清朝初期，沿袭明朝的制度，设立了御马监，负责管理皇帝的马匹。到了康熙年间，御马监改名为上驷院，继续负责管理御用马匹，供皇帝骑乘。这些马匹，皇帝自己骑的叫“内马”，用于仪仗队的叫“仗马”。 选好的马匹，都会盖上印章烙上记号。上驷院还专门请了蒙古的兽医来给马看病。
皇帝出巡或者去打猎，跟随的官员都会配发马匹。 会安排一个副都统或者侍卫级别的官员担任“放马大臣”，负责管理这些马匹。 皇帝去祭祖陵，需要两万三千多匹马；去东陵和西陵，也需要四千三百多匹马。这些马匹，全部都从察哈尔牧场调拨。到了乾隆时期，每次皇帝出巡，要用到的马匹就达到两万多匹。
嘉庆年间，国力渐渐衰弱，国家财力消耗巨大，于是就停了木兰秋狝（皇帝秋季狩猎）。嘉庆十二年，还把马匹的数量减少了一半。到了道光九年，皇帝去盛京祭祖陵，需要的马匹数量跟乾隆时期差不多，大概两万六千多匹，这些马匹都是从马场和各盟的盟长那里征集来的。
顺治十五年的时候，皇帝下令确定军队马匹数量。亲王出征，配马四百匹；郡王三百匹；贝勒二百匹；贝子一百五十匹；镇国公一百匹；辅国公八十匹；那些不在八分镇国公之列的，辅国公配六十五匹，将军八十匹，副将军七十匹，护军统领、前锋统领、副都统都配六十匹，其他的官职配马数量各有不同，最少的护军和领催每人只有六匹马。
康熙三十五年，皇帝下令出征的士兵每人配四匹马，四人组成一伍，一伍一共八匹马，用来骑乘，另外八匹马用来驮运装备和粮食。这一年，征讨噶尔丹，因为士兵和马匹都很瘦弱，皇帝因此罢免了兵部尚书索诺和的官职。康熙五十一年的，重新确定了军队中各级官员的配马数量，大学士、尚书、左都御史每人十六匹，侍郎以下依次递减；经略、大将军每人二十五匹，副将军以下依次递减。
乾隆十六年，八旗的牧官手里管着两万七千七百多匹马，其中一万匹在都城外放牧，热河有一千匹，各个庄头有两千匹，剩下的分给了直隶标营。圈养马匹的制度是从乾隆二十八年开始的，这是采纳了都统舒赫德的建议。满洲八旗每旗养马二百匹，蒙古八旗每旗养马一百匹。一直到乾隆五十九年，圈养制度取消了，马匹分给各个士兵自己拴养。
嘉庆十二年，皇帝下令让成亲王永瑆讨论恢复圈养马匹的制度，大学士戴衢亨等人一起商议，制定了十条章程，圈养马匹的制度又恢复了。到了道光年间后期，因为战争，圈养马匹的制度就废除了，之后也没有再恢复。同治元年，皇帝下旨说：“马政管理松懈，积弊已深，导致军马瘦弱不堪。牧场大臣等应该认真整顿，追究责任，扭转颓势，特此下令。”
从清世祖入关，到康熙、乾隆年间，盛京、吉林、黑龙江、直隶、江南、浙江、广东、福建、湖北、四川、陕西、甘肃、山东、山西等省份都驻扎着满洲营，总共有十万六千四百多匹马。只有福建水师驻防的马匹只有几十匹。乾隆年间后期，西藏的兵制确定下来，前藏供差营有六十匹马，后藏有二十匹马，旧塘四十三处，共有马匹二百二十匹；新设番塘二十四处，共有马匹九十八匹。黑龙江的军队以前是没有配额马匹的，道光十六年，采纳了哈丰阿的建议，才开始设置马匹配额。
天聪年间，咱们打下了察哈尔地区，那地方适合养马，马匹繁殖得特别快。顺治初期，就在大库口外建了个种马场，归兵部管。康熙九年，这个牧场改归太仆寺管，还分成了左翼厂和右翼厂，都在口外。那时候，大凌河也建了个牧场，边墙上也建了两个，一个叫商都达布逊诺尔，一个叫达里冈爱，都归上驷院管。后来又陆续建了五个牧场，分别是：大凌河牧群马营、养息牧哈达牧群马营、养息所边外苏鲁克牧牛羊群、黑牛群牧营、养息牧边外牧群牛营，这些都在盛京附近。
马，公的叫“儿”，母的叫“骒”，不到三岁的叫“驹”，长大了就给公马阉割，叫“騸”。把母马和阉马分别分成群，一般是五匹母马配一匹公马，每群不能超过四百匹。母马和羊三年清点一次数量，牛是六年一次，母马群三年用新生的马补充损失的，大概三匹马能生一匹小马驹，阉马群每年损失十分之一左右。牧场里设有牧长、牧副、牧丁负责日常工作，上面还有协领、翼长、总管管着他们，这些当官的和士兵都是察哈尔人和蒙古人。喂马需要木槽、镟、镢、镩、杓这些工具，每群马配两套，五年换一次。总管三年轮换一次。康熙二十四年，规定每年年底要汇报牲畜数量的增减，根据盈亏情况奖惩。二十六年，规定八旗也要养马，春夏赶到察哈尔放牧，叫“出青”，秋冬再赶回来，叫“回青”。
康熙四十四年，将军杨福想买马给士兵，皇上没同意，说：“朝廷一直用太仆寺的马和茶马给兵丁，所以没啥缺马的苦恼。看看宋朝、明朝的马政，都没啥好办法。只有口外牧马最好，水草肥美，不用花军费，马匹繁殖得还多。要是把马赶到内地放牧，一天就得花上万两银子都不够。”雍正三年，规定马场里的马要保持四万匹左右。到乾隆五年，马匹数量超过了四万，多了七千多匹。左翼和右翼牧场，一共有一百六十群母马，十六群阉马，让它们分别在两个牧场放牧。乾隆八年，下令牧场界限不能随便越界。之前甘肃、凉州、肃州三州和西宁都建了马场，一共五个群，每个群有两百匹母马，四十匹公马。后来甘州的马场归巴里坤管了。乾隆二十五年，伊犁建了个繁殖马驼的场子，让锡伯、察哈尔、索伦、厄鲁特四营的人放牧。乾隆三十二年，规定牧场官员所需马匹，按照内地驿站的规定，根据官职高低发放，不能超过额度。
嘉庆年间，都统庆溥建议撤回厄鲁特人在牧场的马匹。早些时候，富俊建议撤销大凌河牧场，把马匹分给东三省，仁宗皇帝严厉批评了他。直到道光七年，皇帝到杏山东阅马场视察，看到河边的马群壮实整齐，就说这儿的牧场宽阔，水草丰美，马匹靠这个生存，要是轻易裁撤，马匹很容易散掉，想再聚集起来就难了。以后再有人提这个建议，就按违反制度处理。咸丰四年，科尔沁亲王僧格林沁剿灭捻军，要了察哈尔六百匹战马，结果那些马根本不能骑，这事儿上报朝廷。皇上大怒，严厉命令都统庆昀整顿马场，可见马政已经衰败了。光绪九年，太仆寺说左翼和右翼有一百一十四群母马和阉马，还有五个群的繁殖马和五个群的骆驼，跟乾隆年间比，数量减少了很多。
话说穆图善这个人，练兵练得相当厉害。后来他到了黑龙江去，想买好马，结果却找不到，他唉声叹气地说：“这地方的地气是不是都耗尽了啊！”
到了清朝末年，大家开始大力推行新法，以前那种老一套的牧政管理，就渐渐被废弃不用了，这难道不是时代变迁造成的吗？
顺治朝初期，为了管理茶马互市，陕西设立了洮岷、河州、西宁、庄浪、甘州五个茶马司，以及开成、安定、广宁、黑水、清平、万安、武安七个监，每年还派一位御史专门负责管理这些地方的茶马贸易。
到了顺治七年，喀尔喀和额鲁特部落来北京贩卖马匹。朝廷下令，只有章京（清朝八旗官员）才能监督这些商人，不穿盔甲的平民百姓一律禁止购买马匹，违者打一百鞭，马匹充公。蒙古人把马带到京城，也不允许商人私下购买，如果官吏私下买马，也要受到处罚。
康熙七年，朝廷取消了茶马御史的职位，把管理马政的权力交给甘肃巡抚。康熙三十四年，朝廷派人到蒙古各旗购买马匹，归化城和科尔沁各买了两千匹，其他地方的购买数量根据实际情况有所调整。乾隆十二年，朝廷禁止朝鲜购买马匹。乾隆二十五年，朝廷下令在乌鲁木齐用货物交换了哈萨克一百三十多匹马，送往巴里坤。后来，因为有人反映情况，朝廷又挑选了从哈萨克换来的马匹拨给巴里坤，之后就停止了购买哈萨克马匹。阿桂说伊犁地区与哈萨克换来的马匹越来越多，朝廷还为此发文嘉奖了他。乾隆二十八年，朝廷制定了江宁、浙江、福建驻防军马匹出口采买制度。乾隆三十二年，因为伊犁地区与哈萨克换来的马匹积攒得很多，朝廷选择巴里坤地区合适的牧场放养这些马匹。后来乌里雅苏台地区马匹不足，也用哈萨克马匹进行交换。
陕西和甘肃的营马，通常是从伊犁调拨补充，路途遥远，耗费时间很长。咸丰四年，根据赓福的建议，允许伊犁和塔尔巴哈台地区就地以物易马，让各营自行购买马匹。咸丰七年，朝廷还下令，山东地区马匹不足的，也可以就近购买补充。
贡马这事儿，从清朝刚建立的时候就开始了。归化城那边的土默特二旗，每年四个季节都要进贡一百匹马。到了顺治十三年，吐鲁番那边一口气送来了三百二十四匹马，后来规定就改成贡四匹西马和十匹蒙古马了。
康熙八年的时候，因为边外蒙古进贡的马，路上有人压价收购，皇帝下令严禁这种行为。康熙三十年，皇帝又给土谢图和车臣这些汗王下令，说贡马还是老样子，一匹白骆驼，八匹白马，其他的就别再用九匹白马进贡了。康熙三十五年，喀尔喀蒙古送来了好多骆驼和马，多得数不清，这是因为圣祖皇帝打败了噶尔丹，他们才得以回到原来的牧场。四川各地的土司也要进贡马，每个营最少一两匹，最多十二匹。甘肃的唐古特七族西喇古儿也要进贡马，每个营最多八十二匹，最少也有两三匹。
乾隆元年，皇帝下令四川土司可以用钱代替马匹进贡，每匹马折算成银子十二两。全省的营马也改成按照驿马的标准，每匹马折算成银子八两，这个规定一直沿用下去。乾隆三十年，哈萨克的沁德穆尔等人进贡了马匹。皇帝下令把剩下的马送到伊犁，不准在喀什噶尔那些地方买卖。后来又规定，沙拉伯尔游牧的哈萨克人也要和沙拉伯尔一起进贡马匹。嘉庆元年，叶尔羌进贡马匹的制度取消了。嘉庆十六年，皇帝下令乌里雅苏台将军等要挑选上好的马匹进贡，还要留一些备用。又下令伊犁进贡的马，质量要好，够得上御用的标准，规定正式进贡的马匹每样五匹，要是私底下带马匹，就按违反制度处理。
道光二年，根据那彦成的奏报，青海玉树的藏族每年进贡的马匹，要根据人口数量来决定，按照二十个壮丁贡一匹马的比例，逐步减少。凉州的藏族每年还是贡一匹马。以前内蒙古和外蒙古有很多皇亲国戚，每次打仗，他们都抢着进贡马和骆驼，这可是汉朝唐朝都没有过的事情。康熙初期，察哈尔亲王、郡王、贝勒们听说三藩叛乱，都献上马匹支援军队。道光九年，章佳胡图克图捐献了一百匹马，朝廷收了一半。道光二十三年，察哈尔蒙古各旗捐献了一千九百七十匹马。
咸丰初期，哲布尊丹巴等人捐献了一千匹马，喀尔喀土谢图等人捐献了两千匹马，锡林郭勒盟长等人捐献了三千匹马，皇帝觉得太多了，就拒绝了。后来听说这些马已经在路上了，就下令选择好的地方放牧，留着以后用。从那以后，三音诺颜部等等，都因为军事需要进贡马和骆驼，后来又捐献了两千一百匹马，锡林郭勒盟等等捐献了一千二百匹马，有的被接受，有的则没有。咸丰七年，各部落的蒙古王公们捐献了六千四百匹马，朝廷接受了。当时太平天国和捻军在畿东闹事，骑兵非常有用。同治年间，黑龙江将军德英在呼伦贝尔各城劝捐军马。光绪初期，丰绅托克湍办海防，昭乌达盟的郡王捐献了六百匹马，于是请求推广这种劝捐的办法，以增强军队实力。
驿站制度从西汉就有了，一直沿用下来。清朝沿袭明朝的制度，设立驿站和驿马，总共大约有四万三千三百多匹。各省的驿站制度，在康熙二年确定下来，奏报朝廷的官吏所用的驿马数量，各藩王五匹，公、将军、提督、巡抚三匹，总兵、巡盐御史二匹，这是根据兵部侍郎石麟的建议确定的。边疆地区的驿站，在康熙九年确定，凡是朝廷特派使者，或者理藩院派遣到蒙古各部宣讲政务的，都可以乘坐边疆地区的驿马。康熙三十五年，征讨噶尔丹的时候，在边疆设立了五个驿站，方便运输粮草。又根据理藩院的建议，从张家口外面设立了蒙古驿站。这就是驿站制度的大致情况。
偏远地区的驿站，只够本州县使用，也叫递马，数量不多，也就几匹马。繁华的州县，驿站可能设有两三个，驿马数量能达到六七十匹。驿站服务的对象，最重要的就是皇室使臣和前来朝贡的外国使节，其他的像大臣进京朝见、赴任、查税、监税等等也都用驿站。如果只是普通的官员携带奏章，那就算比较次要的了。最紧急的情况，比如星夜兼程，必须按时到达的，那也是驿站的主要任务。还有就是遇到灾荒、抚恤死者，需要邮递物品，这也属于驿站的服务范围。
驿站制度也存在很多弊端，张汧曾经对此做过详细的批评。层层盘剥，随意索要，扰民害国，这是必然的结果。朝廷规定，每年要淘汰驿马的三分之一，然后按照规定补充新的马匹。咸丰年间，太平天国起义非常激烈，湖南、江西地区被太平军占领，驿站的马匹被抢劫，驿站被焚毁，这样的事情经常发生。各州县有的买马补充，有的租马应付差事，有的驿站马匹丢失没有补充，就雇人代替骑马送信。甘肃以前有六千多匹驿马，因为战争也荒废了。光绪九年，战争平息后，驿递逐渐简化，剩下的马匹比以前减少了三分之二，但是驿站的运作并没有受到影响。光绪十一年，新疆南路设立了驿站。当时全国驿站的年支出大约是三百多万两白银。
光绪二十九年，刘坤一、张之洞上奏朝廷，建议改革驿站制度，认为驿站耗费太多钱财，不如效仿外国的邮政制度。邮政递信速度快，驿站传递文书速度慢。驿站的弊端在于州县的驿马经常缺额，而且马匹又瘦又弱，驿站的员工又把驿站当成赚钱的工具，导致传递文书经常延误。他们建议设立邮政局，推广邮政制度，让驿站的经费专门依靠邮资收入，这样每年三百多万两白银的开支就可以省下来了。当时朝廷采纳了他们的建议。此后驿马逐渐减少，后来驿站制度就废除了。
顺治朝刚开始的时候，建了个叫常盈库的地方，专门存钱。凡是车驾司（负责皇室车辆的部门）的马匹损耗赔款、武库（武器库）的马匹损耗赔款，还有太仆寺（管理皇室马匹的机构）的马匹购买费用，都存在这里。
康熙朝初期，常盈库的钱就改归户部管理了。乾隆十六年，皇上下了道旨，说云南驻军的马匹，如果死了超过规定数量的三分之一，按规定要赔钱的部分照赔，但是超过三分之一死掉的那些马，就不用赔钱了。
乾隆二十七年，规定给驻扎在京城的马匹发放饲料钱，每匹马的标准比绿营（清朝常备军）的马略微好一点。乾隆三十八年，又下令云南可以少花钱买马，每匹马可以少花三两银子。一开始，养马的年花费大概有四十四万多两银子。
道光年间，采纳了载铨等人提出的建议，裁减了八旗官兵一半的拴马数量，省下来的钱用来补贴军饷。
清朝初期，规定只有在职官员才能养马，其他人都不允许。后来又允许武进士、武举人、兵丁和捕快养马。康熙元年，禁止老百姓养马。如果有人私下买卖马匹，告发的人就能得到那匹马。如果马主是官员，要受到严厉处罚；如果是老百姓，就要挨鞭子。过了十年，又允许老百姓养马了。
康熙二十六年，规定马和骆驼要是跑出马厩，践踏庄稼或者乱跑乱撞，兵丁要鞭打，官员要扣俸禄，处罚的轻重根据情况而定。如果兵丁强迫老百姓帮着放马，还敲诈勒索，就要送到刑部处罚，官员要降职调动。马死了，要检查马皮，如果是因为累死的，就要赔偿，赔偿比例是一赔九或者一赔七。需要征收一千匹马驹，就以一百匹为一个单位，一百匹马驹就以十匹为一个单位来计算赔偿。
雍正十三年，规定马和骆驼出马厩的时候，都要登记毛色和牙齿情况，回来的时候也要检查。如果马匹瘦弱到不足三成，就不用追究责任；否则兵丁要鞭打，官员要扣俸禄，处罚的轻重根据情况而定。乾隆初期，禁止兵丁等盗窃马匹私下买卖，或者让人骑乘，加重了处罚。乾隆十六年，严厉打击牧马人克扣草料的行为。乾隆二十八年，官马如果死亡，每百匹马允许报销十匹，超过这个数额就要自己花钱补上。
嘉庆十一年，木兰围场打猎的时候，查获了私下买卖马匹的犯人，进行了严厉的处罚。皇上还下旨说：“我们朝代每次讲武演习和巡视，扈从人员的马匹都是官府提供的。大臣的俸禄比较高，配给的马匹比较少；官员和兵丁根据事情的繁简程度，配给的马匹数量也不一样，少的只有一两匹，多的有五匹，事情结束后要将马匹归还官府。如果马匹死了，只要呈上马的耳朵和尾巴验明正身，按价赔偿就行了。收放马匹的时候，要由王公大臣监督检查。可是官兵们竟然私下买卖官府的马匹，察哈尔官兵收取马匹的钱财，这些钱很容易用来补买新的马匹。这种积弊日深，严重影响了马政。以后如果发现有人买卖马匹的凭证或者收取马匹款项的，都要一律处罚。私下购买马匹再贩卖的，要严厉处罚。大臣们要认真商议制定章程，然后向我汇报。”
凡是营马跑丢了、被偷了或者丢失了，都要赔偿，叫做“赔椿”，每年递减十分之一，十年后就不用赔了。因为打仗而受伤损毁的马匹不用赔偿；骑了三年才死的马也不需要赔偿；其他在一年或两三年内死的马，赔偿金额根据省份不同而有所差异，最多赔十两银子。同治二年，规定在古北口查获私藏马匹超过三十匹的，要送到京城；少于三十匹的，赏给兵丁，并下令执行。
