命令，而且不尊奉朝廷的正朔（皇帝的年号），也把贡品退了回去，并且赏赐了使者，还让礼部官员写信，责备他们越权私自进贡的行为。因为他们经常来侵扰抢掠，皇帝又让中书省写信责备他们。
到了九年四月，他们又派僧人圭廷用等人来进贡，并且赔罪。皇帝觉得他们的国书写得一点都不真诚，就下诏书警告他们，按照惯例宴请了使者。之后十二年他们都来进贡。十三年他们再次进贡，但还是没有国书，只拿着他们的征夷将军源义满拿着丞相的信函，信函里的语气还很傲慢。于是皇帝又把贡品退了回去，派使者带着诏书去严厉斥责他们。十四年他们又来进贡，皇帝再次拒绝，命令礼部官员写信责备他们的国王，并且也责备他们的征夷将军，表明了想要征讨他们的意思。
良怀这时候上奏说：臣听说三皇立极，五帝禅宗，只有中华才有天子，难道夷狄就没有君主了吗？天地广大，并非只有一个君主的权力，宇宙宽广，可以分封诸国来共同守护。天下，是天下人的天下，并非一个人的天下啊！我倭国地处偏远，国土狭小，城池不到六十座，疆域不足三千平方公里，尚且知道知足。陛下作为中华的主人，是万乘之君，城池数千座，疆域百万里，却仍然感到不足，常常想着要消灭别人。天要发动杀机，就会改变星辰的运行；地要发动杀机，就会有龙蛇出没；人要发动杀机，就会天地倒转。从前尧舜有德，四海来朝；汤武施行仁政，八方进贡。
我听说天朝有打仗的计划，我们小国也有抵御敌人的策略。论文章，有孔孟的道德文章；论兵法，有孙吴的韬略兵法。我还听说陛下您挑选了精兵强将，组建了强大的军队，来侵略我们的领土。我们这儿水泽遍布，四面环山靠海，早有防备，怎么可能乖乖投降呢？顺从不一定就能活，反抗也不一定就死。咱们在贺兰山前碰个面，玩玩儿兵法游戏，我有什么好怕的？如果你们赢了，我输了，那就满足了你们大国的愿望；如果我赢了，你们输了，反倒成了小国的功劳。自古以来，讲和才是最好的，罢战才能强大，才能避免生灵涂炭，拯救百姓的痛苦。所以我特地派使臣来，恭敬地向陛下您禀报，希望大国能考虑一下。
皇帝收到我的信后非常生气，但最终还是吸取了蒙古的教训，没有出兵。
十六年，倭寇侵犯了金乡和平阳。十九年，他们派使臣来进贡，我们拒绝了。第二年，皇帝命令江夏侯周德兴前往福建沿海的四个郡，考察当地的形势。把那些位置不好的卫所城池搬迁，每三户人家抽一个壮丁当兵，于是修建了十六座城池，增加了四十五个巡检司，一共招募了一万五千多士兵。又命令信国公汤和巡视浙江东部和西部的各个郡县，整顿海防，于是修建了五十九座城池。每四户人家以上抽一个人当兵，一共招募了五万八千七百多士兵，分派到各个卫所，海防力量大大加强了。闰六月，命令福建准备一百艘海船，广东准备两百艘，计划九月在浙江海域联合捕杀倭寇，结果并没有实行。
话说，胡惟庸那小子想造反，想拉日本当帮手。他就跟宁波卫指挥林贤套近乎，然后假装奏报林贤有罪，把他发配到日本去，让他去跟日本天皇和大臣们联络感情。过了一段时间，胡惟庸又奏请恢复林贤的官职，派使者把他召回来，同时秘密给日本国王写信，想借兵。林贤回国后，日本国王就派了个叫如瑶的和尚，带着四百多号人马，假装来进贡，还献上几根特大的蜡烛，里面藏着火药和刀剑。结果，等他们到了，胡惟庸已经完蛋了，这阴谋没得逞。皇上当时也不知道他们的鬼把戏。过了好几年，这事才被揭露出来，皇上把林贤全家都杀了，对日本更是气得不行，决定跟日本断交，一心一意地加强海防。不过呢，那时候日本王子滕祐寿来中国读书，皇上对他还是挺好的。永乐二十四年五月，皇上还特地封他为观察使，让他留在京城。后来，皇上还写了《祖训》，列举了十五个不征讨的国家，日本也在其中。从那以后，日本就不再进贡了，海上的骚扰也渐渐平息了。
朱棣当了皇帝以后，就派使者带着登基诏书去日本。永乐元年，他又派左通政赵居任、行人张洪和和尚道成一起去日本。使者正要出发，日本的进贡使已经到了宁波。礼部官员李至刚上奏说：“按照惯例，外国使臣到中国来，不能私自携带武器卖给老百姓。应该命令有关部门检查他们的船只，凡是违禁的都应该没收，押送到京城。”皇上说：“外国来进贡，路途遥远，非常危险，花费也很大。他们带点东西补贴一下路费，也是人之常情，怎么能用禁令来限制他们呢？至于武器，也允许他们按市价出售，不要阻碍他们向善。”十月，使者到了日本，呈上了王源道义表和贡品。皇上隆重地接待了他们，还派官员和使者一起回国，送给他们道义冠服、龟钮金章以及锦缎、纱罗等礼物。
明年十一月，就要册立皇太子了，得提前准备准备。这时候，对马岛、壹岐岛那些海盗又开始在沿海地区抢劫百姓了，皇上就派人通知他们的国王，让他抓捕这些海盗。那个国王还真听话，带兵把海盗全给剿灭了，还抓了二十个头目，在三年十一月的时候献给了朝廷，顺便还进贡了一批东西。皇上很高兴，就派鸿胪寺少卿潘赐和内官王进，带着九章冕服、钱财、丝绸锦缎等赏赐，去赏赐那个国王，并且把之前献上来的二十个海盗头目都放回去了，让他们自己国家处理。结果使者到了宁波，直接把那二十个海盗头目给蒸死了！
第二年正月，皇上又派侍郎俞士吉带着圣旨去褒奖那个国王，还送去了很多赏赐。皇上还把那个国家的一座山封为“寿安镇国之山”，还亲自写了碑文立在山上。六月，那个国家的使者来谢恩，皇上又赏赐了冕服。五年、六年，他们经常来进贡，还送来抓到的海盗。使者回国的时候，请求赏赐仁孝皇后所著的《劝善》和《内训》两本书，皇上就下令每本书赏赐他们一百本。十一月，他们又来进贡了一次。十二月，他们的太子源义持派人来报丧，说他父亲死了。皇上就派内官周全去祭奠，还追封他父亲为“恭献王”，并且送去了很多祭奠的物品。皇上还派人下诏书，册封源义持为日本国王。这时候，海上倭寇又开始猖狂了，皇上又派人去通知源义持，让他剿灭倭寇。
八年四月，源义持派人来谢恩，并且又送来了抓到的海盗，皇上很高兴。第二年二月，皇上又派王进带着圣旨和赏赐过去，顺便还让他收购一些当地的货物。结果，那个国王和大臣们合谋，想把王进扣留，不让他回去。王进偷偷地上了船，从别的路逃回去了。从那以后，日本就很久没来进贡了。这一年，倭寇袭击了盘石。十五年，倭寇又袭击了松门、金乡、平阳。朝廷抓到几十个倭寇，押解到京城。大臣们建议处死他们。皇上说：“用刑法震慑他们，不如用恩德感化他们，应该把他们送回去。”于是，皇上就命令刑部员外郎吕渊等人带着圣旨去责备他们，让他们悔过自新。那些被倭寇抓走的中国人，也都被送了回来。第二年四月，日本国王派人跟着吕渊等人一起来进贡，说：“海盗太多了，所以进贡的使者没能及时到达。那些无赖小偷，真的不是我管辖的，请皇上原谅我们的罪过，让我们继续进贡吧。”皇上看他们的态度很好，就原谅了他们，礼待使者和以前一样，但是海盗还是没有断绝。
十七年，倭寇的船跑到王家山岛来了，都督刘荣带着精兵，飞快地赶到望海埚。好几千倭寇，分成二十艘船，直接冲到马雄岛，包围了望海埚。刘荣就派伏兵出击，用奇兵截断了他们的退路。倭寇逃到樱桃园，刘荣带兵追上去猛攻，结果斩杀了七百四十二个，活捉了八百五十七个。皇上把刘荣叫到京城，封他为广宁伯。从那以后，倭寇都不敢再打辽东的主意了。二十年的时候，倭寇又去骚扰象山了。
宣德七年正月，皇上想着，四面八方的藩属国都来朝贡了，就日本一直没来进贡，就派官员柴山去琉球，让琉球王转告日本，皇上还赐了他们诏书呢。第二年夏天，日本王源义教派使臣来了。皇上回赠了他们白银和丝绸布匹。秋天，日本使臣又来了。十年十月，英宗皇帝继位，日本又派使臣来朝贡。
正统元年二月，日本使臣回国了，皇上赏赐了他们国王和王后银币。四月，工部说：“宣德年间，日本各国都领到了信符勘合（外交凭证），现在改元了，应该重新发放。”皇上就同意了。四年五月，四十多艘倭寇船，接连攻破了台州的桃渚和宁波的大嵩两个千户所，还攻陷了昌国卫，到处烧杀抢掠。八年五月，倭寇又来侵犯海宁。早些时候，洪熙年间，黄岩人周来保和龙岩人钟普福因为徭役太重，就叛逃投靠了倭寇。倭寇每次来侵犯，他们就充当向导。这次，他们带倭寇去袭击乐清，先上岸侦察。倭寇走后，这两个人在村里要饭吃，结果被抓住了，判了死刑，把他们的脑袋砍下来挂在海边示众。倭寇很狡猾，他们有时候带着土特产和武器，在海边出没，找到机会就拿出武器抢劫，找不到机会就拿出土特产说是来朝贡，东南沿海地区被他们害苦了。
景泰四年，那些日本使臣来进贡，到了临清，就开始抢劫老百姓的货物。有个指挥使去质问他们，结果被他们打得差点死了。负责这件事的官员请求皇上把他们抓起来治罪，但是皇上担心会影响到和日本的关系，所以没答应。
话说早些年，永乐年间，皇上就下令说，日本十年进贡一次，每次来的人不能超过二百个，船不能超过两艘，而且不能带武器，要是违反了，就按海盗论处。当时还赏赐他们两艘船，专门用来进贡。可是后来，日本人根本就不遵守规定了。
宣德年间，朝廷又重新明确了进贡的规定：人不能超过三百个，船不能超过三艘。但是日本人太贪财了，除了进贡的物品，他们私自带的货物比进贡的多了十倍，按照规定，朝廷得给他们付钱。礼部官员说：“宣德年间他们进贡的硫磺、苏木、刀扇、漆器等等，我们当时都按照估价给了他们钱，或者换成布帛，数目并不多，但他们已经赚了不少了。现在如果还按老规矩，得给他们二十一万七千钱，折算成银子也是一大笔。应该大大减少给他们的钱，给他们三万四千七百多两银子就行了。”皇上同意了。
日本使臣很不高兴，要求按照老规矩给钱。皇上又多给了他们一万两银子，他们还是觉得少，又要求多赏赐一些东西。皇上又加给他们一千五百匹布，他们才不情不愿地走了。
天顺年间，日本国王源义政，因为以前派来的使臣得罪了朝廷，皇上已经宽恕了他们。源义政想派使臣来谢罪，但是又不敢直接来，就写信给朝鲜国王，请他帮忙转达。朝鲜国王把这事儿报告给了朝廷。朝廷讨论后，下令让朝鲜仔细核实情况，并且要求朝鲜选派德高望重、懂规矩的人来当使臣，不许他们再像以前那样胡作非为。结果，日本使臣最终也没来。
成化四年夏天，日本派使者进贡马匹来表示感谢，按照惯例隆重接待。这三个通事（翻译）自己说是宁波老百姓，小时候被海盗抓去卖到日本，现在想顺路回家祭拜祖先，我们就答应了。我们还警告他们，不要和使臣一起到家里去，也不要带中国人下海。
十一月份，使臣清启又来进贡，结果在集市上伤了人。有关部门请求处罚他们，皇上把这事交给清启处理，清启奏报说，犯法的人应该按照他们本国的法律处罚，等他们回国后再依法处理。同时，他还主动承认自己没能管束好手下人的责任。皇上最后把他们都赦免了。从那以后，日本使者就更加肆无忌惮了。
成化十三年九月，他们来进贡，请求赏赐《佛祖统纪》之类的书籍，皇上就赏赐了他们《法苑珠林》。使者转达了他们国王的意思，请求额外增加赏赐，皇上就赏赐了他们五万贯钱。成化二十年十一月，他们又来进贡了。
弘治九年三月，日本国王源义高派使者前来进贡，回程到济宁的时候，使者的手下又持刀杀人。当地官员请求处罚，皇上就下令，以后只允许五十个人进京，其余的人留在船上，严加防范。弘治十八年冬天，他们又来进贡，这时武宗已经即位了，按照以前的惯例，朝廷铸造金牌勘合赏赐给他们。
正德四年冬天，他们又来进贡。礼部官员说：“明年正月是大祭祀庆功宴，朝鲜的陪臣在东边第七排，日本以前没有这个先例，请求安排在西边第七排。”皇上同意了。礼部官员又说：“日本进贡以前是用三艘船，现在只有一艘，赏赐的银币，应该按照船的数量来给。而且他们没有国书，要不要赏赐敕令，请皇上裁决。”皇上命令有关部门发文回复他们。
正德五年春天，日本国王源义澄派使臣宋素卿来进贡，那时刘瑾专权，宋素卿送给他一千两黄金，结果被赏赐了飞鱼服，这可是前所未有的事啊！宋素卿是宁波鄞县朱家的人，小名叫缟，从小就学习唱歌。日本使者见到他，很喜欢他，而缟的叔叔朱澄看中了这笔钱，就把缟卖给了日本使者。到了这时候，缟被任命为正使，到了苏州，和朱澄见面了。后来事情败露，按律当斩，但刘瑾庇护了他，说朱澄已经自首了，两人都免于死罪。
正德七年，源义澄再次派使者来进贡，浙江巡抚说：“现在京畿地区和山东盗贼横行，恐怕使者会遭到抢劫，请求把进贡的物品先放在浙江官库，收下他们的国书送往京城。”礼部和兵部商议后，请求让南京守备官员在当地宴请他们，然后送他们回去，进贡的物品都按原价赔偿，不要阻碍外国人向化归顺的心意。皇上同意了。
嘉靖二年五月，朝鲜的贡使宗设到了宁波。没过多久，另一个自称是贡使的素卿和他的手下瑞佐也到了，两人互相争执，说对方是假的。素卿贿赂了宁波市舶司的大监赖恩，在宴会上让赖恩安排自己坐在宗设的上首，还让自己的船先验货放行。宗设气坏了，和素卿他们打了起来，结果瑞佐被杀了，他的船也被烧了。宗设一路追赶素卿，追到了绍兴城下，素卿却逃跑了。素卿的同伙回到宁波，一路烧杀抢掠，还抓了指挥使袁琎，抢了船出海。都指挥刘锦追到海上和他们交战，结果战死了。
巡按御史欧珠把这事儿报告朝廷，还说：“根据素卿的说法，西海那边有很多倭寇，以前都归日本管，根本没有向朝廷进贡的记录。因为进贡的路线必须经过西海，正德年间朝廷的勘合文书都被他们抢走了。没办法，我们只能用弘治年间的勘合文书，从南海走，到了宁波后，我们查问他们，结果就起了冲突。”这奏章递交礼部，礼部讨论后认为：“素卿的话不可信，不应该让他进京。但冲突是宗设挑起的，素卿的同伙死了不少人，虽然素卿以前有通倭的罪名，但已经被前朝赦免了，不用再追究。就下令让素卿回国，同时通知朝鲜国王，让他查查勘合文书有没有问题，再进行处置。”皇帝批准了这个意见。
御史熊兰、给事中张翀又上奏章说：“素卿罪大恶极，不能饶恕，应该一起处罚赖恩、海道副使张芹、分守参政朱鸣阳、分巡副使许完、都指挥张浩。应该关闭海关，停止朝贡，显示我国的威严，挫败倭寇的阴谋。”这事儿正要执行，这时候，宗设的同伙林、望古多罗乘船逃跑了，结果被暴风雨刮到了朝鲜。朝鲜人杀了他们三十多个，活捉了两个，献给了朝廷。给事中夏言建议把这两人押解到浙江，和素卿一起审理。于是朝廷派给事中刘穆、御史王道前往浙江。到了嘉靖四年，案子结了，素卿和林、望古多罗都被判处死刑，关进监狱。过了很久，他们都死在了狱中。
这时候，琉球的使臣郑绳回国，朝廷让他转告日本，让他们抓住宗设，把袁琎和被抢掠的海滨百姓送回来，否则就关闭海关，停止朝贡，再考虑出兵征讨。
话说，九年的时候，琉球的使臣蔡瀚路过日本，日本王源义晴递交了一份信，信里说：“以前我们国家内乱不断，战火连连，所以正德年间的勘合文书没能送到你们朝廷。因此，我们一直拿着弘治年间的勘合文书，请求你们网开一面。希望你们能赐给我们新的勘合文书和金印，让我们像以前一样正常进贡。” 朝廷的礼部官员检查了这份信，发现上面没有印章，就说：“日本人狡猾多诈，不可轻信，应该下令让琉球王转告他们，继续按照以前的规定办事。”
十八年七月，源义晴派来的进贡使者到了宁波，宁波的官员马上把这事儿报了上去。这都十七年没进贡了！朝廷就派巡按御史和三个部门的官员一起，好好查查他们是不是真心实意要归顺朝廷。查清楚了，就按照规定送他们回国，要是查出问题，就让他们原路返回，并且严禁沿海居民和他们私下交易。第二年二月，琉球的进贡使者硕鼎等人到了北京，再次请求朝廷赐予嘉靖年间的新的勘合文书，并且把以前留下的贡品和弘治年间的勘合文书还给他们。礼部讨论后认为：“勘合文书不能轻易发放，必须把旧的收上来，换成新的。进贡的期限是十年一次，人员不能超过一百人，船只不能超过三艘，其他的要求都不能答应。”皇上也同意了这个意见。
二十三年七月，琉球又来进贡了，这次还没到规定的时间，而且也没带国书。礼部官员认为不应该接受，就把他们打发回去了。可这些琉球人一心想做买卖，就赖在海边不肯走。巡按御史高节建议惩罚沿海的文武官员，严厉禁止奸商豪绅和他们私下交易，皇上也同意了这个建议。但是，内地的一些奸商都从中牟利，偷偷地和他们做交易，赚得盆满钵满，这事儿最终也没能彻底解决。
二十六年六月，巡按御史杨九泽上奏说：“浙江的宁波、绍兴、台州、温州都靠海，跟福建的福州、兴化、漳州、泉州几个郡县相邻，倭寇经常骚扰，虽然设立了卫所、城池，还有巡海副使、备倭都指挥，但是海寇出没不定，两地官员互相推诿，很难有效控制。建议像以前一样，特派一位朝廷重臣巡视，统管所有沿海郡县，把所有事情的权力都集中起来，这样命令才能容易执行。”朝廷觉得这个主意不错，就派副都御史朱纨去浙江巡抚，并且兼管福建的福州、兴化、漳州、泉州、建宁五个府的军事。
没过多久，日本国王义晴派使者周良等人提前来进贡，用四艘船，六百人，停留在海上，等着明年的进贡期限。当地官员阻止他们，就说是因为刮风。十一月这件事上报朝廷，皇帝认为他们提前进贡违反了规定，而且船只和人数都超过了额定数量，就下令当地官员把他们遣送回去。十二月，倭寇袭击了宁波和台州两郡，大肆杀戮抢掠，两郡的官员都因此获罪。
第二年六月，周良又请求进贡，朱纨把这件事上报朝廷。礼部说：“日本进贡的时间、船只和人数虽然违反了规定，但是他们的言辞恭顺，离进贡期限也不远，如果完全拒绝，那航海的辛苦就太可惜了；如果稍微宽容一些，就能吸取宗室、大臣以往处理类似事件的教训。应该下令朱纨按照十八年的旧例，只留下五十个人，其余的人留在宾馆，适当赏赐，然后让他们回国。至于互市和防卫的事情，就应该由朱纨妥善处理。”皇帝同意了。
朱纨认为五十个人太少了，就决定留下百人进京。礼部商议后，只赏赐一百人，其余的不赏赐。周良说进贡的船很大，需要五百人才够。中国的商船出海，经常藏匿在岛屿中当海寇，所以多带一艘船防备海寇，并不是故意违反规定。礼部商议后，决定增加赏赐，并且说：“一百人的规定，日本很难遵守，应该根据他们进贡船只的大小，制定相应的规定。”朝廷采纳了这个建议。
日本以前孝宗、武宗两朝的勘合，加起来差不多有两百道。使臣以前进贡请求更换新的勘合时，朝廷都命令他们上缴旧的。到了这个时候，良持拿着弘治年间的十五道勘合，说其他的都被素卿子的儿子偷走了，但抓捕没有成功。正德年间的勘合，留下了十五道作为凭证，而还给了朝廷四十道。朝廷商议，命令以后全部上缴旧的，才允许更换新的，这个奏请也得到了批准。
那个时候，虽然日本国王进贡了，但是日本各岛屿上的倭寇却年年侵扰沿海，沿海地区的奸民也经常勾结他们。王守仁严厉地发布禁令，抓到通倭的人，不待朝廷下令就立刻处斩。因此，浙江、福建的大姓，那些平时跟倭寇有勾结的，都损失了利益，怀恨在心。王守仁又多次向朝廷上奏章，明确指出大姓通倭的情况，所以福建、浙江的人都讨厌他，福建尤其严重。巡按御史周亮是福建人，上疏弹劾王守仁，请求把巡抚改成巡视，削弱他的权力。他在朝中的同党也从中作梗，最终如了他的愿，还夺去了王守仁的官职。他们又罗织罪名说他擅自杀人，王守仁最终自杀身亡。从此以后四年都没有设置巡抚，海禁再次放松，倭寇作乱更加厉害了。
祖制，浙江设立市舶提举司，由宦官主管，驻扎在宁波。海船来了就评估货物价值，控制海贸的权力掌握在上层。到了世宗皇帝时期，朝廷撤销了全国的镇守宦官，也撤销了市舶司，于是沿海的奸商就控制了海贸的利益。起初海贸还是商人主导的，等到严厉禁止通番之后，海贸就转移到了达官贵人家里，欠款也越来越多了。催债催得紧了，就用危言耸听吓唬他们，或者又用好话哄骗他们，说我们最终不会亏欠你们的钱。倭寇损失了本钱回不去，已经非常愤怒，而像汪直、徐海、陈东、麻叶这些大奸臣，平时就在这些地方活动，因为在内地无法得逞，就都逃到海岛上策划阴谋。倭寇听从他们的指挥，引诱他们来寇掠。海上的巨盗，就模仿倭寇的服饰、旗号，分头抢掠内地，没有不发财的，所以倭寇的祸患日益严重，于是朝廷商议重新设置巡抚。嘉靖三十一年七月，任命佥都御史王忬担任浙江巡抚，但局势已经无法控制了。
明朝初期，沿海重要的地方都建立了卫所，配备了战船，还安排了都司、巡视、副使等官员进行严密的管控。可后来太平日子久了，船都破旧了，士兵也少了。真要遇到紧急情况，就只能临时招募渔船来巡逻防守。这些士兵没经过正规训练，船也不是专业的军舰，一看到倭寇的船来了，就吓得四处逃窜，而且上面也没有个指挥作战的领导。所以倭寇想去哪儿就想去哪儿，沿海地区都被他们糟蹋得不成样子。
洪武三十二年（1399年）三月，汪直勾结倭寇大举入侵，几百艘战船遮天蔽日而来。浙江东部、西部，江南北部、南部，沿海几千里地同时告急。他们先攻破了昌国卫。四月又攻陷太仓，攻破上海县，洗劫江阴，进攻乍浦。八月又抢劫了金山卫，攻打崇明岛以及常熟、嘉定。
洪武三十三年（1400年）正月，倭寇从太仓抢掠到苏州，攻打松江，又转向江北，逼近通州、泰州。四月攻陷嘉善，攻破崇明岛，再次逼近苏州，攻入崇德县。六月从吴江抢掠到嘉兴，然后又驻扎在柘林。他们到处乱窜，就像进了无人之境一样，当时的官员根本拿他们没办法。没过多久，当时的官员就被调走了，换上了李天宠，还任命兵部尚书张经负责督促军务。于是朝廷就从各地征集兵力，合力讨伐倭寇。
那时候，倭寇把川沙洼、柘林当作老巢，四处烧杀抢掠。明朝三十四年（1401年）正月，倭寇又乘船攻打乍浦、海宁，攻陷崇德，接着又抢掠塘栖、新市、横塘、双林等地，攻打德清县。五月，倭寇又和新来的倭寇汇合，突然袭击嘉兴，打到王江泾，结果被张经打败，斩杀了一千九百多人，剩下的逃回了柘林。其他的倭寇又去抢掠苏州地区，甚至波及到江阴、无锡，在太湖里进进出出。总的来说，真正的倭寇只占十分之三，其余十分之七都是被他们胁迫的。倭寇作战的时候，会把抢来的人赶到前面当炮灰，纪律非常严明，谁敢逃跑就杀谁，而朝廷的军队却很懦弱，一看到倭寇就溃不成军。
皇帝就派工部侍郎赵文华去监督战况。结果赵文华这个人颠倒黑白，弄虚作假，弄得军队更加涣散。张经和李天宠都被抓了起来，换上了周珫和胡宗宪。一个月后，周珫又下台了，换成了杨宜。
那会儿倭寇势力越来越大，江浙地区到处都被他们糟蹋。新来的倭寇人数更多，也更凶残。他们经常自己烧掉船只，上岸抢劫。从杭州北新关西边抢到淳安，又冲进徽州歙县，一直打到绩溪、旌德，经过泾县，奔向南陵，最后到达芜湖。他们烧了南岸，跑到太平府，袭击江宁镇，直接打到南京城下。倭寇穿着红衣黄帽，带领大批人马攻打大安德门，又打到夹冈，然后朝秣陵关方向逃窜，沿途抢劫溧水、溧阳、宜兴。听说官兵从太湖出来了，他们就越过武进，到达无锡，驻扎在惠山。一天一夜奔跑了180多里，到达浒墅。结果被官军包围，追到杨林桥，全军覆没。这次战斗，倭寇不过六七十人，却在数千里范围内烧杀抢掠，造成几千人伤亡，打了八十多天才剿灭，这事发生在三十四年九月。
应天巡抚曹邦辅把战捷报告朝廷，但文华却嫉妒他的功劳。因为倭寇的老巢在陶宅，于是文华调集了浙江、直隶的军队，亲自和宗宪一起带兵前去剿匪。他还约好曹邦辅一起合力围剿，分兵前进，在松江砖桥扎营。倭寇集中精锐部队猛攻，结果官军大败，文华吓得魂飞魄散，倭寇更加嚣张。十月，倭寇从乐清上岸，一路抢劫黄岩、仙居、奉化、余姚、上虞，被杀被抢的人数不计其数。最后在山乘县被歼灭，也不过不到两百人，然而他们深入三府地区，打了五十天才平定。还有一支倭寇，从山东日照出发，一路抢劫东安卫，打到淮安、赣榆、沭阳、桃源，在清河遇雨受阻，被徐州、邳州的官兵消灭，也不过几十人，却流窜千里，杀戮千余人，可见他们的凶残。而文华自从砖桥战败后，看到倭寇势力如此强大，就从柘林搬到周浦，和驻扎在川沙老巢和嘉定高桥的倭寇相安无事，其他地方天天都遭到倭寇侵扰，文华于是就借口倭寇平息了，请求回朝。
明年二月，胡宗宪接替了前任浙江巡抚，阮鹗也去浙江任职了。然后胡宗宪就请求朝廷派使者去日本，命令他们管束海盗，招回那些勾结日本人的奸商，并且答应他们立功就能免罪。朝廷批准了，于是就派宁波的秀才蒋洲和陈可愿去日本。
陈可愿回来后汇报说，他到了日本五岛，遇到了汪直和毛海峰。他说日本国内正在打仗，国王和他的大臣都死了，各个岛屿之间也不互相统辖，必须挨个去劝说才能阻止他们来犯。他还说，有个叫萨摩岛的地方，虽然已经扬帆出海来抢劫了，但那不是他们的本意，他们想和我们通商，愿意杀掉海盗来表示效忠。于是，胡宗宪就留下陈可愿在萨摩岛去劝说各个岛屿，而把陈可愿送了回来。
胡宗宪把这件事报告给了朝廷，兵部说：“汪直他们本来就是我们的百姓，既然他们说要效忠，那就应该放下武器。可是他们却只字不提要放下武器，只要求通商，这意思好像是要我们承认他们是属国一样，他们的奸诈用心不可测。应该命令总督振奋国威，严加戒备。应该给汪直他们下命令，让他们剿灭舟山的海盗窝点来证明他们的忠诚。如果真的能清除海疆，朝廷自然会有赏赐。”朝廷采纳了兵部的建议。
那时候，浙江两地都被倭寇侵扰，慈溪被烧杀抢掠的情况尤其惨烈，余姚次之。浙西的柘林、乍浦、乌镇、皂林等地，都是倭寇的巢穴，前后入侵的倭寇有两万多人。朝廷命令胡宗宪赶紧想办法。
七月，胡宗宪汇报说：“海盗头子毛海峰自从陈可愿回来后，一次在舟山打败了倭寇，又一次在沥表打败了他们，他还派他的同伙去劝说各个岛屿，大家一起表示效忠，请求朝廷重重赏赐。”兵部命令胡宗宪根据情况自行处理。
那时候，徐海、陈东、麻叶正联合军队包围桐乡，胡宗宪用计策离间他们，徐海于是抓住了陈东和麻叶投降，并在乍浦消灭了他们的其余军队。没过多久，又在梁庄打败了徐海，徐海也投降了，他的余党全部被消灭。江南、浙西的倭寇基本平定，但是北方的倭寇却侵犯了丹阳，抢掠了瓜洲，烧毁了漕船。来年春天，他们又侵犯了如皋、海门，攻打通州，抢掠扬州、高邮，进入宝应，最后侵犯了淮安府，聚集在庙湾，一年后才被攻克。而浙江东部的倭寇则盘踞在舟山，也先后被官军袭击。
首先，蒋洲到各个岛屿传达朝廷的旨意，结果在丰后岛被扣留了。然后，他让僧人去山口岛等地传达禁令，维持秩序。
山口岛的都督源义长，就派人送回了被抢掠的人口，而且送来的公文还盖着国王的印章呢。丰后岛太守源义镇，也派僧人德阳等人送来礼物，上表谢罪，请求朝廷发放勘合，好继续进贡，并且把蒋洲送了回来。
之前杨宜派出去的海上侦察员郑舜功，到了丰后岛，岛主也派僧人清授带着船只前来谢罪，说之前那些侵犯行为，都是一些中国奸商偷偷唆使岛上的居民干的，义镇他们其实并不知道。
然后，宗宪就把这件事详细地报告给了朝廷，他说：“蒋洲出使两年，只去了丰后和山口两个岛，有的送来贡品却没有印信和勘合，有的有印信却没写国王的名字，这些都违反了朝廷的规定。但是，他们既然送来了贡品，又送回了被抢掠的人口，这分明就是害怕犯罪，想要请求朝廷开恩的意思嘛！所以，应该礼貌地送走他们的使者，并让他们转告义镇、义长，再由他们转告日本国王，把那些煽动叛乱的坏蛋，还有那些中国奸商都抓起来送来，这样才能允许他们继续进贡。”
皇上批准了他的建议。
汪直当时占据着海岛，他和他的同伙王滶、叶宗满、谢和、王清溪等人，各自拉拢倭寇，称霸一方。朝廷甚至悬赏伯爵爵位和万金，想买他的脑袋，但最终也没能抓到他。到了这个时候，内地官兵已经有所准备，倭寇虽然还很猖狂，但也都被多次剿杀，甚至有些岛屿上一个人都没留下，纷纷怨恨汪直，汪直自己也渐渐感到不安。
胡宗宪和汪直是同乡，他把汪直的母亲和妻儿都安置在杭州，还派蒋洲带着家信去招降他。汪直知道家人安然无恙，心里有点动摇了。义镇等人答应开放中国市场进行互市贸易，这也让汪直很高兴。于是，汪直就准备了一艘大船，派他的手下善妙等四十多人跟着他来进行贸易，在嘉靖三十六年十月初，到达舟山的岑港。当地将领以为他们是来入侵的，就摆开阵势准备战斗。汪直就派王滶去见胡宗宪，说：“我们是来进行友好贸易的，为什么摆兵列阵来对付我们？”王滶，就是毛海峰，是汪直的养子。胡宗宪热情地慰问他们，并指天发誓说绝对没有恶意。
不久，善妙等人见了舟山的副将卢镗，卢镗却下令捉拿汪直献上。这件事泄露了，汪直更加怀疑胡宗宪。胡宗宪想尽办法解释，但汪直始终不信，说：“如果你真的没有恶意，那就放王滶回来，我再亲自去见你。”胡宗宪立刻放回了王滶。汪直又要求派一位高官做人质，胡宗宪就派指挥夏正前往。汪直这才相信了，于是就和叶宗满、王清溪一起前来。胡宗宪非常高兴，热情地接待了他们，还让他们去杭州拜见巡按御史王本固，王本固把他们当作下属看待。王滶等人听说后，非常愤怒，他们肢解了夏正，烧毁了船只，登上山头，占据岑港坚守。
一年多后，倭寇大举入侵，多次侵扰浙江东部的三个郡县。他们在岑港登陆后，慢慢转移到柯梅，建造新船出海，而宗宪却没去追击他们。十一月，倭寇扬帆南下，停泊在泉州的浯屿，洗劫了同安、惠安、南安等县，进攻福宁州，攻破了福安、宁德。第二年四月，他们包围了福州，围困了一个多月都没攻下。福清、永福等地的城池都被攻破摧毁，倭寇的势力蔓延到兴化，又四处流窜到漳州。祸患全部转移到了福建，而潮州、广东等地也纷纷报告倭寇入侵的消息。到了嘉靖四十年，浙江东部和长江以北的倭寇陆续被平定。宗宪随后因为罪责被逮捕。
第二年十一月，倭寇攻陷了兴化府，大肆杀戮抢掠，然后占据平海卫不肯离开。一开始，倭寇入侵浙江时，攻破的州县卫所城池数以百计，但是还没有攻破过府城。这次攻陷兴化府，远近都震惊了，朝廷紧急征调俞大猷、戚继光、刘显等将领联合出击，最终击溃了倭寇。倭寇侵犯其他州县的情况，也被各路将领一一平定，福建也恢复了平静。
之后，广东的大股倭寇曾一本、黄朝太等人，都勾结倭寇为其助阵。隆庆年间，他们攻破了碣石、甲子等卫所。接着，他们侵犯化州石城县，攻陷了锦囊所、神电卫。吴川、阳江、茂名、海丰、新宁、惠来等县，都被倭寇焚烧抢掠。倭寇势力又蔓延到雷州、琼州、崖州三郡，这些地方也遭受了他们的侵害。万历二年，倭寇再次入侵浙江的宁波、绍兴、台州、温州四郡，又攻陷了广东的铜鼓石双鱼所。三年侵犯电白，四年侵犯定海，八年侵犯浙江韭山以及福建的澎湖、东涌。十年侵犯温州，又侵犯广东。十六年再次侵犯浙江。但是这时，地方官吏吸取了嘉靖年间倭患的教训，加强了海防，倭寇每次来犯都遭到失败。
侵犯广东的倭寇，是被蜒贼梁本豪勾结引诱来的，势力尤其猖獗。总督陈瑞率领大军讨伐，斩杀倭寇一千六百多人，击沉倭寇船只一百多艘，梁本豪也被斩首。皇帝为此祭告郊庙，宣告捷报并接受祝贺。
话说日本以前有个国王，下面官职最高的是关白。当时，山城州的织田信长担任关白。有一天，信长出去打猎，碰见一个人躺在树底下睡觉。信长把他吓了一跳，两人起了冲突，信长就把这个人抓起来审问。那人自己说是平秀吉，是萨摩州的一个奴隶，说自己身强力壮，反应敏捷，而且很会说话。信长很高兴，就让他给自己放马，给他起了个外号叫“木下”。
后来，秀吉逐渐得到重用，他为信长出谋划策，帮助信长夺取了二十多个州，最后当上了摄津镇守大将。有个叫阿奇支的参谋得罪了信长，信长就命令秀吉带兵去讨伐他。结果信长很快就被自己的手下明智光秀给杀了，而秀吉正巧在攻灭阿奇支，听到这个消息后，他和部将丰臣秀长等人乘胜回兵，杀了明智光秀，他的名声更加响亮。接下来，秀吉废除了信长的三个儿子，自己僭称关白，掌握了信长的全部势力，这已经是明朝万历十四年了。
从那以后，秀吉更加努力地整顿军队，征服了六十六个州，还威胁琉球、吕宋、暹罗、葡萄牙等国家，都让他们进贡。他把国王住的山城改名为大坂，大兴土木，建造城墙、宫殿，宫殿的楼阁有的高达九层，里面堆满了妇女和珍宝。秀吉的统治非常严厉，军队作战只许前进不许后退，违反命令的人，即使是他的亲戚子女，也要被处死。因此，他的军队所向无敌。他改元为文禄，并且想要侵略中国，灭掉朝鲜，然后占领朝鲜。
秀吉召见以前汪直的余党，了解到中国人很害怕日本人，就像害怕老虎一样，这更加让他骄傲自大。他更加大力地制造兵器，修造船舰，和他的手下商量，计划入侵中国北京，打算利用朝鲜人做向导；入侵浙江、福建沿海地区，则打算利用中国人做向导。他担心琉球泄露他的计划，就禁止琉球进贡。
有个同安人叫陈甲，在琉球经商。他害怕因此而受到中国的惩罚，就和琉球的长史郑迥商量，趁着进贡的时候请求朝廷封赏，并把秀吉的侵略计划报告给了朝廷。陈甲随后回到家乡，把这件事告诉了福建巡抚赵参鲁。赵参鲁把这件事上报朝廷，兵部又转呈给朝鲜国王。朝鲜国王只是极力否认做向导的诬告，也不知道秀吉已经计划要侵略他们了。
一开始，丰臣秀吉征集各地的兵力，搜刮三年份的粮食，打算亲自带兵侵略中国。结果他儿子死了，又没有兄弟，之前还抢了丰后岛主的妻子做妾，担心留下后患。各地将领都怨恨秀吉的暴政，纷纷说：“这根本不是要打大唐，而是要打我们啊！” 大家各怀鬼胎，所以秀吉不敢亲自出征。
二十年四月，秀吉就派出了他的将领加藤清正、小西行长、立花宗茂，以及僧人玄苏、宗义智等人，率领数百艘战船，从对马岛出发渡海入侵朝鲜釜山。他们一路势如破竹，五月就渡过了临津江，攻占了开城，又分别攻陷了丰德等郡。朝鲜军队望风而逃，加藤清正等人很快就逼近了汉城（王京）。朝鲜国王李昖丢下城池逃往平壤，又逃到义州，不断派使者四处求救。日本军队攻入汉城，抓走了朝鲜王妃和王子，一路追击到平壤，沿途烧杀抢掠。七月，明朝派副总兵祖承训前去救援，在平壤城外与日军作战，结果大败，祖承训侥幸逃生。八月，明朝任命兵部侍郎宋应昌为经略，都督李如松为提督，统兵讨伐日军。
那时候，宁夏还没平定，朝鲜又出了事，兵部尚书石星束手无策，就招募能够说服日本人的人去打探消息。这时，嘉兴人沈惟敬主动请缨。石星就给他一个游击将军的虚衔，把他送到李如松的军队里。第二年，李如松在平壤取得了大胜，朝鲜失去的四道都收复了。李如松乘胜追击，到了碧蹄馆却战败，不得不退兵。于是，双方开始讨论朝贡之事，明朝利用沈惟敬促成了和谈，具体情况可以参考《朝鲜传》。过了很久，丰臣秀吉死了，日本军队纷纷扬帆回国，朝鲜的危机也解除了。但是，从丰臣秀吉入侵朝鲜开始，前后七年时间，明朝和朝鲜损失了数十万军队，耗费了数百万军费，却始终没有取得决定性的胜利。直到丰臣秀吉死后，战争才结束，日本军队都退回了岛上，东南地区才稍微安定了一些。丰臣秀吉死后，他的后代只传了两代就灭亡了。
整个明朝时期，禁止与日本通商的政策非常严格，老百姓甚至指着日本人骂，还吓唬小孩子说日本人坏话。
