吴澄，字幼清，是江西抚州崇仁人。他高祖父吴晔，最早住在咸口里，那里正好在华盖山和临川山之间。当时有个看风水的人叫徐觉，就说这地方将来会出个杰出人物。吴澄出生前一天晚上，乡里父老看见有奇异的光气降落到他家；邻居一个老妇人还梦见有东西像蛇一样蜿蜒着落到她家旁边池塘里，第二天早上她就告诉大家了，然后吴澄就出生了。
他三岁的时候，就聪明过人，一天天越来越厉害。教他读古诗，他一听就会背诵。五岁的时候，每天能背诵一千多字，晚上读书到天亮。他妈妈担心他太辛苦了，就减少他的油灯蜡烛，不给他太多。吴澄就等他妈妈睡着了，再偷偷点灯继续读书学习。九岁的时候，他和一群小伙伴参加乡校考试，每次都在前几名。长大后，他熟读《经》、《传》，精通圣贤之学，曾经参加进士考试，但没考中。
元朝至元十三年，天下刚安定下来，各地盗贼四起。乐安县的郑松邀请吴澄去帮忙管理粮食，于是吴澄就写了《孝经章句》，还校订了《易经》、《尚书》、《诗经》、《春秋》、《仪礼》以及大小戴记。后来，侍御史程钜夫奉皇帝的命令到江南寻找人才，就找到了吴澄，把他带到了京城。没过多久，因为母亲年迈，吴澄就辞官回家了。程钜夫请求把吴澄写的书放到国子监，供学子们学习，朝廷就命令有关部门到吴澄家抄录他的著作。元贞年间，吴澄到龙兴游玩，按察司经历郝文邀请他到郡学讲学，每天都听他讲课，并把他的讲课内容和学生的提问记录下来，总共有几千字。
行省掾元明善，自认为很有学问，曾经向吴澄请教《易经》、《诗经》、《尚书》、《春秋》的深奥含义，感叹地说：“和吴先生谈话，就像在探索无垠的海洋一样。”从此以后，元明善就对吴澄毕恭毕敬，像对待老师一样。左丞董士选也把吴澄请到家里做客，亲自给他送饭，说：“吴先生是天下少有的贤才啊！”后来董士选入朝为官，就推荐吴澄，吴澄被提升为应奉翰林文字。但是有关部门催促他上任，很久以后他才去，结果到任时，他的接替者已经到任了，吴澄当天就回家了。没过多久，他又被任命为江西儒学副提举，三个月后，因为生病就辞官了。
元至大元年，皇帝召他当国子监丞。之前，许衡先生当祭酒的时候，开始用《朱子小学》之类的书教学生，时间长了，教学方法渐渐变了样。这位先生来了以后，每天一大早就点亮堂上的蜡烛，学生们依次来上课，一直上到太阳偏西才结束。然后，他回到自己的房间，有学生来请教经书上的问题，络绎不绝。他根据每个学生的资质特点，反复地教导他们，常常忙到深夜，不管严寒酷暑都坚持不懈。
皇庆元年，他升职当了司业，他参考程颐先生的《学校奏疏》、胡安国先生的《六学教法》、朱熹先生的《学校贡举私议》，总结出四条教学方法：一是经学，二是品德修养，三是文学，四是处理政务，但这些还没来得及实行。他还曾经跟学生们说：“朱熹先生在探究道理和学习方面下了很大功夫，而陆九渊先生则更注重提升自身的道德修养。学习如果不以道德修养为基础，那就会流于对言语和经书训释的空谈，所以学习一定要以道德修养为根本，这样才能有所成就。”有些人因此认为他推崇陆九渊的学说，而不是像许衡先生那样尊崇朱熹的学说，但实际上，大家对朱熹和陆九渊的学说到底有什么区别也不是很清楚。有一天晚上，这位先生辞去了职务，一些学生没打招呼就跟着他到南方去了。
不久，他被任命为集贤直学士，特授奉议大夫的官职，让他骑驿马到京城去，走到真州的时候，他生病了，最终没能成行。
英宗皇帝即位后，他被破格提升为翰林学士，官阶也升到了太中大夫。之前，朝廷下令要收集善书，用黄金和石灰粉混合做颜料，抄写佛经《藏经》。皇帝在上都，让左丞赶紧下诏让他写序，他说：“皇上抄写佛经，为百姓祈福，这是一件非常盛大的善举。如果说是为了追荐亡灵，我就不太清楚了。虽然说积德行善能带来好处，这是大家都爱听的，但是关于轮回转世的事，那些学佛的人都不怎么谈。他们只是说，做好事的人死后会升入天堂，最好的人甚至能和日月一样光芒万丈；做坏事的人死后会堕入地狱，最坏的人甚至会和沙虫一样低贱。他们就用这种荐拔的说法来迷惑世人。现在皇室祖先的神灵，高贵如同日月，又何必再进行荐拔呢！再说，从建国以来，抄写佛经超度亡灵的事不知道做了多少次了。如果没效果，那就是佛法不管用；如果有效果，那就是在欺骗祖先了。写这样的文章，不能流传后世，请等皇上回京后再奏报吧。”正赶上皇帝驾崩，这件事也就不了了之了。
1330年，元泰定帝刚开始上朝听讲经书，首先任命吴澄、张珪还有邓文原三位当讲官。张珪是平章政事，邓文原是国子祭酒，那都是朝廷里的大官。 到了元至治年间快结束的时候，皇帝下令修建太庙。当时大家习惯了那种“同堂异室”的建筑模式，就打算建十三间房子。 庙还没建好，国家就出了大事儿，负责这事儿的官员对祖先牌位摆放的顺序（昭穆次序）产生了疑问，就让大家一起讨论。
吴澄就说了：“咱们世祖皇帝统一了全国，都是按照古代的制度来办事的。古代天子有七座庙，每座庙都是一座宫殿，太祖皇帝的庙在中间，左边三座庙是昭庙，右边三座庙是穆庙。昭庙和穆庙的神主牌位，都是按照顺序依次移动的，这些庙宇的布局，其实跟现在的中书省六部差不多。咱们中书省和六部这些机构，也是仿照金朝和宋朝设立的，怎么到了宗庙的排列顺序上，就不参考古代制度了呢？” 那些官员着急着完工，最后还是按照原来的顺序摆放了。 那时候吴澄已经想退休了，正赶上要修撰《英宗实录》，皇帝就让他负责这件事。
几个月后，《英宗实录》修好了，还没来得及上交，吴澄就称病不上朝了。中书左丞许师敬奉命请吴澄到国史院吃饭，顺便表达朝廷想留住他的意思。酒席散了，吴澄立刻出城坐船走了。中书省听说后，赶紧派人骑快马追，没追上，就回来告诉皇帝说：“吴澄啊，是国家的著名学者，朝廷的老臣，现在他请求退休回家，咱们实在不忍心再让他劳累了，应该给他一些奖励表彰一下。” 皇帝就下令提升吴澄的官职为资善大夫，还赏赐给他金织锦缎两匹和五千贯钱。
这个人啊，穿着朴素，端坐拱手，神态自若，谈吐流畅，让人如释重负，感觉特别舒服。他年轻的时候，就写过一篇议论文章，里面说：“道的根本源于上天，神圣继承它，尧舜以前是道的源头；尧舜时期是道的兴盛；鲁国、邹国、泗水、洙水流域是道的流传；洛阳、关中、闽地是道的坚守。分开来说，上古时期，伏羲、黄帝是道的源头，尧舜是道的兴盛，禹、汤是道的流传，文王、武王、周公是道的坚守！中古时期，孔子是道的源头，颜回、曾参是道的兴盛，子思是道的流传，孟子是道的坚守！近古时期，周敦颐是道的源头，程颐、张载是道的兴盛，朱熹是道的流传，那么现在谁在坚守道呢？还没有这样的人。难道最终可以没有归宿吗？”他很早就把传承文化视为自己的责任。所以，他当官的时候，退下来之后，无论走到哪个地方，士大夫都来请他讲学，各地学子不远千里，跋山涉水来向他学习，经常有上千人。他一有空就写书，直到去世前，都没有放下笔。他对《易经》、《春秋》、《礼记》都有自己的心得体会，完全打破了以往的注释和牵强附会，深入挖掘其内涵，条理清晰地进行整理和叙述，精炼简洁，自成一家之言。他还写了《学基》、《学统》两篇文章，让人明白学习的根本和学习的顺序，尤其是在邵雍的学问上有所建树。他还校订了《皇极经世书》，又校订了《老子》、《庄子》、《太玄经》、《乐律》，以及《八阵图》、郭璞的《葬书》。
最初，他住的是几间草屋，程钜夫给他题字叫“草庐”，所以学者们都称他为草庐先生。天历三年，朝廷考虑到他年纪大了，特地任命他的次子京为抚州教授，方便照顾他。第二年六月，他生病了，当天夜里，他家东北方向有颗大星坠落，他就去世了，享年八十五岁。朝廷追赠他江西行省左丞、上护军，追封临川郡公，谥号文正。他的长子文，最终官至同知柳州路总管府事；次子京，最终官至翰林国史院典籍官。他的孙子当，另有传记记载。
