话说当年明成祖朱棣迁都北京后，为了把南方粮食运到北京，就修建和利用了漕河，这可是个大工程！ 他沿用了元朝的老路子，既走水路，又走陆路，还用上了海运。后来会通河开通了，海陆运输就都停了。
这漕河啊，南边从江口一直到北边的通州大通桥，足足三千多里长！ 具体来说，从昌平神山泉那边的水汇聚到北京城，然后经过大通桥，东边流到通州，再进入白河，这就是大通河。从通州往南到天津直沽，和卫河汇合入海，这是白河。从临清往北到直沽，和白河汇合入海，这是卫河。从汶上南旺分流，一部分往北经张秋到临清，和卫河汇合；一部分往南到济宁的天井闸，和泗水、沂水、洸水汇合，这是汶河。从济宁的天井闸出来，和汶河汇合，到南阳新河，以前是从茶城出来，和黄河、沁河汇合后到夏镇，沿着泇河到直口，进入黄河参与运输，这些水包括泗水、洸水、小沂河和山东的其他泉水。从茶城秦沟往南，经过徐州、吕梁、浮梁，和沂河汇合，到清河县进入淮河，然后从直河口到清口，这是黄河水。从清口往南到瓜州、仪征，这是淮河、扬州等地的湖水。过了这里就是长江了。长江以南，就是松江、苏州、浙江的运河道了。
淮河、扬州到京口以南的河，都叫转运河；从瓜州、仪征到淮安的，又叫南河；从黄河到丰县、沛县的，叫中河；从山东到天津的，叫北河；从天津到张家湾的，叫通济河；总的来说，都叫漕河。 不光这些，北京城东边的蓟州，西北边的昌平，以前也都有河通到北京，方便运送军需物资呢！
漕河呢，还有好多名字，比如白漕、卫漕、闸漕、河漕、湖漕、江漕、浙漕，这些名字都是根据地方来的，老百姓都这么叫。淮河、扬州一带的水汇聚的地方，徐州、兖州河流经过的地方，都需要疏通、挖掘、排涝，全靠人力，所以闸口、河道、湖泊对漕运特别重要。
话说这会通河，就是咱们说的闸漕。它北边一直到临清，跟卫河交汇；南边从茶城口出去，跟黄河交汇。它汇集了汶水、洸水、泗水，还有山东各地的泉水。这些泉水呢，主要有五个来源。
第一个叫分水，是汶水支流，有145眼泉；第二个叫天井，是济河支流，有96眼泉；第三个叫鲁桥，是泗河支流，有26眼泉；第四个叫沙河，是新河支流，有28眼泉；第五个叫邳州，是沂河支流，有16眼泉。这些泉水汇聚在一起，形成了好几个湖泊，一共十五个。
其中，南旺湖最大，还有东西两个湖，周长加起来超过一百五十里，运河就从这湖中间穿过。往北是马蹋湖，往南是蜀山湖、苏鲁湖，再往南是马场湖。再往南八十里是南阳湖，也叫独山湖，周长七十多里；北边是安山湖，周长八十三里；南边是大昭阳湖和小昭阳湖，大昭阳湖长十八里，小昭阳湖只有它三分之一大，周长八十多里。从马家桥留城闸往南，还有武家湖、赤山湖、微山湖、吕孟湖、张王湖等等，这些湖连在一起，长达八十里。薛河的水从地浜沟流出来，汇入赤龙潭，最终也流向茶城。
从南旺分水往北到临清，三百里路程，地势下降九十尺，一共修建了二十一个闸；往南到镇口，三百九十里路程，地势下降一百零六尺，一共修建了二十七个闸。除了这些，还有积水闸、进水闸、减水闸、平水闸等等，一共五十四个。另外还有二十一个坝，这些坝是为了防止运河泄水，辅助闸门使用的。后来又开凿了泇河，长二百六十里，修建了十一个闸和四个坝。运河的船只不用到镇口，就能在董沟与黄河交汇。
河漕就是黄河，从黄河上游的茶城和会通河交汇处，一直到下游的清口和淮河交汇处。黄河的漕运路线有三条：中间那条叫浊河，北边那条叫银河，南边那条叫符离河。南边靠近泗州，北边靠近运河，只有中间那条路离泗州远，对运河有好处。但是黄河水流变化无常，上游经常决堤，下游经常淤塞。
运河是从南往北走的，从清口出来，经过桃县、宿迁，然后逆着洪泽湖的两条支流而上，进入镇口，要翻越五百多里的险峻山路。从洪泽湖的两条支流往上，黄河和漕运就没什么关系了。直到泇河开通，洪泽湖的两条支流才被避开；董沟开通后，直河又淤塞了。运河利用黄河的河段只有二百六十里，董沟以上，黄河就不再影响漕运了。
湖漕呢，是从淮安到扬州，三百七十里路，地势低洼，积水成泽。山阳有管家湖、射阳湖，宝应有白马湖、氾光湖，高邮有石臼湖、甓社湖、武安湖、邵伯湖等等。这些湖泊向上连接着上游的水流，旁边又靠近山上的水源，大大小小的湖泊连成一片，从五塘一直通到长江。为了防止淮河水东侵，人们修建了高家堰来阻挡淮河上游的水，又修建了王简堤和张福堤来防止淮河的分流。为了防止淮河侵犯而影响漕运，人们还开挖了淮安的永济河、高邮的康济河、宝应的弘济河这三条河来方便船只通行。到了扬子湾东边，漕运路线就分成了两条：一条从仪真通到江口，用来把漕运物资运往江湖广阔的江西；另一条从瓜洲通到西江嘴，用来把漕运物资运往长江下游的两浙地区。湖漕本来就不是黄河水道，而是专门利用这些湖泊的水路，所以才叫湖漕。
朱元璋起兵北伐的时候，就开凿了蹋场口和耐牢坡，开通了漕运来供应梁、晋两地的军队。定都应天之后，漕运就更加通畅了：江西、湖广的粮食，直接沿长江运下来；浙西、吴中地区的粮食，经由转运河运输；凤阳、泗州的粮食，沿淮河运送；河南、山东的粮食，则经黄河运送。曾经还从开封运粮食，逆着黄河而上到达渭河，供应陕西；也用海运来供应辽东的军队，因此西北地区很少出现粮草供应不足的情况。在淮安和扬州之间，人们修建了二十多里的高邮湖堤，又开挖了四十里的宝应倚湖直渠，并修建堤坝加以保护。其他的零星修缮，对漕运影响都不大。
永乐四年，朱棣皇帝让平江伯陈瑄负责漕运，一条路线是走海路，另一条路线是走淮河，然后进入黄河，到达阳武，再陆运一百七十里到卫辉，最后再走卫河，这就是所谓的“陆海兼运”。海运风险很大，陆运也很辛苦。
九年二月，皇帝采纳了济宁州同知潘叔正的建议，命令尚书宋礼、侍郎金纯、都督周长浚一起疏通会通河。这会通河啊，是元朝漕运的老路子了，元朝末年就废弃不用了。洪武二十四年，黄河在原武决堤，洪水漫过安山湖往东流，把会通河都给淤塞了，直到现在才重新疏通。从济宁到临清，一共三百八十五里，把汶河和泗河的水都引进去了。泗河发源于泗水陪尾山，四个泉眼同时涌出，往西流到兖州城东，和沂河汇合。汶河有两条：小汶河发源于新泰宫山脚下；大汶河发源于泰安仙台岭南，也发源于莱芜原山阴和寨子村。两条河都在静丰镇汇合，绕过徂徕山北面，小汶河在那里汇入大汶河。然后经过宁阳北堈城，往西南流一百多里，到达汶上。汶河有个支流叫洸河，发源于堈城西南，流淌三十里，汇集宁阳的许多泉水，流经宁阳东部，和泗河汇合。元朝初期，毕辅国在堈城汶河西岸修建了斗门，把汶河的水引到洸河里。到元朝中期，又开凿了一条支流，往北流入济河，从寿张到临清，连接漳河、御河，最终通向大海。
南旺啊，那是南北的水路分界线。从南旺往南走，离济宁九十里地，汇合了沂河和泗河的水，一起流向济宁；从南旺往北走，离临清三百多里，中间没有别的河流，就只靠汶河了。当时礼部尚书白英策，在东平戴村筑坝，拦住汶河不让它流进洸河，而是全部流向南旺，并在南北两边设置了三十八座闸门。他还开凿了一条新河，从汶河上游袁家口往左拐，向北走了五十里，到达寿张的沙湾，用来连接原来的河道。那年秋天，礼部尚书回京了，他又请求疏通东平东边沙河淤塞的三里河道，并在那里筑起堤坝，把马常泊河流的水引到会通河里，用于漕运。还在汶河沿岸的汶上、东平、济宁、沛县等地的湖泊附近，设置了水柜和陡门。漕河西边的叫水柜，东边的叫陡门，水柜用来蓄水，陡门用来泄洪。他还彻底疏浚了贾鲁河的旧河道，把黄河的水引到塌场口，与汶河汇合，然后经徐州、吕梁地区流入淮河。这样，漕运的通道就确定下来了。
宣宗皇帝在位的时候，曾经调动十二万军民，疏浚了济宁以北从长沟到枣林闸一百二十里的河道，在浅水处设置闸门，疏通湖塘，引来山泉水。正统年间，疏浚了滕州和沛县淤塞的河道，又在济宁、滕州、三州县疏通泉水，设置闸门，还把金口堰的土坝改成了石坝，蓄水来供应会通河的漕运。景帝时期，增加了从济宁到临清的减水闸。天顺年间，拓宽了临清的旧闸，向后移动了五十丈。宪宗时期，修筑了汶上、济宁决堤的一百多里河堤，增加了南旺上闸、下闸和安山闸三座闸门。还命令工部侍郎杜谦勘察治理汶河、泗河、洸河的水利工程。武宗时期，又增加了汶河上游袁家口和寺前铺的石闸，疏浚了南旺八十里的淤塞河道，至此，漕河的治理工作就比较完善了。但是，一旦河水决堤，就会冲毁漕河，这是最大的危害。
陈瑄负责漕运的时候，在湖广和江西造了三千艘平底浅船。两省还有江浙的粮食，都通过长江运进来，到淮安新城，再经过五个坝子过淮河。仁义两个坝子在城东门外东北方向，礼智信三个坝子在城西门外西北方向，都是从城南引水到坝口，坝子外面就是淮河。清江浦呢，就在淮安城西，永乐二年曾经修过一次闸门。可是闸口淤塞了，漕运的船只能走仁义二坝，官民商船只能走礼智信三坝进淮河，运输非常辛苦。陈瑄就问当地老人，老人说：“淮安城西的管家湖西北边，离淮河的鸭陈口只有二十里，跟清江浦差不多位置，应该挖条河，引管家湖的水来通漕运，这可是宋朝乔维岳开挖的沙河旧渠啊！”陈瑄于是就开挖了清江浦，把水从管家湖引到鸭陈口，再到淮河。永乐十三年五月，工程完工了。沿着管家湖修建了十里长的堤坝来引导船只。在淮河口设置了四个闸门，分别叫移风闸、清江闸、福兴闸、新庄闸。按时开关闸门，严格管理。他还疏浚了仪真河和瓜洲河，使之沟通长江和太湖，开凿了吕梁、百步两个泄洪口来调节水位，还开通了泰州的白塔河，使之通往长江。修建了高邮河的堤坝，在堤坝里面又挖了四十里的渠道。过了一段时间，他又在吕梁石设置了闸门，并且修建了宝应、氾光、白马等湖泊的堤坝，这些堤坝上都设有涵洞，可以互相灌溉。
那时候，淮安、徐州、济宁、临清、德州都建了仓库转运粮食。在河边建了五百六十八处房屋，安置纤夫拉船。如果水流不畅，船只搁浅，就让他们帮忙引导船只通行。他还增加了三千多艘浅船。设置了徐州、沛县、沽头、金沟、山东、谷亭、鲁桥等闸门。从那时起，漕运就能直接到达通州，海运和陆运就都废弃不用了。宣德六年，采纳御史白圭的建议，疏浚了金龙口，引河水到达徐州，方便漕运。宣德末年到英宗初年又再次疏浚，还疏浚了凤池口水、徐州和吕梁的泄洪口、西小河，使河道更加畅通。从永乐、宣德到正统年间，前后几十年，漕运都非常通畅。到正统十三年，黄河在荥阳决堤，东边冲垮了张秋，冲毁了沙湾，漕运通道才开始受损。朝廷就命令大臣们去堵塞决口。
景泰三年五月，黄河大堤终于修好了。可还没过一个月，北马头又决堤了，河水往东流去。清河的训导官唐学成说：“河水在沙湾决堤，临清都快没水了。因为地势低洼，堤坝又薄弱，黄河水流又急，所以堤坝刚修好就又决堤了。从临清到沙湾有十二个闸口，平时水流就非常湍急。建议在临清以南疏浚月河，让船只可以直接到达沙湾，不用再经过那些闸口，这样水流就会缓和下来，漕运也能顺利进行。”皇帝马上就命令唐学成和山东巡抚洪英一起勘察规划。工部侍郎赵荣却说：“沙湾到张秋岸这边地基薄弱，所以经常决堤。建议在决堤的地方修建减水石坝，让一部分河水流进盐河，这样运河的水位就能控制住了。然后再加固堤坝，填补决口，这样以后就不会再出问题了。”
第二年四月，决口才刚刚修好，减水坝和南边的分水墩就先垮了。接着，堤岸、桥梁都被冲毁了，北马头再次决堤，河水涌进了盐河，运河的船只全都堵住了。教谕彭埙建议修建闸门控制水流，开挖新河分流上游的水。御史练纲也上书提出了这个方案。皇帝下令让尚书石璞负责此事。石璞就开挖了三里的河道，避开决口处，然后把新河道与运河连接起来。那一年，漕运的船只无法通行，皇帝就命令漕运总兵官徐恭把粮食先送到东昌和济宁的仓库。到了第二年，运河还是跟以前一样淤塞严重。徐恭和都御史王竑说：“漕运的船只在临清上下堆积如山，请求赶紧下令让都御史徐有贞去堵塞沙湾的决口。”徐有贞不同意，而是提出了三个方案：修建水闸，开挖分水河，疏通运河。
景泰六年三月，皇帝下令召集大臣们商议解决的办法。工部尚书江渊等人建议动用五万官兵疏浚运河。徐有贞担心动用军队花费太大，建议恢复陈瑄以前的办法，雇佣民工疏浚河道，用沿河州县的百姓，免除他们的徭役。
五月，浚漕工程完工了。七月，沙湾决口那边的工程也结束了，河道恢复了畅通，一切平安无事。都御史陈泰治理了淮河和扬州的漕河，修筑了河口，设置了拦河坝。黄河曾经把新庄闸到清江浦三十多里的地方都淹没了，河道淤塞，影响漕运，稍微疏浚一下，又恢复了原来的样子。
英宗皇帝刚登基的时候，命令官员督办漕运，把济宁分成了南北两段，郑辰侍郎负责南段，贾谅副都御史负责北段。成化七年，朝廷又讨论决定，把漕河分成沛县以南、德州以北和山东三段，分别委派曹郎和监察御史专管，还请求选派有经验的大臣总管漕运。于是，就命令侍郎王恕担任总河。成化二十一年，皇帝下令工部侍郎杜谦疏浚运河，从通州一直到淮河、扬州，同时让山东、河南的巡抚和按察使一起勘察规划，负责工程的实施。
弘治二年，黄河又在张秋决堤，冲毁了会通河，朝廷就派户部侍郎白昂去治理。白昂上奏说，金龙口决口的地方已经淤塞了，黄河变成了一条大支流，从祥符经过沁水，流到徐州去了。这段河道又浅又窄，建议在经过的七个县修筑堤岸来保护张秋。工部讨论后，采纳了他的建议。白昂还说，漕船经过高邮甓社湖经常出事，建议在堤坝东边开一条四十里长的河道，绕过甓社湖，让船只顺利通行。过了四年，黄河又决了好几处，冲进了运河，破坏了张秋东边的堤坝，把汶水的水都冲进了大海，漕运完全中断。当时工部侍郎陈政负责总管河道，他召集了十五万民夫，可是治理还没见效，他就去世了。
六年春天，朝廷派副都御史刘大夏去治理黄河。到了夏天，运粮的船只密密麻麻地聚集在那里，刘大夏就先从决口西岸开凿了一条叫月河的河道来疏通漕运。
他忙活了两年，终于把张秋决口堵上了，还在黄陵冈上游又修筑了堤坝。这样一来，黄河又往南流了，漕运也畅通无阻了。于是，人们把张秋改名叫安平镇，还建了一座庙宇，赐名为“显惠神祠”，并让大学士王鏊写篇文章记述这件事，刻在石头上。与此同时，白昂在高邮开凿的复河工程也完成了，朝廷赐名“康济”，还在它的西岸用石头砌了堤坝。他还用石头加固了高邮堤，从杭家闸到张家镇，一共三十里。这高邮堤啊，是洪武年间修建的，陈瑄在旧堤的基础上加高加固，一直延伸到宝应，当地老百姓一直叫它“老堤”。正统三年，人们用石头替换了原来的土堤。成化年间，朝廷又派官员在高邮、邵伯、宝应、白马四湖老堤的东边修筑了重堤。
而王恕担任总河的时候，负责修缮淮安以南的几处决堤，还疏浚了淮河和扬州漕河。他减轻了湖区百姓因为私自开挖水田灌溉而受罚的负担，还建造了闸门，用石头堵住，用来储存湖水。自从刘大夏堵住张秋决口，白昂又开通了康济河之后，黄河上下二十多年都没发生过大的水患。
十六年前，巡抚徐源说：“济宁地势最高，必须引来上游洸水来灌溉，洸水的河口在堈城石濑之上。元朝的时候修建了土闸和堰，让水全部流入南旺湖，再分流到南北运河。成化年间，用石头代替了土。土堰的好处是，水少的时候可以拦住水流入洮河，水大的时候可以关闭闸门防止沙子堵塞，让多余的水漫过堰向西流。自从改成石堰后，水就泛滥了，石堰坏了，老百姓的田地也被冲毁了。洸河被沙子堵塞了，虽然有闸门，也压不开。请求拆掉石堰恢复土堰，疏通洸河口被堵塞的地方，让水流到济宁，并在堈城往西的春城口子决堤。”
皇上命令侍郎李遂去实地考察，李遂说：“堈城石堰，一方面可以阻止淤沙，避免危害南旺湖；另一方面可以减缓水势，避免冲毁戴村坝，不应该拆除。石堰附近淤积的沙子，应该疏浚。堈城稍东有个元朝旧闸，可以引洸水进入济宁，然后连接徐州、吕梁的漕河。东平州戴村，是汶水入海的旧河道。从永乐年间开始，在那里修建了一道坝，拦住汶水流入南旺湖，漕河才得以通航。现在从分水龙王庙到天井闸九十里，水位有三丈多高，如果洸河再加深疏浚，那么汶水就会全部流向济宁南部，临清的河道一定会干涸。所以洸河口不能疏浚。堈城口到柳泉九十里，与航运无关，可以不管。柳泉到济宁，是汶水、泗水等河流汇合的地方，应该疏浚的河段有二十多里。春城口，外面挡着汶水，里面保护着农田，堤坝低矮，河岸单薄，应该和戴村坝一起加固修筑。”皇上采纳了他的建议。
正德四年十月，黄河在沛县飞云桥决堤，冲进了运河。后来很快就被堵上了。
一开始，世宗皇帝当政的时候，黄河经常决堤，影响漕运。到了嘉靖六年，光禄少卿黄绾就提出了一个解决漕运问题的方案，他说：“漕河的水源主要来自山东的南旺、马场、樊村、安山等几个湖泊。这些湖泊的水资源非常重要，必须及时疏浚，并且还要引进其他的水源，一起储备起来，这样漕运就不会断水了。南旺、马场堤坝外面的孙村地势低洼，如果把它改造成一个湖泊，再开辟一条漕运水道，就能避免济宁段水位浅、河道不畅的难题。” 皇帝就命令总河侍郎章拯去研究这个方案。
但是章拯因为黄河水流入运河，导致运河在沛县以上水流受阻，结果被御史吴仲弹劾了。章拯辩解说：“黄河堵塞不是一时半会儿能疏通的，只有金沟口以北新开辟的一条河道，才能让运船从这里进入昭阳湖，然后经沙河到达板桥。那些原来水位浅、河道不畅的地方，可以绕道鸡冢寺西边，从庙道北口通行。” 下面的部门一起讨论，但还没得出结论。这时候，给事中张嵩又跳出来反对，他说：“昭阳湖地势低洼，河水水位高，如果把河水引到湖里，一定会造成湖水漫溢，反而会堵塞水道。应该罢免章拯，另派一位大臣来负责这件事。” 各部门的意见都和张嵩一样。章拯又上书请求承担责任，请求罢免，但皇帝没同意。最后，他还是硬着头皮把运船引进了湖里。到了那年冬天，皇帝下令让章拯回京述职，另行安排，同时又命令挑选大臣来督办这件事。
好家伙，朝廷里的大臣们都在那儿七嘴八舌地讨论治河的事儿。詹事霍韬就说了：“以前啊，咱们调了山东河南好几万民夫，在那儿挖沙子疏通河道，想让漕运方便点儿。可问题是，沙子随着水流往下走，刚挖完，一会儿又淤上了。现在船运是从昭阳湖进去，经鸡鸣台到沙河，绕来绕去也就一百里不到。要是咱们沿着湖岸修条堤坝，再挖条小河，河口再弄个闸门控制水位，这样一来，水多了可以避开风浪，水少了也方便疏浚。三个月就能修好土堤，一年就能修好石堤，费的力气少，见效快。黄河水涨得越高，这条运河就越好用，这跟以前光靠民夫挖沙子比起来，可省力多了！”
尚书李承勋又说了：“咱们可以在昭阳湖左边另开一条河，利用那边的泉水作为运河，从留城沙河走最方便。” 都御史胡世宁也同意他的说法。到了第七年正月，总河都御史盛应期就上奏朝廷，采纳了胡世宁的建议，说要在昭阳湖东边挖条新河，从汪家口往南一直到留城口，全长一百四十里，计划六个月完工。结果呢，工程还没完成一半，盛应期就被撤职了，工程也就停了。过了三十年，朱衡才按照之前的计划，把这条河给挖通了。 这一年冬天，总河侍郎潘希会又加高了济宁和沛县之间东西两边的堤坝，用来抵挡黄河的洪水。
话说十九年七月，黄河在野鸡冈决堤，造成了两次大洪水。负责河运的侍郎王以旂，他提议疏浚山东各地的泉水来补充河运用水，并且修筑长堤蓄水，就像治理运河那样。于是，他清理了178处旧泉，又新开了31处泉眼。
王以旂还上奏了四件事。第一，他建议把这些泉水分别交给当地官员管理，避免它们被堵塞。第二，他建议在境山镇、徐、吕二洪的下游，分别修建石闸，蓄水几尺以便船只通行，同时保留月河作为泄洪通道；在武家沟、小河口、石城、匙头湾修建四个木闸，并在沙坊等浅水处配备方船，用于疏浚河道。第三，他说漕河两岸有南旺、安山、马场、昭阳四个湖泊，被称为“水柜”，是用来汇集各处泉水以供给漕河的。但是现在豪强侵占了这些湖泊，蓄水量不足，昭阳湖更是淤积成了高地，完全违背了当初修建湖泊的初衷。所以他建议委派官员清理这些湖泊，增设闸门、水坝和斗门，加固堤岸，多开沟渠，加深河底，恢复这四个“水柜”的功能。第四，他说黄河改道后，旧闸口都堵塞了，只有孙继口一个闸口还通着。黄河水从徐州小浮桥流出，经过徐、吕二洪，这是漕运的大动脉。他建议在孙继口多开一条沟渠，及时疏通，这样徐、吕二洪就能得到水源了。皇上批准了他的奏章，并把管理泉水的责任交给了主管部门。
徐、吕二洪是河运的咽喉要道。自从陈瑄凿石疏渠以来，正统初年又疏浚了洪西小河。漕运参将汤节因为洪水冲坏了很多船只，在上游修筑了拦水坝，把水引向月河，并在河南修建闸门以蓄积水势。成化四年，管河主簿郭升用大石头筑了两道堤坝，用铁锭加固，清理了外洪中300块败船和恶石，并平整了里洪的堤岸，又用石头砌筑了东西两侧400多丈长的河岸。十六年，他又加固了吕梁洪的石堤和石坝200多丈，方便牵引船只。到了这个时候，闸门建好了，行船也方便多了。
话说四十四年七月，黄河在沛县决堤了，水漫到了昭阳湖，从沙河一直到二洪，那水势浩浩荡荡，一眼望不到边，运河堵塞了一百多里。负责河道漕运的尚书朱衡，去查看了盛应期当年开凿的新河遗址，就建议说，咱们应该开通南阳、留城上下河段。但是，主管全国河道的都御史潘季驯不同意。朱衡就解释说：“这条新河是沿着秦朝的旧沟开凿的，有些地方比较窄。等到了秋天，黄河水涨起来，昭阳湖承受不住这么大的水量，肯定要出问题。” 所以朱衡下定决心要疏浚新河，亲自督工，对那些不听话的，狠狠地惩罚。
结果，给事中郑钦弹劾朱衡，说他故意制造困难，搞个劳民伤财的工程，是为了邀功请赏。朝廷就派人去调查新旧河道哪个更划算。给事中何起鸣去勘察河道后回来汇报说：“旧河道修复起来有五大难点，而新河道修建也有三个难点。但是，新河道沿线有很多旧河堤，地势高，黄河水不容易冲刷，只要疏通一下，运河肯定能畅通无阻。至于那三个难点嘛，一是夏村以北地势较高，担心接不上水，但地势高低也就两丈左右，只要把河底挖深一点，水位就能上来。二是三河口淤沙很厚，水流湍急，容易堵塞，但我们可以修建拦沙坝，每年疏通一次，就能解决沙子淤积的问题。三是马家桥筑堤，从微山取土不方便，而且担心水口会冲坏堤坝，导致不结实，但只要选对人，认真施工，筑堤筑得高又厚，也不是办不到的事。所以，开通新河更有利。”
朝中大臣们一起商议，都说新河已经初具规模，不能半途而废。况且，从百中桥到留城白洋河段水浅，还要经过山区，即使疏浚和加固旧河道，也不能完全放弃新河，大家意见一致。皇帝最终决定采纳了这个方案。 偏偏这时候下大雨，黄河水暴涨，冲垮了马家桥，新修的东、西两堤也都被冲毁了。给事中王元春和御史黄襄都弹劾朱衡欺骗皇上，误国误民，就连何起鸣也改变了之前的看法。 后来，朱衡上奏说，新旧河道一百九十四里都已经通航，漕船到达南阳河口没有阻碍。皇帝下令让朱衡和潘季驯一起详细商议一下，如何才能更好地治理上游，修筑长堤。
隆庆元年正月，也就是隆庆年间的第一个月，张居正建议放弃上源的方案，只开挖广阔的秦沟，并且加固修建南长堤。
五月，新河完工了，它向西偏离旧河三十里。原来的河道，从留城往北，经过谢沟、下沽头、中沽头、金沟四个闸口，流经沛县，再经过庙道口、湖陵城、孟阳、八里湾、谷亭五个闸口，最终到达南阳闸。而新河呢，是从留城往北，经过马家桥、西柳庄、满家桥、夏镇、杨庄、硃梅、利建七个闸口，最后在南阳闸与旧河汇合，全长大约一百四十多里。他还把鲇鱼泉以及薛河、沙河的水引进新河，并在三条河的交汇处修建水坝，同时筑起马家桥堤，阻止黄河水流入秦沟，这样水运就畅通无阻了。
没过多久，鲇鱼口附近的山水突然暴发决堤，很多漕船都被淹没了。皇帝采纳了张居正的建议，从东邵开挖了三条支河来分流洪水，还在东邵的上游开挖了一条支河，经过东沧桥到达百中桥，又在豸里沟等地开挖渠道，让水流入赤山湖，再从赤山湖流入吕孟湖，最后顺着山势流走。
衡被召回京城，当上了工部尚书。都御史翁大立接替了他的工作，然后给皇帝上奏说：“漕河的水源来自泉水，可是地势东高西低，不蓄水就会干涸，所以漕河东边到处都是水柜；不泄水就会决堤，所以漕河西边到处都是水沟。黄河水倒流的时候，就利用昭阳湖来分散水流；山水从东边涌来的时候，就利用南阳湖来蓄水。应该从回回墓那里开通一条水道，一直通到鸿沟，让谷亭、湖陵的水都流进昭阳湖，然后疏浚鸿沟的废弃河道，引昭阳湖的水沿着河道向东流出留城。这样湖底退去滩涂后，还能得到几千顷的田地。”
翁大立接着又说：“薛河的水流湍急凶猛，现在全部流进赤山湖，再流入微山湖，最后到达吕孟湖，这是尚书衡的功绩。但是吕孟湖的南边是邵家岭，黄河水在这里淤积，地势高而且陡峭，秋天涨水的时候，水流汇集的地方小，水漫过平原，夺走了老百姓耕田的利益。微山湖的西边是马家桥，以前在那里简单地修了一道堤坝来开辟航道，土基还没夯实，就经常被积水冲刷，就那么几丈宽的地方，两股水流夹击，恐怕会有倒塌的危险。应该凿开邵家岭，让水从地浜沟流出山外，再流进漕河，这样湖地就能耕种了，河堤也不会决堤了。还要在马家桥修建一个泄水闸，根据旱涝情况来开关闸门，这才算得上治理漕运的长久之计啊！” 皇帝采纳了他的建议。
公元1583年（万历十一年）七月，黄河在沛县决堤，茶城（今江苏淮安）河道淤塞，两千多艘运粮船只堵在邳州，动弹不得。大立（即潘季驯）站出来说：“我沿着徐州走了一趟，从子房山、梁山、境山，一直到地浜沟，再直奔马家桥，这一段八十里左右，可以开一条新的河道来运粮。”这就是后来所说的泇河。他建议朝廷讨论一下这个方案，皇帝立即下令开工。没过多久，黄河的漕运就通了，之前的那些方案也就被搁置了。
那时候淮河水涨得厉害，从清河到淮安城西，淤塞了三十多里，礼坝、信坝决堤，水流入海，宝应湖的堤坝也多处损坏。山东的几条河的水都从直河流到邳州。大立把这些情况都报告给了皇帝。那年冬天，从淮安板闸到清河西湖嘴的疏浚工程眼看就要完工了，结果里口（河口）却又堵上了。负责漕运的侍郎赵孔昭提议说：“清江一带黄河河段有五十里长，应该修筑堤坝防止黄河泛滥；淮河高良涧一带七十多里，也应该修筑堤坝防止淮河水位上涨。”皇帝下令赶紧疏通里口，同时和大立一起商量修筑堤坝的事，并且讨论海口筑塞和宝应月河的整治工程。
公元1584年（万历十二年）六月，淮河和鸿沟境山段的疏浚工程终于完工了。大立正准备向皇帝汇报，没想到河水突然暴涨，在仲家浅决堤，和黄河连成一片，茶城再次淤塞。没过多久，从泰山庙到七里沟，淮河淤塞了十多里，河水从朱家沟旁边流出，到清河县河南镇汇入黄河。大立建议开通新庄闸，方便船只返回，同时疏浚古睢河，排出积水，还要从鱼沟开挖一条河道到草湾，保障南北的运输通道。皇帝命令新任总河都御史潘季驯负责规划。没过多久，黄河在邳州再次决堤，睢宁的运河淤塞了一百多里。大立建议开通泇口河和萧县河。正巧潘季驯堵住了几处决口，河水恢复了正常水流，漕运船只得以通行。最后，大立和赵孔昭因为漕运延误被削职为民，开通泇河的计划也没能实现。
公元五年四月，黄河在邳州王家口决堤了，从双沟往下，南北好几个地方都决堤了，十多个决口！ 运送军队的漕船损失了上千艘，粮食被淹了四十多万石，匙头湾以下八十里地都淤塞了。 这下子，大家纷纷提议改走胶州、莱州的海运。 正巧这时候，季驯上奏说邳州的治河工程已经完成了。 皇上觉得漕运太慢了，就派给事中雒遵去实地考察。结果，总漕陈炌和季驯都被罢官了。
第二年，皇上采纳了雒遵的建议，修筑了从茶城到清河长达五百五十里的长堤，每隔三里设一个防守的铺子，每个铺子安排十个人看守，还专门设了官吏负责管理。 还修筑了连接茶城到开封两岸的堤坝。 又根据朱衡的建议，加固了丰县、沛县的大黄堤。朱衡还分析说：“漕河从仪真到张家湾，一共两千八百多里，河势可以分成四段，每段情况都不一样。清江浦以南，临清以北，都离黄河很远，不用太费力。 只有茶城到临清这段，因为要经过很多闸口和泉水，跟黄河很近。清河到茶城，黄河就和运河连在一起了。茶城以北，要防着黄河决堤的水流进来；茶城以南，要防着黄河决堤的水流出去。 防黄河其实就是为了保护运河，所以从茶城到邳州、泗州，要高筑两道堤坝；宿迁到清河，要把所有的缺口都堵上。这是为了防止黄河水流出来，因为黄河水流出来，正河就会淤塞，去年徐州、邳州的灾害就是这个原因。从茶城秦沟口到丰县、沛县、曹县、单县，要新建和加固堤坝，连接旧的缕水堤，这是为了防止黄河水流进来，因为黄河水流进来，正河就会决堤，以前曹县、沛县的灾害就是这个原因。这两处工程完成后，河道就会变深水流会变急，就不会再有决堤溃坝的危险了。 氵市县的窑子头到秦沟口，应该修建七十里的堤坝，连接到古北堤。徐州、邳州之间，堤坝离河身太近了，应该在新堤坝外面再修一道远一些的堤坝。” 皇上同意了朱衡的建议，并下令让总河侍郎万恭负责这项工程。
万历元年，恭恭敬敬地跟皇帝说：“咱们祖宗时期造的浅船，差不多有上万艘。并不是不知道用大船运输更省事，而是因为河道水浅，所以不敢超过四百石的船。那些浅船，船底平、仓浅，船底平了，吃水就不深；仓浅了，装载的货物就少。而且还规定浅船吃水深度不能超过六拏（nǎ），一根大拇指和食指并拢的距离算一拏，六拏也就三尺多一点，这说明当时水真的很浅。现在大家都不遵守老规矩，反而都去雇大船，拼凑着运输。雇大船有三害，拼凑运输还有五害，这些都危害河道啊！请您下令，大家都要遵守旧制。”皇上同意了他的建议。
恭又请求修复淮南平水等地的水闸，他对皇上说：“高邮湖、宝应湖周围几百里，西边有七十多条河流汇入，仅仅依靠百里长的堤坝，如果堵着不让水泄出去，那堤坝肯定要溃决。所以祖宗时期，在长堤之间特意设置了数十个小水闸，还下令说：‘只许湖水深，不许堤坝高’，所以才用浅船和浅夫把湖里的淤泥挖出来加厚堤坝。水闸多了，水就容易排掉，堤坝就坚固；经常疏浚，湖水就更深，堤坝就更厚，这其中的道理非常深远啊！这些年来，大家害怕修水闸太费力，每坏一个水闸就填掉一个，时间长了，所有水闸都被填平了，长堤成了一个死板的障碍。大家也害怕疏浚河道太辛苦，湖水浅一尺就加高堤坝一尺，时间长了，湖水被抬高，高邮湖、宝应湖就成了一个大盆地了！再说，湖漕没有堤坝跟没有漕运一样，湖堤没有水闸跟没有堤坝一样。陈瑄当年设置了很多减水闸，湖水上涨就打开泄水，有利于堤坝；水位下降就关闭，有利于漕运，这是最完善的办法。可是时间久了，那些减水闸的痕迹都找不到了，湖水也下降了，堤坝也出问题了。请您下令重建平水闸吧！水闸要密集，密集了水就能疏通，就不会有水位上涨的危险；水闸要窄，窄了水流就缓，就不会有水流冲垮堤坝的危险。”尚书衡复奏皇上，同意了他的请求。于是，在仪征、江都、高邮、宝应、山阳等地修建了二十三个水闸，疏浚了五十一处河道，每个地方都配备了两艘捞沙船和十个浅夫。
恭恭敬敬地说了：“清江浦到黄河六十里，陈瑄疏浚河道到天妃祠东边，然后水流注入黄河。运输的船只从天妃口进黄河，穿过清江浦也就一会儿工夫。后来黄河水涨，倒灌进天妃口，清江浦就淤塞得厉害了。有人建议不治理天妃口，直接堵上它，不让淮河水和黄河水汇合。然后开条新河连接淮河，说‘接清流别接浊流，这样就不会淤塞了’。可是他们不知道，黄河水可不是平静的流水，秋天涨水的时候，会把淮河水往西推几十里，连新开的河也一起灌满了。天妃口的问题，本来也就是黄河水淤塞造成的。现在淮河、黄河在新开的河口汇合，这就造成了两处淤塞。想防治一处淤塞，结果却造成了两处淤塞，还造成了淮河黄河交汇处水浅的问题。每年都花大力气疏浚，刚弄好，水一来又淤塞了。而且还让运输的船只绕八里远，在浅水区耽搁很久才能到达清河，这哪有直接从天妃口过去方便快捷呢？所以建议修建天妃闸，让漕船直接到达清河。运输完毕，黄河水涨的时候，就关上闸门挡住黄河水；水位下降了，再打开天妃闸方便商船通行。新河口就不用疏浚了。” 于是就在天妃庙口修建了石闸。
恭又说道：“从黄河进入闸河到茶城，再到临清板闸，七百多里，以前有七十二处浅滩。自从开挖了新河，河道平坦开阔，地势高低差距不大，七十多处浅滩都变成了通畅的河道。只有茶河和黄河交汇的地方，运输繁忙的时候，正赶上黄河水位下降，高低不相接，所以茶城黄家闸这里水浅，年年都受困扰。祖宗时期，曾经修建过境山闸，由于新河水位稳定，闸门都被淤泥埋没了一丈多深。这个闸门在上游距离黄家闸二十里，下游连接茶城十里，利用原来的地基垒石修建，可以把黄家闸上游二十里的水流保留下来，连接茶城下游十里的水流，并且利用二十里的水势，冲刷十里狭窄的水道，肯定没问题。”于是又修复了境山旧闸。
恭一共提出了三个建议，尚书衡上报朝廷后被采纳并实施，使漕运从此畅通无阻。但是，当时茶城每年都会淤塞，恭正在上报黄河水流稳定，空船快速返回的情况。给事中朱南雍认为回程空船受阻的情况很多，弹劾恭隐瞒情况，玩忽职守。皇帝严厉责备恭，将他罢免了官职。
话说三年二月，总河都御史傅希挚建议开挖泇河来躲避黄河的险情，但没成功。他又建议疏浚梁山以下河道，跟茶城河道交替使用，如果旧河道淤塞了就开通新河道，把旧河道的淤泥挖掉；如果新河道淤塞了，就开通旧河道，把新河道的淤泥挖掉，再修筑拦河坝控制水流，保证一条河道畅通无阻，以防万一。皇帝批准了他的建议。工程还没完工，黄河就决堤了，地点在崔镇；淮河也决堤了，地点在高家堰；高邮湖也决堤了，地点在清水潭、丁志等处，淮安城差点被淹了。知府邵元哲赶紧开挖菊花潭，用来泄洪，缓解淮安、高邮、宝应三城的压力，东边运送粮食的道路稍微通畅了一些。
第二年春天，督漕侍郎张翀认为修筑清水潭的堤坝工程浩大，难以完成，想让粮船暂时改走圈子田这条路。巡按御史陈功不同意。河漕侍郎吴桂芳说：“高邮湖的老堤坝是陈瑄当年修建的。后来白昂开挖了月河，距离湖泊几里地，中间是土堤，东边是石堤，堤坝两头都建了闸门，这条河叫康济河。康济河西边的堤坝，也就是老堤坝东边，有几万亩的民田，这就是所谓的圈子田。河道和湖泊距离太远了，老堤坝破损了也不修，所以水就灌进了圈子田，又形成了一个湖泊。而中间的堤坝溃决了，东边的堤坝独自承受着数百里湖水的冲击，清水潭决堤是必然的结果。应该按照弘治年间王恕的建议，利用老堤坝修建月河，只要修好东西两边的堤坝就行了，这样既省钱，工程也容易完成。”皇帝听从了他的建议。同年，邵元哲修筑了淮安长堤，又疏通了盐城石达口以下的河道，让河水流入大海。
五年二月的时候，高邮的石堤快要完工了，桂芳建议在老堤旁边开挖一条月河，大概十来丈宽。他说：“现在白昂康济月河离老堤太远了，大家习惯了月河的安全，都忘了老堤在外围起到的防护作用。年年如此，都不去检查维护，老堤和中间的堤坝都坏了，东堤也撑不了多久。现在河道靠近老堤，就更容易管理了。” 御史陈世宝也提出了关于江北河道的建议，他建议在宝应湖堤上加固石堤，在外围再筑一道堤坝，让月河的水流通过，漕运的船只就在河道里走。这个建议也通过了。那年冬天，高邮湖的土石两道堤坝、新开的漕河南北两座闸门，还有老堤加固的石头和加厚的护堤木城，这些工程都完工了。桂芳又和元哲一起加固了山阳长堤，从板闸到黄浦，长达七十里，他们关闭了通济闸不用，改建了兴文闸，还修缮了新庄等一些闸门，修筑了清江浦南堤，新建了板闸漕堤，南北连接着新旧堤坝。这个板闸就是以前移风闸的位置。堤坝和闸门都修好了，淮河和扬州的漕运通道也逐渐稳固了。
六年，总理河漕的都御史潘季驯修筑了高家堰，还在清江浦柳浦湾以东加筑了礼、智两座坝，修缮了宝应、黄清等八座浅堤，还有高邮、宝应的减水闸四座，他又拆除了新庄闸，在甘罗城南重新修建了通济闸。明朝初期运送粮食，从瓜州、仪征到淮安这段叫里河，从五坝转到黄河这段叫外河，这两段河道是不相通的。后来开凿了清江浦，设置了天妃口闸门，春夏交接的时候，运粮完毕就关闭闸门，防止黄河水倒灌。时间长了，管理松懈了，闸门不关闭，黄河水就灌进来了。嘉靖年间，堵上了天妃口，在浦南三里沟开挖了一条新河，设置了通济闸，以便利用淮河的水。后来又听从了万恭的建议，恢复了天妃闸。没过多久，又听从了御史刘光国的建议，加固了通济闸，从仲夏到季秋，隔一天就放回一批空漕船。可是后来闸门开关不及时，河道淤塞越来越严重，又开挖了朱家口，引清水来冲刷，才勉强能通船。到了这个时候，才把通济闸改建在甘罗城南，专门利用淮河的水，不让河水直接冲过来。
十年前，主管漕运的尚书凌云翼发现，从清江浦运送漕粮的船只经常遇到危险，于是他就从浦西开凿了45里的永济河。这条河从城南窑湾开始，经过龙江闸，到达杨家涧，然后在武家墩拐弯向东，最后与通济闸汇合，通往运河出口。他还新修建了三个闸门，以应对清江浦的险情。 那时候漕河治理好了，淮安、扬州十多年没受水灾了。
一开始，黄河水患严重影响漕运。从金龙口往东，河道淤塞严重，影响漕运的畅通。等到堵住了塞沙湾、张秋闸之后，漕运才算安全了，但徐州、泗州一带却经常遭受黄河水患的侵害。后来崔镇高堰决堤，黄河、淮河水位暴涨，又严重影响了漕运，淮安、扬州地区更是灾难频发，湖泊溃决就意味着漕运失败。后来季驯用高堰来阻挡洪泽湖的洪水，使得堰东边的四个湖泊免受淮河水患的侵袭，漕运才算彻底摆脱了困境。 但是，负责河运的官员们仍然害怕湖泊会带来灾害，每天都提心吊胆的。
话说十三年前，总漕都御史李世达听取了大家的意见，决定开凿宝应月河。这宝应氾光湖啊，是所有湖泊里最湍急危险的，宽阔一百二十多里呢！湖中间有个槐角楼，形状弯弯曲曲像个簸箕，南边是瓦店，北边是秤钩湾。西风一吹，湖面波涛汹涌，常常会翻船。以前陈瑄在湖东修建了堤坝，想蓄水作为漕运水道，结果上面命令下来了，下面却没法执行，最后导致河道决堤，变成八个浅滩，汇成六个水潭，兴化、盐城的盐场都被淹没了。更糟糕的是，淮水又从周家桥漫溢进来，淹死了很多人，还严重影响了漕运。武宗年间，郎中杨最就建议开凿月河，但上面没批准。到了嘉靖年间，工部郎中陈毓贤、户部员外郎范韶、御史闻人诠、运粮千户李显都提过这个建议，但也没成功。直到现在，工部郎中许应逵又提了出来，李世达采纳了他的建议上奏朝廷，这才正式开工。他们疏浚河道一千七百多丈，设置石闸三个，减水闸两个，修筑堤坝九千多丈，其中石堤占三分之一，土堤五千多丈。工程完工后，皇上赐名“弘济”。后来又把石闸改成了平水闸。许应逵还修建了高邮的护城堤。不过后来，弘济河的南北闸，每到夏秋淮河水涨的时候，吞吐量不够，很多船只都翻了。到了神宗年间，督漕侍郎陈荐建议在南北闸各开一条月河，以缓解河水压力，这才让水流平稳下来。
十五年的时候，督漕侍郎杨一魁建议修缮高家堰以保护上游，加固范家口以防止决堤，疏通草湾以减缓水势，修缮礼坝以保护新城。皇上批准了他的建议。杨一魁还重建了古洪闸。以前，汶河、泗河的水都汇入黄河，在茶城交汇。隆庆年间，黄河水倒灌，阻碍了漕运船只的通行，郎中陈瑛把黄河的入河口向东移了八里，建了古洪闸和内华闸，漕河就从古洪闸出海。但后来黄河水泛滥，淤积越来越严重。杨一魁重建了古洪闸，皇上又听从了给事中常居敬的建议，命令在古洪闸外面增筑镇口闸，距离黄河只有八十丈，这样水流的吞吐就更方便了，漕运也因此更加便利。
石星这个工部尚书啊，给皇帝上奏章，建议季驯和居敬负责治理黄河水患善后工作，还提出了具体的方案：在淮安府一带，要加固塔山缕堤、清江浦草坝，修建宝应西堤和邵伯湖石堤，疏通里河淤塞的河道，这些工程主要在淮安和扬州地区进行；另外，还要检查南旺、马踏、蜀山、马场四个湖泊的情况，修建坎河滚水坝，加固通济闸和永通闸，再看看安山湖的地形，这些工程主要在山东地区进行。皇帝觉得他的建议不错，就批准了。没过多久，这些工程就都完成了。
过了几年，到了万历十九年，季驯又提了个建议：“宿迁以南的地势，西边比较低洼，咱们应该打开缕堤，把水放出去。这样，沙子随着水流走，地势就会逐渐抬高，水患就能减轻，还能省钱。”他还建议把高家堰的土堤改成石堤，修建满家闸西边的拦河坝，让汶河和泗河的水都流进新河。在李家口设置一个泄水闸，用来排泄沛县积聚的雨水。皇帝也同意了他的建议。结果呢，十月的时候，淮河湖泊大涨水，江都的淳家湾石堤、邵伯的南坝、高邮的中堤，还有朱家墩、清水潭，全都决堤了！黄日谨郎中好不容易把堤坝修补好，山阳的堤坝又决了！
到了万历二十一年五月，连续下了好长时间的雨。漕河水位暴涨，济宁和淮河沿岸的许多堤坝都溃决了。舒应龙这个总河尚书就建议：修建堽城坝，阻止汶水往南流，打开马踏湖月河的河口，引导汶水往北流；还要打开通济闸，冲毁月河的土坝，以减轻水势的冲击。皇帝也采纳了他的建议。几年下来，漕运通道上下畅通无阻了，但是黄河和淮河一起涨水的时候，高堰和高邮的堤坝就经常决堤，影响漕运。最后，舒应龙被罢免了。之后，各种建议层出不穷，但都没能找到一个最终的解决办法。
杨一魁接替应龙当上了总河尚书，他坚持要分流黄河，疏通淮河。治理了一年多，工程就要完工了，他又提议开通湖水来疏通漕运河道。他说：“高邮湖、宝应湖本来都是肥沃的土地，因为淮河、黄河堵塞，才变成了低洼的沼泽地。现在通往长江和大海的河道已经疏通了，应该开通治理泾河、子婴沟、金湾河等闸口，以及瓜洲闸、仪征闸，大量排放湖水，利用湖水疏通河道，与高邮湖、宝应湖的月河连接起来。这样既可以避免漕运航道风浪的危险，又可以使湖水干涸变成良田，供老百姓耕种，逐渐向百姓征收一定的费用，可以用来补充河道工程的费用。” 皇帝批准了他的建议，开始实施。
当时下游河道已经疏通了，淮河的水位也逐渐平稳了，但是黄河却在黄堌口决堤。负责督促漕运的都御史褚鈇担心泄洪太多，会导致徐州、邳州地区淤塞，极力请求堵住决口。杨一魁坚持认为不能堵，于是疏通了两条河口到小浮桥的旧河道，以保证漕运的畅通。但是黄河的大趋势是南移，两次洪水后漕运河道多次干涸，他又在黄堌口下游的李吉口进行大规模的疏浚，想用黄河水来补充漕运河道的水量，但这办法没维持多久就又淤塞了。
杨一魁后来离开了总河尚书的职位。二十六年，刘东星接替了他，继续执行杨一魁以前的方案，结果李吉口淤塞得越来越严重。冬天，就在李吉口附近开挖了一条小河，春夏两季引水到徐州，这样持续了三年，结果大部分河道到秋天就又淤塞了。于是他又开挖了赵家圈，想借黄河水来疏通漕运，又开挖了泇河来辅助漕运。可是赵家圈很快就淤塞了，泇河也没能疏通，而刘东星也去世了。这时，凤阳巡抚都御史李三才建议，从镇口闸到磨儿庄，仿照闸河的模式，每隔三十里建一座闸，一共在河中建造六座闸，来控制汶河、济河的水量，勉强保证漕运的通畅。但是漕船到达京城，已经不能按时到达了。刘东星在任期间，开挖了邵伯月河，长十八里，宽十八丈多，用来避免湖泊的险阻。又开挖了界首月河，长一千八百多丈。在两条河上都建造了金门石闸各两座，漕运因此便利了不少。
话说三十二年的时候，总河侍郎李化龙大人开始大规模开凿泇河，从直河一直到李家港，全长二百六十多里，彻底避开了黄河的险峻地段。李化龙大人后来去世了，总河侍郎曹时聘接手完成了这项工程。曹大人在奏疏里详细叙述了泇河的修建过程，他说：“舒应龙最早开凿了韩家庄泄洪，才使得这条路开始通畅；刘东星又大规模开凿了良城、侯家庄，试行漕运，使得这条路逐渐拓宽；李化龙大人更是厉害，他在上游开凿了李家港，凿通了都水石，在下游开凿了直河口，疏通了田家庄，他呕心沥血，全力以赴，漕运工程完成了一半，才算初步开通了航道，所以臣才能在他之后接手，最终顺利完成。”然后，曹大人还提出了善后工作的六条建议，从此漕运才真正畅通无阻。以后每年三月，就从直河口开闸放水，九月再从召公坝进入黄河，所有的粮船和官民船只都必须按照这个规定来。
四十四年，巡漕御史朱堦大人上奏请求修复泉湖，他在奏疏中说道：“宋朝的时候，礼部修建了戴村水坝，改变了汶河入海的路线，把它改造成了一条人工河，还引入了洙水、泗水、洸水、沂水等河流来补充水量。汶河虽然汇聚了众多河流的水，全力以赴地为漕运服务，但路途遥远，水流也逐渐枯竭，已经难以支撑了。到了南旺，还要分出四股水往南流向淮河，六股水往北流向卫河，水流的力量更加分散，更加薄弱。况且，汶河的水位，夏天和秋天水位上涨，冬天和春天就干涸，即使是夏天秋天，不下雨也干涸。宋朝的礼部官员早就预料到汶河水量不可靠，所以在沿河的昭阳、南旺、马踏、蜀山、安山等湖泊设置了水闸，叫做‘水柜’。漕河水涨的时候，就把多余的水储存在湖里；水位下降的时候，再把湖水放进漕河。这样蓄水泄水有章可循，私自开闸放水就会受到惩罚，所以旱涝之灾都不用担心。可是，时间久了，管理松懈，湖泊变浅，可以耕种了，很多都被地主豪强霸占了，昭阳湖已经变成了他们的田地。最近山东半年没下雨，泉河都快断流了，按照图纸寻找‘水柜’，却找不到懂的人了。恳请皇上命令河务官员认真调查核实，赶紧修筑堤坝和水闸，扩大蓄水量。”皇上同意了他的请求。
当时正计划疏浚泉湖，结果徐州狼矢沟决堤，洪水从蛤鳗等湖泊涌入泇河，从直口流出，运送漕粮的船只航行非常艰难险阻。督漕侍郎陈荐建议开通武河等河口，以泄洪分流。两年后，决口处淤积了大量的泥沙，河道才恢复了原来的样子。总河侍郎王佐又加筑了月坝以防范再次决堤。到了泰昌元年冬天，王佐说：“各湖泊的水位已经恢复，安山湖更是恢复了五十五里，这确实有利于漕运。建议以湖泊的兴衰作为河道官员考核的标准。”朝廷采纳了他的建议。
天启元年，淮河和黄河水位暴涨，里河王公祠决堤，淮安知府宋统殷和山阳知县练国事竭尽全力堵塞决口。三年秋天，外河又决堤好几处，很快又堵上了。这一年冬天，开始疏浚永济新河。凌云翼刚开始开挖这条河，没多久就停工了。总河都御史刘士忠曾经开挖河坝以方便漕运，后来又堵上了。而淮安正河已经三十年没有疏浚了。所以大家决定先疏通新河，让运送漕粮的船只能够顺利往返，然后再疏浚正河。从许家闸到惠济祠，长达一千四百多丈，又重建了通济月河小闸，运送漕粮的船只都改走正河，新河再次被废弃。
那时候，王家集和磨儿庄河段水流湍急，漕运储备参政朱国盛计划改修一条河作为漕运通道，命令同知宋士中从泇口往东一直到宿迁陈沟口，再溯流而上到骆马湖，最后到达马颊河，进行实地勘察。于是决定开挖马家洲，并且疏通马颊河口淤塞的河段，与泇河连通，避开刘口险滩，又疏通了三汊河十三里的河沙，开挖滔庄河一百多丈，疏浚深小河二十里，开挖王能庄二十里，以疏通骆马湖口，并堵塞了张家等沟数十道，将水流引向漕运河道。这条河总计五十七里，命名为通济新河。五年四月，工程完工，漕运改道新河，从此不再受刘口、磨儿庄等险滩的困扰。第二年，总河侍郎李从心又开挖了陈沟地十里，完成了这项工程。
崇祯二年，也就是1629年，淮安的苏家嘴和新沟大坝同时决堤了，淹没了山阳、盐城、高邮、泰州等地老百姓的田地。 唉，真是灾难啊！
五年后，1632年，建义北坝又决堤了。 当时主管河务的尚书朱光祚，他下令疏浚骆马湖，绕过了十三处危险河段，还给这条河起名叫顺济河。 听起来好像挺厉害的，但实际情况怎么样呢？
六年，也就是1633年，良城到徐塘河段淤塞成了平地，漕运因此耽误了时间。 结果朱光祚因为这事儿被罢官了，刘荣嗣接了他的班。
到了崇祯八年，1635年，骆马湖又淤塞了，刘荣嗣就开挖了从徐州到宿迁的河道，想引黄河水来冲刷。 结果呢？ 被别人弹劾了，还受到了严重的处罚。 哎，这官当得也太难了！ 周鼎接替了刘荣嗣的职位，他主要精力都放在了泇河上，疏浚了麦河支流，还修建了王母山前后的大坝、胜阳山东堤、马蹄厓十字河拦水坝，以及从良城闸到徐塘口长达六千多丈的堤坝。
崇祯九年夏天，1636年，泇河终于通航了，在宿迁的陈沟口和黄河汇合。 周鼎还修缮了高家堰和新沟漾田的堤坝，加固了天妃闸的石头工程，清除了南旺湖彭口处的沙石，疏浚了从刘吕庄到黄林庄长达一百六十里的河道。 可是，那段时间黄河和淮河水涨得厉害，经常倒灌，严重影响了漕运。 周鼎干了五年，最后还是因为漕运受阻被免职了。 接替他的侍郎张国维，刚上任就因为漕运不畅被问责。 这河道治理，真是个吃力不讨好的差事啊！
十四年前，国维说：“济宁的运河，从枣林闸往上一直到师家庄、仲家浅这两个闸，每年都因为淤塞浅滩而受苦，所以常常要从鲁桥引泗河的水来补充运河的水。秋天水涨的时候，确实方便通行。但是，泗河带来的泥沙淤积在河道里，好处坏处都有。另外，从白马河汇集邹县各地的泉水，和泗河一起流到鲁桥，力量太弱，抵不过泗河，河道一半都被淤塞了，根本不能通行漕运。可是，白马河上游宽阔的地方正好对着仲家浅闸，如果引导河水从这里进入运河，比从鲁桥引水高低差很多，而且可以把细小的水流变成洪流，还能减少泥沙淤积的麻烦，这样就能解决仲家浅、师家庄和枣林三个地方的用水问题，一举三得。”
他又说：“南旺水库是运河的命脉，它依靠泰安、新泰、莱芜、宁阳、汶上、东平、平阴、肥城八个州县的泉水，通过汶河注入运河，所以运河才能畅通。现在东平、平阴、肥城河段因为淤沙堵塞了，必须赶紧疏浚。”然后他又上书朝廷，提出了治理运河的六条策略：一是恢复安山湖的水库来补充北闸的水量；二是改变沧浪河的河道，从万年仓出口，以便利于四闸的通航；三是疏浚汶河和陶河的上游，以便利于邳州和派河；四是改变沂河的河道，从徐塘口流出，以便同时利于邳州和宿州；另外两条就是疏浚三州县的淤沙和改变白马湖的河道。这些建议朝廷都采纳并执行了。国维还疏浚了淮河和扬州的漕河，长达三百多里。
那时候，负责河务的官员们都尽力修补河堤，南方的河道稍微平静了一些，但是北方的河道却经常出现浅滩阻碍航运。而河南的守将为了对付叛军，竟然堵塞黄河河道来灌溉田地，结果导致黄河决堤，冲毁了开封，下游河道一天天淤塞，河务情况越来越糟，没过多久，明朝就灭亡了。
