宋太宗刚打下中原地区，中书令耶律楚材建议用儒家的选士方法选拔人才，太宗采纳了他的建议。
过了九年，秋天八月，皇帝下诏，命令断事官术忽和山西东路课税所的长官刘中，到全国各地去考试。考试内容分经义、词赋两科，考试时间为三天，每天考一科，如果有人能兼顾两科也行，但必须保证文章的文义通顺才能算合格。考试合格的人，就免除他们的赋役，让他们跟各地的长官一起办公。这次考试选拔出来的人，像东平人杨奂等等，一共好几十人，都是当时有名的才子。但是，当时也有很多人觉得这种考试方法不好，所以这件事后来就停了。
元世祖忽必烈刚开始当皇帝的时候，就下令让丞相史天泽去准备一些重要的事情，其中就包括科举考试，但是后来没实行。过了四年，也就是元世祖至元四年九月，翰林学士承旨王鹗等人又提议实行科举考试制度。他们从周朝的制度说起，然后又讲到汉、隋、唐朝的考试科目，最后还说到辽、金两朝的选拔人才的办法，以及元太宗时期选拔人才的成功经验。他们说：“现在贡举制度废除了，读书人没有办法做官，有的就当个小吏，有的给官员当仆人，有的就学点技术当个工匠或商人。现在看来，科举考试是当务之急，更何况这是以前朝代的旧制度，更应该恢复。” 奏章递上去后，皇帝说：“这真是个好办法，那就实行吧！”
中书省左三部和翰林学士们一起制定实施方案，又提议说：“按照以前朝代的制度设立国子监，挑选蒙古各级官员的子孙一百人，专门请老师教他们学习经书，等他们学成之后再进行考核，这样勋贵人家也能人才辈出，方便以后提拔重用。” 到了至元十一年十一月，元成宗铁穆耳还在当太子的时候，朝廷大臣们又上奏说：“去年奉旨要实行科举考试，现在把翰林院老臣们讨论出来的方案呈报上来。” 皇帝下令批准设立蒙古进士科和汉人进士科，并根据实际情况制定制度，但这事儿还没开始实施。
又过了十年，到了至元二十一年九月，丞相火鲁火孙和留梦炎等人说，十一月的时候中书省的大臣们上奏说，现在天下学习儒家经典的人很少，而通过做小吏当官的人却很多。皇帝问：“那怎么办呢？”他们回答说：“只有恢复科举考试才方便。凡是蒙古的读书人和儒生、算命先生、医生，都应该参加考试，这样他们才会认真学习。” 皇帝同意了他们的建议。 接着，许衡也提出了关于学校和科举考试的方案，他建议取消诗赋考试，重视经学，制定新的考试制度。虽然这些事情还没来得及实行，但是科举考试的制度已经建立起来了。
公元1287年（元仁宗皇庆二年）十月，中书省的官员上奏说：科举考试，咱们元朝的世祖、裕宗皇帝都曾经下令实行过，成宗、武宗皇帝后来也下过旨意，现在却没动静了，我担心有人在从中作梗。选拔人才的方法，经学是修身治国平天下的根本，词赋只是华丽辞藻的堆砌。隋唐以来，选拔人才过分看重词赋，导致士风浮夸。我们现在拟定的考试方案，律赋、诗歌、小赋这些都不考了，专门设立德行和经学的科目来选拔人才，这样才能选到真正的人才。皇帝觉得这个主意不错。
十一月，皇帝下诏说：咱们祖宗凭借神武之力平定天下，世祖皇帝设立官职，征召儒雅之士，重视学校教育，创立科举制度选拔人才，规模宏大，眼光长远啊！我这个不肖子孙，继承了祖业，要继续完成祖宗的事业，祖训就是我的准则。从三代以来，选拔人才都有不同的科目，但归根结底，选拔人才应该以德行为首要条件，考试内容应该以经学为重，词赋次之。华而不实，是我所不取的。所以，我命令中书省参考古今，制定具体的考试制度。
皇庆三年八月，全国各郡县要推荐贤能之士，充实各级官府；次年二月在京城举行考试，考中的人，我要亲自面试。具体实施办法如下：科举考试每三年举行一次。举人由其籍贯所属官府从各种户籍中推荐，年龄必须在25岁以上，乡里称赞他孝顺友爱，朋友佩服他的诚信义气，是经学精通、品德高尚的人，要隆重推荐，并提供路费，送到各路府。如果有人徇私舞弊，或者该推荐而不推荐的，监察御史和肃政廉访司要调查处理。考试程序如下：蒙古人和色目人，第一场考经义五道题，题目出自《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》，使用朱熹的注释本。义理精深，文章典雅者为考中。第二场考策论一道，题目是时政问题，字数要超过五百字。汉人和南人，第一场考明经，经义两道题，题目出自《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》，也使用朱熹的注释本，还要结合自己的理解作答，字数要超过三百字；经义一道题，每人选择一本经典，考《诗经》以朱熹的注释为主，《尚书》以蔡沈的注释为主，《周易》以程颐、朱熹的注释为主，以上三经都要参考古代的注释；考《春秋》可以使用《左传》、《公羊传》、《穀梁传》和胡安国的注释；考《礼记》使用古代的注释，字数要超过五百字，不限格律。第二场考古赋、诏诰、章表，古赋和诏诰用古体，章表用四六文，也可以用古体。第三场考策论一道，题目出自经史和时政，不要追求华丽的辞藻，只要直截了当，字数要超过一千字。蒙古人和色目人，如果愿意参加汉人和南人的考试，考中者可以提升一级。蒙古人和色目人一榜，汉人和南人一榜。第一名赐进士及第，从六品；第二名以下及第二甲，都是正七品；第三甲以下，都是正八品，两榜相同。各地官府如果延误考试日期，监察御史和肃政廉访司要追究责任。流官子孙的荫叙，沿用旧制，如果愿意参加考试并考中，可以提升一级。在职官员，即使没有入流品级，也可以参加考试。如果考中者已经有九品以上官职，比照其原有品级提升一级；如果没有品级，就按照考试结果优录。乡试地点和其他细则，由中书省议定执行。
经明行修，庶得真儒之用；风移俗易，益臻至治之隆。咨尔多方，体予至意。
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中书省那边定下来的考试流程是这样的：乡试考中了，要给每个考生发个合格证明，然后把考生的卷子，连同录取名单一起，送到行省，行省再转交给中央的礼部。同时，还要通知宣慰司和各个地方的关卡，让他们配合礼部，并通知监察御史和廉访司，按照录取名单去核查，然后把核查结果上报给御史台，再转交给中央。这样才能作为最终录取的凭证。
乡试考试时间安排在八月二十号。蒙古人和色目人考经义问答五题；汉人和南人考明经经义疑难问题两道，和一篇经义。二十三号，蒙古人和色目人考策论一道；汉人和南人考古赋、诏诰、章表、内科文章一道。二十六号，汉人和南人再考策论一道。
会试考试，省部按照乡试的流程，在次年二月初一考第一场，初三考第二场，初五考第三场。
殿试，也就是皇帝亲自考试，在三月初七举行。考试前要先任命两名考试官、两名监察御史和两名读卷官进宫考试。
每个考生考试的时候，都要安排一个怯薛歹（蒙古武士）看守。汉人和南人考策论一道，字数要超过一千字；蒙古人和色目人考时务策一道，字数要超过五百字。
选拔考试官，行省和宣慰司以及各个地方，如果有行台和廉访司，都要和御史台一起商量选人。上都和中都的考试官，则从省部里选，还要从监察御史和廉访司里各选一人去监考。每个考场都要安排一名考试官和一名副考试官，这些人都得是从在职或退休的德高望重、有学问的官员中挑选；还要选一名封卷官和一名誊录官，从廉洁干练、有文资的官员中选。所有誊录试卷和传递文件，都必须用朱砂书写，并且要加盖印章，防止舞弊。省部会试，中央要选派一名主考官、一名副主考官，四名考试官，两名监察御史，以及封卷官、誊录官、对读官、看门的等等。
乡试考试的地点分十一个行省：河南、陕西、辽阳、四川、甘肃、云南、岭北、征东、江浙、江西、湖广。还有两个宣慰司：河东、山东。直隶地区则由省部直接管辖，分为四个地方：真定、东平、大都、上都。
全国选拔合格的考生三百人参加会试，从中录取一百人。内蒙古、色目、汉人、南人分别考试，每组二十五人。蒙古族录取七十五名合格考生：大都十五人，上都六人，河东五人，真定等地五人，东平等地五人，山东四人，辽阳五人，河南五人，陕西五人，甘肃三人，岭北三人，江浙五人，江西三人，湖广三人，四川一人，云南一人，征东一人。
色目人录取七十五名合格考生：大都十人，上都四人，河东四人，东平等地四人，山东五人，真定等地五人，河南五人，四川三人，甘肃二人，陕西三人，岭北二人，辽阳二人，云南二人，征东一人，湖广七人，江浙十人，江西六人。
汉人录取七十五名合格考生：大都十人，上都四人，真定等地十一人，东平等地九人，山东七人，河东七人，河南九人，四川五人，云南二人，甘肃二人，岭北一人，陕西五人，辽阳二人，征东一人。
南人录取七十五名合格考生：湖广十八人，江浙二十八人，江西二十二人，河南七人。
乡试和会试，只允许携带《礼部韵略》，其他任何文字材料都不允许带入考场。要安排一名专门搜查考生是否夹带的官员，每名考生由一名士兵看守，没有士兵的地方，就由巡逻士兵负责。
要指派一位廉洁的官员负责检查考场，安排考生的座位，务必保证考生之间距离足够远。而且，从考官入场开始，就要一直有人值守，看管考场大门。
乡试和会试的弥封、誊录、对读等环节的工作人员，由各衙门根据实际情况安排。
试卷不按格式要求答题，或者犯了忌讳，或者出现文理不通、涂改字数超过五十字的情况，都不予评阅。誊录人员要将试卷用朱砂誊抄一遍，准确计算涂改字数，核对无误后，将朱卷逐一送交考场。如果朱卷上有涂改，也要标明字数，并由誊录官员签字盖章。等到考卷评阅完毕，录取人数确定后，就抄录中选考生的号码，找到他们的原卷，请监考官、主考官和考官一起核对，然后开卷阅览。
好家伙，参加乡试的举人啊，得自己准备三场考试的卷子，还有草稿，一共十二张纸，每场四张。卷子开头要写上自己的祖宗三代、籍贯和年龄，考试前半个月得把卷子送到指定的收卷地方。那边会登记造册，盖章缝好，再把卷子还给你。
考试当天，天没亮就得进考场，天黑了才收卷。收卷的官员把卷子送到密封的地方，写上考号，封好后，再送到誊抄的地方去。考试结束以后，要是各地送来的贡生和被推荐的读书人，得让他们回原籍参加考试。
那些唱戏的、有残疾的、犯了十恶不赦罪行的，都不能参加考试。考试的时候，举人们在考场里不许大声喧哗，要是违反了，就要治罪，而且往后推迟两次考试资格。
举人和考试的官员要是五服之内的亲戚，举人自己必须回避，再另外安排官员来批改他的卷子。要是该回避却没主动说明的，就往后推迟一次考试资格。
乡试和会试，要是有人作弊或者找人代考的，还有汉人、南方人穿着孝服参加考试的，都得往后推迟两次考试资格。
国子监的学生和伴读出身的，按照以前的规定，愿意参加考试的都可以。要是考中了，在国子监学习的，还能根据他们的品级，优先安排官职。
其他地方来投靠的蒙古人、色目人和汉人，要是长期住在北京或上都，有固定房产的，可以由两京的官府按照上面的规定推荐参加考试，其他的假冒籍贯的，就要治罪。
负责贡举考试的官员以下，都要到公堂集合，一起商量一下考试的具体事宜。
好家伙，这规矩可真多！首先，要是有人在弥封处打听举人试卷的封号姓名，或者泄露考试内容的，要严惩！要是考试题目还没公布就泄露了，允许别人举报。对读试卷的官员不能偷懒让下属代劳，要是对读完后出现差错影响考校的，要处罚。誊录的人要是字写得不好或者出错影响考校的，要重罚！
要是官吏故意放纵举人私自带试卷出考场，或者工作人员知情还帮忙传递的，允许举报。监考官负责考场秩序，不能干预考校成绩。考场里的人不许和考场外的人说话。闲杂人等不准随便进考场。举人要是诽谤主考官，或者闹事不服管教的，要治罪。
考试的时候，举人无故不戴帽子，或者乱换座位，或者和亲戚朋友坐一起却不主动说明的，或者找人代笔的，一律轰出去！撕毁试卷封面的，要追究责任。试卷上写其他无关内容的，取消考试资格；要是写诽谤的话，要追究责任。考试期间，给举人传递文书或者收受贿赂的，允许举报。举人在草稿纸上写东西的，张榜公布取消考试资格。科举文章里不许写自己家境如何辛苦，誊录的人要检查，违反规定的，不誊录，报考试院张榜公布取消资格。
冒名顶替考试的，或者收钱帮人代笔的，允许举报。考试没考好还乱告状的，要治罪。看门的官员要仔细检查出入物品，该收的物品要拆封检查。巡逻的官员和士兵不准喧哗，不准偷看试卷，不准放任举人随意进出，没公务不准和举人私下说话。试卷弥封盖章后，要用“三不成”三个字做标记，并在涂注乙处盖章。
每考取一个举人，就给他配一个巡军看守，晚上举人进考场，分住在各自的房间。考试当天，会敲钟来报时。第一次敲钟，考场里的官员都去洗漱；第二次敲钟，监考官打开考场大门，举人进去，搜身检查完毕后，把检查证明交给监考官。礼生喊：“举人再拜！”，举人先给主考官（隔着帘子）行一拜，主考官回一拜；再给考官行一拜，考官回一拜。第三次敲钟，发放考题，大家开始答题。中午，供应考试午饭。交卷的时候，举人走到收卷处行礼后就退下，不许交谈。收卷官在考生的名册上登记姓名，举人行礼后离开，拿着检查证明出考场，巡军也跟着出去。晚上，敲钟一次，锁上考场大门。第二天和第三天考试，程序都一样，只是第二天每十个考生编成一组，依次排队到公堂下，行礼后发放考题答题。
收卷官把收到的试卷，依次交给封卷官，把考生的家世背景材料和试卷用腰封封好，按蒙古人、色目人、汉人、南方人分别装订，用三个不常用的字组成卷号。每个考生每场考试都用同一个卷号，收卷官要在试卷和名册上都写上卷号。然后，把名册交给誊录官，誊录官分派抄写员，用朱砂墨抄写试卷正文，并在原卷和抄本上注明字数，卷末写上抄写员姓名，誊录官签字盖章，再封好，送交校对处。翰林院的官员统计好誊录完毕的试卷总数，呈报给监察御史。校对官亲自核对原卷和抄本，无误后签字盖章，送回贡院，原卷送回封卷处。所有文书传递都用朱砂墨书写，试卷按原卷号附在卷册上。
考官们阅卷，主考官坐在中间，其他考官相对而坐，一起评阅试卷，把试卷分成三等，每一等又分为上、中、下三等，用墨笔批注。评阅结束后，收卷官在号簿上标明分数。主考官、同考官、监察御史、封卷官一起，根据卷号打开试卷，主考官在试卷和家世背景材料上写上考生的名次。拆号完毕，所有试卷送交礼部存档，贡院官员离开。中书省把录取的举人分成两榜，分别贴在省门左右。
三月初四，中书省批准了考试安排，决定初七在翰林国史院举行殿试，还确定了监考官和其他工作人员。初五，各位官员都到考场报到了。初六，考题拟好了，呈给皇上过目，等皇上选定。初七这天，工作人员在考场正堂前面，对着皇宫的方向摆好桌子，把考题放在上面。考生们入场，搜身检查完毕后，蒙古族考生一组，按顺序站好，礼生引导他们到堂前，对着皇宫方向行两次跪拜礼，然后领到考题，再行两次跪拜礼，之后各自到座位答题。色目族考生一组，汉族和南方考生一组，流程都一样。每个考生旁边都安排一个蒙古族侍卫监考。中午，发放午餐。考生交卷后，离开考场。监考官和阅卷官一起阅卷，根据考卷内容排出名次，分成三甲，然后上报皇上。然后制作两份榜单，用黄色的敕纸书写，贴在皇宫内红门左右两侧。
前一天，礼部通知录取的进士们，第二天要到皇宫前谢恩。礼部准备好香案，侍仪舍人点名，进士们依次谢恩，之后公布榜单。选个日子在翰林国史院举行庆祝宴会，中书省的官员负责主持宴会，所有参与考试的官员和进士都参加。参加宴会的官员和进士们都穿着华丽的衣服。之后再选个日子，进士们一起到皇宫谢恩，上交谢恩表。第二天，进士们去中书省拜见各位官员。又选个日子，所有进士到先圣庙行祭祀礼，第一名进士负责撰写祝文并主持仪式，并在国子监刻石留名。
延祐二年春天三月，殿试录取进士五十六人，其中护都答儿、张起岩等人都及第，官职有所不同。五年春天三月，殿试录取进士五十人，护都达儿、霍希贤等人都及第。
至治元年春天三月，殿试录取进士六十四人，达普化、宋本等人都及第。
泰定元年春天三月，殿试录取进士八十六人，捌剌、张益等人都及第。四年春天三月，殿试录取进士八十六人，阿察赤、李黼等人都及第。
天历三年春天三月，殿试录取进士九十七人，笃列图、王文烨等人都及第。
元朝元统癸酉年（公元1333年）的进士考试，录取了李齐等考生，还额外增加了名额，一共录取了一百多人。考试制度有点不一样，左右两榜各录取了三个人，都赐予进士及第，其余的人根据情况分别授予官职。这届科举考试录取的人数，是元朝历次科举考试中最多的。三年后，这个考试制度就取消了。又过了七年，科举考试又恢复了，但考试程序稍作了修改，减少了蒙古人和色目人的明经考试科目，增加了本经义的考试科目；汉人和南人的第一场考试，把《四书》疑义一道题改成了本经疑义，第二场考试增加了古赋，并在诏诰、章表考试中又增加了一道题。这就是元朝科举考试制度的大致情况。
说起来，会试考试落榜的人，从延祐年间科举制度刚建立的时候，丞相帖木迭儿、阿散以及平章李孟等人就上奏说：“会试落榜的举人，七十岁以上的，授予从七品流官，让他们退休；六十岁以上的，授予教授的职位；以前有官职的，在原有的官职品级上再提高一级；没有官职的，授予山长或学正的职位。这是特例，以后不再这样做了。现在有些考生因为来晚了没赶上考试，也没安排他们做官。请皇上指示。”皇帝说：“按照落榜者的恩典处理，不要把它定为制度。”
泰定元年（公元1324年）三月，中书省的官员上奏说：“会试落榜的举人，仁宗延祐年间，朝廷曾命令中书省授予他们教官的职位，以安慰他们。现在改元之初，应该恩泽广施。蒙古人和色目人，三十岁以上并且考了两次都没考中的，授予教授的职位；三十岁以下的，授予学正或山长的职位。汉人和南人，五十岁以上并且考了两次都没考中的，授予教授的职位；五十岁以下的，授予学正或山长的职位。以前有官职的，再提高一级；不愿意做官的，让他们到国子监当学生。以后不要再把这个当作制度。”皇帝准奏了。其他的落榜士子，一般得不到这样的恩典，偶尔有通过考试补任书吏而进入仕途的。只有在科举考试废除后又恢复之后，制度才有所改变，落榜者全部授予路府学正或书院山长的职位。又增加了乡试的备取名单，也授予郡学录或县教谕的职位。这样一来，科举考试选拔人才，就达到了空前的盛况。
公元1271年春天正月，元世祖忽必烈下诏在京城设立蒙古国子学，招收学生。从蒙古、汉族官员和怯薛歹官员中挑选优秀子弟入学，但是当时还没有确定具体的招生人数。学校用蒙古语翻译的《通鉴节要》作为教材。等学生学习一段时间后，学校会出题考试，根据考试成绩来决定授予什么样的官职。
到了公元1300年二月，成宗皇帝又增加了三十名学生的伙食补贴，这样国子学学生的总数就达到了六十人。公元1311年，武宗皇帝又确定了四十名伴读，从在籍学生中挑选学习成绩优秀者担任。公元1318年十月，仁宗皇帝时，国子学学生总数达到一百人，其中蒙古族学生五十人，色目人二十人，汉族人三十人。但是，来学校学习的百官子弟经常超过两三百人，所以需要增加伙食补贴。于是，减少了一百一十四名普通百姓子弟的名额，让他们旁听学习，在原有的100名正式学生之外，又增加了50名学生。元朝规定，蒙古族学生二十名，汉族学生三十名，只有三十名学生可以领到纸张、笔墨等学习用品，一年发放两次。
公元1269年秋天七月，元朝在各地设立了蒙古文字学校。同年十二月，中书省制定了学制并颁布实施，命令各路府县官员子弟入学，上路府各派两人，下路府各派两人，州各派一人。此外，民间子弟也可以入学，上路府可招收三十人，下路府可招收二十五人。愿意入学的学生，可以免除徭役。学校用蒙古语翻译的《通鉴节要》作为教材，分发到各地学校。公元1305年十月，成宗皇帝又规定了各地的学生名额：散府二十人，上、中州各十五人，下州十人。公元1307年，元朝政府下令划拨土地，为各地蒙古族学生提供伙食补贴。
关于学校的教职人员，公元1282年，元朝规定各路、府、州都设置教授，国字在诸字之右，府州教授为从八品，如果升任路教授，就是正八品，之后再回到原来的级别，这样循环往复。公元1304年，又增加了学正一职，从国子学到州县都有设置。学校会从优秀学生中选拔人才参加翰林院的考试，那些在学校担任翻译和史官工作的教职人员，也会被选拔到翰林院。
公元1289年夏天五月，尚书省的大臣们上奏说：“伊斯兰教的文字应该推广使用，现在翰林院的益福的哈鲁丁精通伊斯兰文字，请求授予他学士的职位。所有达官贵人的子弟，以及富裕人家的孩子，都按照汉人的入学制度，每天学习。”皇帝批准了这个奏章。
同年八月，元朝正式设立了回回国子学。到了仁宗延祐元年（1314年）四月，又设立了回回国子监，设置了监官，因为伊斯兰文字方便用于关防和账目核算，所以命令沿用旧制，认真学习。
泰定二年（1325年）春天闰正月，因为近年来达官贵人子弟和普通百姓子弟入学的人数众多，学校的老师和学生已经有五十多人，其中已经有二十七人领到了伙食补贴，另外又给一位助教和二十四位学生发放了伙食补贴。国子学设在首都，各部门和府衙里需要翻译的人，都从国子学里选拔。
唐太宗贞观六年（癸巳年），冯志常被任命为国子学总教，并命令十八位大臣子弟入学。到了元世祖至元七年，又命令十一位大臣子弟入学，其中四个年纪大的跟着许衡学习，七个年纪小的跟着王恂学习。到了至元二十四年，正式设立国子学，并制定了相关的规章制度。学校设立博士，全面负责教学事务，分教三个斋的学员，讲解经书的要义，纠正语音和训诂，上要严格教导学习方法，下要考核学生的学习成果。此外还设有助教，协助博士处理教学事务，但主要负责一个斋的教学；正、录则负责明确规定和规矩，督促学生的学习任务。所有学生读书的顺序是先读《孝经》《小学》《论语》《孟子》《大学》《中庸》，然后才是《诗经》《尚书》《礼记》《周礼》《春秋》《易经》。博士、助教亲自教授句读、音训，正、录、伴读则依次传授。讲解经书也按照阅读顺序进行，正、录、伴读也依次传授。第二天，学生们要抽签，复述昨天的功课内容。至于对对子、写诗、解释经文、评论史书，则由博士出题，学生们写好后先交给助教，助教审核后交给博士定稿，最后记录在课簿上，作为考核的依据。国子学学生人数定为二百人，先招收一百名学生和二十名伴读。这百名学生中，蒙古族、色目人和汉人各占一半。许衡还编写了《诸生入学杂仪》和《日用节目》。至元七年，又招收了八十名学生，并规定此为常例，以后都应遵照执行。
元成宗大德八年十二月，正式规定国子学学生名额：蒙古族、色目人、汉人三年各推荐一人入学。十年冬闰十月，国子学正式规定蒙古族、色目人、汉人学生各一百人，三年各推荐两人入学。
元武宗至大四年秋闰七月，国子学学生人数定为二百人。同年十二月，又制定了国子学考试和贡举制度：蒙古族学生考试及格授予六品官职，色目人授予正七品官职，汉人授予从七品官职。蒙古族学生的考试应该宽松一些，色目人稍严格一些，汉人则完全按照科举考试的制度进行。
元朝仁宗延祐二年秋天八月，国子学增加了100个生员和20个陪堂生名额。 这套制度是根据集贤学士赵孟頫和礼部尚书元明善等人的建议，对国子学的贡试方法进行修改后制定的。 主要改动有三点：第一是升斋制度。
六个斋舍东西相对排列，最下面的两个斋舍，左边叫“游艺斋”，右边叫“依仁斋”，学习诵读、讲解、小学、对对子之类的学生都在这里学习。中间两个斋舍，左边叫“据德斋”，右边叫“志道斋”，学习讲解《四书》、练习诗词格律的学生在这里。最上面的两个斋舍，左边叫“时习斋”，右边叫“日新斋”，学习讲解《易经》、《尚书》、《诗经》、《春秋》等经书，学习明经义理和程朱理学文章的学生在这里学习。每个斋舍的学生人数不一样，每个季度都要考核学生学习经书和功课的情况，以及有没有违反规章制度。考核合格的学生，可以依次升到更高的斋舍学习。
第二是私试的规则。汉人学生参加“日新斋”和“时习斋”的考试，蒙古人和色目人参加“志道斋”和“据德斋”的考试。在国子学学习满两年，没有犯过错误的学生，可以参加考试。学习满三年，就可以参加贡举考试。汉人的私试，孟春（一月）考经义疑难问题一道，仲春（二月）考经义一道，季春（三月）考策问、表章、诏诰各一道。蒙古人和色目人，孟春和仲春各考明经一道，季春考策问一道。答题辞藻和道理都好的，评为上等，记一分；道理好但辞藻一般的，评为中等，记半分。每年年底，把全年的分数加起来，满八分以上的学生，可以升为高等生员，名额共40个，其中蒙古人和色目人各10个，汉人20个。 年终贡试，名额不一定都用完，主要看实际能力。如果分数相同而名额不足，就按在斋舍学习时间的长短来决定。那些没达到标准的，或者达到了标准但名额已满的，当年的分数就不算，明年再重新计算。
每月初二清晨，学生们行完拜师礼后，国子学的博士和助教就会在座位上，亲自给参加考试的学生发放印有考卷的纸张，然后当场出题考试。 不允许夹带或者找人代写，必须用发放的印有考卷的纸张，用真楷书写。国子学的正录和录事负责密封和誊抄考卷，其余程序都按照科举考试的流程进行。助教和博士依次批改考卷。第二天，监考官复查，在名册上记录每个学生的得分，国子学保存这些考卷，等到年底进行总评。第三点是处罚条例。参加私试并获得分数的学生，如果不好好学习或者违反规章制度，第一次犯错扣一分，第二次犯错扣二分，第三次犯错就开除学籍。国子学的正录和录事有责任举报违规学生，如果他们知道学生违规却不上报，就要受到国子监的处罚。已经成为高等生员的学生，如果违反规章制度，第一次犯错就推迟一年参加殿试，第二次犯错就开除学籍，由正录和录事举报，如果正录和录事知道却不上报，也要受到国子监的处罚。在校学生，如果到年底学习时间不满半年，也要开除学籍。除了规定的假期以外，其他的请假都不算学习时间。国子学的正录和录事每年年底都要考核在校学生，除了蒙古人和色目人另有规定外，汉人学生三年内学不会一经或不肯努力学习的，就勒令退学。其他的处罚，都按照以前的规定执行。
元朝泰定三年夏天六月，考试制度改革了，改用积分制来选拔贡举，沿用了世祖皇帝以前的老办法。考试的具体流程，是按照监学官拟定的方案来的，跟以前差不多，不过在防作弊方面更严格了。负责考试的官员，包括本学正、录事各两人，司乐一人，典籍两人，管勾一人，以及侍仪舍人。以前这些职位都是用积分高的生员来担任，后来因为取消了积分制，就从上斋里选拔三十岁以上、品学兼优的学者担任本学正、录事；懂音乐、学问好的担任司乐；办事效率高的担任典籍、管勾。至于侍仪舍人，则从上、中斋里选拔那些熟悉礼仪、声音洪亮、曾经主持过春秋释奠、每月告朔明赞，并且能力出众的人来担任。
到了文宗天历二年春天三月，伴读的员额问题也做了调整。一开始只有二十人，每年选拔两人；后来在大德七年，定为四十人，每年选拔六人；到至大四年，又改为四十人，每年选拔四人；延祐四年，因为积压人数太多，每年选拔人数增加到八人。既然已经定额四十人，其中应该有四人担任部令史，四人担任路教授。之后，又规定贡生们每次参加大规模的选拔考试时，都要和全国的考生一起在礼部考试，在殿廷答策，并且增加了备榜和进一步筛选的环节。
元朝初期，燕京刚平定，宣抚使王楫建议把金枢密院改建为宣圣庙。太宗六年，设立了国子监祭酒和提举官的职位，命令皇亲国戚子弟入学学习。宪宗四年，世祖皇帝还在藩邸的时候，就特别下令修缮殿宇；等到他即位后，又赐予玉斝作为祭祀用的器皿。至元十三年，提举学校官的职位被授予六品官印，国子监改名为大都路学，并称作提举学校所。至元二十四年，元朝迁都到北城后，在国城东边建立了国子学，于是把南城的国子学改成了大都路学，从提举官以下，都设置了相应的官职。仁宗延祐四年，大兴府尹马思忽重修了殿门、堂庑，并建造了东西两斋。泰定三年，府尹曹伟又增建了环廊。文宗天历二年，又进行了扩建，提举郝义恭又增建了斋舍。从府尹郝朵开始，到曹伟为止，国子监的学生人数最终定为一百人，每人每月都有伙食供应，由京畿漕运司和当地政府负责提供。泰定四年夏天四月，学生们终于可以在学校里一起吃饭了。
唐太宗刚统一中原的时候，就开始考虑建立学校，设立考试选拔人才。元世祖中统二年，才正式下令在各地设立学校官，对所有来学习的学生，严格进行教育，力求培养出合格的人才，以备将来选用。
元朝至元十九年四月，命令云南各地都兴建学校来祭祀先圣。至元二十三年二月，皇帝在德兴府的行宫，下诏书说江南地区学校以前有的学田，要恢复拨给他们，用来供养读书人。
元朝至元二十八年，命令江南各路州府和各县的学校里，都设立小学，挑选德高望重的人来教书。如果学生自己想找老师，或者在家从父兄那里学习，也随他们的便。其他一些先贤教化过的地方，名士曾经走过的地方，以及那些乐善好施的人捐钱捐粮资助学生的地方，都建立起书院。
朝廷任命的老师，叫教授，在路府和上州中州设置。由礼部、行省和宣慰司任命的老师，则称作学正、山长、学录、教谕，在路州县和书院设置。每路设置教授、学正、学录各一人，散府上州中州设置教授一人，下州设置学正一人，县里设置教谕一人，书院设置山长一人。中原地区的州县的学正、山长、学录、教谕，都由礼部任命。各省所属州县的学正、山长、学录、教谕，都由行省和宣慰司任命。
路府州的书院，都设有直学来管理钱粮，由郡守和宪府官员考试录用。直学考试合格后，还要考十篇自己的文章，然后可以升为学录或教谕。学正、山长、学录、教谕，也可以由集贤院和台宪等机构推荐的人员担任。教谕、学录经过两次考试，可以升为学正、山长；学正、山长经过一次考试，可以升为散府上州中州的教授；上州中州的教授再经过一次考试，可以升为路教授。教授之上，各省设有提举二人，正提举从五品，副提举从七品，负责学校的一切事务。后来改成直学考试合格后当州吏，按照惯例，落榜的举人可以担任学正、山长，备取的举人可以担任教谕、学录，如果有人推荐，也可以考虑录用。
从京师的学校到州县的学校，还有书院，所有在这些地方学习的学生，由地方长官推荐，由台宪考核，有的被选为教官，有的被选为官吏，因此人才辈出。
话说元世祖中统二年夏天五月，太医院的王猷大人跟皇上说：“现在医学这行啊，荒废太久了，年轻人没老师教，学不到真本事。我担心朝廷随便找个郎中，医术不行，那后果可太严重了！” 于是，皇上就派了副使王安仁，给他发了块金牌，让他去全国各地设立医学院。 录取的学生，考试合格后可以免除一些杂役，每个月还要考试，考题都是些疑难杂症，根据考得好坏来奖励或惩罚。后来，又制定了医学院的规章制度，在各地都设了主管机构来管理。宫里、各省衙门需要的医生，都从医学院里调拨，这算正经的仕途，可以为百姓服务。但是，从太医院内部升迁的，就不算这一条路子，这意思是说，当官不能走捷径。 那些在太医院当官的，级别都跟文武官员一样，五品以上都能升迁，其他的就按原来的级别慢慢升，他们的子孙也能继承官位，跟正规官员一样。至于掌管药材的，可以做到都监、直长，甚至御药院副使、大使，考评合格后，还可以像其他官员一样外放。医学院的教授，都由太医院推荐，各地医学院的院长也跟教授一样，都是九品官。所有在宫里当太医的，还有太医的子孙，以及各地州县的学官，都得参加考试。那些名医写的医书，都要经过审核；各种药材的产地、药性、真伪，都要仔细辨别。各地医学院每年都要出13道疑难杂症的考题，送到太医院，再发到各地医学院，让学生们练习，年底还要总结成绩报上来，评定优劣。
元世祖至元二十八年夏天六月，又开始在全国各地设立阴阳学。在北方和江南地区，如果发现懂阴阳之术的人，各地的官员都要仔细考察，按照儒学和医学的模式，每地设立一个教授来教导他们。那些精通术数的人，每年都要向省府汇报，然后到京城考试，如果真有本事，就能在司天台当差，在皇上身边做事。到了延祐年间，又规定阴阳先生也要像儒生和医生一样，在各地设立教授，管理阴阳先生，而这些阴阳先生最终都归太史局管辖。
他们想找一些隐居的、有才能的人才，就四处寻找。元世祖中统年间，就请许衡来做官，让他在怀孟地区教书育人，培养当地优秀的孩子。 同年，又请金朝的进士李冶来当翰林学士。还请刘因来做集贤学士，但他没来。又根据咸宁王野仙的推荐，请萧渼做官，萧渼也没来，最后直接任命他为陕西儒学提举。
元至元十八年，朝廷下令寻找前朝圣贤的后代，还有精通儒学、医学、占卜、天文历算的，以及隐居山林的人才。二十年，朝廷再次召见刘因，让他当右赞善大夫，刘因推辞了，但朝廷没同意。没过多久，刘因因为父母年迈，请求回家尽孝，并且不要俸禄。后来朝廷派人到他家授命，刘因以生病为由推辞，没去上任。至元二十八年，朝廷再次寻找隐居的贤士，让各级官吏上报人名。
元成宗大德六年，朝廷征召隐居在临川的吴澄，让他做应奉翰林文字，吴澄领命后就回家了。九年，朝廷寻找山林间有德行、有学问、懂治国之道的人，派人去请萧渼，还说：“即使你不愿意做官，也可以来见朕一面，聊聊之后再回去。”元武宗至大三年，再次召见吴澄，让他做国子司业，但他因为生病回去了；延祐三年，朝廷又请他做集贤直学士，但他因为生病没去；至治三年，朝廷又请他做翰林学士。元武宗、仁宗多次征召萧渼，让他做集贤学士、国子司业，但他都没去，后来改任命他为集贤侍讲学士。后来又请他做太子右谕德，他才到京城，被任命为集贤学士、国子祭酒，太子右谕德的职务也保留着。
元仁宗延祐七年十一月，朝廷下了一道诏书：“这些年来，我们设立科举考试选拔人才，但还是担心有很多高尚的人才隐居在乡野，我们找不到他们。各地如果有隐居、有德行、有才华、有治国才能，但不求名利的人，地方官吏要将他们的姓名上报到本道的廉访司，再呈报朝廷，以便录用。”朝廷还多次下诏，鼓励大家向朝廷进言，即使批评时政，也不会受到责罚，朝廷往往会采纳他们的意见，任用他们做官，让他们参与治理国家。其他那些著书立言、对教化有益、启迪后人的，也会根据情况录用，并将其作为常例。
话说这童子科考试啊，是从唐宋时期才开始正式设立的，不过呢，也不是每年都考，名额也不固定。元成宗大德三年，考中了杨山童和海童两个孩子。五年后，大都提举学校考中了安西路的张秦山，江浙行省考中了张升甫。到了武宗至大元年，又考中了武福安。
仁宗延祐三年，江浙行省考中了俞傅孙和冯怙哥。六年，河南路考中了张答罕，学士完者不花也考中了一个叫丁顽顽的孩子。七年，河间县考中了杜山童，大兴县考中了陈聃。英宗至治元年，福州路连江县考中了陈元麟。至治三年，河南行省考中了张英。泰定四年，福州考中了叶留畊。文宗天历二年，考中了杜夙灵。至顺二年，考中了答不歹子买来。
这些人啊，都是因为天资聪颖，比同龄孩子强得多，有的能背诵经文，写一手好字，有的能写文章，讲解经史典故，考中后都被送进国子监学习。其中，张秦山尤其擅长篆书，陈元麟对理学理解很深，叶留畊被问到《四书》的大义时，他回答说：“不过就是尽力孝敬父母，尽忠报国罢了。”当时的人都觉得他将来肯定会有大作为。
