日本和中国来往很久了。明朝末年因为日本倭寇骚扰边境，所以就禁止了双方贸易往来，直到清朝才恢复。康熙十二年的时候，平南王尚可喜给长崎的奉行写信，请求恢复贸易。福建和广东的商人去的就越来越多，在长崎城里也住了不少人。一开始有180艘船，后来慢慢减少到70艘，最后只有20多艘了。每年从中国运出去的货物价值限制在八千贯，日本派了三个奉行来监督检查，收税。但是日本当时对海外贸易管控很严，有些日本人偷偷跑到台湾和其他地方做生意，要是被发现了就要受罚。康熙三十二年，广东广西总督石琳奏报说，有日本船只因为躲避风浪到了阳江县。朝廷就给他们提供衣食，然后送他们去浙江，再给他们安排船只送他们回国。
雍正六年，浙江总督李卫奏报说，日本招募内地人，教他们射箭和武艺，还造战船，担心会成为边患，建议加强沿海地区的防卫，加强巡逻检查。皇上看了奏折后说，以前圣祖康熙皇帝派人去日本打探情况，回来后说日本国土小，老百姓也比较老实，所以才开始和他们通商。朕多次嘱咐福建广东的总督巡抚要认真观察日本的情况。听说日本和朝鲜关系不错，来往密切。要安内攘外，首先得巩固根本，防患于未然。你们要认真执行我的命令。皇上还下令沿海各省加强海防。两广总督孔毓珣建议加强沿海的船队，配备火炮，增加炮台，他还亲自去厦门、虎门等地巡查。皇上不想让外国人起疑心，所以只是下令加强防备。李卫又上奏说，和日本的贸易不能一下子就断掉，建议从洋商里选一些有钱有经验的，选八个人当商总，负责监督检查，互相约束，这样才能避免日后出现问题。皇上批准了这个建议。乾隆四十六年，户部建议颁布江海关的规章制度，制定对日本商船出口货物的税收条例。嘉庆元年，皇上说，日本商船遇到风暴，漂流到我国沿海，情况很可怜，命令有关部门把他们送到乍浦，再搭乘商船回国。并把这个定为法令。
一开始，日本死活不让外国船只进港，只允许中国商人来贸易，其他西方国家一概不准。直到明治维新之后，才开始跟各国通商开港。后来，因为其他国家都在中国做生意，同治元年（1862年），长崎的地方官员就派人到上海，想在上海设立领事馆，负责管理日本商人在中国的税务。但是当时的中国通商大臣薛焕不同意。
三年后（1865年），日本商船借着英国领事巴夏礼的船只，再次请求通商。七年后（1869年），长崎的地方官员河津又给江海关道应宝时写信，说日本人在欧洲来往，经常搭乘西方的船只航海，有些人去中国内地学习技术、做生意，他们都带着本国的官方文书，希望中国看在邻国的情分上给予保护。这次，中国同意了。
九年后（1871年），日本派出了外务权大丞柳原前光，带着外务卿的信，来到清朝总理各国事务衙门。信里大概意思是：“现在世界各国文化交流越来越频繁，交往也越来越密切。我们日本最近跟十四个西方国家签订了条约。像中国这样的邻国，更应该先友好相处，建立外交关系。可是因为国内发生了一些事情，所以一直拖到现在，还没能跟中国建立良好的外交关系，我们对此感到很遗憾。现在派前光先生来，是希望提前商讨一下通信联络的事宜，为将来派遣使臣签订条约做准备，希望中国方面能够同意。”柳原前光到了天津，把信交给负责三口通商的大臣成林和直隶总督李鸿章，转交给总理各国事务衙门。清朝同意通商，但是拒绝签订条约。
柳原前光拜访了李鸿章，说：“西方国家逼着我们签订条约，即使相隔万里，他们也派公使、领事来保护他们的侨民。中日两国唇齿相依，商人来往频繁，因为没有条约，反而要依靠外国人来处理，听他们摆布，丧失国家主权，还有什么比这更糟糕的呢？我们特地派人来表达诚意，可是西方国家可能从中作梗；如果我们的请求得不到批准，那将是极大的耻辱，即使我柳原前光死了，也不敢回去复命啊！”李鸿章于是再次向朝廷请求，提交了廷议。两江总督曾国藩等人上奏说：“日本两百年来，跟我们并无嫌隙。现在他们效仿西方国家，来到北京陈述请求，他们的理由非常正当。我们应该一视同仁，同意他们签订条约，把条约内容详细列出来，不要照搬西方国家的条约模式，这样才能体现利益均沾的原则。”皇帝同意了这个意见，批准了柳原前光的请求，命令总理各国事务衙门回复日本，并让李鸿章着手准备通商事宜。
十年前，日本派大藏卿藤原宗臣当特使来中国跟咱们谈条约，清朝就派李鸿章当钦差大臣，还让应宝时、陈钦当副手，一起跟日本人谈。一开始，日本想照着跟西方国家签的条约那样来，磨叽了好久，最后才敲定十八条主要条约和三十三条通商细则。主要内容就是互派使臣、设立领事馆，开放上海等十五个口岸跟日本的横滨等八个口岸通商，不过禁止日本人随便进入中国内地，跟跟西方国家签的条约差不多。条约谈妥后，藤原宗臣送来了礼物，说明年再来正式交换条约文本。
第二年，日本把藤原宗臣给撤职了，又派了个叫柳原前光的人来见李鸿章，转达日本外务卿副岛照会的意见。说是日本打算明年跟欧美各国重新修订条约，想把之前跟中国谈好的那些条款也改改，跟跟欧美国家签的一样，还提前拟好了条款想跟咱们商量商量。李鸿章说，去年秋天咱们才刚签完条约，还没正式交换文本呢，这时候就又要改，这也太不靠谱了吧！于是就让天津海关道陈钦他们跟日本人谈，说等条约正式交换了再谈修改的事。
到了十二年四月，日本派副岛种臣来北京正式交换条约文本，还派了他的随员柳原前光和翻译郑永宁来总理衙门问了三个问题：一是澳门到底归谁管，是中国管还是大西洋某个国家管？二是朝鲜的政务是不是朝鲜自己说了算，中国从来不管？三是台湾的生番杀害了琉球人，日本想派人去台湾问责。清朝的大臣们当然要跟他们辩论一番。后来，清朝就正式任命李鸿章为换约大臣，跟副岛种臣交换了条约文本。副岛种臣还带来了国书，祝贺清朝皇帝大婚和亲政。当时好多国家都来祝贺，清朝都同意了，副岛种臣也要求亲自递交国书，清朝也同意了。然后，他送来了贺礼，清朝也回赠了礼物，还给了他一封皇帝的亲笔信。副岛种臣办完事就回国了。
李鸿章发现日本交换条约时用的只是太政官的印章，没用国玺，就要求他们换成国玺。翻译郑永宁说：“我们国家跟西方国家签条约，一直都是用太政官的印章。”李鸿章说：“你们给我们的条约副本上明明写着要用国玺，上海海关转发的日本总领事井田让他们的命令书上也用了国玺啊！”郑永宁只好答应回国换个盖了国玺的条约文本再寄过来。当时日本还没在北京设立公使馆，跟清朝的交涉事务就由俄国公使倭良嘎哩代办。
三月，十三年前的事了，日本兵船跑到厦门，说是去台湾收拾那些“生番”。李鸿章给中央写信，说：“哪个国家打仗，不得先打个招呼？这仗怎么就莫名其妙地打起来了？台湾的生番的事儿，咱们还没商量呢，他们怎么就能直接带兵去了？” 后来又听说，有个美国人叫李让礼，带了陆军，还雇了美国海军军官和兵船，想去台湾。李鸿章又给中央写信，说：“这事儿要是真的，那日本不光违背道义，坏了和咱们的关系，美国人帮忙带兵，还雇商船运送军官和武器，这都违反国际法，也跟美国之前答应帮忙调解的事儿不符啊！应该请美国大使遵守国际法，把李让礼他们叫回去，严禁商船运送日本兵。日本连个正式通知都没给，就发了个电报给上海道，说是派人去台湾调查，谁知道他们会不会趁我们不注意，直接冲进福建来？咱们得先派军舰去台湾各个港口巡逻警戒，再调几千精兵，用轮船送到凤山、琅峤附近，找个好地方驻扎起来，先下手为强！”
日本兵船突然袭击了台湾的土著部落，分三路进攻，每路五六百人。土著吓得四处逃窜，牡丹社、高士佛社、加芝来社、竹仔社都被烧了。那时候，日本兵船还停在厦门呢！台湾立刻戒严，朝廷派船政大臣沈葆桢去台湾防守。沈葆桢秘密上奏，重点说了四件事：加强外交、储备武器、储备人才、打通情报。福建浙江总督李鹤年也汇报了台湾的地形，还派水师各营分别驻扎在凤山、澎湖等地。
这个月，日本人进攻了生番的网索社、加芝来社等地，还调兵包围了龟仔角社，龟仔角社的原住民誓死不降。朝廷就派福建布政使潘霨去台湾商量防御措施。
五月，沈葆桢和潘霨带着洋人将领日意格、斯恭塞格到了台湾，他们一起上奏朝廷，提出了处理事件、加强防御、开放海禁等建议，朝廷都批准了。初八那天，潘霨跟台湾兵备道夏献纶还有洋人将领日意格、斯恭塞格等人，坐船从安平出发，到了琅峤。他们去拜访了日本中将西乡从道，给他看了沈葆桢的照会。照会的大概意思是：“生番的土地归属中国已经两百多年了，杀人偿命，这是明文规定的法律，就算他们是生番也不能轻易放过。但是，这是中国自己内部应该处理的事情，不应该麻烦贵国出兵费钱费力。可是我们听说贵国的中将突然带兵，从不通商的琅峤登陆。台湾老百姓都吓坏了，不知道犯了什么罪，让贵国不顾和约？直到我们看到贵国中将给闽浙总督的照会，才知道是因为牡丹社生番杀害了琉球难民才出兵的。不管琉球再弱小，它也有权利为自己鸣不平。就算贵国特别重视邻国，也应该先跟总理衙门商量一下再行动啊。这可是积压多年的旧案，为什么不能等几天等朝廷的回复呢？这其中的曲直是非，我想贵国也应该看得清楚。现在牡丹社已经被摧毁了，又波及到无辜的高士佛等社。来文中说要杀死凶手，请问指的是谁？说要攻打他们的心，又指的是什么呢？潘布政使在上海已经和贵国的柳原公使会面，商定要撤兵，这应该不是空话吧。可是我们听说贵国中将还在牡丹社扎营，还有要攻打卑南社的传闻。牡丹社杀害的是琉球难民，卑南社却救助了贵国的难民。这样以怨报德，我想贵国中将应该不会这么做吧。只是贵国中将给闽浙总督的照会中，提到佐藤利八在卑南番地也被抢劫了，我担心这些传闻并非空穴来风。那些凫水逃生的难民，身上应该还有一些财物可以被抢劫，天下哪有抢了别人的钱财，还愿意养着他们几个月不索要报酬的呢？就算说地方官员报上来的难民口供不足为凭，贵国给我们的回函中也没有提到抢劫一事。贵国奖励的陈安生，就是卑南社生番的头目。奖励的人和要杀的人是同一个人，贵国应该没有这样的政治体制吧。两国友好关系，都写在盟约里了，永远不会忘记。我斗胆开诚布公，说出我的愚见，还请贵国明察秋毫，给予回复。”
潘霨又去拜访了西乡从道，西乡从道以生病为由推辞了。潘霨和夏献纶就派人通知各社的社长，来了十五个社的社长，翻译了照会的大意，他们都请求保护。于是命令他们写下保证书，保证遵守约束，不敢再劫杀。潘霨他们宣示了国家的大义，还给了他们赏赐。这些社长都请求设置官员管理他们，永远归入百姓编制。因为西乡从道不肯出来，潘霨他们准备回去了。西乡从道又来拜访，坚持说生番不在中国的版图内。等到潘霨他们拿出台湾府志上记载的生番每年进贡的数额，以及各社的保证书后，西乡从道才开始缓和语气。他请求派人搭乘中国的轮船去上海，一封信交给柳原前光，一封电报发往日本厦门，请求暂时停止增兵。潘霨他们这才返回。
一开始，日本牡丹社的家伙们强行占据了台湾的土地。紧接着，有两艘日本船先后抵达台湾，一艘直接开往后山射寮港，另一艘载着两百名士兵和十几个妇女停靠在射寮港，他们还带去了各种食物、工具、农具，以及花草树木，准备在龟潭和后湾长期居住。他们看我们兵力不足，就更加肆无忌惮地提出各种要求。沈葆桢就请求朝廷派水师提督彭楚汉率领军队来台湾。日本方面又增兵驻扎在风港。沈葆桢赶紧命令营将王开俊从东港进驻枋寮，同时让戴德一营从凤山驻扎在东港作为后援。日本人水野遵则深入猪朥束、高士佛等社，又从后湾开辟道路到达龟山顶，他们驻扎在风港的军队还分兵驻扎在平埔地区，互相支援。于是，沈葆桢派通事彭城中平前往琅峤，拜见委员周有基，探问中国在各地布兵的用意。周有基回答说是巡察。沈葆桢向日军将领发出照会，劝他们撤兵。当时，李鸿章也深感台湾兵力单薄。沈葆桢请求朝廷拨调洋枪队，朝廷就奏准由提督唐定奎统领军队前往台湾协助防御。沈葆桢还上奏说：“澎湖是台湾和厦门的海上生命线，守备力量薄弱，没有强大的军队驻守，就无法振奋民心，平息战乱。请求朝廷迅速派兵前来，这样才能使台湾和澎湖的局势稳定下来，金门、厦门等地的防务也能得到巩固。”朝廷批准了他的请求。潘霨又和前任台湾镇总兵曾元福等人一起前往凤山旧城招募乡勇，并鼓励乡团组织起来保卫家园。沈葆桢还亲自前往海边的打鼓山等地，勘察要隘，修建兵营，等待淮军前来驻扎。
这个月，柳原前光来到北京，先去拜见了李鸿章。李鸿章派道员孙士达前去回访，并嘱咐柳原前光到京后不要提及兵费和觐见皇帝这两件事。日本又派大久保利通来到北京。美国领事毕德格再次出面调停，跟李鸿章说，李鸿章仍然同意柳原前光提出的三条要求，并且会增加抚恤和赔偿。
一开始，日本人刘穆斋在花莲港遇到风暴，船破了，丢了银子，就说是生番抢劫的。沈葆桢就让夏献纶去花莲港调查当地居民和船家，结果查清楚了，根本没有抢劫的事儿。只是日本人想从生番那里租地，给了他们银子，生番压根儿没收，还把之前日本人给他们的旗子之类的东西都交了出来。
沈葆桢就上奏朝廷说：“日本和约第三条规定，禁止商民引诱土著；第十四条规定，沿海未经指定为通商口岸的地方，不准船只进入；第二十七条规定，船只如果到不准通商的口岸私下买卖东西，地方官可以抓捕。现在台湾后山的歧莱地区，是中国管辖的，根本不是通商口岸。这次去歧莱的成富清风等人，拿着旅游许可证，勾结土著，都违反了和约。现在已经查清楚了，歧莱各部落根本没偷日本人银子。他们交出来的旗子、扇子什么的，我已经交给苏松太道，转交给上海的日本领事收回去，旅游许可证也收回了。他们违约乱来的事，应该由日本自己去查办。我已经把当地人和生番的证词都记录下来，上报给总署，通知日本外务省，让他们去责令日本领事按照章程处理，避免发生冲突。”朝廷同意了他的奏章。沈葆桢还下令赶紧修建安平炮台，并且筹备铁甲船。接着又下令说：“日本虽然还没动手打仗，但是这样僵持下去也不是办法。现在淮军陆续到达凤山，罗大春也已经到达苏澳、沪尾、鸡笼等地，调兵布防，加强戒备。”
沈葆桢于是加强了防御，日本人就打算撤兵了。但是西乡从道却磨磨蹭蹭的不肯马上撤退，还想让牡丹社赔付兵费。
柳原前光到了北京，首先递交了一份照会，里面说：“台湾的生番是无主之地，野蛮人，根本不用问中国。” 然后他就去觐见清廷官员。总署（相当于外交部）责问他：“台湾的生番明明是中国的领土，你怎么能说他们是‘无主野蛮’呢？你几次来北京，都没跟中国商量清楚，怎么就敢捏造说中国允许你们日本自行处理呢？” 柳原前光就开始解释辩解。 好半天，双方才商定三条：给抚恤金十万两，再给修路建房的费用四十万两，日本方面要定期撤兵并支付相关费用，最后还要互换条约。
接下来，大久保（日本代表）就派人去琅峤（今台湾恒春），让领事福岛九成去拜见沈葆桢，提出了五件事：第一，请中国派人接收；第二，请撤销两国大臣之间来往的公文；第三，请在埋葬遇害日本人的地方立碑建墓，并且允许日本人以后可以上岸去祭扫；第四，以后台湾的交涉事件，都由中国官员直接跟厦门的日本领事沟通；第五，（这里原文没有第五点，推测此处为原文缺失）。沈葆桢觉得抚恤的事已经办妥了，就同意了这几点要求。 不过，关于日本人上岸祭扫这一条，沈葆桢回复说，必须要有领事馆盖章的许可证，祭扫完毕后必须立即离开。 于是双方都派人去办理交接手续。 事情办完后，西乡从道就率领军队撤兵了。
1875年8月，日本驻华公使郑永宁给中国发来照会，要求修改之前的条约。李鸿章让天津和上海两地的官员仔细研究，逐条核实，然后向总署汇报说：“通商章程第二十八款关于进出口税的问题，不能一概而论；还有日本进口税则第八十三条关于棉布类的税收，以及日本规定日出日落之间不准打开船舱检查货物等等，这些问题都应该修改补充。但是，已经签订的条约不方便改写，总署可以另发一份照会，作为补充，附在条约后面就行了。至于严厉处罚鸦片走私那一条，日本既然有跟其他国家贸易的惯例，我们可以权宜处理，按照惯例执行，不必另外补充规定。查阅曾国藩关于日本条约的奏折，里面也提到，日本严禁传教和鸦片，中国公民违反规定，就由中国驻日官员处罚，或者遣返回国审判。而郑公使照会的最后一段，提到中国公民在日本由当地官员照料，这实际上是中国派驻官员处理事务的职责，实在没有办法再拖延了。现在横滨、长崎、神户三地华人最多，最需要派驻总理事官，每个口岸都应该挑选各行各业公正的负责人，作为副理事官，遇到事情一起商量处理，这对中日两国都有好处，应该尽快办理。” 总署也同意李鸿章的意见。
后来，日本使者又提议修改条约，想要按照西方的例子，对进口鸦片加倍处罚。李鸿章也援引西方的例子与他们争论，结果争论了很久也没能达成一致。
秋天到了，日本派使臣带着军舰去朝鲜，把朝鲜的炮台给炸了。朝鲜呢，就开炮还击了日本船只。日本特地派森有礼来中国当公使，要求中国总署给他护照，让他派人去朝鲜，还想让中国帮忙递交信件。但总署直接拒绝了。李鸿章觉得，应该由总署给朝鲜政府写信，劝朝鲜好好招待日本使臣，或者再派个使臣去日本解释一下开炮的原因，消除误会，这样才能平息事态。于是总署就派人去朝鲜问清楚情况。
朝鲜政府其实挺不愿意跟日本来往的。可日本使臣森有礼跑去拜访李鸿章，却说朝鲜不是中国的属国。他还提出了三个条件：第一，以后朝鲜要好好接待日本使臣；第二，如果日本船只因为刮风被吹到朝鲜，朝鲜要帮忙照料；第三，日本商船测量海礁，朝鲜别管。李鸿章当然回怼说朝鲜是中国的属国，这事儿明显违反条约，中国不可能不管。森有礼急着想跟朝鲜搞好关系，李鸿章就让他慢慢来。
两年后的八月，中国才派直隶候补道许钤身出使日本，还打算在日本设立理事和副理事。日本使臣森有礼又去找李鸿章，说中国商人以前都是由日本地方官员管理的，如果中国派领事官过去，日本可能不会承认。李鸿章反驳说，同治十年签订的《中日修好条规》第八条明明写着，两国可以在各自指定的口岸设立理事官。现在我们按照条约派人过去，日本凭什么不承认？日本自从签订条约后，在上海、厦门、天津都设了领事馆，中国也都按照条约接待了他们。大家都是一样的，凭什么对中国另眼相看？森有礼这下没话说了。
那一年，日本在琉球屯兵。福建巡抚丁日昌觉得琉球离台湾基隆港也就一千公里水路，建议朝廷统筹考虑，提防日本窥探，朝廷批准了。三年三月，日本国内发生内乱，向中国借枪，要一百万支，清政府给了十万支。五月，琉球国王偷偷派大臣带着信件到福建，说日本阻挠琉球向中国进贡。福建浙江总督何璟等人把这事报告朝廷，还派大臣何如璋去日本交涉。何如璋到了日本，找到日本外务省寺岛宗则商谈，还正式照会了日本外务卿，但一直没得到回应。
五年正月，日本人把在日本的琉球官员都赶回琉球，还派内务大丞松田去琉球，把琉球变成日本的一个县，强迫他们改用日本的纪元。何如璋把情况报告给清政府，又亲自去见日本内务卿伊藤博文和外务卿，但还是没谈出个结果。这时候，美国前总统格兰特来中国访问，之后还要去日本。李鸿章就托他帮忙解决琉球问题，格兰特爽快地答应了。格兰特到了日本后，提出把琉球群岛分成三部分：中部让琉球国王复国，中国和日本分别在中部和东部设置领事馆保护，南部靠近台湾，划归中国，北部靠近萨摩岛，划归日本，希望这样能解决问题。可是日本坚持说琉球是他们的属国，已经改成县了，这是他们的内政。格兰特建议双方再派高级官员协商。李鸿章于是向清政府汇报，请求照会日本外务省，请他们派高级官员来中国谈判。但是日本却想让中国派高级官员去东京谈判，就像光绪二年在烟台那样。李鸿章坚决不同意。
清朝因为和俄国废除条约的事儿起了冲突。张之洞上奏说：“俄国仗着日本做后盾，咱们得赶紧和日本联络起来。他们提出的商务条件，能答应的就早点答应，只要能做到他们两国互不支援，俄国的事儿自然就黄了。”政府采纳了这个建议，就答应了日本使臣户玑的要求，把南部的宫古、八重山两岛划归中国，并且在条约里加上了关于内地通商，要让各国都平等受益的条款。户玑又说，日本现在正和西方各国商量着增加关税和管理商民的事，美国已经同意了，请求把这些也加进条约里。总署说，既然日本和各国都在商量，那就等日本和各国都定下来之后，咱们再商量，暂时先别加进条约里。这事儿刚定下来，陈宝琛又说，跟俄国的事儿还没完呢，现在签条约这事儿不宜操之过急，跟日本的条约也不能轻易答应。两江总督刘坤一、出使日本的大臣黎庶昌、内阁学士黄体芳也各自提出了建议，但都没被采纳。 八年十二月，李鸿章又和总署商量这个条约的事儿，想按照之前的方案，以中国封贡的方式来解决，但还是没决定下来。
十年九月，日本公使榎本武扬请求在登州、牛庄两地运送豆饼。政府说，条约里没这规定啊。李鸿章说：“同治元年，总署答应了英国使臣的要求，暂时取消了对豆类的禁令，结果开了口子就很难再禁了。同治八年，上海的洋商雇佣轮船直接从牛庄装豆子运到长崎，当时总署还下令让海关总税务司查禁并处罚，结果也没成功。后来运到东洋的豆子和豆饼越来越多，正好赶上中日要签订条约，那时候豆子禁令已经取消十年了。日本使臣就以此为由提出请求，咱们就答应他们在别的通商口岸买运，但是登州、牛庄两地还是坚决不允许。日本使臣这次只请求运送豆饼这一项。中日通商章程规定的期限明年就要到了，到时候两国才能再商量修改。现在还没到修改期限呢，如果婉拒一下，拖延一下，等到重新商议的时候再办，好像也行。如果他们还是死缠烂打，那就适当通融一下，声明原条约的其他条款照旧遵守，这样既能安抚他们，又能限制他们。”
朝鲜闹乱子，日本借口保护使馆，又说中国军队打伤了日本兵，就来兴师问罪。十一月（原文正月应为农历十一月，此处按现代习惯改为公历十一月）初，他们派伊藤博文这个全权大臣来中国谈判，还带来了国书，去见了李鸿章。日本国书里说要“议办前日案件，妥商善后方法”，李鸿章觉得这是暗指朝鲜那件事。
伊藤一来就提了三个要求：第一，中国军队撤兵；第二，处罚带兵的将领；第三，赔偿日本人的损失。李鸿章觉得撤兵还可以商量，但处罚将领和赔偿损失坚决不同意。他赶紧给总署发电报，说处罚和赔偿这两条，就算不能完全答应日本人的要求，也得想办法让一步。可咱们军队进宫保护朝鲜国王，名正言顺，交战也是迫不得已，根本没理由再受处罚。伊藤死缠着要李鸿章答应这三条，李鸿章只答应撤兵，并且要求中日双方同时撤兵，伊藤也同意了。
吴大澂拟定了四条，交给伊藤：第一，双方同时撤兵；第二，中国军队训练期间，必须有中国教官参与，并且约定好时间，时间到了再撤兵；第三，以后中日两国在朝鲜的商民发生纠纷，只能派官员去处理，不能带兵，中国和日本都一样；第四，如果朝鲜发生内乱，朝鲜国王请求中国派兵，跟日本没关系，事情解决后，中国军队立刻撤兵，不再驻防。伊藤觉得这些提议不怎么样，自己又提了五条：第一，中日两国以后永远不派兵驻扎朝鲜；第二，之前的条约不影响中日两国战时的权利，如果其他国家和朝鲜开战，或者朝鲜发生叛乱，都不受第一条限制；第三，以后中日两国在朝鲜发生交涉，或者其中一国和朝鲜交涉，双方都要派官员去处理；第四，朝鲜训练士兵，应该由朝鲜自己选其他国家的军官来训练；第五，双方驻扎在朝鲜的军队，在签字盖章后四个月内必须全部撤走。李鸿章觉得伊藤这五条，主要目的是想让中日两国永远不派兵去朝鲜，所以坚决不同意。
后来朝廷下旨说：撤兵可以答应，但永远不派兵不行；至于训练士兵的事，也要明确规定中日两国都不派人去。李鸿章接到圣旨后，又跟伊藤谈判，把之前的五条改成了三条：第一，商定双方撤兵的日期；第二，中日两国都不派人去朝鲜训练士兵；第三，如果朝鲜发生重大变故，需要派兵，双方必须提前互相通知。就这样达成了协议，但处罚将领和赔偿损失的事还是没答应。不过因为当时日本兵确实是被中国军队打伤打死的，李鸿章给日本方面发电报表示遗憾，还自己写信批评了中国军队，表明这是他的个人行为，跟国家无关。三月初四，双方签署了协议，这就是中日天津会议专条。
五月十二年的时候，日本公使盐田来谈修约的事情。李鸿章觉得应该缓一缓，于是给总署发了信，说：“现在日本正在跟欧美各国修改条约，咱们应该等他们谈完之后再议，这样可以参考一下西方国家签订的那些条款。还有那个球案（指琉球问题）也应该一起商量解决，免得双方一直有隔阂。请总署考虑一下我的意见。” 结果，因为长崎的士兵互斗事件突然发生，修约的事就暂时搁置了，琉球最后就归了日本，这事儿也就不了了之了。
过了没多久，到了十三年正月，盐田因为长崎事件已经解决，就又来催促修约。总署还是让李鸿章来回复。李鸿章说：“咱们原来的条约分成修好条规和通商章程两部分。条规开头就声明双方要信守条约，永远不变。通商章程第三十二款则声明，现在订的章程十年后要重新修订。所以，章程可以商量着修改，但是条规是一点都不能改的。至于通商章程，大体上跟跟西方国家的条约也没什么太大区别。只是第十四、十五款，不准日本人把洋货运到中国内地，也不准他们到内地去买土货，这是最重要的关键。当初伊藤和柳原为此两款跟我们争论得很厉害，我坚持没改。现在日本那边新起草的条约第一款里，说要遵守日本跟其他国家的通商章程，也要遵守中国跟其他国家的通商章程，表面上看是大家一视同仁，实际上是想把十四、十五款删掉，这关系重大，所以我觉得应该缓一缓。” 当时日本伊藤博文刚上台执政，还想让中国派全权代表来谈判，但最后也没成功。
1894年三月，朝鲜爆发了东学党起义，他们向中国求救。中国就派兵过去了，日本也紧跟着派兵去了。李鸿章给驻日公使汪凤藻发电报，向日本政府抗议，但日本还是陆续增兵。起义平定后，驻韩道员袁世凯给日本驻韩公使大鸟圭介发照会，要求根据协议同时撤兵。结果，日本外务省提出了三个条件：第一，中日两国军队合作平定朝鲜内乱；第二，内乱平定后，两国分别在汉城设立委员会，监督朝鲜的财政和行政；第三，募集公债，作为朝鲜改革的经费。清政府电令汪凤藻回复日本，意思是说朝鲜的内政应该由朝鲜自己自由改革，不应该干涉。日本政府回电给汪凤藻，说朝鲜缺乏独立自主的能力，日本作为邻邦出于友好，不得不帮忙解决。接着，日本又提出了两个条件，说不管中国政府同不同意他们的提案，日本军队绝对不会撤兵。中国坚持先撤兵再谈判，日本却要求先谈判再撤兵，双方僵持不下。
七月，日本就正式宣战了，还误击了一艘英国商船“高升号”。当时，在中国的日本侨民由美国领事馆保护，在日本的中国侨民也托庇于美国领事馆。美国大使进行调停，但没有成功。战争爆发后，清军提督叶志超和卫汝贵在平壤和牙山防守，结果先溃败了，左宝贵阵亡，海军也接连战败。于是，日军渡过了鸭绿江，九连城、凤凰城、金州、海城、大连、旅顺、盖平、营口、登州这些地方一个接一个失守，威海卫也被攻破，日军袭击了刘公岛，提督丁汝昌投降，海军舰船全部被毁。
一开始，日本人就打着朝鲜的主意，到了这个时候，他们还想让我们中国割地赔款，点名要台湾，还提出了四个条件：一，派高级官员去日本谈判条约；二，赔付五亿两白银的军费；三，割让旅顺和凤凰城以东的土地；四，承认朝鲜是一个独立自主的国家。
正月里，朝廷就派张荫桓和邵友濂去日本谈判求和，结果他们寸步不让，没办法，只好再次派李鸿章全权负责。李鸿章到了日本，日本那边派伊藤博文和陆奥宗光作为全权大臣，跟李鸿章在马关谈判，谈了一个多月都没结果。 李鸿章后来还被日本刺客袭击受了伤，朝廷又让他儿子李经芳当全权帮办，最后总算签订了十一条款的条约：承认朝鲜独立，割让辽东半岛和台湾，赔款两亿两白银，还要允许日本在内地通商、内河航行、开设工厂制造土特产等等，暂时停战。
张之洞、刘坤一他们听说这事儿，赶紧使劲儿反对。俄罗斯也跟日本约法三章，德国也劝日本把辽南还回来。日本更急着要台湾，朝廷下令让台湾巡抚唐景崧把台湾交出去。台湾老百姓闹得厉害，想造反，还搬出国际法来据理力争。政府没办法，又因为王文韶、刘坤一发电报反对，这才发了道谕旨说：“新签的和约，割让了两块地，赔款两亿两，日本人咬死了非这样不可才肯罢兵。这几天大臣们上奏，都说这和约绝对不能接受。现在情况紧急，是战是和，关系重大，必须马上决定。”命令直言不讳地陈述意见。又命令李鸿章给伊藤回电，请求延期。李鸿章批准了原来的议案，发电报通知日本，说如果要修改条约另行商议，反而会加速双方决裂，请求暂时批准交换条约。于是派道员伍廷芳、联元等人去烟台换约。最初的期限是四月十四日。
伍廷芳他们到了烟台，日本使臣伊东祐亨就催着赶紧换约，限定十四日申时（下午三点）。伍廷芳反驳说停战时间到十四日夜里子时（晚上11点）为止，这才稍微缓和了一下。亥时（晚上九点）换约完毕，伊东祐亨就走了。正赶上台湾人民起义，要劫持唐景崧、刘永福守卫台湾，另找其他国家参照国际法，公平裁决。于是日本派海军提督桦山资纪去台湾，限期交割。政府就派李经芳做交付台湾大臣。李经芳到了澎湖，在船上跟桦山资纪办理了交接手续。从此台湾就属于日本了。
后来商议归还辽东，日本派林董做全权代表，跟李鸿章谈判，争论了很久也没结果。后来决定分成六款：一，归还辽南地区；二，赔付军费三千万两；三，三个月内付清款项并撤兵；四，宽大处理日本军队占领期间所有涉及日本人的中国臣民；五，汉文、日文如有翻译歧义，以英文为准；六，两国批准并在上面签字盖章之日起，在北京互换条约。又订立了一个特别条款，在议定后的五天内互相告知，以便迅速执行。这就是《中日辽南条约》。
首先，日本跟咱们签的新约第六款里，说要在苏州、杭州、重庆、沙市这些地方开设通商口岸，让日本人随便进出。第二，日本船可以开到咱们各个港口装卸货物和旅客。第三，日本人可以在中国内地买东西，不管是加工品还是土特产。第四，日本人可以在中国开工厂，可以把机器运进来，只交进口税，他们在中国的产品，就跟从日本运来的货一样对待。朝廷觉得这样损失太大，想挽回损失。正赶上要重新商讨通商条约，就让国内外的官员一起商量对策。廖寿丰、谭继洵、鹿传霖都提出了意见，但张之洞的意见最直接，他还拟定了十九条应对措施，发电报给总署，请朝廷批准。
第一，宁波口岸没租界这一说，外国人住的地方在江北岸，就叫外国人居住地，那里的治安，都是浙江海关道出钱雇外国人做的。现在日本新开的苏州、杭州、沙市这三个口岸，都在内地，跟海港不一样，应该按照宁波的章程办，不设租界，只划定一块地方，叫通商区。这块地方还是中国管，治安、抓小偷、修路这些事，都由地方官员出钱雇人干，不准日本人自己设警察，免得侵犯我们的管辖权。第二，开工厂这事儿，本来只说的是通商口岸，咱们的文字有点含糊，容易让人误以为包括内地，得改改。“随便”这两个字太宽泛了，得限定一下。第三，要通知产货的地方，必须先交税，才能卖货，洋商、华商都一样。日本人要在内地买土货，只能暂时租个仓库放着，不准自己开店，也不准直接从老百姓手里买，免得影响咱们的税收，也防止华商用洋票逃税。
第四，在内地买土货，可以租仓库暂时存放，但不能买房买地，也不能挂招牌。买的土货，必须运出去，不能在内地倒卖。洋货运到内地，必须批发，不能零售。租仓库得付地方的费用，按华人的房屋税率来交。第五，日本人要在内地开工厂生产土货，出厂后要交全税，运到通商口岸，不管是卖到内地还是运到国外，都要再交一半的税。第六，以前的通商条约里说，各种器物和食物进口通商口岸可以免税，那是给洋商自己用的。如果用来卖，就按货物价值的百分之五交税，不能借口是家用东西就逃税。第七，日本船不准贩卖食盐。第八，大米、粮食、铜钱不准运到国外。第九，军火禁止贩卖，没有官方许可证，不准进口。第十，日本船不准拖带民船，防止逃税。第十一，日本内河船的大小和时间，都要有限制，别影响咱们的船。第十二，日本船只能在指定港口装卸货物和人员，不准沿途停靠。第十三，内河船要收船费，比长江的要多，用来修河道。第十四，日本人到内地经商，不准剃光头穿中国衣服，违反者按间谍论处。第十五，雇佣中国人工作，必须按天给工钱，让他们自己决定干不干，不能签合同限制他们，也不能压迫他们，打骂他们。第十六，安装机器，制造东西，不能危及百姓生命，才能批准，不能借口“随便”这两个字。第十七，船只如果不是日本人自己买的，也不能挂日本旗，如果冒名顶替，查出来就充公。第十八，工厂里如果藏匿违法中国人，地方官员要通知领事，同时派人去抓，厂主不能包庇。如果厂主确实不知道，按外国人的规矩，得存钱担保，等审讯的时候把人交出来。第十九，如果工厂里的中国工人闹事，破坏机器和厂房，地方官员只管抓人，不管赔偿。如果只是罢工，应该由厂主自己解决，官府不管。于是派张荫桓做全权大臣，跟日本使臣林董谈判条约。林董提出了四十款条约草案，张之洞给总署发电报请求驳斥，然后全权大臣又拟定了新的条约草案跟林董谈，拖了好久都没谈拢。那年苏州开商埠，日本人想马上开船，总署说租界还没定，海关还没设，开船不方便。日本还想在租界设警察局和工程局，总署援引宁波的章程，又不同意。
二十二年正月，开始跟日本人谈生意，张荫桓把日本人起草的条约删掉了九款，又修改了七款。 其中，第三十四、三十五、三十六款是关于日本官商财产、商民事件以及享受他国待遇的问题。 日本人之前的条约里，这些方面都没能做到跟其他国家一样，所以没办法拒绝，最后按照英国条约第二十四款改成了一条，把这三款删掉了。 就这样，条约谈妥了。
一开始，马关条约允许开放四个通商口岸，本来条约里写着要按照已经开放的口岸和内地城镇的章程来办理。 中国想用宁波的办法做标准，但日本人想照搬上海的章程，专门设立租界，没办法，我们只好答应了。
所以那一年就开了四个口岸的租界。 最开始开沙市租界的时候，因为地势低洼，日本人要求我们修堤坝，但我们说这跟其他国家的惯例不一样，就拒绝了。 他们又想在汉口城外德国租界旁边，沿着江边要三百丈长的地做租界，我们说他们要的地在我们计划修建铁路的地方，不能给，只允许在德国租界一千丈以外，靠近铁路的地方，给他们三百丈的租界地。 为此，我们声明了两条，写进了条约里：“一，靠近铁路的江岸，日本方面一年内必须自己修建堤岸，以确保安全；二，租界地里铁路经过的地方，铁路公司已经买下的土地，多少面积都应该仍然归铁路总公司管理，互不干涉”。
二十四年三月，日本使臣来到总署，请求在沙市租界还没确定之前，允许日本商人暂时免交厘金，我们同意了。
话说这年（光绪二十六年）的正月，沙市住着些湖南老乡，跟招商局闹了点矛盾，结果火烧到了日本领事馆。日本驻沙市领事永泷立马跑去跟日本公使矢野告状，提出了五条要求，后来又加了四条，具体是：一，赔款一万八千两；二，拿出八万六千多两修沿江大堤，中日两国各出一半；三，日本租界里的道路免租金；四，租界里的地价也给减减。
张之洞马上给中央政府发了电报，说：“第一条赔款一万八千两，我觉得给一万两差不多得了。第二条，修大堤的事，中日各出一半，对双方都有好处，可以同意。第三条，租界道路免租可以，但地价不能免。第四条，租界地价减价，这个可以同意。” 事情就这样解决了。五月，允许中国商民住在日本租界，这可是照着德国租界的例子办的。六月，驻沙市的日本领事又来要求把地价减半，道路沟渠的地价按十分之一算，政府也答应了。七月，政府决定派学生去日本留学。十月，日本公使矢野又来要求中国北洋、南洋和湖北三地各派一些军事学生去日本学习军事。
二十六年春天，拳匪造反，杀害了日本使馆的书记官杉山彬和德国公使克林德，各国都出兵干预。日本派福岛正安率兵去了天津。六月，日军和各国联军一起攻打天津城。七月二十日，联军攻入北京城。当时政府已经特别召见李鸿章，结果李鸿章还没到北京，城就被攻破了，慈禧太后和光绪皇帝都逃跑了。日本外务省给李鸿章等人发电报，让他们负责善后。福岛正安又要求奕劻赶紧回北京，奕劻就成了全权大臣，和李鸿章一起议和。 正巧，盛京将军增祺跟俄国私下签订了一个暂时的协议，日本外务省认为，正式的条约还没定，不应该私下签协议，俄国的协议应该公开协商，跟英国、德国一起商量。但劝了俄国半天，俄国就是不听。
这时候，祸首已经受到了惩罚，公约也签订了，但是因为日本使馆书记官杉山彬被害，朝廷特地派户部侍郎那桐去日本道歉，赔了四百五十万两白银（实际日本要求的是三千七百九十三万一千两），但那桐说是因为俄国不肯退出东三省，俄国私下签订的条约也不公开协商，所以才这样。
1896年三月，日本领事小田切奉命找到张之洞，提了一堆事儿。首先，他汇报了阻止俄国和中国签订条约的情况；然后，劝张之洞买外国的药品；接着，又建议湖北、湖南两省联合上奏，修改东三省的官制章程；此外，他还想和中国商人合伙开银行，以及和招商局合作发展江海轮船。 他还提出了三条商业条约：第一，美国使臣不愿意加税，日本想和美国一样；第二，要长沙、常德开通商埠；第三，要允许大米出口。张之洞一一回应了这些要求，并将小田切提出的内容写信给商约大臣吕海寰等人商议。
没过多久，日本商税使日置益和小田切又送来了十款新条约，主要内容都是关于减税、免税、航运、开埠、居住、合资等等，全是日本方面占便宜的特殊利益。当时中国正在和英国谈判条约，我们的态度是：英国已经答应的，我们也答应；英国没答应的，我们也不答应。和日本几次谈判都没谈成。
九月，中国方面换了伍廷芳当商约大臣，还派了袁世凯去参加谈判。日本方面在加税和免税的问题上，仍然不同意像对英国那样加到百分之十二点五，只同意征收百分之十的税。更过分的是，他们想把从日本运到中国的煤炭、棉纱和所有棉制品都免税，这和对英国的条约完全相悖，中国当然不同意。不过，关于川江航运设施的修建、内河航运和修船章程、中日商人合资经营、保护商标、改定货币这些条款，和英约内容相同，中国都同意了。 在商标保护条款里，我们还增加了版权保护的内容；在内河航运条款里，我们增加了照会声明，往来东三省的轮船也要按照内河章程办理，日本方面不能拒绝。 至于其他条款，比如要求开放更多口岸，允许日本人随意居住在通商口岸城市，以及度量衡的统一，还有大米出口这些，我们都拒绝了。
日本使臣内田康哉跑到北京，又提出了北京开埠、加税免税、大米出口这三条，想在北京和张之洞谈，其他的事再回上海谈。当时张之洞在北京，外交部回复说不能分两个地方谈，于是谈判暂时搁置了。
十月的时候，汉口那边正讨论着给比利时租界增加日本租界的事儿。一开始，日本要三百方丈的租界地，最后只给了他们一百方丈，剩下的二百方丈留着给中国公司用。当时日本大使说得明明白白，要是日租界以外的地方再给别的国家租出去，日本还得照原计划再要回那二百方丈。现在给比利时租界的地就剩大概三百丈了，打算再给日本租界一百五十丈，还留下一百五十丈给华业公司，留给中国官商自己用。可日本还是不同意，死活不让。 日本还想搞个两湖轮船公司，想跟中方合资，结果也没成。这个月，驻扎在汉口的日本军队撤走了。
过了一阵子，又开始谈合约的事了。日本大使内田康哉和张之洞在北京开会，商量了好几个月，才慢慢有了眉目。然后他们就给总署发了电报，说我们同意了他们三件事：第一，对日方按各国一样的税率征税；第二，查禁违禁书报；第三，对在日本的中国人民要大力优待。 而有几件事被我们驳回了：第一，他们想把米谷运出去；第二，想在口岸城镇随意居住；第三，想要常德府等九个地方的口岸。 还有一件事是他们拿来要挟我们的：只有各国在华的护路护馆军队全部撤走后，北京才能开埠。
因为对中国商民有利，能解决一些积弊，所以我们同意了他们几件事：度量衡的一款；根据上海条约原文修改了一些字句的关于改定国币、内港行轮、川江设施拖揽的条款；因为英国已经有了，所以我们也同意了他们关于长沙通商的条款。其他的都跟上海条约原文一样。 他们还给外交部和吕海寰等人发了电报，说日本在东北三省开埠的事，要按照美约的条款来，不过安东县改成了大东沟，因为大东沟是日本最初要求的。后来他们又要求安东县，我们反复商量争论，内田才同意把安东县删掉。 最后，合约在二十九年八月十八日在上海签字，这就是中日商约。 这一年，我们跟日本大使还商量着要回以前借给他们的汉口大阪马头的土地，但一直没要回来。 还有，盛宣怀跟日本签订了汉冶萍矿借款合同，借款三百万元，利息六厘，约定三十年还清，不用还现银，直接从矿石收益里扣除。
三十年前，日本三井公司在汉口买了16000吨生铁。正赶上日俄战争爆发，中国担心保持中立会带来麻烦，想阻止这笔交易。结果日本领事永泷来信说，这批生铁不在战时禁运的货物清单里。日本大使也来信声明，这些生铁是用于工商业生产的，不能算作禁运货物。所以，这笔交易最后就批准了。
一年后，日本打赢了俄国，两国开始谈判和约。咱们政府就指示外交部向日俄两国发出照会，意思就是说：凡是跟中国有关的事情，如果中国都不知道，以后我们可就不承认了！ 同年十一月二十六号，庆亲王奕劻代表外交部，跟日本大使小村寿太郎和公使内田康哉签署了新的条约。正约就三条：第一，俄国让出的所有好处，中国政府都得接受；第二，中俄之前签订的关于租借土地修建铁路等等协议，日本都得遵守；第三，这个条约一签字就生效。附约十二条：第一，中国要自己开发东三省的商埠；二、三，是关于撤兵的事宜；第四，日本答应把占领的公私财产，在撤兵前后都还回来；六、七、八，是关于安奉铁路的建设；第九，要另外签订关于奉天日本租界管理办法；第十，在鸭绿江右岸成立一个中日合资的木材公司；十一、十二，中日双方要享有最惠国待遇。
到了三十二年，日本人成立了南满洲铁道株式会社，并在关东州设立了都督府，还派了五个领事，总领事就驻在奉天。安奉铁路以外，还有间岛的领土问题，抚顺煤矿、新法铁路、营口支线、新奉铁路、吉长铁路的贷款等等问题，东三省总督赵尔巽、徐世昌以及外务部尚书袁世凯都跟日本大使争论过，可是争了很久也没解决。
三月，也就是1906年三月，咱们外交部的大臣那桐跟日本驻北京的大使林权助签了个新条约，一共七条，是关于奉天到吉林的铁路的。 前两条呢，简单来说，就是咱们花166万日元从日本人手里买下他们已经建好的奉天到新宾的铁路，剩下的从辽河往东修建的部分，还有吉林到长春的铁路，需要借钱，一半的钱从南满洲铁路公司借。
第三条，除了还款期限不一样，其他的都按照山海关内外铁路借款合同的规定来办。 这个条约里还有一些重要的细节，一共六条：第一，还款期限，辽河以东那段十六年还清，吉林到长春那段二十五年还清，提前可不能还；第二，借款是用铁路和铁路收入做担保的，没还清之前，不能拿铁路抵押借别的钱，咱们自己修建其他的铁路，跟南满洲铁路公司没关系；第三，借款的本金和利息，咱们政府担保，要是到期还不还钱，政府就得替你还，或者把铁路交给公司暂时管理；第四，借款期间，总工程师必须是日本人，还得加一个日本籍的铁路会计；第五，要是遇到军事运输或者赈灾，政府在铁路运输军队和粮食，不用给钱；第六，铁路的收入，必须存到日本银行。
第四条，就是跟南满洲铁路公司签署关于辽河以东和吉林到长春铁路的借款合同。第五条，咱们的奉天到新宾铁路和吉林到长春铁路，都要跟南满洲铁路连接起来，得派人一起制定章程。第六条，借款的实际价值，就按照咱们最近跟其他国家借款的标准来定。 这合约签完后，日本人又提要求，想把吉林到长春的铁路延长到延吉厅的南边，跟韩国会宁的铁路接起来，而且按照吉林到长春铁路的模式，从南满洲铁路公司借一半的钱来修。 咱们政府不同意，这事儿就搁置了。
三十四年，也就是1912年，日本突然又提起了安奉铁路的事儿，要求咱们解决。之前在《满洲善后协约》的附件里，已经答应安奉铁路继续由日本经营，改成商业铁路，并且约定从铁路完工那天算起，十五年内都是他们管。现在他们又提出来了，咱们邮传部就派了委员和日本方面的委员一起，去勘察改进后的新线路。日本政府还要求，一勘定线路就马上买地基。东三省总督锡良只同意按照老线路改建，还要求日本撤走铁路上的守备兵和警察什么的，但日本不同意，直接让铁路公司随便开工，海陆都派兵警戒。没办法，只能让锡良和奉天巡抚程德全一起，跟日本奉天总领事签署了《安奉铁路协约》，这事儿是宣统元年七月发生的。协约主要内容如下：第一，中国承认之前两国委员勘察的线路，从陈相屯到奉天这一段，再由两国协商决定；第二，轨道要和京奉铁路一样；第三，协约签字当天，就要协商购买土地和其他一切细节；第四，协约签字第二天，就要赶紧开工；第五，铁路沿线的中国地方官员，要好好配合工程建设。
没过多久，间岛的问题又闹起来了。这事儿还得从康熙年间说起，当时政府和朝鲜划定国界，在鸭绿江、图们江水源的长白山上立了界碑，规定西边以鸭绿江为界，东边以图们江为界。图们江中间有个江心滩，面积不到两千亩，因为地处江中，四面环水，所以叫它“间岛”。这地方以前属于吉林，但是皇室把长白山一带当成发祥地，不许老百姓住，所以吉林东部人烟稀少，间岛就更荒凉了。到了同治年间，朝鲜钟城闹饥荒，很多人就渡过图们江，跑到间岛来住，每年还按时交地租给咱们吉林的光霁峪经历署。到了光绪初年，朝鲜人突然要求免交地租，政府觉得这是主权问题，就下令让朝鲜人离开间岛，但没成功，于是就设立了延吉厅来管辖，间岛还是允许朝鲜人居住，继续交地租。
日俄战争之后，日本人伊藤博文派斋藤中佐带兵占领了间岛。咱们政府跟日本大使交涉，日本大使说光霁峪以东是东间岛，和龙峪一带是西间岛，这地方是两国边界没定下来的争议区域。他还说，长白山上的界碑上写着土门江是界河，朝鲜人管海兰河叫“土门河”，图们江其实是豆满江，不是“土门江”，所以中韩边境其实是海兰河。
我们中国就反驳说，“土门”、“豆满”、“图们”这几个名字其实都是一个意思，图们江南岸的界碑明明在那儿立着呢，证据确凿！再说，光绪十三年，朝鲜国王还给北洋大臣写信，声明鸭绿江和豆满江是两国边界，这说明豆满江就是土门江，没跑儿！可日本人就是不认账。
后来，日本大使伊集院彦吉跟咱们的外务部尚书梁敦彦又提起了这事儿，最后签了个《间岛条约》：第一，中日两国约定以图们江为中韩两国的国境线，江源地区以界碑为起点，沿着石乙水划界；第二，中国允许外国人到龙井村、局子街、头道沟、百草沟这些地方做买卖，日本可以在这些地方设领事馆；第三，中国允许朝鲜人在图们江北岸开垦土地居住；第四，图们江沿岸开垦土地的朝鲜人，要遵守中国的法律，由中国的官员管辖和审判，中国官员对这些朝鲜人和中国人一视同仁，纳税和其他行政处罚都一样；第五，朝鲜人的诉讼案件，由中国官员按照中国法律公平处理，日本领事或委员可以随时旁听，但是如果是人命案，必须先通知日本领事到场。如果中国判案不公，日本领事可以要求复审；第六，图们江沿岸居住的朝鲜人的财产，中国官员要像保护中国人民的财产一样保护他们的财产，图们江沿岸，双方人民可以自由通行，但是没有护照之类的证件，不能带武器过境；第七，中国要把吉长铁路修到延吉南边的边界，和朝鲜的会宁铁路连接起来，修建和管理都跟吉长铁路一样；第八，条约签字后，日本统监府的机构和人员要在两个月内全部撤走。
条约签了，政府就派吴禄贞去延吉当边务大臣。
咱们当时要跟日本谈五件事儿，都是跟铁路和矿产有关的。首先是“新法铁道”，就是从新民屯修到法库门的那条铁路。政府想借英国的钱修这条路，想跟南满铁路分庭抗礼，结果日本说这是跟南满铁路抢生意，强烈反对。
然后是“营口支线”。这事儿还得追溯到光绪二十五年，东清铁路公司说要修旅顺到哈尔滨的铁路，可以先修个营口支线运送材料，铁路修好后就拆掉。可日俄战争后，南满铁路落到日本人手里了，咱们政府要求他们拆掉营口支线，他们就是不同意。
还有“抚顺炭矿”，离奉天城东边六十里，日本公使说这是东清铁路的附属物，所有权应该归他们。咱们政府说煤矿离东清铁路三十里远呢，不算附属物，可日本使者不同意。烟台的煤矿也是一样，这些事都成了悬案。
因为安奉铁路的事儿，最后我们这么约定的：第一，如果中国要修新法铁道，得先跟日本商量；第二，中国允许日本保留营口支线，等到南满铁路的期限到了，咱们一起把支线还给他们，而且允许他们把支线延长到营口新市街；第三，中国承认日本有权开采抚顺和烟台的煤矿，但日本得承认这些煤矿的煤炭要按中国的税法纳税，税率按照中国其他地方最低的煤炭税来定，具体怎么收税，矿区范围和各种章程，都得另设委员会来决定；第四，安奉铁路沿线和南满铁路干线沿线的矿产，除了抚顺和烟台，就按照光绪三十三年东三省督抚和奉天日本总领事商量好的原则，中日合办；第五，京奉铁路一直修到奉天城根，日本没意见。
就这样，南满洲的局势一下子就变了。
吉林和奉天两地的贷款明细，很快就谈妥了。之后，关于锦州到齐齐哈尔铁路、渤海渔权和领海、鸭绿江大桥、南满铁路附属电线、收购日本关东军使用的电线以及旅顺到芝罘的海底电线等等一系列谈判，就陆续开始了。 这锦州到齐齐哈尔铁路，就是从锦州经过洮南到齐齐哈尔的那条铁路。日本最初同意中国自己修建，但是要求昌图到洮南段的铁路由日本负责修建。等到了满洲的各项协约签订之后，英国和美国又争着要贷给中国款修建锦齐铁路，多次跟中国交涉，结果都失败了。
关于渤海渔业和领海的谈判，从光绪三十二年开始，中国就对关东渔业团征收渔业税。日本领事多次要求住在关东的日本人拥有满洲沿岸的渔业权。为了躲避税收，日本渔业团全都跑到距离海岸三海里以外的公海捕鱼。东三省总督锡良通知日本领事，说三海里以外的海域是中国领海，应该按照中国的渔业规定收税。日本领事却说三海里以外是公海，拒绝交税。 鸭绿江大桥的修建是为了连接满洲和朝鲜，按照安奉铁路的合同约定，十五年后归还中国。南满铁路附属的电线，本来是中国自己安装的，却被日本占领了，后来虽然说是公用，但中国抗议无效。还有日俄战争期间，日本在南满洲安装的军用电线，战争结束后，应该归还中国，日本一开始拒绝，后来才同意卖给中国。旅顺到芝罘的海底电线，是俄国铺设的，战争期间都断了。这时候，日本要求沿这条海底电线直通芝罘的日本电线局，但被中国拒绝了。最后，只同意把距离芝罘海岸七里半以内的一小部分归还中国，其余都归日本所有。之后，日俄协约又开始谈判了，于是东三省的大局又发生了变化。
