秦起宗，字元卿，祖上是上党人，后来搬到了广平府洺水县。他爷爷那会儿正赶上金朝末年兵荒马乱的，就挖了个山洞躲起来，带着家人住在里面，还藏了村里一百多个人在山洞附近。他们准备好了牛酒，出来迎接军队。军队搜查的时候，只看到他爷爷一家，就说：“这是个孝子啊！”然后就放他们走了。村里人都说：“秦家老爷子救了我们！”
秦起宗从小就在战乱中长大，想学习写字却没纸用，他爸爸就削柳条做成简，写字给他教。写完背熟了，就把字削掉再写新的。他十七岁的时候，赶上蒙古设立学校，学习什么都很快，被任命为武卫译史。御史中丞塔察儿很赏识他的才能，把他调到中台做译史。那时候，尚书省权力很大，经常搞大动作，秦起宗做事非常谨慎，从不泄露任何信息。“尚书省”这三个字，大家应该都明白。仁宗皇帝登基后，取消了尚书省，秦起宗调到中书省做译史，后来一步步升迁，做到太子家令司典簿官。他上书说：“东宫官员的主要职责是辅佐太子学习道德和义理，管理钱财不是他们的职责。”朝廷采纳了他的建议。之后，他又被调任南台御史。建康地区多水患，有些地方明明是灾害，官吏却隐瞒不报；有些地方根本没灾害，却谎报灾情。秦起宗暗中调查，查明真相，人们都觉得他像神仙一样厉害。
文宗皇帝刚即位，命令威顺王去征讨八番（指少数民族部落）。当时，四川省的囊加台（地名或官职）抗命不遵，还没平定。秦起宗极力劝谏，说武昌是重要的军事重镇，应该做好防御来自上游的军队，王爷不应该走得太远，一定要阻止他。后来威顺王回朝面见皇帝，皇帝说：“这次征讨八番，如果不是秦元卿，差点就失败了。”后来八番军队撤兵，沿途再也没有人敢骚扰。朝廷商议让秦起宗去治理四川，幕府官员竟然忘了他的名字，只记得叫“秦元卿”，皇帝亲自提笔改成了“秦起宗”，可见皇帝对他多么器重。他被任命为中台御史，弹劾中丞和尚贪污受贿，用低价买下县官的房子，但奏章没被采纳。秦起宗从台官那里得知此事后，直接去面见皇帝，跪下据理力争，很久都没起身。一直到天黑了才出来。第二天，太子被立为储君，朝廷大赦天下，秦起宗又上奏：“不惩罚和尚，就无法维护国家法纪。”和尚最终认罪伏法。皇帝说：“做御史，就应该这样！”元旦的时候，皇帝赏赐给他孙子衣服，让他参加宫廷盛大的宴会。他还弹劾福建官员卜咱耳私奔他父亲的妾，他父亲气愤而死，这是败坏社会风气的行为，最终将卜咱耳流放到岭南。从此以后，秦起宗直言不讳，皇帝都采纳了他的建议。他著有《御史奏议》一卷。
皇上任命他当漕运使，然后当面跟他说：“漕运的事务有很多漏洞，全靠你这位御史去整顿了！” 后来他又被派去当抚州路总管。到任后，当地官员的接待规格非常高，他问清楚了花费从哪里来，一个小官儿不敢隐瞒，说：“是向老百姓借的钱。”于是他立刻让人把借来的东西都还给老百姓，自己办公的桌椅板凳就只够用而已。从那以后，政府官员的聚会宴请，都变得简单朴素，只按规矩来就行了。他还跟大家说：“我本来就是农民出身，喜欢简朴节约，追求安宁平静的生活，希望老百姓也能跟着学学。” 他在抚州待了一年，因为年纪大了就辞官了。第二年，他又被授予兵部尚书的职位，然后退休。一年后去世，谥号昭肃。
他生了四个儿子：钧、铨、铎、镛。老大钧是西台御史；老四镛是延徽寺经历；老二铨是都省掾；老三铎早早去世了。
